Name: Een brouwpijplijn voor het genereren van moleculaire operationele taxonomische eenheden (MOTUs) tussen oever- en waterkevers (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-07-11T14:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 23 s
Description: Leer een bio-informatica-pijplijn voor het genereren van moleculaire operationele taxonomische eenheden (MOTU's) bij oever- en waterkevers. Deze methode versnelt soortontdekking in de tropen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>ASAP&nbsp;</td><td>Spart explorer</td><td>https://bioinfo.mnhn.fr/abi/public/asap/asapweb.html</td><td></td></tr><tr><td>Computer</td><td></td><td>Elke verwerkingseenheid</td><td></td></tr><tr><td>MEGA X&nbsp;</td><td>MEGA Software</td><td>https://www.megasoftware.net/</td><td></td></tr><tr><td>mPTP webserver</td><td></td><td>https://mptp.h-its.org/#/tree</td><td></td></tr><tr><td>PTP webserver</td><td>Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS)</td><td>https://species.h-its.org/ptp/</td><td></td></tr><tr><td>Species Identifier&nbsp;</td><td></td><td>&nbsp;https://taxondna.sourceforge.net/</td><td></td></tr></tbody></table>

een brouwpijplijn voor het genereren van moleculaire operationele taxonomische eenheden (motu's) tussen oever- en waterkevers

A Concoction Pipeline for Generating Molecular Operational Taxonomic Units (MOTUs) Among Riparian and Aquatic Beetles

Een brouwpijplijn voor het genereren van moleculaire operationele taxonomische eenheden (MOTU's) tussen oever- en waterkevers

Biodiversity decline is transpiring at rates unimaginable, yet biodiversity monitoring is hampered by a plethora of factors, including the incomplete ...

a-concoction-pipeline-for-generating-molecular-operational-taxonomic

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

RNA-Seq-analyses worden steeds belangrijker voor het identificeren van de moleculaire grondslagen van adaptieve eigenschappen bij niet-modelorganismen. Hier wordt een protocol beschreven om differentieel tot expressie gebrachte genen te identificeren tussen diapauze en niet-diapauze Aedes albopictus muggen, van het kweken van muggen tot RNA-sequencing en bioinformatica-analyses van RNA-Seq-gegevens.

Een experimentele en Bioinformatica Protocol voor RNA-seq Analyses van Fotoperiodische diapause in de Aziatische tijgermug, Aedes albopictus

Dit protocol is voor de extractie en concentratie van eiwitten en DNA uit microbiële biomassa die is verzameld uit zeewater, gevolgd door de generatie van tryptische peptiden die geschikt zijn voor proteomische analyse op basis van tandem massaspectrometrie.

Een Aquatic Microbial MetaProteomics Workflow: Van cellen tot Tryptic Peptiden geschikt voor Tandem massaspectrometrie-gebaseerde Analyse

Microbiële consortia binnen bumble bee-hives verrijken en behouden van pollen voor larven van de honingbij. Met behulp van de volgende generatie sequencing, samen met laboratorium en veld gebaseerde experimenten, dit manuscript wordt beschreven protocollen gebruikt om te testen van de hypothese dat fungicide residuen veranderen de stuifmeel microbiome, en de kolonie demografie, uiteindelijk leidde tot de kolonie verlies.

Empirische, Metagenomic en computationele technieken verlichten de mechanismen door welke fungiciden compromis Bee gezondheid

Hier presenteren we protocollen voor het kweken van een intermediair-kiem kever, Dermestes maculatus (D. maculatus) in het lab. We hebben ook protocollen voor de embryonale en ouderlijke RNAi en methodes te delen voor het analyseren van embryonale fenotypes voor bestudering van genfunctie in deze soort.

Grootbrengen en Double-stranded RNA-gemedieerde gen knock-down in het verbergen Kever, Dermestes maculatus

Meest voorkomende analyses van de inhoud van de darm van macroinvertebrates zijn visueel. Waarbij intensieve kennis over morfologische diversiteit van organismen van de prooi, ze missen zachte lijf prooi en, als gevolg van de sterke trimventilatoren van de prooi, zijn bijna onmogelijk voor sommige organismen, met inbegrip van vlokreeftjes. Wij bieden gedetailleerde, roman genetische methoden voor macroinvertebrate ten prooi identificatie in het dieet van vlokreeftjes.

Laboratorium Protocol voor genetische Analyses van de inhoud van de Gut van aquatische Macroinvertebrates gebruiken groepsspecifieke rDNA Primers

Deze paper meldt het protocol voor een snelle identificatie assay voor Bemisia tabaci gebaseerd op lus-gemedieerde isotherme amplificatie (LAMP) technologie. Het protocol vereist minimale laboratorium opleiding en kan, daarom, ter plaatse op de punten van binnenkomst voor de plant invoer zoals zeehavens en luchthavens worden uitgevoerd.

Een lus-gemedieerde isotherme amplificatie (LAMP) Assay voor snelle identificatie van Bemisia tabaci

Dit is een protocol voor het modelleren van de grootte spectrum (schaal relatie tussen individuele massa en bevolkingsdichtheid) voor gecombineerde vissen en ongewervelde gegevens van wadable streams en rivieren. De methoden omvatten: veld technieken voor het verzamelen van kwantitatieve vissen en ongewervelde monsters; labmethoden om de veldgegevens te standaardiseren; en statistische gegevensanalyse.

Modellering van het maat spectrum voor macro-invertebraten en vissen in stroom ecosystemen

Het behoud van zoet water mossel is afhankelijk van het monitoren van voortplantings patronen en processen van soorten. Deze studie standaardiseert een niet-dodelijk protocol voor het bemonsteren van Gill-inhoud, het karakteriseren van de larvale ontwikkeling en het verstrekken van een digitale repository voor verzamelde gegevens. Dit protocol-database-pakket zal een belangrijk hulpmiddel zijn voor mossel onderzoekers die niet-verontreinigde soorten herstellen.

Standaardiseren van een niet-dodelijke methode voor het karakteriseren van de reproductieve status en de larvale ontwikkeling van zoetwatermosselen (Bivalvia: Unionida)

RNA interferentie is een breed toepasbare, krachtige techniek voor het manipuleren van genexpressie in specifieke ontwikkelingsstadia. Hier beschrijven we de noodzakelijke stappen voor de implementatie van deze techniek in de aquatische duikkever Thermonectus marmoratus, van de verwerving van gensequenties tot het knockdownen van genen die de structuur of het gedrag beïnvloeden.

RNA Interferentie in aquatische kevers als een krachtig instrument voor het manipuleren van genexpressie op specifieke ontwikkelingstijdpunten

Het artikel is gebaseerd op de creatie van een aangepast protocol voor het scannen, detecteren, sorteren en identificeren van gedigitaliseerde objecten die overeenkomen met benthische riviermabrieren met behulp van een semi-automatische beeldvormingsprocedure. Deze procedure maakt het mogelijk om de individuele grootteverdelingen en groottemetingen van een macro-ongewervelde gemeenschap in ongeveer 1 uur te verwerven.

Automatische beeldverwerking om de gemeenschapsgroottestructuur van riverine macro-ongewervelde dieren te bepalen

We demonstreren een geteste methode voor het veilig omgaan met in het veld verzamelde bijen. Deze methode maakt snelle manipulatie, identificatie, genetische bemonstering en bevestiging van plant-insect-interacties mogelijk via stuifmeel dat tijdens de bemonstering is verzameld. Deze aanpak is gemakkelijk aan te passen en biedt een kosteneffectieve, niet-dodelijke manier om zeldzame insectengroepen te bestuderen.

Een snelle methode om bijen in het veld op te sluiten en veilig te hanteren

Leer een bio-informatica-pijplijn voor het genereren van moleculaire operationele taxonomische eenheden (MOTU's) bij oever- en waterkevers. Deze methode versnelt soortontdekking in de tropen.

Een brouwpijplijn voor het genereren van moleculaire operationele taxonomische eenheden (MOTU's) tussen oever- en waterkevers

Meer video's verkennen