Name: Een stapsgewijze handleiding voor de isolatie en analyse van bladoppervlak en apoplastisch RNA met behulp van Arabidopsis-rozetten (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Leer de isolatie en analyse van bladoppervlak- en apoplastisch RNA uit Arabidopsis-rozetten. Deze methode combineert hoge-resolutie gelelektroforese met Illumina-sequencing om RNA-dynamiek bij biotische stress te bestuderen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

```html
<table><tbody><tr><td>14-30 nt ssRNA ladder marker</td><td>Takara</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>1.5 mL microcentrifuge tubes</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>10 mL needleless syringe</td><td>BD</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>15 mL falcon tubes</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15% Mini-PROTEAN TBE-Urea Gel, 10 well/12 well, 30 &micro;L/20 &micro;L</td><td>Bio-Rad</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>36-cell tray inserts</td><td>True Leaf Market</td><td></td><td></td></tr><tr><td>40% acrylamide and bis-acrylamide solution, 37.5:1</td><td>Bio-Rad</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>4-inch round pots</td><td>True Leaf Market</td><td></td><td></td></tr><tr><td>50 mL falcon tubes</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>50 mL needleless syringe</td><td>BD</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>96 well plate black bottom</td><td>Grenier</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.22 &mu;m syringe filter</td><td>Pall</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.45 &mu;m syringe filter</td><td>Pall</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>Ammonium persulfate (APS)&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A3678</td><td></td></tr><tr><td>Calcium chloride&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C1016</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform (RNase-free)</td><td>Macron Fine Chemicals</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>Clear plastic domes</td><td>Hummert International</td><td>11 3348</td><td>Elke plastic dome kan worden gebruikt om de planten te bedekken en de vochtigheid te handhaven</td></tr><tr><td>Cotton-tipped stick medical grade</td><td>Uline</td><td>S-21102</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol (Rnase-free)</td><td>Decon Laboratories, Inc.</td><td>2716GEA</td><td></td></tr><tr><td>French Press coffee maker, 24 fl oz</td><td>Snow Peak</td><td>CS-111</td><td></td></tr><tr><td>Growing tray without holes 10 x 20</td><td>True Leaf Market</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ice bucket&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech, Spongex</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Thermo Scientific</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>JA-14 fixed-angle rotor</td><td>Beckman Coulter; model: JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>Kimwipes</td><td>KCWW, Kimberly-Clark</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Low range ssRNA lader</td><td>NEB</td><td>N0364S</td><td></td></tr><tr><td>MES hydrate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M8250</td><td></td></tr><tr><td>Microplate reader</td><td>BioTek</td><td>&nbsp;Synergy H1</td><td></td></tr><tr><td>Miracle-Gro</td><td>Miracle-Gro</td><td>24-8-16</td><td>Het is een alles-in-één plantenvoeding. Afhankelijk van de grondbron die wordt gebruikt om de planten te laten groeien, kan de toepassing worden aangepast.</td></tr><tr><td>Nalgene centifuge bottle 250 mL (w/out cap)</td><td>Nalgene</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>Paper towels</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ParaFilm&nbsp;M Lab Film</td><td>Parafilm</td><td>S-25929</td><td></td></tr><tr><td>Plastic beaker (500 mL)</td><td>Uline</td><td>S-21658</td><td></td></tr><tr><td>RNase-free glycogen (20 mg/mL)</td><td>Thermo Scientific</td><td>R0561</td><td></td></tr><tr><td>RootShield Plus WP Biological Fungicide</td><td>BioWorks</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>Scissors</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silwet L-77</td><td>Phytotech labs</td><td>S7777</td><td>Elk merk Silwet L-77 kan worden gebruikt. Silwet verliest echter zijn werkzaamheid in de loop van de tijd. Het is ideaal om het eenmaal per jaar te vervangen.</td></tr><tr><td>Sodium chloride</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>Soft nylon hair paint brush</td><td>US. Art Supply</td><td>No. 6</td><td></td></tr><tr><td>Spray bottle</td><td>Uline</td><td>S-7272</td><td>Elke spuitfles kan worden gebruikt, maar de spuitinstellingen moeten op douche staan.</td></tr><tr><td>Sungro Professional Growing Mix</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sungro Propagation Mix</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYBR Gold Nucleic Acid Gel Stain (10,000x concentrate in DMSO)</td><td>Thermo Scientific</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Thermo Scientific</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol reagent</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>Ultrapure Dnase/Rnase-free water</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>Urea</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>Vacuum chamber, 0.20 Cu. Ft.</td><td>SP Scienceware - Bel-Art Products - H-B Instrument</td><td>F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>Vacuum pump, 3.5 CFM</td><td>Ideal Vacuum Products</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>Weighing scale</td><td>Escali</td><td>WBB480535</td><td>Dit is slechts een voorbeeld. Elke weegschaal kan worden gebruikt.</td></tr></tbody></table>
```

een stapsgewijze handleiding voor de isolatie en analyse van bladoppervlak en apoplastisch rna met behulp van arabidopsis-rozetten

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

Een stapsgewijze handleiding voor de isolatie en analyse van bladoppervlak en apoplastisch RNA met behulp van Arabidopsis-rozetten

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

a-stepwise-guide-to-isolation-analysis-leaf-surface-apoplastic-rna

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie en Infectie

Deze video toont een procedure voor het isoleren van intacte protoplasten uit weefsels van 14-dagen-oude zaailingen van Arabidopsis. Gezien het feit dat de geïsoleerde protoplasten intact blijven gedurende minstens 96 uur en worden geïsoleerd van zaailingen in plaats van een-maand-oude volwassen planten, deze procedure versnelt assays die intact protoplasten.

Isolatie van Protoplasten uit weefsels van 14-dagen-oude zaailingen van Arabidopsis thaliana</em

Cel specifieke analyse van<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Bladeren met fluorescentie-geactiveerde celsortering

Wij rapporteren een efficiënte en eenvoudige methode om embryo's te isoleren in een vroeg stadium van de ontwikkeling...

Efficiënte en snelle isolatie van een vroeg stadium embryo&#39;s van<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Zaden

Dit protocol beschrijft een eenvoudige methode om transcripten uit plantweefsels te extraheren en te fractoneren op basis van het aantal gebonden ribosomen. Het maakt een globale schatting van de translatieactiviteit mogelijk en de bepaling van de translationele status van specifieke mRNA's.

Een eenvoudige methode voor Plant polysoomdisplays Profiling

Hier presenteren wij een interactief capture protocol toegepast op Arabidopsis thaliana leaf mesophyll protoplasten. Deze methode berust op in vivo UV-verknoping en staat voor isolatie en identificatie van plantaardige mRNA-bindende eiwitten uit een fysiologische omgeving.

MRNA Interactome Capture van Plant Protoplasts

Hier presenteren we een protocol voor het bestuderen van de plant groei gedrag en vooral fenotypen op een reproduceerbare wijze. Variabele en op de dezelfde tijd stabiel lichtomstandigheden, tonen we hoe te verstrekken. Goede analyses, is afhankelijk van voldoende monster getallen en geldige statistische evaluaties.

Analyse van Arabidopsis thaliana groei gedrag in verschillende kwaliteiten van het licht

Hier presenteren we een aangepaste screeningmethode die uitgebreid kan worden gebruikt om RNA-uitschakelingssuppressors in plantenpathogenen snel te screenen.

Screening en identificatie van RNA Silencing Suppressors van secreted effectors of Plant Pathogens

Het vertalen van ribosoomaffiniteitszuivering (TRAP) biedt de mogelijkheid om ontwikkelingsprogramma's te ontleden met minimale verwerking van organen en weefsels. Het protocol levert hoogwaardig RNA op uit cellen die zijn gericht op een groene fluorescerende eiwit (GFP)-gelabelde ribosomalsubunit. Downstream analysetools, zoals qRT-PCR of RNA-seq, onthullen weefsel- en celtypespecifieke expressieprofielen.

Het vertalen van Ribosome Affinity Purification (TRAP) om Arabidopsis thaliana Root Development te onderzoeken op een cell type-specifieke schaal

De haalbaarheid en effectiviteit van high-throughput scRNA-seq-methoden luiden een eencellig tijdperk in plantenonderzoek in. Hier wordt een robuuste en complete procedure gepresenteerd voor het isoleren van specifieke Arabidopsis thaliana wortelceltypen en de daaropvolgende transcriptoombibliotheekconstructie en -analyse.

Isolatie en transcriptoomanalyse van plantenceltypen

Dit protocol beschrijft een geoptimaliseerde methode om extracellulaire vesikels (EV's) uit Arabidopsis thaliana-bladeren te isoleren ter ondersteuning van downstream moleculaire en functionele analyses.

Isolatie en zuivering van extracellulaire plantblaasjes uit Arabidopsis-bladeren met behulp van een geoptimaliseerde apoplastische wasverzamelmethode

Leer de isolatie en analyse van bladoppervlak- en apoplastisch RNA uit Arabidopsis-rozetten. Deze methode combineert hoge-resolutie gelelektroforese met Illumina-sequencing om RNA-dynamiek bij biotische stress te bestuderen.

Een stapsgewijze handleiding voor de isolatie en analyse van bladoppervlak en apoplastisch RNA met behulp van Arabidopsis-rozetten (Video) | JoVE Journal

Een stapsgewijze handleiding voor de isolatie en analyse van bladoppervlak en apoplastisch RNA met behulp van Arabidopsis-rozetten

Meer video's verkennen