Name: Extractie van het volledige genoom van deoxyribonucleïnezuur uit Mycobacterium-soorten via de Cetyltrimethylammoniumbromide-techniek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-12T12:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 46 s
Description: Leer de CTAB-methode voor DNA-extractie uit Mycobacterium-soorten met robuuste celwanden. Deze techniek levert hoogwaardig DNA op voor genetisch onderzoek naar mycobacteriële ziekten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>FBouso, J. M., Planet, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+non-tuberculous+mycobacteria+whole+genomes+using+an+optimized+DNA+extraction+protocol+for+long-read+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Complete non-tuberculous mycobacteria whole genomes using an optimized DNA extraction protocol for long-read sequencing.</a> BMC Genomics. 20 (1), 793(2019).</li>
<li>Daffé, M., Marrakchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+structure+of+the+mycobacterial+envelope%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Unraveling the structure of the mycobacterial envelope.</a> Microbiol Spectr. 7 (4), 7.4.1(2019).</li>
<li>Wayne, L. G., Sohaskey, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonreplicating+persistence+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Nonreplicating persistence of Mycobacterium tuberculosis.</a> Annu Rev Microbiol. 55 (1), 139-163 (2001).</li>
<li>Mohammadi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimal+DNA+isolation+method+for+detection+of+non-tuberculous+mycobacteria+by+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Biomed+Res%22%5BJournal%5D)">Optimal DNA isolation method for detection of non-tuberculous mycobacteria by polymerase chain reaction.</a> Adv Biomed Res. 6 (1), 133(2017).</li>
<li>Van Soolingen, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Occurrence+and+stability+of+insertion+sequences+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+strains%3A+Evaluation+of+an+insertion+sequence-dependent+DNA+polymorphism+as+a+tool+in+the+epidemiology+of+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Occurrence and stability of insertion sequences in Mycobacterium tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis.</a> J Clin Microbiol. 29 (11), 2578-2586 (1991).</li>
<li>Wilson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+genomic+DNA+from+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Preparation of genomic DNA from bacteria.</a> Curr Protoc Mol Biol. 56 (1), 2.4.1-2.4.5 (2001).</li>
<li>Van Embden, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strain+identification+of+Mycobacterium+tuberculosis+by+DNA+fingerprinting%3A+Recommendations+for+a+standardized+methodology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: Recommendations for a standardized methodology.</a> J Clin Microbiol. 31 (2), 406-409 (1993).</li>
<li>Wang, W. -F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+analysis+of+Mycobacterium+tuberculosis+isolates+and+construction+of+a+Beijing+lineage+reference+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">Genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis isolates and construction of a Beijing lineage reference genome.</a> Genome Biol Evol. 12 (2), 3890-3905 (2020).</li>
<li>Epperson, L. E., Strong, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+scalable%2C+efficient%2C+and+safe+method+to+prepare+high+quality+DNA+from+mycobacteria+and+other+challenging+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Tuberc+Other+Mycobact+Dis%22%5BJournal%5D)">A scalable, efficient, and safe method to prepare high quality DNA from mycobacteria and other challenging cells.</a> J Clin Tuberc Other Mycobact Dis. 19, 100150(2020).</li>
<li>Warren, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safe+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+extraction+method+that+does+not+compromise+integrity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Safe Mycobacterium tuberculosis DNA extraction method that does not compromise integrity.</a> J Clin Microbiol. 44 (1), 254-256 (2006).</li>
<li>Amaro, A., Duarte, E., Amado, A., Ferronha, H., Botelho, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+three+DNA+extraction+methods+for+Mycobacterium+bovis%2C+Mycobacterium+tuberculosis+and+Mycobacterium+avium+subsp.+avium%5BTitle%5D)+AND+%22Lett+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of three DNA extraction methods for Mycobacterium bovis, Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium subsp. avium.</a> Lett Appl Microbiol. 47 (1), 8-11 (2008).</li>
<li>Arslan, N., Demiray-Gurbuz, E., Ozkutuk, N., Esen, N., Özkütük, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+four+different+DNA+isolation+methods+from+MGIT+culture+for+long-read+whole+genome+sequencing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Jundishapur+J+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of four different DNA isolation methods from MGIT culture for long-read whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis.</a> Jundishapur J Microbiol. 17 (9), e148070(2024).</li>
<li>Opperman, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacterium+avium+DNA+extraction%3A+Implications+for+NTM+identification+and+amplicon+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+J+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Mycobacterium avium DNA extraction: Implications for NTM identification and amplicon sequencing.</a> South Afr J Infect Dis. 40 (1), 5(2025).</li>
<li>Froenicke, L. Illumina and Aviti sample and library requirements. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/illumina-aviti-sample-and-library-requirements (2015).</li>
<li>Froenicke, L. PacBio Revio and Sequel II library prep & sequencing. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/pacbio-revio-and-sequel-ii-library-prep-sequencing (2016).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Droplet-based+whole+genome+amplification+for+sequencing+minute+amounts+of+purified+Mycobacterium+tuberculosis+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Droplet-based whole genome amplification for sequencing minute amounts of purified Mycobacterium tuberculosis DNA.</a> Sci Rep. 14, 9931(2024).</li>
<li>Doig, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat-killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat-killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+investigation+of+key+factors+of+nucleic+acid+precipitation+toward+optimized+DNA%2FRNA+isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">A systematic investigation of key factors of nucleic acid precipitation toward optimized DNA/RNA isolation.</a> Biotechniques. 68 (4), 191-199 (2020).</li>
<li>Green, M. R., Sambrook, J., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGreen%2C+MR+%22Molecular+cloning%3A+A+laboratory+manual%22">Molecular cloning: A laboratory manual</a>. , Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. N.Y. (2012).</li>
<li>Van Soolingen, D., Hermans, P. W., De Haas, P. E., Van Embden, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insertion+element+IS1081-associated+restriction+fragment+length+polymorphisms+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+species%3A+A+reliable+tool+for+recognizing+Mycobacterium+bovis+BCG%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Insertion element IS1081-associated restriction fragment length polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis complex species: A reliable tool for recognizing Mycobacterium bovis BCG.</a> J Clin Microbiol. 30 (7), 1772-1777 (1992).</li>
<li>Doig, C., Seagar, A. L., Watt, B., Forbes, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat+killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+potential+of+Oxford+Nanopore+Technologies+sequencing+for+Mycobacterium+tuberculosis+sequencing%3A+An+assessment+of+R10+flowcells+and+V14+chemistry%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">Exploring the potential of Oxford Nanopore Technologies sequencing for Mycobacterium tuberculosis sequencing: An assessment of R10 flowcells and V14 chemistry.</a> PLOS ONE. 19 (6), e0303938(2024).</li>
<li>Chang, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+DNA+sequencing+to+quantify+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+and+diagnose+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Metagenomic DNA sequencing to quantify Mycobacterium tuberculosis DNA and diagnose tuberculosis.</a> Sci Rep. 12, 16972(2022).</li>
<li>Forbes, J. D., Knox, N. C., Ronholm, J., Pagotto, F., Reimer, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomics%3A+The+next+culture-independent+game+changer%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Metagenomics: The next culture-independent game changer.</a> Front Microbiol. 8, 1069(2017).</li>
<li>Marshall, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+of+isolation+and+identification+of+non-tuberculous+mycobacteria+from+environmental+samples%3A+A+scoping+review%5BTitle%5D)+AND+%22Tuberculosis%22%5BJournal%5D)">Methods of isolation and identification of non-tuberculous mycobacteria from environmental samples: A scoping review.</a> Tuberculosis. 138, 102291(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 mL pipette tips</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 &micro;L pipette tips</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10% Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>71736-100 ML</td><td></td></tr><tr><td>15 mL polypropyleen buizen</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2 ml buizen en 1.5 ml buizen</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>200 &micro;l pipette tips</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2-PROPANOL, BIOREAGENT, VOOR MOLECULAIRE B&amp;</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>I9516-1L&nbsp;</td><td>Bewaar in -20 &deg;C</td></tr><tr><td>37&deg;C incubator</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>S6546 - 100 ML</td><td></td></tr><tr><td>65&deg;C incubator</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Agarose gel</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bio-Rad UV gel documentatiesysteem,</td><td>BioRad</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge (voor 15 ml buizen oe 50 ml) en Microfuge (voor 2 ml buizen)</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CHLOROFORM VOOR ANALYSE EMPARTA&reg; ACS</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>1070242500</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform/isoamyl alcohol (24:1)</td><td></td><td></td><td>In een afzuigpunt, meng 384 ml Chloroform en 16 ml Isoamyl alcohol</td></tr><tr><td>CTAB/NaCl oplossing</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>52370-100 G</td><td>Los 4.1 g NaCl op in 80 ml gedistilleerd water. Terwijl geroerd wordt, voeg 10 g CTAB toe. Verwarm de oplossing in een 65&deg;C incubator. Pas het volume aan tot 100 ml met gedistilleerd water. Bewaar op kamertemperatuur gedurende maximaal 6 maanden.</td></tr><tr><td>DNA 1 Kb ladder</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ETHYL ALCOHOL, PURE, 200 PROOF, VOOR MOL&amp;</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>E7023-500ML</td><td>Meng 75 ml Absolute ethanol en 25 ml gedistilleerd water</td></tr><tr><td>Lysozyme (10 mg/ml)</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>10837059001</td><td>Reconstitueer gelyofiliseerd lysozyme (op kamertemperatuur gebracht) met gedistilleerd water tot 10 mg/ml</td></tr><tr><td>Middlebrook 7H9 media</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>M0178</td><td>Volg de richtlijnen van de fabrikant voor het bereiden van de vloeibare media</td></tr><tr><td>MIDDLEBROOK OADC VERRIJKING 6 x 100 ml F&nbsp;</td><td>BD</td><td>212240</td><td></td></tr><tr><td>Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) media</td><td>BD</td><td>245122</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop systeem</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P10 pipette</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P1000 pipette</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P200 pipette</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K, recomb, PCR grd 2x250mg&nbsp;</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>3115801001</td><td>Reconstitueer het flesje met gelyofiliseerd Proteinase K met gedistilleerd water tot 10 mg/ml. Vries aliquoten in 2 ml buizen bij -20 &deg;C</td></tr><tr><td>SYBR-safe</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tris/EDTA (TE) buffer pH 8.0</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>8890-OP of 382499997</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Elke leverancier</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

extractie van het volledige genoom van deoxyribonucleïnezuur uit mycobacterium-soorten via de cetyltrimethylammoniumbromide-techniek

Whole-Genome Deoxyribonucleic Acid Extraction from Mycobacterium Species via the Cetyltrimethylammonium Bromide Technique

Extractie van het volledige genoom van deoxyribonucleïnezuur uit Mycobacterium-soorten via de Cetyltrimethylammoniumbromide-techniek

Efficient and reliable DNA extraction is a fundamental step in molecular biology, providing high-quality genetic material for downstream applications such ...

whole-genome-deoxyribonucleic-acid-extraction-from-mycobacterium

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

We beschrijven een methode voor de extractie van een hoog moleculair gewicht genomische DNA van plankton biomassa geconcentreerd op 0,22 micrometer Sterivex filters, gevolgd door een cesium chloride dichtheidsgradiënt centrifugatie voor zuivering.

DNA-extractie van 0,22 uM Sterivex Filters en Cesium Chloride dichtheidsgradiënt centrifugatie

Een methodiek om hoog moleculair gewicht en de hoge kwaliteit van genomisch DNA te isoleren uit de bodem microbiële gemeenschap wordt beschreven.

Extractie met een hoog molecuulgewicht Genomic DNA uit bodems en sedimenten

Deze video toont het protocol voor DNA-extractie van formaline gefixeerde in paraffine ingebedde materiaal. Dit is een multi-dagen procedure waarbij weefsel secties worden ontdaan met xyleen, gerehydrateerd met ethanol en behandeld met proteinase K te zuiveren en DNA te isoleren voor latere gen-specifieke of genome-wide analyse.

DNA-extractie van paraffine Embedded materiaal voor genetische en epigenetische Analyses

Wij bieden een verbeterde protocol voor de extractie van een hoog moleculair gewicht DNA van hypersaline microbiële matten. Microbiële cellen worden gescheiden van de mat matrix voorafgaand aan de DNA-extractie en zuivering. Dit verhoogt de concentratie, de kwaliteit en de grootte van het DNA. Het protocol kan worden gebruikt voor andere vuurvaste monsters.

Extractie met een hoog molecuulgewicht DNA van microbiële matten

Monstervoorbereiding van<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; Extracten voor Nuclear Magnetic Resonance metabolietvorming

Hier presenteren we een nieuwe aanpak om te identificeren plantenvirussen met dubbele streng DNA genomen. Wij gebruiken standaard methoden uittreksel DNA en RNA van besmette bladeren en uitvoeren van de volgende generatie sequencing. Bioinformatic hulpmiddelen assembleren sequenties in contigs, identificeren van contigs vertegenwoordigen virus genomen en genomen aan taxonomische groepen toewijzen.

Het combineren van de analyse van DNA in een ruwe Virion extractie met de analyse van RNA van besmette bladeren om te ontdekken van nieuwe Virus Genomes

Hier wordt een DNA-extractieprotocol beschreven met behulp van magnetische kralen om DNA-extracties van hoge kwaliteit van muggen te produceren. Deze extracties zijn geschikt voor een downstream next-generation sequencing benadering.

Een op magnetische kraal gebaseerd mosquito-DNA-extractieprotocol voor sequencing van de volgende generatie

We presenteren het proces van het isoleren, verspreiden en karakteriseren van koolwaterstofafbrekende bacteriën uit aquatische habitats. Het protocol schetst bacteriële isolatie, identificatie door de 16S-rRNA-methode en het testen van hun koolwaterstofafbrekend potentieel. Dit artikel zou onderzoekers helpen bij het karakteriseren van microbiële biodiversiteit in milieumonsters, en specifiek screenen op microben met bioremediatiepotentieel.

Isolatie, vermeerdering en identificatie van bacteriële soorten met koolwaterstof metaboliserende eigenschappen uit aquatische habitats

Dit protocol toont aan dat het slaan van kralen in combinatie met het zuiveren van DNA-afvangkralen een snelle en consistente methode biedt voor het extraheren van DNA uit Mycobacterium tuberculosis-monsters , waardoor het een effectieve keuze is voor sequencing-toepassingen van de volgende generatie.

Mycobacteriële DNA-extractie met behulp van kralen kloppen in aangepaste buffer gevolgd door NGS-workflow

We presenteren een geoptimaliseerde methode voor DNA-extractie uit ontsmet sputum met behulp van een matrix-gebaseerde extractiemethode in combinatie met een magnetische parelzuivering voor downstream gerichte next-generation sequencing van Mycobacterium tuberculosis.

Matrix-gebaseerde DNA-extractie voor gerichte sequencing van de volgende generatie op ontsmette sputummonsters

Hier presenteren we een DNA-microarray-chipmethode voor het identificeren van Mycobacterium-soorten , die de diagnostische nauwkeurigheid en efficiëntie van verwante ziekten voor klinisch gebruik zal verbeteren.

Identificatie van Mycobacterium-soorten door middel van DNA-microarray-chipmethode

Leer de CTAB-methode voor DNA-extractie uit Mycobacterium-soorten met robuuste celwanden. Deze techniek levert hoogwaardig DNA op voor genetisch onderzoek naar mycobacteriële ziekten.

Extractie van het volledige genoom van deoxyribonucleïnezuur uit Mycobacterium-soorten via de Cetyltrimethylammoniumbromide-techniek (Video) | JoVE Journal

Extractie van het volledige genoom van deoxyribonucleïnezuur uit Mycobacterium-soorten via de Cetyltrimethylammoniumbromide-techniek

Meer video's verkennen