Name: Extractie van histonen uit klinische monsters voor epigenetisch profileren door middel van massaspectrometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: Leer histoonextractie uit klinische monsters voor epigenetisch profileren met massaspectrometrie. Deze methode detecteert tot 50 post-translatiemodificaties uit slechts 1000 cellen voor biomarkerontdekking.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>Chemische stoffen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Histolemon RS voor Histologie</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2.5 L</td></tr><tr><td>Acetonitrile (ACN)</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>Ammoniumbicarbonaat (AmBic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Ammoniumpersulfaat (APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Aprotinine protease-remmer</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Benzonase-nuclease</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>Bisacrylamide 30% 37,5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Buffer A 0,1% mierenzuur in ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10229884</td><td>500 mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Buffer B 0,1% mierenzuur / 80% acetonitrile in ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>C18-hars</td><td>Merck</td><td>66883-U</td><td>47 mm diameter</td></tr><tr><td>Coomassie Instant Blue</td><td>Abcam</td><td>ab119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2.5 L</td></tr><tr><td>Leupeptine&nbsp;protease-remmer</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N',N'-Tetramethyl ethyleendiamine (TEMED)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>NuPAGE LDS-monsterbuffer</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS - Fosfaat gebufferde zoutoplossing&nbsp;</td><td>MicroGem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Fenylisocyanaat (PIC)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Fenylmethysulfonylfluoride (PMSF) protease-remmer</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>Propionylzuuranhydride (PRO)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>Recombinant Histon H3.1 Human</td><td>New England Biolabs</td><td>M2503</td><td>1 &micro;g/&micro;L</td></tr><tr><td>Sequencing-grade trypsine</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>Natriumbutyraat (NaBut) histon deacetylase-remmer</td><td>Merck</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfaat (SDS)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Triethylammoniumbicarbonaat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Trifluorazijnzuur (TFA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28904</td><td>1x10mL</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Triton X-100 detergent</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Kits/ apparatuur/software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>96-wells microplaat</td><td>Corning</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>Non-pyrogen, Rnase/Dnase-vrij</td></tr><tr><td>Balans</td><td>Kern</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge voor op tafel</td><td>Hareus Biofuge Lab</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor sonicatie-apparaat</td><td>Diagenode</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Branson Digital Sonifier 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Celzevener 100 &micro;m</td><td>Falcon</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>Concentrator plus</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Dounce homogenisator (bijv. Dounce, Wheaton...)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td>1 mL weefselmolen</td></tr><tr><td>EASY-nLC 1200 vloeistofchromatografie</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EASY-Spray HPLC C18 kolom</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES902</td><td>2 &micro;m, 100&nbsp; &Aring;, 75 &micro;m x 25 cm</td></tr><tr><td>EpiProfile2.0 script</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fiji software</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MaxQuant-zoekmachine</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel A (los)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B (strak)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Orbitrap LC-MS/MS-systeem</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Roterend wiel</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>Schaar</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>Schaar</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>Sealing Mat</td><td>Corning</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>Automatisch compatibel</td></tr><tr><td>Centrifuge met swing-out rotor</td><td>Beckman coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Thermomixer compact</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur-software</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

extractie van histonen uit klinische monsters voor epigenetisch profileren door middel van massaspectrometrie

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Extractie van histonen uit klinische monsters voor epigenetisch profileren door middel van massaspectrometrie

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

extraction-histones-from-clinical-specimens-for-epigenetic-profiling

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kankeronderzoek

Door de combinatie van inheemse en verknopen van chromatine immunoprecipitatie met een hoge-resolutie massaspectrometrie, ChroP benadering stelt aan de samengestelde proteomics architectuur van histonmodificaties, varianten en niet-histonic eiwitten synergizing op functioneel verschillende chromatinedomeinen ontleden.

De ChroP aanpak combineert chip en massaspectrometrie te ontleden Locus-specifieke Proteomic Landschappen van Chromatin

Dit protocol beschrijft een volledig geïntegreerde workflow voor het karakteriseren histon post-translationele modificaties met massaspectrometrie (MS). De workflow bevat histon zuivering uit celkweken of weefsels, histon derivatisering en de spijsvertering, MS analyse met behulp van nano-flow vloeistofchromatografie en instructies voor gegevensanalyse. Het protocol is ontworpen voor de voltooiing binnen 2-3 dagen.

Compleet Workflow voor Analyse van histon post-translationele modificaties Met behulp van Bottom-up Massaspectrometrie: Van Histon Extraction om Data Analysis

Het doel van dit artikel is om een uitgebreide, systematische handleiding voor de efficiënte reiniging van histones H3 en H4 en de kwantificering van residuen geacetyleerd Histon.

Zuivering van H3 en H4 Histone eiwitten en de kwantificering van geacetyleerd Histone merken in cellen en hersenweefsel

Het protocol is ontwikkeld om intacte histonen effectief te extraheren uit sorghumbladmaterialen voor profilering van histon post-translationele modificaties die kunnen dienen als potentiële epigenetische markers om droogtebestendige gewassen te helpen.

Isolatie van histone van Sorghum Leaf Tissue voor Top Down Mass Spectrometry Profiling van potentiële epigenetische markers

Dit protocol schetst hoe een driedimensionaal celkweeksysteem kan worden gebruikt om chromatinemodificaties in een bijna fysiologische toestand te modelleren, behandelen en analyseren.

Global Level Quantification of Histone Post-Translational Modifications in a 3D Cell Culture Model of Hepatic Tissue

Een analytische workflow op basis van vloeistofchromatografie, mobiliteitsspectrometrie met ingesloten ionen en time-of-flight-massaspectrometrie (LC-TIMS-ToF MS/MS) voor een zeer betrouwbare en zeer reproduceerbare "bottom-up"-analyse van histonmodificaties en identificatie op basis van de belangrijkste parameters (retentietijd [RT], botsingsdoorsnede [CCS] en nauwkeurige massa-tot-lading [m/z]-verhouding).

Screening op histonmodificatie met behulp van vloeistofchromatografie, Trapped Ion Mobility Spectrometry en Time-Of-Flight Mass Spectrometry

Deze methode beschrijft een eenvoudige en snelle strategie voor de karakterisering en het onderzoek van histonproteoformen.

Onthulling van histon-proteovormen met behulp van 2D-TAU gelelektroforese

Hier presenteren we een protocol om single-cell histon posttranslationele modificatieanalyse te automatiseren met behulp van een isotopische twee-plex labelingstrategie en ArgC-digestie. Deze workflow maakt kwantitatieve, reproduceerbare en hooggevoelige profilering van chromatine-heterogeniteit en epigenetische responsen bij enkelcelresolutie mogelijk.

Geautomatiseerde monstervoorbereiding voor de multiplexanalyse van single-cel histon post-translationele modificaties (sc-hPTM2)

Hier presenteren we een twee-dimensionale gelelektroforese (2DE) dat is gekoppeld aan massaspectrometrie (MS) te scheiden en te identificeren menselijke hypofyse adenoom weefsel Proteoom, waarin een goede en reproduceerbare 2DE patroon. Veel eiwitten worden bij elke 2DE plek waargenomen bij het analyseren van complexe kanker Proteoom met het gebruik van hoog-gevoeligheids MS.

Twee-dimensionale gelelektroforese gekoppeld aan massaspectrometrie methoden voor een analyse van menselijke hypofyse adenoom weefsel Proteoom

Het verkrijgen van kwalitatief hoogwaardige genomic DNA van tumor weefsels is een essentiële eerste stap voor het analyseren van de genetische veranderingen met behulp van de volgende generatie sequencing. In dit artikel presenteren we een eenvoudige en snelle methode om tumorcellen te verrijken en te verkrijgen intact DNA touch Impressum cytologie specimens.

Eenvoudige en snelle methode om kwalitatief hoogwaardige Tumor DNA uit klinisch-pathologische monsters met behulp van Touch Impressum cytologie

Leer histoonextractie uit klinische monsters voor epigenetisch profileren met massaspectrometrie. Deze methode detecteert tot 50 post-translatiemodificaties uit slechts 1000 cellen voor biomarkerontdekking.

Extractie van histonen uit klinische monsters voor epigenetisch profileren door middel van massaspectrometrie

Meer video's verkennen