Name: Geautomatiseerde analyse van C. elegans fluorescentiebeelden met behulp van SegElegans (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-10T14:05:00.000+00:00
Duration: 6 min 27 s
Description: Ontdek SegElegans, een deep learning-systeem voor geautomatiseerde segmentatie van C. elegans in fluorescentiebeelden. Deze methode verkort de analyse van 245 naar minder dan 60 seconden met meer dan 93% nauwkeurigheid.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kaletta, T., Hengartner, M. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Finding+function+in+novel+targets%3A+C.+elegans+as+a+model+organism%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Finding function in novel targets: C. elegans as a model organism.</a> Nat Rev Drug Discov. 5 (5), 387-398 (2006).</li>
<li>Markaki, M., Tavernarakis, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+as+a+model+system+for+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans as a model system for human diseases.</a> Curr Opin Biotechnol. 63, 118-125 (2020).</li>
<li>Zuryn, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((elegans+as+a+model+for+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">elegans as a model for health and disease.</a> Semin Cell Dev Biol. 154 (Pt A), 1-3 (2024).</li>
<li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+transparent+window+into+biology%3A+A+primer+on+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">A transparent window into biology: A primer on Caenorhabditis elegans.</a> WormBook. , 1-31 (2015).</li>
<li>Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+the+activity+of+neurons+and+muscles%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Imaging the activity of neurons and muscles.</a> WormBook. , 1-13 (2006).</li>
<li>Feinberg, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GFP+reconstitution+across+synaptic+partners+%28GRASP%29+defines+cell+contacts+and+synapses+in+living+nervous+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">GFP reconstitution across synaptic partners (GRASP) defines cell contacts and synapses in living nervous systems.</a> Neuron. 57 (3), 353-363 (2008).</li>
<li>Hammarlund, M., Jin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Axon+regeneration+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Neurobiol%22%5BJournal%5D)">Axon regeneration in C. elegans.</a> Curr Opin Neurobiol. 27, 199-207 (2014).</li>
<li>Daniele, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UPR%28ER%29+promotes+lipophagy+independent+of+chaperones+to+extend+life+span%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">UPR(ER) promotes lipophagy independent of chaperones to extend life span.</a> Sci Adv. 6 (1), eaaz1441(2020).</li>
<li>Yemini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NeuroPAL%3A+A+multicolor+atlas+for+whole-brain+neuronal+identification+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">NeuroPAL: A multicolor atlas for whole-brain neuronal identification in C. elegans.</a> Cell. 184 (1), 272-288.e11 (2021).</li>
<li>Sinnige, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetic+analysis+reveals+that+independent+nucleation+events+determine+the+progression+of+polyglutamine+aggregation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Kinetic analysis reveals that independent nucleation events determine the progression of polyglutamine aggregation in C. elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 118 (11), e2021888118(2021).</li>
<li>Gkikas, I., Daskalaki, I., Kounakis, K., Tavernarakis, N., Lionaki, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MitoSNARE+assembly+and+disassembly+factors+regulate+basal+autophagy+and+aging+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">MitoSNARE assembly and disassembly factors regulate basal autophagy and aging in C. elegans.</a> Int J Mol Sci. 24 (4), 4230(2023).</li>
<li>Kutscher, L. M., Shaham, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forward+and+reverse+mutagenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Forward and reverse mutagenesis in C. elegans.</a> WormBook. , 1-26 (2014).</li>
<li>Praitis, V., Maduro, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transgenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Transgenesis in C. elegans.</a> Methods Cell Biol. 106, 161-185 (2011).</li>
<li>Kim, H. M., Colaiacovo, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas9-guided+genome+engineering+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas9-guided genome engineering in Caenorhabditis elegans.</a> Curr Protoc Mol Biol. 129 (1), e106(2019).</li>
<li>Kamath, R. S., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+RNAi+screening+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans.</a> Methods. 30 (4), 313-321 (2003).</li>
<li>Lai, C. H., Chou, C. Y., Ch'ang, L. Y., Liu, C. S., Lin, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+human+genes+evolutionarily+conserved+in+Caenorhabditis+elegans+by+comparative+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of novel human genes evolutionarily conserved in Caenorhabditis elegans by comparative proteomics.</a> Genome Res. 10 (5), 703-713 (2000).</li>
<li>Kuwabara, P. E., O'Neil, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+functional+genomics+in+C.+elegans+for+studying+human+development+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Inherit+Metab+Dis%22%5BJournal%5D)">The use of functional genomics in C. elegans for studying human development and disease.</a> J Inherit Metab Dis. 24 (2), 127-138 (2001).</li>
<li>Ranganathan, R., Sawin, E. R., Trent, C., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+the+Caenorhabditis+elegans+serotonin+reuptake+transporter+MOD-5+reveal+serotonin-dependent+and+-independent+activities+of+fluoxetine%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Mutations in the Caenorhabditis elegans serotonin reuptake transporter MOD-5 reveal serotonin-dependent and -independent activities of fluoxetine.</a> J Neurosci. 21 (16), 5871-5884 (2001).</li>
<li>Lackner, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetics+identifies+Rab+geranylgeranyl+transferase+as+an+apoptotic+target+of+farnesyl+transferase+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Chemical genetics identifies Rab geranylgeranyl transferase as an apoptotic target of farnesyl transferase inhibitors.</a> Cancer Cell. 7 (4), 325-336 (2005).</li>
<li>Yoon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidics+in+high-throughput+drug+screening%3A+Organ-on-a-chip+and+C.+elegans-based+innovations%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Microfluidics in high-throughput drug screening: Organ-on-a-chip and C. elegans-based innovations.</a> Biosensors (Basel). 14 (1), 55(2024).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Schindelin, J., Rueden, C. T., Hiner, M. C., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ImageJ+ecosystem%3A+An+open+platform+for+biomedical+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Reprod+Dev%22%5BJournal%5D)">The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis.</a> Mol Reprod Dev. 82 (7-8), 518-529 (2015).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Valente, A. J., Maddalena, L. A., Robb, E. L., Moradi, F., Stuart, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+ImageJ+macro+tool+for+analyzing+mitochondrial+network+morphology+in+mammalian+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Histochem%22%5BJournal%5D)">A simple ImageJ macro tool for analyzing mitochondrial network morphology in mammalian cell culture.</a> Acta Histochem. 119 (3), 315-326 (2017).</li>
<li>Ramki, K., Thiruppathi, G., Ramasamy, S. K., Sundararaj, P., Sakthivel, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+aggregation-induced+emission-based+ratiometric+fluorescent+chemosensor+for+Hg%28II%29+and+its+application+in+Caenorhabditis+elegans+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">An aggregation-induced emission-based ratiometric fluorescent chemosensor for Hg(II) and its application in Caenorhabditis elegans imaging.</a> Methods. 221, 1-11 (2024).</li>
<li>Boulin, T., Etchberger, J. F., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reporter+gene+fusions%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Reporter gene fusions.</a> WormBook. , 1-23 (2006).</li>
<li>Braeckman, B. P., Smolders, A., Back, P., De Henau, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+detection+of+reactive+oxygen+species+and+redox+status+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Antioxid+Redox+Signal%22%5BJournal%5D)">In vivo detection of reactive oxygen species and redox status in Caenorhabditis elegans.</a> Antioxid Redox Signal. 25 (10), 577-592 (2016).</li>
<li>He, K., Gkioxari, G., Dollár, P., Girshick, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mask+R-CNN%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Mask R-CNN.</a> arXiv. , (2017).</li>
<li>Ronneberger, O., Fischer, P., Brox, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((U-Net%3A+Convolutional+networks+for+biomedical+image+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">U-Net: Convolutional networks for biomedical image segmentation.</a> arXiv. , (2015).</li>
<li>Exploring deep learning architectures in NAECON 2018. Proc IEEE NAECON. Alom, M. Z., Yakopcic, C., Taha, T. M., Asari, V. K. IEEE National Aerospace and Electronics Conference, , 228-233 (2018).</li>
<li>Micallef, N., Seychell, D., Bajada, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+U-Net%2B%2B+model+for+automatic+brain+tumor+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Access%22%5BJournal%5D)">Exploring the U-Net++ model for automatic brain tumor segmentation.</a> IEEE Access. 9, 125523-125539 (2021).</li>
<li>Plebani, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+segmentation+of+unmyelinated+axons+by+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High-throughput segmentation of unmyelinated axons by deep learning.</a> Sci Rep. 12 (1), 1198(2022).</li>
<li>Fudickar, S., Nustede, E. J., Dreyer, E., Bornhorst, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mask+R-CNN+based+C.+elegans+detection+with+a+DIY+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Mask R-CNN based C. elegans detection with a DIY microscope.</a> Biosensors (Basel). 11 (8), 257(2021).</li>
<li>Lalit, M., Tomancak, P., Jug, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbedSeg%3A+Embedding-based+instance+segmentation+for+biomedical+microscopy+data%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Image+Anal%22%5BJournal%5D)">EmbedSeg: Embedding-based instance segmentation for biomedical microscopy data.</a> Med Image Anal. 81, 102523(2022).</li>
<li>Layana Castro, P. E., Garvi, A. G., Sanchez-Salmeron, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automatic+segmentation+of+Caenorhabditis+elegans+skeletons+in+worm+aggregations+using+improved+U-Net+in+low-resolution+image+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Automatic segmentation of Caenorhabditis elegans skeletons in worm aggregations using improved U-Net in low-resolution image sequences.</a> Heliyon. 9 (4), e14715(2023).</li>
<li>A convolutional neural network model for worm imaging in 2020. Proc IEEE ISBI. Chen, L., et al. IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), , 508-512 (2020).</li>
<li>Guan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+lineage-resolved+embryonic+morphological+map+reveals+signaling+associated+with+cell+fate+and+size+asymmetry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Cell lineage-resolved embryonic morphological map reveals signaling associated with cell fate and size asymmetry.</a> Nat Commun. 16 (1), 3700(2025).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+a+morphological+atlas+of+the+Caenorhabditis+elegans+embryo+using+deep-learning-based+4D+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Establishment of a morphological atlas of the Caenorhabditis elegans embryo using deep-learning-based 4D segmentation.</a> Nat Commun. 11 (1), 6254(2020).</li>
<li>Zhao, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbSAM%3A+Cell+boundary+localization+and+Segment+Anything+Model+for+fast+images+of+developing+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">EmbSAM: Cell boundary localization and Segment Anything Model for fast images of developing embryos.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Castro, P. E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SegElegans%3A+Instance+segmentation+using+dual+convolutional+recurrent+neural+network+decoder+in+Caenorhabditis+elegans+microscopic+images%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">SegElegans: Instance segmentation using dual convolutional recurrent neural network decoder in Caenorhabditis elegans microscopic images.</a> Comput Biol Med. 190, 110012(2025).</li>
<li>Trebing, K., Stańczyk, T., Mehrkanoon, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SmaAt-UNet%3A+Precipitation+nowcasting+using+a+small+attention-UNet+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Pattern+Recognit+Lett%22%5BJournal%5D)">SmaAt-UNet: Precipitation nowcasting using a small attention-UNet architecture.</a> Pattern Recognit Lett. 145, 178-186 (2021).</li>
<li>Woo, S., Park, J., Lee, J. Y., Kweon, I. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CBAM%3A+Convolutional+block+attention+module%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">CBAM: Convolutional block attention module.</a> arXiv. , (2018).</li>
<li>Shi, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Convolutional+LSTM+network%3A+A+machine+learning+approach+for+precipitation+nowcasting%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Convolutional LSTM network: A machine learning approach for precipitation nowcasting.</a> arXiv. , (2015).</li>
<li>Stuhr, N. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+lipid+quantification+in+Caenorhabditis+elegans+by+Oil+Red+O+and+Nile+Red+staining%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Rapid lipid quantification in Caenorhabditis elegans by Oil Red O and Nile Red staining.</a> Bio Protoc. 12 (5), e4340(2022).</li>
<li>Kuzmic, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+visualization+of+carbonylation+and+its+co-localization+with+proteins%2C+lipids%2C+DNA+and+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Free+Radic+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">In situ visualization of carbonylation and its co-localization with proteins, lipids, DNA and RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Free Radic Biol Med. 101, 465-474 (2016).</li>
<li>Fang, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+and+in+vivo+detection+of+mitophagy+in+human+cells%2C+C.+elegans%2C+and+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">In vitro and in vivo detection of mitophagy in human cells, C. elegans, and mice.</a> J Vis Exp. (129), e56301(2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Computer met internettoegang (voorbeeld: Dell Vostro Desktop)</td><td>Verschillende (Dell bijvoorbeeld)</td><td>&nbsp;-</td><td>Dit maakt het mogelijk om SegElegans online via cloud computing uit te voeren zoals aanbevolen en om beeldanalysesoftware zoals ImageJ te gebruiken.</td></tr><tr><td>CUDA-compatibele graphicsverwerkingseenheid met minimaal 6 GB VRAM (voorbeeld: MSI Geforce RTX&nbsp; RTX3050 Ventus 2X 6GB) (Optioneel)</td><td>NVIDIA + verschillende fabrikanten (Micro Star International bijvoorbeeld)</td><td>https://developer.nvidia.com/cuda-gpus</td><td>Dit maakt het mogelijk om SegElegans offline op een lokale machine uit te voeren. CUDA-compatibele GPU-chipsets zijn hier te vinden: https://developer.nvidia.com/cuda-gpus De VRAM is afhankelijk van de werkelijke implementatie van de chipset in een GPU door de fabrikant. WAARSCHUWING: U heeft een dure en krachtige CUDA-kaart nodig die ver boven de minimale vereisten (16+ GB VRAM) ligt om de prestaties van de cloud computing-versie te evenaren.</td></tr><tr><td>Epifluorescentiemicroscoop (Invitrogen EVOS FL Auto 2)</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>AMAFD2000 bijvoorbeeld</td><td>We raden aan een systeem te gebruiken dat automatisch beelden van zowel brightfield als een of meer fluorescentiekanalen bijna gelijktijdig kan vastleggen.</td></tr><tr><td>ImageJ (Optioneel)</td><td>NIH</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td>We raden de Fiji-distributie aan, beschikbaar hier: https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>PC met NVIDIA GPU-compatibiliteit (voorbeeld: Dell Vostro Desktop) (Optioneel)&nbsp;</td><td>Verschillende (Dell bijvoorbeeld)</td><td>&nbsp;-</td><td>Dit is nodig in combinatie met de GPU om SegElegans offline op een lokale machine uit te voeren. Een GPU vereist Windows-compatibele hardware met de juiste PCI-slots op de moederbord, ruimte om de kaart te plaatsen en een voldoende krachtige voeding.</td></tr><tr><td>SegElegans</td><td>-</td><td>https://github.com/KonstantinosKounakis/SegElegansOnline/tree/v1.0&nbsp;</td><td>Zie manuscript voor volledige instructies.&nbsp;</td></tr></tbody></table>

geautomatiseerde analyse van c. elegans fluorescentiebeelden met behulp van segelegans

Automated Analysis of C. elegans Fluorescence Images using SegElegans

Geautomatiseerde analyse van C. elegans fluorescentiebeelden met behulp van SegElegans

Microscopy, particularly of the fluorescent kind, is a frequently used tool in C. elegans research. The analysis of data from microscopy experiments can, ...

automated-analysis-of-c-elegans-fluorescence-images-using-segelegans

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Wij rapporteren de ontwikkeling van een systeem voor geautomatiseerde beeldvorming en analyse van transgene zebravis embryo's in multiwell platen. Dit toont de mogelijkheid om dosisafhankelijke effecten van een klein molecuul, BCI, meten op fibroblast groeifactor reporter-gen expressie en leveren van technologie voor de oprichting van high-throughput zebravis chemische schermen.

Ontwikkeling van geautomatiseerde beeldvorming en analyse voor de zebravis chemische schermen.

Imaging C. elegans Embryo&#39;s met behulp van een epifluorescerende Microscoop en Open Source Software

De overvloed aan neurotransmitter receptoren geclusterd bij synapsen grote invloed op synaptische sterkte. Deze methode kwantificeert fluorescent gelabelde neurotransmitter receptoren in drie dimensies met single-synaps resolutie...

Geautomatiseerde Kwantificering van synaptische Fluorescentie in<em&gt; C. elegans</em

We hebben een video-rate volgen microscoop systeem dat kan opnemen en te...

C. elegans Tracking en Behavioral Measurement

Deze video beschrijft het gebruik van video- en trackingsoftware om wormbewegingen in een arena op te nemen.  Het voorbeeldprotocol meet het effect van blootstelling aan ethanol op de voortbeweging van wormen.

C. elegans Bewegingstracking: een methode om voortbeweging in wormen te beoordelen

Een efficiënte en eenvoudige methode voor het computer-gebaseerde analyse van nematode zwemmen gedrag in de vloeistof wordt beschreven. De methode vereist weinig tot geen investering voor C. elegans laboratoria. De gebruikte hardware is standaard, en de computer software voor de gedragsanalyse (celest) is een open source is.

Geautomatiseerde analyse van<em&gt; C. elegans</em&gt; Swim Gedrag Met behulp van Celest Software

Hier presenteren we een kader hebben betrekking op breed scala dieet beperking genexpressie en levensduur. We beschrijven de protocollen voor breed scala dieet beperking en voor kwantitatieve beeldvorming van genexpressie onder dit paradigma. We schetsen verder computationele analyses te onthullen de functies van information processing van de genetische circuits onderliggende betrokken bij voedsel-sensing.

Kwantificering van informatie gecodeerd door Gene Expression niveaus tijdens levensduur modulatie onder breed-scala dieet beperking in C. elegans

Hier presenteren we een combinatie benadering met behulp van hoge-resolutie microscopie, computationele tools, en single-cell etikettering in levende C. de embryo's van de neurologische om de enige cel dynamiek te begrijpen.

Isotrope licht-vel microscopie en geautomatiseerde Cell Lineage analyses catalogus Caenorhabditis embryogenese met subcellulaire resolutie

Deze studie schetst kwantitatieve metingen van synaptische grootte en lokalisatie, spier morfologie, en mitochondriale vorm in C. elegans met behulp van vrij beschikbare beeldverwerkings hulpmiddelen. Deze aanpak maakt het mogelijk toekomstige studies in C. elegans te kwantificatief vergelijken de omvang van weefsel en organel structurele veranderingen als gevolg van genetische mutaties.

Kwantitatieve benaderingen voor de studie van cellulaire structuren en organelle morfologie in Caenorhabditis elegans

Dit werk beschrijft een semi-High-throughput protocol dat gelijktijdige 3D time-lapse beeldvorming van embryogenese in 80 – 100 C. elegans embryo's in een enkele nachtelijke run toestaat. Daarnaast worden tools voorbeeld verwerking en visualisatie meegeleverd om de gegevensanalyse te stroomlijnen. De combinatie van deze methoden met aangepaste reporter stammen maakt gedetailleerde controle van embryogenese.

Een semi-High-throughput imaging methode en data visualisatie Toolkit om C. elegans embryonale ontwikkeling te analyseren

Worm-align/Worm_CP is een eenvoudige FIJI / CellProfiler workflow die kan worden gebruikt om recht te maken en uit te lijnen Caenorhabditis elegans monsters en om hele worm beeld-gebaseerde tests te scoren zonder de noodzaak van voorafgaande training stappen. We hebben Worm-align/Worm_CP toegepast op de kwantificering van warmte-shock geïnduceerde expressie bij levende dieren of lipide druppels in vaste monsters.

Worm-align en Worm_CP, Twee Open-Source Pipelines voor straightening en kwantificering van fluorescentie beeldgegevens verkregen van Caenorhabditis elegans

Ontdek SegElegans, een deep learning-systeem voor geautomatiseerde segmentatie van C. elegans in fluorescentiebeelden. Deze methode verkort de analyse van 245 naar minder dan 60 seconden met meer dan 93% nauwkeurigheid.

Geautomatiseerde analyse van C. elegans fluorescentiebeelden met behulp van SegElegans

Meer video's verkennen