Name: Voorbereiding en verwerking van verkalkte slagader met geconserveerde morfologie en RNA voor digitale ruimtelijke profilering (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-01-23T14:40:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: Leer een protocol voor decalcificatie van verkalkte slagaders met behoud van morfologie en RNA-kwaliteit voor ruimtelijke transcriptoomanalyse met de GeoMx Digital Spatial Profiler.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Dries, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+spatial+transcriptomic+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Advances in spatial transcriptomic data analysis.</a> Genome Res. 31 (10), 1706-1718 (2021).</li>
<li>Schmitd, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+and+transcriptomic+analysis+of+perineural+invasion+in+oral+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial and transcriptomic analysis of perineural invasion in oral cancer.</a> Clin Cancer Res. 28 (16), 3557-3572 (2022).</li>
<li>Bassiouni, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+analysis+of+a+diverse+patient+cohort+reveals+a+conserved+architecture+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic analysis of a diverse patient cohort reveals a conserved architecture in triple-negative breast cancer.</a> Cancer Res. 83 (1), 34-48 (2023).</li>
<li>Hirz, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+immune+suppressive+human+prostate+tumor+microenvironment+via+integrated+single-cell+and+spatial+transcriptomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dissecting the immune suppressive human prostate tumor microenvironment via integrated single-cell and spatial transcriptomic analyses.</a> Nat Commun. 14 (1), 663(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+spatial+transcriptome+analysis+reveals+the+cellular+heterogeneity+of+liver+metastatic+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer.</a> Sci Adv. 9 (24), eadf5464(2023).</li>
<li>Eyers, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+spatial+profiling+of+the+microenvironment+of+muscle+invasive+bladder+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Digital spatial profiling of the microenvironment of muscle invasive bladder cancer.</a> Commun Biol. 7 (1), 737(2024).</li>
<li>Del Rossi, N., Chen, J. G., Yuan, G. C., Dries, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+spatial+transcriptomics+data+using+giotto%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analyzing spatial transcriptomics data using giotto.</a> Curr Protoc. 2 (4), e405(2022).</li>
<li>Sona, S., Bradley, M., Ting, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocols+for+single-cell+RNA-seq+and+spatial+gene+expression+integration+and+interactive+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization.</a> STAR Protoc. 4 (1), 102047(2023).</li>
<li>Ibarra-Lopez, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+profiling+of+protein+and+rna+expression+in+tissue%3A+An+approach+to+fine-tune+virtual+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Spatial profiling of protein and rna expression in tissue: An approach to fine-tune virtual microdissection.</a> J Vis Exp. (185), e62651(2022).</li>
<li>Mancinelli, L., Schoedel, K. E., Weiss, K. R., Intini, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+to+enable+spatial+transcriptomics+of+bone+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Methods to enable spatial transcriptomics of bone tissues.</a> J Vis Exp. (207), e66850(2024).</li>
<li>Sun, P., Li, M., Ye, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+decipher+complex+spatial+transcriptomics+data+using+stminer%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using stminer.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103838(2025).</li>
<li>Luo, Z., Schmitz, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+preparing+fresh+frozen+soybean+tissues+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103790(2025).</li>
<li>Li, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+gene+expression+of+human+coronary+arteries+revealed+the+molecular+features+of+diffuse+intimal+thickening+in+explanted+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial gene expression of human coronary arteries revealed the molecular features of diffuse intimal thickening in explanted hearts.</a> Int J Mol Sci. 26 (5), 1949(2025).</li>
<li>Pelisek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swiss+vascular+biobank%3A+Evaluation+of+optimal+extraction+method+and+admission+solution+for+preserving+RNA+from+human+vascular+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Med%22%5BJournal%5D)">Swiss vascular biobank: Evaluation of optimal extraction method and admission solution for preserving RNA from human vascular tissue.</a> J Clin Med. 12 (15), 5109(2023).</li>
<li>Nam, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+fixation+and+storage+of+human+tissue+samples+on+nucleic+acid+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Korean+J+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of fixation and storage of human tissue samples on nucleic acid preservation.</a> Korean J Pathol. 48 (1), 36(2014).</li>
<li>Juwayria,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microarray+integrated+spatial+transcriptomics+%28MIST%29+for+affordable+and+robust+digital+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Syst+Biol+Appl%22%5BJournal%5D)">Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology.</a> NPJ Syst Biol Appl. 10 (1), 142(2024).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+benchmarking+of+imaging+spatial+transcriptomics+platforms+in+ffpe+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in ffpe tissues.</a> bioRxiv. , (2023).</li>
<li>Smith, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rigor+and+reproducibility+of+spatial+transcriptomics+performed+on+clinically+sourced+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Rigor and reproducibility of spatial transcriptomics performed on clinically sourced human tissues.</a> Lab Invest. 104190, (2025).</li>
<li>Amancherla, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+responses+to+rejection+in+the+transplanted+human+heart+revealed+through+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Bolen, M., Xue, Q. -S., Tansey, M. G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBolen%2C+M+%22Ffpe+tissue+microarray+protocol%22">Ffpe tissue microarray protocol</a>. , (2024).</li>
<li>Wisner, L., Larsen, B., Maguire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Manual+construction+of+a+tissue+microarray+using+the+tape+method+and+a+handheld+microarrayer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Manual construction of a tissue microarray using the tape method and a handheld microarrayer.</a> J Vis Exp. (184), e63086(2022).</li>
<li>Zhao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+a+critical+role+of+novel+pro-inflammatory+endothelial+cells+in+mediating+adverse+remodeling+in+coronary+artery-on-a-chip%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals a critical role of novel pro-inflammatory endothelial cells in mediating adverse remodeling in coronary artery-on-a-chip.</a> Sci Adv. 7 (34), eabg1694(2021).</li>
<li>Fu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+coronary+perivascular+adipose+tissue+from+end-stage+heart+failure+patients+identifies+SPP1%2B+macrophage+subpopulation+as+a+target+for+alleviating+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of coronary perivascular adipose tissue from end-stage heart failure patients identifies SPP1+ macrophage subpopulation as a target for alleviating fibrosis.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 43 (11), 2143-2164 (2023).</li>
<li>Mao, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+coronary+heterogeneity+and+identifies+CD133%2B+TRPV4high+endothelial+subpopulation+in+regulating+flow-induced+vascular+tone+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals coronary heterogeneity and identifies CD133+ TRPV4high endothelial subpopulation in regulating flow-induced vascular tone in mice.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 44 (3), 653-665 (2024).</li>
<li>Li, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+the+carotid+artery+and+femoral+artery+of+rats+exposed+to+hindlimb+unloading%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading.</a> Cell Mol Life Sci. 82 (1), 50(2025).</li>
<li>Deroo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+vein+wall+cell+atlas+of+murine+venous+thrombosis+determined+by+single-cell+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">A vein wall cell atlas of murine venous thrombosis determined by single-cell RNA sequencing.</a> Commun Biol. 6 (1), 130(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM), high glucose, pyruvate&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td></td></tr><tr><td>4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES) buffer solution, 1 M</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15630080</td><td></td></tr><tr><td>Penicillin-Streptomycin (P/S), 10,000 U/mL</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15140122</td><td></td></tr><tr><td>10% Neutral Buffered Formalin (NBF)</td><td>Millipore Sigma</td><td>65346-M</td><td></td></tr><tr><td>Ethylene-diamine-tetraacetic acid (EDTA)</td><td>Millipore Sigma</td><td>3620</td><td></td></tr><tr><td>RNAlater Stabilization Solution</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM7024</td><td>RNA stabilisatieoplossing (RSS)</td></tr><tr><td>Hydrogen peroxide (H2O2)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322335</td><td></td></tr><tr><td>Target retrieval solution</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322001</td><td></td></tr><tr><td>Protease Plus</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322331</td><td>digestief enzymsupplement</td></tr><tr><td>DapB (negative control)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>310043</td><td></td></tr><tr><td>RNAscope wash buffer (RNAscope 2.5 HD Red ISH assay kit)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>320058</td><td></td></tr><tr><td>AMP1</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324511</td><td></td></tr><tr><td>AMP2</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324512</td><td></td></tr><tr><td>AMP3</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324513</td><td></td></tr><tr><td>AMP4</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324514</td><td></td></tr><tr><td>AMP5 Red</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324515</td><td></td></tr><tr><td>AMP6 Red</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324516</td><td></td></tr><tr><td>Fast Red A</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324517</td><td></td></tr><tr><td>Human Ppib</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>313901</td><td></td></tr><tr><td>Gill&rsquo;s hematoxyline</td><td>Millipore Sigma</td><td>GHS132</td><td></td></tr><tr><td>Antigen retrieval, Tris/EDTA pH 9</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>00-4956-58</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2546</td><td></td></tr><tr><td>Hybridization solution-Hs WTA</td><td>Nanostring</td><td>121401102</td><td></td></tr><tr><td>Hybrislip</td><td></td><td></td><td>hybridisatieslip</td></tr><tr><td>Hybridization solution-Buffer R</td><td>Nanostring</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Rabbit anti-CD45&nbsp;</td><td>Cell Signaling</td><td>1317</td><td></td></tr><tr><td>Buffer W</td><td>Nanostring</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Goat anti-Rabbit IgG-AF647</td><td>Jackson Immunoresearch</td><td>111-605-144</td><td></td></tr><tr><td>Mouse anti-SMA-AF488&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>53-9760</td><td></td></tr><tr><td>Syto83&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S11364</td><td></td></tr><tr><td>Surgical blade</td><td>BD Biosciences</td><td>371110</td><td></td></tr><tr><td>Superfrost&nbsp; Plus Microscope Slides</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1255015</td><td></td></tr><tr><td>ImmEdge pen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microtome blades</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>22-500-125</td><td></td></tr><tr><td>RNase AWAY</td><td></td><td></td><td>RNase-inactiveringsoplossing</td></tr><tr><td>Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>HybEZ hybridization oven&nbsp;</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>321710</td><td></td></tr><tr><td>GeoMx Digital Spatial Profiler</td><td>Nanostring&nbsp;</td><td>Model: GeoMx DSP Data access platform: GeoMx DSP Control Center (Version 3.1.2.12)</td><td>Channel scan setting: voor FITC, expositietijd is 300 ms, en fluorofoor is AlexaFluro 488; voor kanaal Cy3, is de expositietijd 50 ms, en fluorofoor is Syto83; en voor kanaal Cy5, is de expositietijd 300 ms, en fluorofoor is AlexaFluor 647.</td></tr></tbody></table>

voorbereiding en verwerking van verkalkte slagader met geconserveerde morfologie en rna voor digitale ruimtelijke profilering

Calcified Artery Preparation and Processing with Preserved Morphology and RNA for Digital Spatial Profiling

Voorbereiding en verwerking van verkalkte slagader met geconserveerde morfologie en RNA voor digitale ruimtelijke profilering

Spatial transcriptomics maps whole-transcriptome profiles directly onto tissue sections, correlating between cellular neighborhoods and gene expression ...

calcified-artery-preparation-processing-with-preserved-morphology-rna

Research

JoVE Journal

Medicine

Geneeskunde

This video demonstrates a procedure using Sudan IV stain for staining the fatty deposits in the harvested mouse aortic arch to visualize the atherosclerotic plaques and determine the extent of atherosclerosis.

Sudan IV Staining: A Procedure for Staining Lipid-Laden Atherosclerotic Plaques in Harvested Mouse Aortic Arch

In dit manuscript presenteren we een hoogdoorvoerige, semi-geautomatiseerde cryohistologieplatform om gealignde composietbeelden te produceren van meerdere responsmaatregelen uit verschillende rondes van fluorescentiebeeldvorming op bevroren secties van gemineraliseerde weefsels.

High-throughput, Multi-Beeld Cryohistology gemineraliseerde weefsels

Wij ontwikkelden twee traceren combinaties Rosa26 tdtomato (alomtegenwoordig tot expressie in alle cellen) / Cre (specifiek tot expressie in chondrocyten) muizen: één met 2.3Col1a1-GFP (specifiek voor osteoblasten) en een met immunofluorescentie (specifiek voor botcellen). De gegevens tonen de directe omzetting van chondrocyten in botcellen.

Co-localisatie van Cell Lineage Markers en de tomaat Signal

Wij stellen voor een gestandaardiseerde protocol karakteriseren de cellulaire samenstelling van laat-stadium lymfkliertest atherosclerotische laesies met inbegrip van systematische methoden voor dierlijke dissectie, weefsel insluiten, afdelen, kleuring en analyse van brachiocephalic slagaders van atheroprone gladde spieren cel lineage tracering muizen.

Kwantitatieve analyse van cellulaire samenstelling in geavanceerde atherosclerotische laesies van de gladde spieren cel Lineage-Tracing muizen

Murine modellen van atherosclerose zijn nuttige instrumenten om te onderzoeken van pathogene trajecten op moleculair niveau, maar vereisen gestandaardiseerde kwantificering van de ontwikkeling van de laesie. Dit protocol beschrijft een geoptimaliseerde methode om te bepalen van de laesie grootte in de grote arteriële vaten, met inbegrip van de aorta wortel, aortaboog, en brachiocephalische slagader.

Kwantificering van atherosclerose bij muizen

Hier beschrijven we een methode die het mogelijk maakt om vers verkregen botweefsel te ontkalken en RNA van hoge kwaliteit te behouden. Er wordt ook een methode geïllustreerd voor het in secties verdelen van Formaline Fixed Paraffine Embedded (FFPE) monsters van niet-gedemineraliseerde botten om resultaten van goede kwaliteit te verkrijgen als er geen vers weefsel beschikbaar is of niet kan worden verzameld.

Methoden om ruimtelijke transcriptomics van botweefsels mogelijk te maken

Hier presenteren we geoptimaliseerde weefselopruimingsprotocollen om de muizenaorta in drie dimensies (3D) in beeld te brengen. We schetsen state-of-the-art procedures voor immunokleuring, optische klaring en beeldvorming met de bedoeling om de anatomische nabijheid van het perifere zenuwstelsel met atherosclerotische plaques en de adventitia bij atherosclerose te definiëren.

Driedimensionale beeldvorming van aortaweefsels bij atherosclerose

Weefselmonsters van de coronaire endarterectomie werden verwerkt om enkele kernen te isoleren met behulp van een geoptimaliseerd dissociatieprotocol. De integriteit van de geïsoleerde kernen werd gevalideerd via drie complementaire benaderingen: trypan blue exclusion kleuring om membraanintegriteit te beoordelen, DAPI-gebaseerde confocale microscopie om de kernmorfologie te bevestigen, en flowcytometrie om kernopbrengst en zuiverheid te kwantificeren.

Isolatie van enkele kernen uit het coronaire endarterectomieweefsel van coronaire bypass-transplantatiepatiënten

Vetkussentje aspiratie is een voorkeur, minimaal invasieve, en lage kosten aanpak in vergelijking met andere methoden om amyloïd te detecteren voor de diagnose van systemische amyloïdose. Deze video artikel wordt een procedurele schets voor het uitvoeren van dikke pad aspiratie met de juiste verwerking van het monster voor de optimale diagnostische resultaat.

Uitvoeren en verwerken van de FNA-anterior Fat Pad voor Amyloid

Filamenteuze occlusie van het Midden-cerebrale slagader is een gemeenschappelijk model voor het bestuderen van ischemische beroerte in muizen.

Modellering Stroke in Muizen - midden cerebrale slagader occlusie met de gloeidraad Model

Leer een protocol voor decalcificatie van verkalkte slagaders met behoud van morfologie en RNA-kwaliteit voor ruimtelijke transcriptoomanalyse met de GeoMx Digital Spatial Profiler.

Voorbereiding en verwerking van verkalkte slagader met geconserveerde morfologie en RNA voor digitale ruimtelijke profilering

Meer video's verkennen