Name: Een computationele pijplijn voor intergene/intragene enhancer RNA-kwantificering in embryonale stamcellen van muizen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-28T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 2 s
Description: Leer een computationele pijplijn voor kwantificering van enhancer RNA's in embryonale stamcellen van muizen. Deze methode integreert chromatine-toegankelijkheid en transcriptiedata voor nauwkeurige detectie van enhanceractiviteit.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bulger, M., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+mechanistic+diversity+of+distal+transcription+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Functional and mechanistic diversity of distal transcription enhancers.</a> Cell. 144 (3), 327-339 (2011).</li>
<li>Smith, E., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+biology+and+enhanceropathies%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer biology and enhanceropathies.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (3), 210-219 (2014).</li>
<li>Li, W., Notani, D., Rosenfeld, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+as+non-coding+RNA+transcription+units%3A+recent+insights+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancers as non-coding RNA transcription units: recent insights and future perspectives.</a> Nat Rev Genet. 17 (4), 207-223 (2016).</li>
<li>Whyte, W. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((transcription+factors+and+mediator+establish+super-enhancers+at+key+cell+identity+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes.</a> Cell. 153 (2), 307-319 (2013).</li>
<li>Plank, J. L., Dean, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+function%3A+mechanistic+and+genome-wide+insights+come+together%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer function: mechanistic and genome-wide insights come together.</a> Mol Cell. 55 (1), 5-14 (2014).</li>
<li>Alexander, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brg1+modulates+enhancer+activation+in+mesoderm+lineage+commitment%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Brg1 modulates enhancer activation in mesoderm lineage commitment.</a> Development. 142 (8), 1418-1430 (2015).</li>
<li>Huang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+control+of+enhancer+repertoires+drives+lineage+and+stage-specific+transcription+during+hematopoiesis%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Dynamic control of enhancer repertoires drives lineage and stage-specific transcription during hematopoiesis.</a> Dev Cell. 36 (1), 9-23 (2016).</li>
<li>Xiong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+identification+and+characterization+of+enhancers+across+10+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide identification and characterization of enhancers across 10 human tissues.</a> Int J Biol Sci. 14 (10), 1321-1332 (2018).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+at+human+enhancers+reflect+global+cell-type-specific+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.</a> Nature. 459 (7243), 108-112 (2009).</li>
<li>Creyghton, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H3K27ac+separates+active+from+poised+enhancers+and+predicts+developmental+state%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state.</a> Proc Natl Acad Sci. 107 (50), 21931-21936 (2010).</li>
<li>Calo, E., Wysocka, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modification+of+enhancer+chromatin%3A+what%2C+how%2C+and+why%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Modification of enhancer chromatin: what, how, and why.</a> Mol Cell. 49 (5), 825-837 (2013).</li>
<li>Barakat, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+dissection+of+the+enhancer+repertoire+in+human+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Functional dissection of the enhancer repertoire in human embryonic stem cells.</a> Cell Stem Cell. 23 (2), 276-288 (2018).</li>
<li>Kim, T. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Widespread+transcription+at+neuronal+activity-regulated+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers.</a> Nature. 465 (7295), 182-187 (2010).</li>
<li>Melgar, M. F., Collins, F. S., Sethupathy, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+active+enhancers+through+bidirectional+expression+of+short+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Discovery of active enhancers through bidirectional expression of short transcripts.</a> Genome Biol. 12 (11), R113(2011).</li>
<li>Djebali, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+transcription+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Landscape of transcription in human cells.</a> Nature. 489 (7414), 101-108 (2012).</li>
<li>Gorbovytska, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+stimulate+Pol+II+pause+release+by+harnessing+multivalent+interactions+to+NELF%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs stimulate Pol II pause release by harnessing multivalent interactions to NELF.</a> Nat Commun. 13 (1), 2429(2022).</li>
<li>Mousavi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+promote+transcription+by+establishing+chromatin+accessibility+at+defined+genomic+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci.</a> Mol Cell. 51 (5), 606-617 (2013).</li>
<li>Hsieh, C. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+participate+in+androgen+receptor-driven+looping+that+selectively+enhances+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs participate in androgen receptor-driven looping that selectively enhances gene activation.</a> Proc Natl Acad Sci. 111 (20), 7319-7324 (2014).</li>
<li>Schaukowitch, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+facilitates+NELF+release+from+immediate+early+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA facilitates NELF release from immediate early genes.</a> Mol Cell. 56 (1), 29-42 (2014).</li>
<li>Pnueli, L., Rudnizky, S., Yosefzon, Y., Melamed, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+transcribed+from+a+distal+enhancer+is+required+for+activating+the+chromatin+at+the+promoter+of+the+gonadotropin+%CE%B1-subunit+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">RNA transcribed from a distal enhancer is required for activating the chromatin at the promoter of the gonadotropin α-subunit gene.</a> Proc Natl Acad Sci. 112 (14), 4369-4374 (2015).</li>
<li>Sabari, B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coactivator+condensation+at+super-enhancers+links+phase+separation+and+gene+control%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Coactivator condensation at super-enhancers links phase separation and gene control.</a> Science. 361 (6400), eaar3958(2018).</li>
<li>Nair, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phase+separation+of+ligand-activated+enhancers+licenses+cooperative+chromosomal+enhancer+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Phase separation of ligand-activated enhancers licenses cooperative chromosomal enhancer assembly.</a> Nat Struct Mol Biol. 26 (3), 193-203 (2019).</li>
<li>Lee, J. -H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+m6A+methylation+facilitates+transcriptional+condensate+formation+and+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA m6A methylation facilitates transcriptional condensate formation and gene activation.</a> Mol Cell. 81 (16), 3368-3385 (2021).</li>
<li>Chen, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+in+transcriptional+regulation%3A+recent+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs in transcriptional regulation: recent insights.</a> Front Cell Dev Biol. 11, 1205540(2023).</li>
<li>Moon, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell-specific+intragenic+enhancer+RNA+essential+for+NSUN2-mediated+stem+cell+fate+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell-specific intragenic enhancer RNA essential for NSUN2-mediated stem cell fate regulation.</a> Int J Biol Macromol. 245, 470(2025).</li>
<li>Tuvikene, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancer+region+governs+transcript-specific+Bdnf+expression+in+rodent+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancer region governs transcript-specific Bdnf expression in rodent neurons.</a> Elife. 10, e65161(2021).</li>
<li>Cheng, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancers+of+the+human+SNCA+gene+predominantly+regulate+its+expression+in+brain+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancers of the human SNCA gene predominantly regulate its expression in brain in vivo.</a> Sci Adv. 8 (47), eabq6324(2022).</li>
<li>Hobson, D. J., Wei, W., Steinmetz, L. M., Svejstrup, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+polymerase+II+collision+interrupts+convergent+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">RNA polymerase II collision interrupts convergent transcription.</a> Mol Cell. 48 (3), 365-374 (2012).</li>
<li>Cinghu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intragenic+enhancers+attenuate+host+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Intragenic enhancers attenuate host gene expression.</a> Mol Cell. 68 (1), 104-117 (2017).</li>
<li>Bressin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-sensitive+nascent+transcript+sequencing+reveals+BRD4-specific+control+of+widespread+enhancer+and+target+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-sensitive nascent transcript sequencing reveals BRD4-specific control of widespread enhancer and target gene transcription.</a> Nat Commun. 14 (1), 4971(2023).</li>
<li>Lee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introductory+analysis+and+validation+of+CUT%26RUN+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Introductory analysis and validation of CUT&RUN sequencing data.</a> J Vis Exp. (214), e67359(2024).</li>
<li>How to install Linux on Windows with WSL. , Microsoft. 
 <a target="_blank" href="https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install">https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install</a> (2025).</li>
<li>Terminal user guide. , Apple. 
 <a target="_blank" href="https://support.apple.com/guide/terminal/welcome/mac">https://support.apple.com/guide/terminal/welcome/mac</a> (2025).</li>
<li>How to open terminal in Linux. , GeeksforGeeks. 
 <a target="_blank" href="https://www.geeksforgeeks.org/linux-unix/how-to-open-terminal-in-linux/">https://www.geeksforgeeks.org/linux-unix/how-to-open-terminal-in-linux/</a> (2025).</li>
<li>Simon, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSimon%2C+A+%22FastQC%3A+a+quality+control+tool+for+high+throughput+sequence+data%22">FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data</a>. Version 0.10.1, (2010).</li>
<li>Krueger, F. Trim Galore!: a wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKrueger%2C+F+%22Babraham+Inst%22">Babraham Inst</a>. , (2015).</li>
<li>Martin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cutadapt+removes+adapter+sequences+from+high-throughput+sequencing+reads%5BTitle%5D)+AND+%22EMBnet+J%22%5BJournal%5D)">Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads.</a> EMBnet J. 17 (1), 3(2011).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sequence+alignment%2Fmap+format+and+SAMtools%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">The sequence alignment/map format and SAMtools.</a> Bioinformatics. 25 (16), 2078-2079 (2009).</li>
<li>Tarasov, A., Vilella, A. J., Cuppen, E., Nijman, I. J., Prins, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sambamba%3A+fast+processing+of+NGS+alignment+formats%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Sambamba: fast processing of NGS alignment formats.</a> Bioinformatics. 31 (12), 2032-2034 (2015).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-based+analysis+of+ChIP-Seq+%28MACS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137(2008).</li>
<li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BEDTools%3A+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li>
<li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+combinations+of+lineage-determining+transcription+factors+prime+cis-regulatory+elements+required+for+macrophage+and+B+cell+identities%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities.</a> Mol Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li>
<li>Kent, W. J., Zweig, A. S., Barber, G., Hinrichs, A. S., Karolchik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BigWig+and+BigBed%3A+enabling+browsing+of+large+distributed+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BigWig and BigBed: enabling browsing of large distributed datasets.</a> Bioinformatics. 26 (17), 2204-2207 (2010).</li>
<li>Amemiya, H. M., Kundaje, A., Boyle, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ENCODE+blacklist%3A+identification+of+problematic+regions+of+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">The ENCODE blacklist: identification of problematic regions of the genome.</a> Sci Rep. 9 (1), 9354(2019).</li>
<li>Liao, Y., Smyth, G. K., Shi, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((featureCounts%3A+an+efficient+general+purpose+program+for+assigning+sequence+reads+to+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features.</a> Bioinformatics. 30 (7), 923-930 (2014).</li>
<li>Ramírez, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((deepTools2%3A+a+next+generation+web+server+for+deep-sequencing+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis.</a> Nucleic Acids Res. 44, W160(2016).</li>
<li>Wickham, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWickham%2C+H+%22ggplot2%3A+elegant+graphics+for+data+analysis%22">ggplot2: elegant graphics for data analysis</a>. , Springer. 189-201 (2016).</li>
<li>Wilke, C. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cowplot%3A+streamlined+plot+theme+and+plot+annotations+for+ggplot2%5BTitle%5D)+AND+%22CRAN+Contrib.+Packages%22%5BJournal%5D)">cowplot: streamlined plot theme and plot annotations for ggplot2.</a> CRAN Contrib. Packages. , (2015).</li>
<li>Andersson, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+atlas+of+active+enhancers+across+human+cell+types+and+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.</a> Nature. 507 (7493), 455-461 (2014).</li>
<li>Spicuglia, S., Vanhille, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+signatures+of+active+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin signatures of active enhancers.</a> Nucleus. 3 (2), 126-131 (2012).</li>
<li>Zentner, G. E., Tesar, P. J., Scacheri, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+signatures+distinguish+multiple+classes+of+enhancers+with+distinct+cellular+functions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Epigenetic signatures distinguish multiple classes of enhancers with distinct cellular functions.</a> Genome Res. 21 (8), 1273-1283 (2011).</li>
<li>Blinka, S., Reimer, M. H., Pulakanti, K., Rao, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-enhancers+at+the+Nanog+locus+differentially+regulate+neighboring+pluripotency-associated+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-enhancers at the Nanog locus differentially regulate neighboring pluripotency-associated genes.</a> Cell Rep. 17 (1), 19-28 (2016).</li>
<li>Zhao, S., Ye, Z., Stanton, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Misuse+of+RPKM+or+TPM+normalization+when+comparing+across+samples+and+sequencing+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Misuse of RPKM or TPM normalization when comparing across samples and sequencing protocols.</a> RNA. 26 (8), 903-909 (2020).</li>
</ol>

```html
<table><tbody><tr><td>bedtools</td><td>Quinlan Lab, University of Utah&nbsp;</td><td>v2.31.1</td><td>Utilities voor het bewerken van BED-bestanden</td></tr><tr><td>bowtie2</td><td>Langmead Lab, Johns Hopkins University</td><td>v2.5.4</td><td>Multi-threaded aligner voor het toewijzen van reads naar een referentie-genoom</td></tr><tr><td>cowplot</td><td>Wilke Lab, University of Texas</td><td>v1.2.0</td><td>Tools voor het combineren en uitlijnen van ggplot2-gebaseerde figuren</td></tr><tr><td>cutadapt</td><td>Science For Life Laboratory, Stockholm University</td><td>v5.1</td><td>Adapter en poly-A/G staart trimmer</td></tr><tr><td>deeptools</td><td>Bioinformatics Facility, Max Planck Institute</td><td>v3.5.6</td><td>Read telling tool voor het kwantificeren van reads in gedefinieerde genomische regio's</td></tr><tr><td>fastqc</td><td>Babraham Bioinformatics, Babraham Institute</td><td>v0.12.1</td><td>Kwaliteitscontrole voor sequencing reads</td></tr><tr><td>featureCounts (subread)</td><td>Shi Lab, Monash University</td><td>v2.1.1</td><td>Raw read telling tools voor gespecificeerde genomische regio's</td></tr><tr><td>homer</td><td>Benner Lab, University of California San Diego (UCSD)</td><td>v5.1</td><td>Toolkit voor ChIP-seq, ATAC-seq en nascent RNA analyse; inclusief tag directory aanmaak en signaalprofilering</td></tr><tr><td>macs3</td><td>Chan Zuckerberg Initiative</td><td>v3.0.3</td><td>Peak calling voor ChIP-seq en ATAC-seq datasets</td></tr><tr><td>pigz</td><td>.</td><td>v2.8</td><td>Multi-threaded compressie tool voor het genereren van gzip-gecomprimeerde bestanden</td></tr><tr><td>sambamba</td><td>Petersburg State University</td><td>v1.0.1</td><td>Multi-threaded SAM/BAM bestandsverwerking toolkit</td></tr><tr><td>samtools</td><td>Wellcome Trust Sanger Institute</td><td>v1.22.1</td><td>Tools voor het verwerken en manipuleren van SAM/BAM bestanden</td></tr><tr><td>sra-tools</td><td>National Center for Biotechnology Information (NCBI)</td><td>v3.2.0</td><td>Voor het downloaden van SRR bestanden van de NCBI SRA database</td></tr><tr><td>tidyverse</td><td>Posit PBC</td><td>v2.0.0</td><td>Collectie van R packages voor data manipulatie en visualisatie</td></tr><tr><td>trim-galore</td><td>Altos Labs, Cambridge Institute of Science</td><td>v0.6.10</td><td>Adapter en low-quality base trimming met multi-threading</td></tr><tr><td>Ubuntu 20.04</td><td></td><td></td><td>Ontwikkeling en testen van de pipeline</td></tr><tr><td>ucsc-bedgraphtobigwig&nbsp;</td><td>Kent Lab, University of California Santa Cruze</td><td>v482</td><td>Tools voor het genereren van bigWig signaal tracks</td></tr></tbody></table>
```

een computationele pijplijn voor intergene/intragene enhancer rna-kwantificering in embryonale stamcellen van muizen

A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

Schematische werkstroom voor de kwantificeringspijplijn van het transcriptie-verbeterpunt Openbaar beschikbare ChIP-seq (H3K27ac, H3K4me1), ATAC-seq en GRO-seq datasets (Tabel 1) werden verwerkt met een gestandaardiseerde pijplijn die voornamelijk was ontworpen voor validatie. Het trimmen van de adapter en het filteren van de kwaliteit werden uitgevoerd met Trim Galore en Cutadapt, gevolgd door uitlijning met het mm10-referentiegenoom met behulp van Bo...

Een computationele pijplijn voor intergene/intragene enhancer RNA-kwantificering in embryonale stamcellen van muizen

Core cis-regulatory elements known as enhancers play a central role in enabling precise transcriptional regulation of target genes that control diverse ...

a-computational-pipeline-for-intergenicintragenic-enhancer-rna

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

We beschrijven een fluorescentie reporter test om snel te identificeren en karakteriseren genen die muis embryonale stamcellen onderhoud en zelfvernieuwing te reguleren.

Oct4GiP Reporter Assay van genen die muis embryonale stamcellen Onderhoud en Zelfvernieuwing Regel Studie

Enkele cel genexpressie test is noodzakelijk om inzicht stamcel heterogeniteiten.

Profilering Individuele menselijke embryonale stamcellen door kwantitatieve RT-PCR

Dit protocol geeft een werkwijze kwantitatieve eencellige voeren in situ analyse van eiwitexpressie van afstamming specificatie mouse pre-implantatie embryo bestuderen. De noodzakelijke voor het verzamelen van blastocysten procedures, whole-mount immunofluorescentie detectie van eiwitten, beeldvorming van de monsters op een confocale microscoop, en nucleaire segmentatie en beeldanalyse worden beschreven.

Kwantitatieve Analyse van eiwitexpressie aan Lineage Specificatie studie in muizenmodellen preimplantatie embryo&#39;s

In dit werk bieden we een experimentele workflow van hoe actieve enhancers kunnen worden geïdentificeerd en experimenteel gevalideerd.

Voorspelling en Validatie van Gene Regulatory Elements geactiveerd tijdens retinoïnezuur Induced embryonale stamcellen Differentiatie

Dit protocol beschrijft de stappen die nodig zijn voor het ontwerpen en uitvoeren multiplexed targeting van versterkers met de deactivering fusieproteïne SID4X-dCas9-KRAB, ook bekend als enhancer interferentie (Enhancer-i). Dit protocol stelt de identificatie van versterkers die regelen van genexpressie en vergemakkelijkt de dissectie van de relaties tussen de versterkers van regulering van een gemeenschappelijk doel-gen.

Dissectie van Enhancer functie met behulp van Multiplex CRISPR gebaseerde Enhancer inmenging in cellijnen

Hier presenteerden we een multiplexed single cell mRNA sequencing methode om het profiel van genexpressie in de muis embryonale weefsels. De op droplet gebaseerde enkelvoudige cel mRNA-sequencing (scRNA-SEQ) methode in combinatie met multiplexing strategieën kan afzonderlijke cellen van meerdere monsters tegelijkertijd profiel, wat de kosten van de reagens aanzienlijk verlaagt en experimentele batch-effecten minimaliseert.

Multiplexed single cell mRNA sequentieanalyse van embryonale cellen van de muis

We rapporteren de toepassing van kwantitatieve chromosoomconformatievangst gevolgd door high-throughput sequencing in embryoïndische lichamen gegenereerd uit embryonale stamcellen. Deze techniek maakt het mogelijk om de contacten tussen putatieve versterkers en promotorgebieden van een bepaald gen te identificeren en te kwantificeren tijdens embryonale stamceldifferentiatie.

Identificatie van enhancer-promotor contacten in embryoïide lichamen door kwantitatieve chromosoomconformatie Capture (4C)

Dit protocol beschrijft de Capture Hi-C-methode die wordt gebruikt om de 3D-organisatie van megagebaseerde gerichte genomische regio's met hoge resolutie te karakteriseren, inclusief grenzen van topologisch associërende domeinen (TAD's) en chromatine-interacties op lange afstand tussen regulerende en andere DNA-sequentie-elementen.

Ontcijferen van 3D-chromatineorganisatie met hoge resolutie via Capture Hi-C

Dit protocol beschrijft een methode voor omgekeerde polytransfectie van embryonale stamcellen van muizen tijdens kweek met 2i- en LIF-media. Deze methode levert een hogere levensvatbaarheid en efficiëntie op dan traditionele voorwaartse transfectieprotocollen, terwijl het ook een optimalisatie van plasmideverhoudingen in één pot mogelijk maakt.

Een geoptimaliseerde op embryonale stamcellen gebaseerde omgekeerde polytransfectietechniek voor snelle verkenning van nucleïnezuurverhoudingen

Dit artikel stelt een pijplijn op voor hoogwaardige eencellige en kernsuspensies van gastrulerende muizenembryo's voor sequencing van individuele cellen en kernen.

Single-cell RNA-sequencing van gemuteerde hele muizenembryo's: van de epiblast tot het einde van de gastrulatie

Dit protocol meet kwantitatief de stabiliteit en halveringstijd van intergene en intragenische enhancer-RNA's in muisembryonale stamcellen met behulp van Actinomycine D-behandeling, RT-qPCR en niet-lineaire regressieanalyse. Positie-specifieke normalisatiestrategieën worden geïntegreerd om eRNA-vervaldynamiek nauwkeurig te modelleren op een contextafhankelijke manier.

Geoptimaliseerde kwantitatieve beoordeling van de stabiliteit van enhancer-RNA in muisembryonale stamcellen

Leer een computationele pijplijn voor kwantificering van enhancer RNA's in embryonale stamcellen van muizen. Deze methode integreert chromatine-toegankelijkheid en transcriptiedata voor nauwkeurige detectie van enhanceractiviteit.

Een computationele pijplijn voor intergene/intragene enhancer RNA-kwantificering in embryonale stamcellen van muizen

Meer video's verkennen