EasyFiji: Een grafische interface voor gebruiksvriendelijke fluorescentiebeeldverwerking in Fiji

Als je ooit Fiji gebruikt, weet je hoe krachtig het is en hoe snel je kunt verdwalen in al deze menu's en instellingen. EasyFiji haalt de stress van beeldverwerking weg met eenvoudige knoppen, schuifregelaars en slimme tools die gewoon werken. Het is Fiji, maar vriendelijk.

De aanbevolen manier om EasyFiji te installeren is via de Fiji update-site. Klik gewoon op help, update, klik op beheren update site en typ EasyFiji. Vergeet niet om hierop te klikken en op 'apply' en sluiten te klikken.

Pas wijzigingen toe en start dan EasyFiji opnieuw. Geavanceerde gebruikers konden er ook voor kiezen om de JAR-bestanden van de GitHub-webpagina te downloaden. Voor de kleurkanaalaanpassing kunnen we willekeurige multikanaalafbeeldingen openen, en met het tabblad kanaalkleur kunnen we hier verschillende opzoektabellen kiezen.

We kunnen rood, groen, blauw, extra kiezen, of we kunnen het zwarte kanaal kiezen om het specifieke kanaal uit te schakelen. We kunnen alle kanalen gebruiken om alle kanaalkleuren te tonen, of we kunnen elk kanaal gebruiken om alleen een specifiek kanaal weer te geven. Voor de gain-schuifregelaars kunnen we de beelden helderder maken.

Als het beeld te donker is, kunnen we dit helderder maken. En voor de offset kunnen we de minimale intensiteit op het beeld instellen. Dus we kunnen alle kanalen kleuren aanpassen of alleen specifieke kanalen.

Voor het kanaalzicht open je de afbeelding van interesse. Dit is een multikanaal afbeelding. Dus elk individueel kanaal heeft verschillende intensiteiten en een locatie.

Voor de colokalisatieknop maakt hij de RGB-afbeeldingen door gebruik te maken van twee kanalen. Het zal gebieden markeren waar beide kanalen vergelijkbare intensiteiten hebben door die pixels in geel te tonen. De FFMerge-knop combineert ook twee kanalen tot een RGB-scherm, maar dan op een andere manier.

Hier blijft elk kanaal even zichtbaar. Dit maakt overlappende regio's makkelijker te interpreteren zonder kanaalbalans te verliezen. De FGMerge-knop legt één of meer kanalen over een groen schaalkanaal.

Het is handig bij combinatie met groenschalenbeelden zoals DIC of EM. Kanalen worden behouden door de groenschaalkanaalgrootte, het algehele contrast kan je een veel betere beeldkwaliteit geven. Hier is nog een voorbeeldafbeelding met FGMerge. Voor de stackweergaven biedt de EasyFiji-plugin functies zoals maximale intensiteitsprojectie, orthogonale slice-weergaven en de kymograaf.

Tabblad beeldbewerking. Open een afbeelding, klik op de opnameknop om opname te starten. De smooth-functie past een Gaussische blur toe, de denoise-functie past een mediaanfilter toe, de sharpen-knop past een 2D-onscherper masker toe, en de onderwerpachtergrond past het rolling ball-signaal toe, rolling ball-algoritme om de achtergrond te verwijderen.

En de toegepaste lookup-tabel zal de gain en offset toepassen zoals gespecificeerd in het displaypaneel. Hier konden we zien dat na het toepassen van dit verwerkingscommando de beeldkwaliteit veel beter werd. Hier laat ik een voorbeeld zien van het gebruik van de Local Correction-knop om een correctiefactor toe te passen zodat de middelmatige intensiteit van elk frame lokaal wordt ten opzichte van de waarde van de fitcurve.

Lokale en globale correctie kunnen sequentieel worden toegepast op dezelfde dataset. Hier toont het het intensiteitsprofiel vóór en na de correctie van het bleekmiddel. We konden zien dat het signaal is gecorrigeerd.

Hier laten we verschillende sparopties zien. Het savepaneel is gebruiksgericht voor niet-expert in het kiezen van het juiste bestandsformaat voor hun gebruik. We kunnen de beelden opslaan als een ruwe dataset.

Het bevat alle informatie van de afbeelding. We kunnen opslaan als JPEG voor presentatie, of we kunnen de afbeeldingen opslaan als PNJ-formaat. En we kunnen de beeldstack ook als films opslaan.

Het beeldinformatiepaneel, dit paneel toont leveranciersspecifieke verwervingsmetadata op een door mensen leesbare manier voor beelden die zo zijn verkregen. Na deze video zou je een goed begrip moeten hebben van hoe je deze plugin gebruikt om biomedische beelden te visualiseren en te verwerken. Ons doel met de ontwikkeling van EasyFiji is om beeldanalyse eenvoudiger, sneller en toegankelijker te maken voor life scientists.

Of je nu contrasten in kaart brengt, filters toepast of metadata van afbeeldingen onderzoekt, EasyFiji is er om je werk met Fiji soepeler en aangenamer te maken.