Name: Genoom-brede mapping van histonmodificaties en bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren in neuro-endocriene kleincellige longkankercellijnen met behulp van CUT and RUN (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 50 s
Description: Ontdek CUT&RUN-seq voor genoom-brede mapping van histonmodificaties en transcriptiefactor-binding in neuro-endocriene kleincellige longkankercellijnen. Deze methode identificeert epigenetisch gereguleerde paden voor therapeutische doelwitten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kimura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+for+human+epigenome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone modifications for human epigenome analysis.</a> J Hum Genet. 58 (7), 439-445 (2013).</li>
<li>Millan-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications-cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications-cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Seligson, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+histone+modification+patterns+predict+risk+of+prostate+cancer+recurrence%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Global histone modification patterns predict risk of prostate cancer recurrence.</a> Nature. 435 (7046), 1262-1266 (2005).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAT3+facilitates+super+enhancer+formation+to+promote+fibroblast-to-myofibroblast+differentiation+by+the+analysis+of+ATAC-seq%2C+RNA-seq+and+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">STAT3 facilitates super enhancer formation to promote fibroblast-to-myofibroblast differentiation by the analysis of ATAC-seq, RNA-seq and ChIP-seq.</a> J Cell Mol Med. 29 (11), e70639(2025).</li>
<li>Zhao, Z., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+modifications+of+histones+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenetic modifications of histones in cancer.</a> Genome Biol. 20 (1), 245(2019).</li>
<li>Takumida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+epigenome+and+transcriptome+analyses+reveal+transcriptional+programs+differentially+regulated+by+ASCL1+and+NEUROD1+in+small+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Integrative epigenome and transcriptome analyses reveal transcriptional programs differentially regulated by ASCL1 and NEUROD1 in small cell lung cancer.</a> Oncogene. 44 (34), 3113-3125 (2025).</li>
<li>Sivakumar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+a+large+real-world+cohort+of+small+cell+lung+cancer+identifies+distinct+genetic+subtypes+and+insights+into+histologic+transformation%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of a large real-world cohort of small cell lung cancer identifies distinct genetic subtypes and insights into histologic transformation.</a> Cancer Discov. 13 (7), 1572-1591 (2023).</li>
<li>Rudin, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Author+correction%3A+Molecular+subtypes+of+small+cell+lung+cancer%3A+A+synthesis+of+human+and+mouse+model+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Author correction: Molecular subtypes of small cell lung cancer: A synthesis of human and mouse model data.</a> Nat Rev Cancer. 19 (7), 415(2019).</li>
<li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li>
<li>Teytelman, L., Thurtle, D. M., Rine, J., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+expressed+loci+are+vulnerable+to+misleading+ChIP+localization+of+multiple+unrelated+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Highly expressed loci are vulnerable to misleading ChIP localization of multiple unrelated proteins.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (46), 18602-18607 (2013).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+targeted+nuclease+strategy+for+high-resolution+mapping+of+DNA+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites.</a> Elife. 6, e21856(2017).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+in+situ+genome-wide+profiling+with+high+efficiency+for+low+cell+numbers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers.</a> Nat Protoc. 13 (5), 1006-1019 (2018).</li>
<li>Meers, M. P., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+CUT%26RUN+chromatin+profiling+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Improved CUT&RUN chromatin profiling tools.</a> Elife. 8, e46314(2019).</li>
<li>Custers, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavage+under+targets+%26+release+using+nuclease+%28CUT%26RUN%29+protocols+for+the+study+of+genetic+and+epigenetic+regulation+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Cleavage under targets & release using nuclease (CUT&RUN) protocols for the study of genetic and epigenetic regulation in cancer.</a> Methods Mol Biol. 2944, 207-225 (2025).</li>
<li>Hainer, S. J., Boskovic, A., McCannell, K. N., Rando, O. J., Fazzio, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+pluripotency+factors+in+single+cells+and+early+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Profiling of pluripotency factors in single cells and early embryos.</a> Cell. 177 (5), 1319-1329.e11 (2019).</li>
<li>Marroquin-Rivera, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune-related+transcriptomic+and+epigenetic+reconfiguration+in+BV2+cells+after+lipopolysaccharide+exposure%3A+An+in+vitro+omics+integrative+study%5BTitle%5D)+AND+%22Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Immune-related transcriptomic and epigenetic reconfiguration in BV2 cells after lipopolysaccharide exposure: An in vitro omics integrative study.</a> Inflamm Res. 73 (2), 211-225 (2024).</li>
<li>Huang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+the+role+of+histone+modifications+in+memory+and+exhausted+CD8+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Deciphering the role of histone modifications in memory and exhausted CD8 T cells.</a> Sci Rep. 15 (1), 17359(2025).</li>
<li>De Sarkar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleosome+patterns+in+circulating+tumor+DNA+reveal+transcriptional+regulation+of+advanced+prostate+cancer+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Nucleosome patterns in circulating tumor DNA reveal transcriptional regulation of advanced prostate cancer phenotypes.</a> Cancer Discov. 13 (3), 632-653 (2023).</li>
<li>Roberti, A., Fraga, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenomic+profiling+of+histone+posttranslational+modifications+in+frozen+cancer+tissue+using+CUT%26RUN%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenomic profiling of histone posttranslational modifications in frozen cancer tissue using CUT&RUN.</a> Methods Mol Biol. 2930, 229-243 (2025).</li>
<li>Black, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Master+regulators+and+cofactors+of+human+neuronal+cell+fate+specification+identified+by+CRISPR+gene+activation+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Master regulators and cofactors of human neuronal cell fate specification identified by CRISPR gene activation screens.</a> Cell Rep. 33 (9), 108460(2020).</li>
<li>Augert, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+cell+lung+cancer+exhibits+frequent+inactivating+mutations+in+the+histone+methyltransferase+KMT2D%2FMLL2%3A+CALGB+151111+%28Alliance%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Thorac+Oncol%22%5BJournal%5D)">Small cell lung cancer exhibits frequent inactivating mutations in the histone methyltransferase KMT2D/MLL2: CALGB 151111 (Alliance).</a> J Thorac Oncol. 12 (4), 704-713 (2017).</li>
<li>Kaya-Okur, H. S., Janssens, D. H., Henikoff, J. G., Ahmad, K., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+low-cost+chromatin+profiling+with+CUT%26Tag%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag.</a> Nat Protoc. 15 (10), 3264-3283 (2020).</li>
<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H3K9me3+involved+in+FOXL2+regulation+of+SerpinE2+expression+to+affect+steroid+hormone+synthesis+in+follicular+granulosa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">H3K9me3 involved in FOXL2 regulation of SerpinE2 expression to affect steroid hormone synthesis in follicular granulosa cells.</a> FASEB J. 39 (12), e70730(2025).</li>
<li>Panday, A., Elango, R., Willis, N. A., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+CUT%26RUN-seq+technique+for+qPCR+analysis+of+chromatin-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">A modified CUT&RUN-seq technique for qPCR analysis of chromatin-protein interactions.</a> STAR Protoc. 3 (3), 101529(2022).</li>
<li>Lardo, S. M., Hainer, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+factor+localization+on+chromatin+using+ultra-low+input+cleavage+under+targets+and+release+using+nuclease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Single-cell factor localization on chromatin using ultra-low input cleavage under targets and release using nuclease.</a> J Vis Exp. (180), e63536(2022).</li>
<li>Hsieh, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+3D+landscape+of+transcription-linked+mammalian+chromatin+folding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Resolving the 3D landscape of transcription-linked mammalian chromatin folding.</a> Mol Cell. 78 (3), 539-553.e8 (2020).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+Efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Methods. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
</ol>

```html
<table><tbody><tr><td>Reagens</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPMI-1640 media&nbsp;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>11875093</td><td>Celcultuur medium</td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum (FBS)</td><td>Neuromics</td><td>FBS002-HI</td><td>Component van celcultuur medium</td></tr><tr><td>1% Penicillin-Sstreptomycin&nbsp;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15140122</td><td>Antibiotica, om bacteriële besmetting van celculturen te voorkomen</td></tr><tr><td>Trypan Blue Solution, 0.4%</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15250061</td><td>Trypan Blue Staining werd gebruikt om permeabiliteit te evalueren met een geautomatiseerde celteller.&nbsp;</td></tr><tr><td>Roche cOmplete, EDTA-free Proease Inhibitor Cocktail</td><td>Roche</td><td>11873580001</td><td>Proteïne remmer. Componenten van wasbuffer</td></tr><tr><td>5% Digitonin&nbsp;</td><td>EpiCypher</td><td>21-1004</td><td>Buffer componenten&nbsp; en buffer recept kan worden gevonden in het bufferblad</td></tr><tr><td>Beads activeringsbuffer</td><td>EpiCypher</td><td>21-1001</td><td>Buffer componenten&nbsp; en buffer recept kan worden gevonden in het bufferblad</td></tr><tr><td>Concanavalin A (ConA) Beads</td><td>EpiCypher</td><td>21-1401</td><td>ConA-geconjugeerde paramagnetische microsferen zijn lectin-gecoate magnetische kralen die lipidemembraanbinding mogelijk maken</td></tr><tr><td>CUT&amp;RUN Kit&nbsp;</td><td>CUTANA ChIC EpiCypher</td><td>14-1048</td><td>Reagentia voor CUT&amp;RUN DNA-generatie</td></tr><tr><td>DNA-zuiveringskit</td><td>CUTANA&nbsp; EpiCypher</td><td>14-0050</td><td>Extract DNA uit de vrijgekomen doelgerichte DNA-fragmenten in de supernatant in de reactie</td></tr><tr><td>CUT&amp;RUN Library Prep Kit</td><td>CUTANA EpiCypher</td><td>14-001</td><td>Genereer de CUT&amp;RUN next-generation sequencing (NGS) bibliotheken</td></tr><tr><td>&nbsp;DNA zuiveringsmagnetische kralen</td><td>Agencourt AMPure XP Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td>PCR-product schoonmaken en maatselectie (d.w.z. adapter dimer en primer verwijdering)</td></tr><tr><td>E. coli Spike-in DNA</td><td>EpiCypher</td><td>18-1401</td><td>Wordt gebruikt als een exogene spike-in om sequencing-reads over een reeks monsters te kalibreren&mdash;bijvoorbeeld, behandelde versus onbehandelde omstandigheden</td></tr><tr><td>pAG-MNase</td><td>EpiCypher</td><td>&nbsp;15-1016</td><td>Bij binding aan het primaire antilichaam knipt het enzym het doelgerichte DNA-fragment aan beide kanten van het gebonden eiwit wanneer geactiveerd door calcium</td></tr><tr><td>PBS PH7.4 1x</td><td>Gibco (Thermo Fisher Scientific)</td><td>10010-049</td><td>Cellen wassen</td></tr><tr><td>Pre-Wash Buffer</td><td>EpiCypher</td><td>21-1002</td><td>Buffer componenten&nbsp; en buffer recept kan worden gevonden in het bufferblad</td></tr><tr><td>dsDNA High Sensitivity&nbsp; Assay Kit</td><td>QubitTM Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32854</td><td>CUT&amp;RUN DNA-kwantificering</td></tr><tr><td>Stop Buffer</td><td>EpiCypher</td><td>21-1003</td><td>Buffer componenten&nbsp; en buffer recept kan worden gevonden in het bufferblad</td></tr><tr><td>High Sensitivity DNA Kit&nbsp;</td><td>Agilent Technoligies</td><td>5067-4626</td><td>CUT&amp;RUN DNA- en NGS bibliotheken kwantificering en fragmentgrootteverdelingsanalyse</td></tr><tr><td>Materiaal</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>8-strip 0.2 mL PCR-buisjes</td><td>EpiCypher</td><td>10-0009k</td><td>Buisjes voor CUT&amp;RUN reacties, compatibel met de 0.2 ml buisjes Magnetische scheidingsrek</td></tr><tr><td>LUNA 8-kanaals slides</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L72001</td><td>Slides voor celtelling,&nbsp; celviabiliteit en integriteitscontrole</td></tr><tr><td>Multi-kanaals reagentenreservoir</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-387-072</td><td>Wasbuffer container</td></tr><tr><td>DynaMagTM-2 (Magnetische scheidingsrek), 1.5 mL buisjes</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12321D</td><td>ConA-kralen werden geïsoleerd uit hun opslagbuffer door magnetische scheidingsrek en vervolgens geactiveerd door resuspenderen in activeringsbuffer in een 1.5 mL microcentrifugebuis.</td></tr><tr><td>Magnetische scheidingsrek, 0.2 mL buisjes</td><td>EpiCypher</td><td>10-0008</td><td>Stand om&nbsp; kralen-bindende cellen, antilichamen, pAG/MNase te scheiden van reactie- en wasbuffers</td></tr><tr><td>Eppendor Research plus 8-kanaals pipet, 0.5-10 uL&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>3125000010</td><td>Aspirate 8-strip buisjes' monsters&nbsp; om de workflow te versnellen, vergelijkbaar multi-kanaals pipettor</td></tr><tr><td>Eppendorf Refrence 2 8-kanaals pipet, 30-300 uL</td><td>Eppendorf</td><td>4926000050</td><td>Aspiratie- en wasstappen om de workflow te versnellen, vergelijkbaar multi-kanaals pipettor</td></tr><tr><td>Apparatuur</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Scientific Industries Vortex-Genie 2 Mixer, Variabele snelheid, 120V</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-728-002</td><td>Min-centrifuge en spin</td></tr><tr><td>LUNA FX7 Automatische celteller</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L70001</td><td>Celteller</td></tr><tr><td>Nutating Mixer</td><td>VWR</td><td>82007-202</td><td>Kralen incubatiestappen (overnacht antilichaam incubatie, pAG-MNase-digestreactie).</td></tr><tr><td>Eppendorf 6331 Nexus Gradient MasterCycler Thermocyclus</td><td>Eppendorf</td><td>6331</td><td>CUT&amp;RUN next generation bibliotheekbouw</td></tr><tr><td>Qubit 4 Fluorometer</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q33226</td><td>DNA-kwantificering.</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td>Fragmentgrootte, concentratie-analyse voor CUT&amp;RUN DNA en CUT&amp;RUN bibliotheken,&nbsp; vergelijkbaar capillaire elektroforese-instrument (bijv. Agilent TapeStation)</td></tr><tr><td>Agilent TapeStation</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2992AA</td><td>Fragmentgrootte, concentratie-analyse voor CUT&amp;RUN DNA en CUT&amp;RUN bibliotheken</td></tr><tr><td>Illumina NovaSeq 6000 systeem</td><td>&nbsp;Illumina, San Diego, CA, VS</td><td></td><td>Sequencing van de gepoolde CUT&amp;RUN bibliotheken&nbsp;</td></tr></tbody></table>
```

genoom-brede mapping van histonmodificaties en bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren in neuro-endocriene kleincellige longkankercellijnen met behulp van cut&amp;run

Genome-Wide Mapping of Histone Modifications and Transcription Factor Binding Sites in Neuroendocrine Small Cell Lung Cancer Cell Lines Using CUT&amp;RUN

Genoom-brede mapping van histonmodificaties en bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren in neuro-endocriene kleincellige longkankercellijnen met behulp van CUT&amp;RUN

Chromatin remodeling proteins and transcription factors (TFs) play critical roles in the tumor biology of small cell lung cancer (SCLC). Genome-wide ...

genome-wide-mapping-histone-modifications-transcription-factor

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kankeronderzoek

In tegenstelling tot DNA sequencedata, epigenomic gegevens niet gemakkelijk worden blootgesteld aan tekstgebaseerde zoekopdrachten. Hier zijn de procedures voor het gebruik van een bijgewerkte versie van GeNemo, een tool web gebaseerde bioinformatics, uit te voeren patroon gebaseerde overeenkomsten in epigenomic gegevens vergelijken beschikbaar online databanken, met inbegrip van de encyclopedie van de elementen van het DNA met zoekt gebruikersgegevens.

Patroon-based Search van Epigenomic gegevens met behulp van GeNemo

Hier beschrijven we een geoptimaliseerde high-throughput ChIP-sequencing protocol en computationele analyses pijpleiding voor de bepaling van genoom-brede chromatine staat patronen uit bevroren tumor weefsels en cellijnen.

Een geïntegreerd Platform voor het toewijzen van de genoom-brede van chromatine Staten met behulp van High-throughput ChIP-sequencing in Tumor weefsels

Epigenetische mechanismen worden regelmatig gewijzigd in glioma. Chromatine immunoprecipitation kan worden gebruikt om de gevolgen van genetische wijzigingen in glioma die voortvloeien uit wijzigingen in histone modificaties tot regeling van de chromatine structuur en gene transcriptie. Dit protocol beschrijft een native chromatine immunoprecipitation op lymfkliertest hersenen tumor neurospheres.

Native chromatine Immunoprecipitation met behulp van lymfkliertest Brain Tumor Neurospheres

Intrinsiek ongeordende domeinen zijn belangrijk voor de functie van de oncogene fusietranscriptiefactor. Om deze eiwitten therapeutisch te targeten, is een meer gedetailleerd begrip van de regulerende mechanismen die door deze domeinen worden gebruikt, vereist. Hier gebruiken we transcriptomics om belangrijke structurele kenmerken van het intrinsiek ongeordende EWS-domein in Ewing-sarcoom in kaart te brengen.

Het in kaart brengen van de structuur-functierelaties van ongeordende oncogene transcriptiefactoren met behulp van transcriptomische analyse

Dit artikel beschrijft een semiautomatiseerd, microschaal ChIP-Seq-protocol van DNA-regio's geassocieerd met een specifieke histonmodificatie (H3K27ac) met behulp van een ChIP-vloeistofhandlerplatform, gevolgd door bibliotheekvoorbereiding met behulp van tagmentatie. De procedure omvat controlebeoordeling voor kwaliteits- en kwantiteitsdoeleinden en kan worden toegepast op andere histonmodificaties of transcriptiefactoren.

Een semiautomatiseerde ChIP-Seq-procedure voor grootschalige epigenetische studies

Hier tonen de auteurs het nut van MULTI-seq voor fenotypering en daaropvolgende gepaarde scRNA-seq en scATAC-seq bij het karakteriseren van de transcriptomische en chromatinetoegankelijkheidsprofielen in retina.

Multiplexed analyse van retinale genexpressie en chromatinetoegankelijkheid met behulp van scRNA-Seq en scATAC-Seq

CUT&amp;RUN en zijn varianten kunnen worden gebruikt om de eiwitbezetting op chromatine te bepalen. Dit protocol beschrijft hoe de eiwitlokalisatie op chromatine kan worden bepaald met behulp van eencellige uliCUT &amp; RUN.

Single-Cell Factor Lokalisatie op Chromatine met behulp van Ultra-Low Input Cleavage Under Targets en Release met Nuclease

De toename van moleculaire biomarkers die moeten worden getest voor niet-plaveiselcelcarcinoom niet-kleincellige longkanker (NS-NSCLC) zorgmanagement heeft geleid tot de ontwikkeling van snelle en betrouwbare moleculaire detectiemethoden. We beschrijven een workflow voor de beoordeling van genomische veranderingen voor NS-NSCLC-patiënten met behulp van een ultrasnelle next generation sequencing (NGS)-benadering.

Ultrasnelle amplicon-gebaseerde sequencing van de volgende generatie bij niet-plaveiselcelkanker

Onderzoekers die nieuw zijn in het epigenetische veld zullen CUT&amp;Tag een aanzienlijk eenvoudiger alternatief vinden voor ChIP-tests. CUT&amp;Tag heeft enorm geprofiteerd van de epigenetische studies op zeldzame en primaire celpopulaties, door hoogwaardige gegevens te genereren uit zeer weinig cellen. Dit protocol beschrijft het uitvoeren van H3K4me1 CUT&amp;Tag-assays op muizenmyoblasten geïsoleerd uit de achterpotspieren van muizen.

Met behulp van splitsing onder doelen en tagmentatie (CUT&#38;tag) assay in muizenmyoblastonderzoek

Deze studie presenteert een ruimtelijk Trekker–CUT&amp;Tag multioomprotocol dat directe ruimtelijke streepjescoding van een weefselsectie combineert met enkelcel-multioomanalyse. Deze aanpak maakt ruimtelijk opgeloste enkelcelprofilering van genexpressie en de histon H3K27ac-modificatie mogelijk gelijktijdig, wat mechanistische inzichten biedt in genregulatie in de context van weefselmicroanatomie.

Ruimtelijk opgeloste, geïntegreerde single-cell multiomic profilering van het transcriptoom en epigenomische doelen in bevroren weefselsecties

Ontdek CUT&RUN-seq voor genoom-brede mapping van histonmodificaties en transcriptiefactor-binding in neuro-endocriene kleincellige longkankercellijnen. Deze methode identificeert epigenetisch gereguleerde paden voor therapeutische doelwitten.

Genoom-brede mapping van histonmodificaties en bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren in neuro-endocriene kleincellige longkankercellijnen met behulp van CUT and RUN (Video) | JoVE Journal

Genoom-brede mapping van histonmodificaties en bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren in neuro-endocriene kleincellige longkankercellijnen met behulp van CUT&RUN

Meer video's verkennen