Name: Chromatine toegankelijkheidsprofilering bij hele Caenorhabditis elegans L4-larven (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-17T13:25:00.000+00:00
Duration: 8 min 2 s
Description: Leer ATAC-seq voor chromatine toegankelijkheidsprofilering in Caenorhabditis elegans L4-larven. Deze geoptimaliseerde methode overwint de collageenrijke cuticula en genereert 5.000-9.000 pieken voor genoombrede epigenetische studies.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Poulet, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+histones+in+Physarum+polycephalum+evidence+a+phylogenetic+vicinity+of+mycetozoans+to+the+animal+kingdom%5BTitle%5D)+AND+%22NAR+Genom.+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of histones in Physarum polycephalum evidence a phylogenetic vicinity of mycetozoans to the animal kingdom.</a> NAR Genom. Bioinform. 3 (4), lqab107(2021).</li>
<li>Meléndez-Ramírez, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+landscape+of+chromatin+accessibility+and+transcriptomic+changes+during+differentiation+of+human+embryonic+stem+cells+into+dopaminergic+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Dynamic landscape of chromatin accessibility and transcriptomic changes during differentiation of human embryonic stem cells into dopaminergic neurons.</a> Sci. Rep. 11 (1), 16977(2021).</li>
<li>Mansisidor, A. R., Risca, V. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility%3A+methods%2C+mechanisms%2C+and+biological+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.</a> Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).</li>
<li>Koyanagi, K. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inferring+chromatin+accessibility+during+murine+hematopoiesis+through+phylogenetic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Res.+Notes%22%5BJournal%5D)">Inferring chromatin accessibility during murine hematopoiesis through phylogenetic analysis.</a> BMC Res. Notes. 16 (1), 222(2023).</li>
<li>Gómora-García, J. C., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+factors+outline+chromatin+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer factors outline chromatin architecture.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 93, 102480(2025).</li>
<li>Boivin, A., Dura, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+chromatin+accessibility+correlates+with+gene+silencing+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">In vivo chromatin accessibility correlates with gene silencing in Drosophila.</a> Genetics. 150 (4), 1539-1549 (1998).</li>
<li>Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatin+as+an+important+driver+of+genome+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Front.+Cell+Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Heterochromatin as an important driver of genome organization.</a> Front. Cell Dev. Biol. 8, 579137(2020).</li>
<li>Escamilla-Del-Arenal, M., Recillas-Targa, F. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GATA-1+modulates+the+chromatin+structure+and+activity+of+the+chicken+alpha-globin+3%E2%80%B2+enhancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">GATA-1 modulates the chromatin structure and activity of the chicken alpha-globin 3′ enhancer.</a> Mol. Cell. Biol. 28 (2), 575-586 (2008).</li>
<li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+nucleosome+positions+using+DNase-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping nucleosome positions using DNase-seq.</a> Genome Res. 26 (3), 351-364 (2016).</li>
<li>Johnson, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flexibility+and+constraint+in+the+nucleosome+core+landscape+of+Caenorhabditis+elegans+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Flexibility and constraint in the nucleosome core landscape of Caenorhabditis elegans chromatin.</a> Genome Res. 16 (12), 1505-1516 (2006).</li>
<li>Boyle, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+mapping+and+characterization+of+open+chromatin+across+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome.</a> Cell. 132 (2), 311-322 (2008).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposition+of+native+chromatin+for+fast+and+sensitive+epigenomic+profiling+of+open+chromatin%2C+DNA-binding+proteins%2C+and+nucleosome+position%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins, and nucleosome position.</a> Nat. Methods. 10 (12), 1213-1218 (2013).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATAC-seq%3A+A+method+for+assaying+chromatin+accessibility+genome-wide%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">ATAC-seq: A method for assaying chromatin accessibility genome-wide.</a> Curr. Protoc. Mol. Biol. 109, 21.29.1-21.29.9 (2015).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chromatin+accessibility+landscape+of+primary+human+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The chromatin accessibility landscape of primary human cancers.</a> Science. 362 (6413), eaav1898(2018).</li>
<li>Shema, E., Bernstein, B. E., Buenrostro, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+single-molecule+epigenomics+to+uncover+genome+regulation+at+unprecedented+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution.</a> Nat. Genet. 51 (1), 19-25 (2019).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+human+cell+atlas+of+fetal+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A human cell atlas of fetal gene expression.</a> Science. 370 (6518), eaba7721(2020).</li>
<li>Ma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+potential+identified+by+shared+single-cell+profiling+of+RNA+and+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Chromatin potential identified by shared single-cell profiling of RNA and chromatin.</a> Cell. 183 (4), 1103-1116.e20 (2020).</li>
<li>Jänes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+across+C.+elegans+development+and+ageing%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics across C. elegans development and ageing.</a> eLife. 7, e37344(2018).</li>
<li>Dhillon-Richardson, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fishing+for+developmental+regulatory+regions%3A+Zebrafish+tissue-specific+ATAC-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Fishing for developmental regulatory regions: Zebrafish tissue-specific ATAC-seq.</a> Methods Mol. Biol. 2599, 271-282 (2023).</li>
<li>Huynh, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+variation+in+chromatin+state+across+multiple+tissues+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Genetic variation in chromatin state across multiple tissues in Drosophila melanogaster.</a> PLoS Genet. 19 (5), e1010439(2023).</li>
<li>Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+C.+elegans+heterochronic+gene+lin-4+encodes+small+RNAs+with+antisense+complementarity+to+lin-14%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14.</a> Cell. 75 (5), 843-854 (1993).</li>
<li>Fire, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potent+and+specific+genetic+interference+by+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 391 (6669), 806-811 (1998).</li>
<li>Hillier, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics+in+C.+elegans%3A+so+many+genes%2C+such+a+little+worm%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Genomics in C. elegans: so many genes, such a little worm.</a> Genome Res. 15 (12), 1651-1660 (2005).</li>
<li>Daugherty, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+reveal+novel+functional+enhancers+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics reveal novel functional enhancers in C. elegans.</a> Genome Res. 27 (12), 2096-2107 (2017).</li>
<li>Johnstone, I. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cuticle+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+a+complex+collagen+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Bioessays%22%5BJournal%5D)">The cuticle of the nematode Caenorhabditis elegans: a complex collagen structure.</a> Bioessays. 16 (3), 171-178 (1994).</li>
<li>Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+larval+cells+from+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of larval cells from C. elegans.</a> PLoS One. 6 (4), e19505(2011).</li>
<li>Stiernagle, T. Maintenance of Caenorhabditis elegans. WormBook. , The C. elegans. Research Community. (2006).</li>
<li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cerón, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+Caenorhabditis+elegans+methods%3A+synchronization+and+observation%5BTitle%5D)+AND+%22JoVE%22%5BJournal%5D)">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> JoVE. (64), e4019(2012).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+ATAC-seq+protocol+reduces+background+and+enables+interrogation+of+frozen+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues.</a> Nat. Methods. 14 (10), 959-962 (2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>250 mL, 0.22 &micro;m PES</td><td>Ultra Curz</td><td>sc-200253</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>BD</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt AMPURE XP</td><td>Nalgene</td><td>A63886</td><td></td></tr><tr><td>Bovine Serum Albumin</td><td>Maplica</td><td>200100</td><td></td></tr><tr><td>Calcium Chloride</td><td>Sigma</td><td>C5670-100G</td><td></td></tr><tr><td>CellTrics 20 &micro;m</td><td>Sysmex</td><td>04-0042-2315</td><td></td></tr><tr><td>Cholesterol</td><td>Sigma</td><td>C8503-25G</td><td></td></tr><tr><td>Digitonin</td><td>Sigma</td><td>D141-500 mg</td><td></td></tr><tr><td>Disposable gloves</td><td>Microflex</td><td>94-243</td><td></td></tr><tr><td>DL-Dithiothreitol</td><td>sigma</td><td>D0632-10G</td><td>Schadelijk</td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, pure</td><td>Sigma</td><td>1003661421</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum</td><td>biowest</td><td>S181S-500</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma</td><td>H3375-250 G</td><td></td></tr><tr><td>Illumina Tagment DNA Enzyme and Buffer (large Kit)</td><td>Illumina</td><td>20034211</td><td></td></tr><tr><td>Kapa Syber 50 mL</td><td>Sigma</td><td>KK4618</td><td></td></tr><tr><td>L-15 Medium (Leivobitz)</td><td>sigma</td><td>L4386-10L</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium Chloride anhydrous</td><td>Sigma</td><td>M8266-100G</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium Sulfate Heptahydrate</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium Sulfate Heptahydrate</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR Purification Kit (50 preps)</td><td>Qiagen</td><td>28004</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext&reg; High-Fidelity 2X PCR Master Mix</td><td>NEB</td><td>M0541S</td><td></td></tr><tr><td>Nonidet P40 Substitute</td><td>Sigma</td><td>74835-1L</td><td></td></tr><tr><td>Pen Strep</td><td>Gibco</td><td>15140-122</td><td></td></tr><tr><td>Peptone</td><td>BD</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>Petri dish 60 mm</td><td>Tritech</td><td>T3308</td><td></td></tr><tr><td>Petri dish 90 mm</td><td>Interlux</td><td>C9015-2C</td><td></td></tr><tr><td>Pipet tips 10 &micro;L, filter</td><td>Cellpro</td><td>800108</td><td></td></tr><tr><td>Pipet tips 20 &micro;L, filter</td><td>Cellpro</td><td>800708</td><td></td></tr><tr><td>Pipet tips 200 &micro;L, filter</td><td>Cellpro</td><td>800608</td><td></td></tr><tr><td>Potassium Chloride</td><td>Sigma</td><td>P9541 -500G</td><td></td></tr><tr><td>Potassium Phosphate Dibasic Powder</td><td>J.T. Baker</td><td>3252-01</td><td></td></tr><tr><td>Potassium Phosphate Monobasic, Crystal</td><td>J.T. Baker</td><td>3246-01 500G</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Chloride</td><td>JT Baker</td><td>3624-01</td><td></td></tr><tr><td>Sodium dodecyl sulfate</td><td>sigma</td><td>L4509-100G</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Hydroxide</td><td>Macron</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Hypochlorite</td><td>Cloralex</td><td>544394479</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Phosphate Dibasic 7-Hydrated Crystal</td><td>J.T. Baker</td><td>3824-01</td><td></td></tr><tr><td>SPRIselect</td><td>Beckman</td><td>B23318</td><td></td></tr><tr><td>Sucrose</td><td>Sigma</td><td>S0389-500G</td><td></td></tr><tr><td>Syringe Filter PVDF 0.22 &micro;m</td><td>Ultra Curz</td><td>Sc-358812</td><td></td></tr><tr><td>Trizma base</td><td>Sigma</td><td>T1503 1KG</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma</td><td>P9416-50ML</td><td></td></tr></tbody></table>

chromatine toegankelijkheidsprofilering bij hele caenorhabditis elegans l4-larven

Chromatin Accessibility Profiling in Whole Caenorhabditis elegans L4 Larvae

Kwaliteitscontrole na tagmentatie zorgt voor nauwkeurige bibliotheekvoorbereiding Tijdens het protocol is het belangrijk speciale aandacht te besteden aan qPCR die na chromatine-tagmentatie wordt uitgevoerd (sectie 9), aangezien dit een essentiële stap is voor het beoordelen van DNA-kwaliteit en de prestaties van het experiment. Figuur 1A toont twee versterkingscurves; De linker (minder dan 15 cycli) vertegenwoordigt materiaal van goede kwaliteit dat laat zien dat alles t...

Chromatine toegankelijkheidsprofilering bij hele Caenorhabditis elegans L4-larven

Chromatin accessibility plays essential roles in transcription, DNA repair, and chromosome segregation. Hyper-accessible regions usually correlate with ...

Ons onderzoek richt zich op hoe epigenetische regulatie de genexpressie vormt, specifiek hoe chromatine-toegankelijkheid de genactiviteit controleert onder verschillende biologische omstandigheden. ATAC-seq in C.elegans wordt beperkt door zijn beschermende cuticula. Onze protocollen overwinnen deze barrière om betrouwbare analyse van chromatine-toegankelijkheid mogelijk te maken.Om te beginnen, verkrijg een synchrone populatie van L1-wormen en laat ze 26 uur groeien bij 20 graden Celsius. Bevestig onder de microscoop dat de meeste wormen zich in het L4-stadium bevinden. Haal alle wormen van de platen met M9-buffer en breng ze over in een 1,5 milliliter centrifugeerbuis.Was de wormen vijf keer met één milliliter steriel water door ze door zwaartekracht te laten bezinken. Breng vervolgens de buis met de wormen over naar een incubator van 25 graden Celsius gedurende 30 minuten om intestinale voedselresten te verwijderen. Neem vervolgens 50 microliter van het wormenpelletje en plaats het in een nieuwe buis.Om de wormen te lyseren, voeg 200 microliter vers SDS-DTT-buffer toe en meng gedurende exact vijf minuten in een buisrotator. Voeg vervolgens één milliliter koude eierbuffer toe. Draai vervolgens op een picofuge om het supernatant te verwijderen en herhaal dit zes keer.Voeg daarna 80 microliter vers bereide pronase toe. Gebruik een 200 microliter pipet met gefilterde tips om het wormenpronase-mengsel 70 keer te mengen en incubeer het gedurende 15 minuten op kamertemperatuur. Voeg 800 microliters L15 10% foetaal runderserum medium toe en centrifugeer gedurende vijf minuten bij 500G op vier graden Celsius.Na verwijdering van het supernatant, voeg één milliliter L15 10% foetaal runderserum medium toe en centrifugeer zoals eerder aangetoond. Zodra het pelletje drie keer is gewassen, verwijder het supernatant en suspendeer het pelletje opnieuw in 900 microliters L15 10% foetaal runderserum medium. Filtreer vervolgens de suspensie met een 20 micrometer filter.Centrifugeer de gefilterde celsuspensie gedurende vijf minuten bij 500G op vier graden Celsius. Verwijder vervolgens het supernatant, waarbij ongeveer 50 microliter overblijft. Voeg 45 microliter vers bereid lyseerbuffer toe en suspendeer het monster voorzichtig opnieuw.Voeg vervolgens voorzichtig 50 microliter wasbuffer toe zonder het monster te mengen. Centrifugeer gedurende vijf minuten bij 500G op vier graden Celsius. Verwijder het supernatant en bewaar het monster op ijs.Tijdens het centrifugeren, bereid per monster de TN5-mix voor door 25 microliter TN5-buffer, 24,8 microliter nuclease-vrij water en 0,2 microliter TN5-enzym te combineren. Na centrifugatie, verwijder het supernatant en bewaar de kernen op ijs. Voeg 50 microliter TN5-mix toe aan het nucleaire pellet.Pipet het vervolgens zeven keer op en neer om te mengen. Incubeer gedurende 30 minuten op 37 graden Celsius op een thermisch blok en tik voorzichtig om de 10 minuten op de buis. Na TN5-incubatie, voeg 300 microliters PB-buffer toe en meng door 25 seconden te vortexen op maximale snelheid.Breng het volledige volume van de buis over in de spinkolom. Centrifugeer gedurende één minuut bij kamertemperatuur op maximale snelheid. Voeg 750 microliters PE-buffer toe aan de spinkolom en centrifugeer opnieuw.Gooi vervolgens het supernatant weg met de opvangbuis. Na een lege spin, plaats de kolom in een nieuw gelabelde 1,5 milliliter buis. Voeg 10 microliters EB-buffer bij 37 graden Celsius toe aan het midden van de kolom zonder deze aan te raken.Laat het een minuut op kamertemperatuur staan. Centrifugeer vervolgens gedurende één minuut op maximale snelheid bij kamertemperatuur. Herhaal vervolgens de elutiestappen om een ​​eindvolume van 20 microliter in EB-buffer te verkrijgen.Voer een real-time PCR uit om het juiste cyclusversterkingsnummer voor ATAC-bibliotheekversterking in te schatten. Schat het eindversterkingscyclusnummer in door de cyclus te selecteren waarbij het versterkingssignaal 1/3 van zijn maximum bereikt voor elk monster. Voer de laatste versterking uit voor de ATAC-bibliotheek en wijs aan elk monster een ander omgekeerde primer toe en noteer dit.Versterk elk monster gedurende het geschatte cyclusnummer voor dat monster. Voer de gepresenteerde polymerasekettingreactie uit in 200 microliter buisjes met 10 microliter DNA-bibliotheek in een totale reactievolume van 50 microliter. Bewaar de monsters bij min 20 graden Celsius als het protocol wordt onderbroken.Na het zuiveren van de versterkte bibliotheek, voer capillaire elektroforese uit om het fragmentlengteverdelingspatroon te bekijken. De versterkingscurve die resulteert in een geschatte eindbibliotheeiversterking van minder dan 15 cycli duidt op goed kwaliteitsmateriaal dat geschikt is voor voortzetting. De versterkingscurve die een vertraagde toename vertoont, duidt op materiaal van slechte kwaliteit en mag niet worden voortgezet.De fragmentlengteverdeling na amplificatie toonde nucleosomale patronen van ongeveer 150 basenparen en 300 basenparen in geldige monsters. Een uitgesmeerd fragmentpatroon duidde op over-tagmentering van DNA, waardoor het monster opnieuw moest worden uitgevoerd. Ons protocol maakt genome-wide chromatinetoegankelijkheidsprofilering mogelijk in hele wormen om te begrijpen hoe omgevingen de genregulatie beïnvloeden.De belangrijkste uitdaging is het balanceren van wormeninput en TN5-activiteit om onvoldoende of overmatige tagmentering te voorkomen, wat zorgt voor optimale chromatinetoegankelijkheidsprofilering. Deze aanpak biedt mogelijkheden om epigenetische variatie te bestuderen tussen wilde isolaten, omgevingsomstandigheden en zelfs alternatieve soorten.

chromatin-accessibility-profiling-whole-caenorhabditis-elegans-l4

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

Microarray analyse werd uitgevoerd om genetische expressie profielen...

Het bepalen van genetische expressie profielen in C. elegans Met behulp van microarray en real-time PCR

De vraag hoe chromatine toezichthouders en chromatine staten van invloed op het genoom in vivo is de sleutel tot ons begrip van hoe vroeg lot van de cel beslissingen worden genomen in het zich ontwikkelende embryo. ChIP-Seq-de meest populaire benadering van chromatine functies onderzoeken op mondiaal niveau wordt hier geschetst voor Xenopus embryo.

Genoom-brede Snapshot van chromatine regelgevers en staten in<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryo&#39;s van Chip-Seq

Hier beschrijven we protocollen die specifiek zijn ontworpen om morfogenetische defecten te monitoren die optreden tijdens de vroege en late fasen van embryonale verlenging van de rondworm Caenorhabditis elegans. Uiteindelijk zijn deze protocollen ontworpen om genen te identificeren die deze fasen reguleren en om hun differentiële vereisten langs de antero-posterior as van het embryo te karakteriseren.

Novel Metrics te karakteriseren Embryonale Verlenging van de nematode<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Hier presenteren we een kader hebben betrekking op breed scala dieet beperking genexpressie en levensduur. We beschrijven de protocollen voor breed scala dieet beperking en voor kwantitatieve beeldvorming van genexpressie onder dit paradigma. We schetsen verder computationele analyses te onthullen de functies van information processing van de genetische circuits onderliggende betrokken bij voedsel-sensing.

Kwantificering van informatie gecodeerd door Gene Expression niveaus tijdens levensduur modulatie onder breed-scala dieet beperking in C. elegans

We presenteren een geautomatiseerde methode voor driedimensionale wederopbouw van de Caenorhabditis elegans germline. Onze methode bepaalt het aantal en de positie van elke kern binnen de kiemcellen en analyses germline eiwit distributie en cytoskeletal structuur.

Computationele analyse van de Caenorhabditis elegans Germline te bestuderen van de distributie van kernen, eiwitten en het cytoskelet

Hier presenteren we een combinatie benadering met behulp van hoge-resolutie microscopie, computationele tools, en single-cell etikettering in levende C. de embryo's van de neurologische om de enige cel dynamiek te begrijpen.

Isotrope licht-vel microscopie en geautomatiseerde Cell Lineage analyses catalogus Caenorhabditis embryogenese met subcellulaire resolutie

Deze methode is ontworpen om de vorming van PRC2-gemedieerde chromatine-domeinen in cellijnen te volgen, en de methode kan worden aangepast aan vele andere systemen.

Een methode om de Novo vorming van Chromatin domeinen te bestuderen

Dit werk beschrijft een semi-High-throughput protocol dat gelijktijdige 3D time-lapse beeldvorming van embryogenese in 80 – 100 C. elegans embryo's in een enkele nachtelijke run toestaat. Daarnaast worden tools voorbeeld verwerking en visualisatie meegeleverd om de gegevensanalyse te stroomlijnen. De combinatie van deze methoden met aangepaste reporter stammen maakt gedetailleerde controle van embryogenese.

Een semi-High-throughput imaging methode en data visualisatie Toolkit om C. elegans embryonale ontwikkeling te analyseren

Een protocol voor het in beeld brengen van de dynamische microtubuli in vivo met behulp van fluorescerend gelabeld Eindbindend eiwit is gepresenteerd. We beschreven de methoden om de dynamische microtubuli in het posterieure laterale microtubuli (PLM) neuron van C. elegans te labelen,in beeld te geven en te analyseren .

In vivo Beoordeling van microtubule dynamica en oriëntatie in Caenorhabditis elegans neuronen

Het huidige protocol beschrijft een procedure voor het isoleren van darmen van volwassen Caenorhabditis elegans nematodewormen met de hand voor input in genomica, proteomica, microbioom of andere testen.

Handdissectie van Caenorhabditis elegans Darmen

Dit protocol beschrijft een RNA-interferentie en ChIP-test om de epigenetische overerving van RNAi-geïnduceerde uitschakeling en geassocieerde chromatinemodificaties in C. elegans te bestuderen.

Analyse van transgenerationele epigenetische overerving in C. elegans met behulp van een fluorescerende reporter en chromatine-immunoprecipitatie (ChIP)

Leer ATAC-seq voor chromatine toegankelijkheidsprofilering in Caenorhabditis elegans L4-larven. Deze geoptimaliseerde methode overwint de collageenrijke cuticula en genereert 5.000-9.000 pieken voor genoombrede epigenetische studies.

Chromatine toegankelijkheidsprofilering bij hele Caenorhabditis elegans L4-larven

Meer video's verkennen