Name: Milieu-DNA-monsters van walviskijkvaartuigen voor walvisachtige monitoring (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-10T12:35:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Leer een gestandaardiseerd protocol voor milieu-DNA-monstername van walvisachtigen aan boord van walviskijkvaartuigen. Deze methode ondersteunt niet-invasieve monitoring van mariene biodiversiteit door onderzoekers en getrainde burgerwetenschappers.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>Alternative eDNA filters: SterivexTM /Waterra</td><td>Merck Millipore/Waterra Pumps Limited</td><td>SVHVL10RC/NA</td><td>0.45 &micro;m pore size. Require eDNA preservation buffers&nbsp;</td></tr><tr><td>AW1, AW2, AE buffers</td><td>Qiagen&nbsp;&nbsp;</td><td>19081, 19072, 19077</td><td>Buffer solutions used for DNA purification during extraction</td></tr><tr><td>Bleach solution (1:10)</td><td>DM - Denk mit, Hygienereiniger</td><td>Customized</td><td>Surface decontamination. All steps in laboratory processes</td></tr><tr><td>Buckets</td><td>Boating shops, fishing gear, Amazon</td><td></td><td>Rigid. Rubber or hard plastic (&ge; 10 L). One or more depending on the sampling set-up and onboard logistics</td></tr><tr><td>Cleanup Reagent, Express PCR&nbsp;</td><td>ExoSAP-IT</td><td>75001.1.EA</td><td>PCR products preparation for Sanger sequencing</td></tr><tr><td>Cooling box</td><td>Housing</td><td></td><td>Insulated rigid container or cooling bag</td></tr><tr><td>Disposable gloves, Large (L) and Medium (M) sizes, Powder-Free</td><td>Kimberly-Clark</td><td>43431, 55090</td><td>Disposable nitrile or latex gloves, 100-units box. Amount required: 1 box per 10 - 15 trips</td></tr><tr><td>DNA standards (3 &mu;L)&nbsp;</td><td>NA</td><td>Customized</td><td>DNA tissue-derived- serial dilution (8 points, 10 ng/&micro;L) from humpback whale. Calibration in qPCR</td></tr><tr><td>DNA-safe laboratory clothing</td><td>Falano, PP-Overall</td><td>081-2900</td><td>All steps in laboratory processes.</td></tr><tr><td>eDNA container</td><td>Housing or hardware stores</td><td>NA</td><td>Lidded, durable, transparent (&ge; 10 L).&nbsp;</td></tr><tr><td>Elution plate, Rod cover, Wash plates, Bind plate</td><td>Qiagen</td><td>19581, 997004, 1031656, 302570</td><td>Plastics used for DNA extraction&nbsp;</td></tr><tr><td>Ethanol (8:10)</td><td>Endure, ACS ISO Rang</td><td>Various</td><td>Bench sterilization. All laboratory steps</td></tr><tr><td>Field data sheets</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fluorescence-based high sensitivity assay</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32851</td><td>Qubit dsDNA High Sensitivity assay (Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA)</td></tr><tr><td>High-speed centrifuge (24,000 rpm)</td><td>Hettich Zentrifugen&nbsp;</td><td></td><td>Separates DNA-containing supernatant from debris. DNA lysis</td></tr><tr><td>Ice packs</td><td>Housing stores</td><td></td><td>Cooling of the samples inside shipping container</td></tr><tr><td>IPC forward and reverse primers</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>NA</td><td>Custom product used for the amplification of target species DNA</td></tr><tr><td>IPC PrimeTime qPCR Probes</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>NA</td><td>Custom product used for the amplification of target species DNA</td></tr><tr><td>Laminar flow hood&nbsp;</td><td>Kendro Laboratory Products</td><td>VFS1206</td><td>Sterile environment for reagent preparations in qPCR preparation</td></tr><tr><td>Laminated illustrated field protocol&nbsp;</td><td></td><td></td><td>Customized</td></tr><tr><td>Lysis buffer</td><td>Qiagen</td><td>79216</td><td>DNeasy lysis buffer AL. Alternative to TES Buffer + Proteinase K</td></tr><tr><td>Magnetic-bead&ndash;based DNA robot</td><td>KingFisher Apex 96 PCR head</td><td>5400910</td><td>Software: BindIx PC&nbsp;</td></tr><tr><td>Magnetic particles for nucleic acid binding (30 &micro;L)</td><td>Qiagen</td><td>67563</td><td>MagAttract particles. Facilitates DNA binding to magnetic beads in DNA extraction</td></tr><tr><td>Master mix (5 &mu;L)</td><td>EMM, Life Technologies</td><td>4396838</td><td>TaqMan Environmental Master Mix (2.0)</td></tr><tr><td>Mini Plate Spinner Centrifuge&nbsp;</td><td>Labnet</td><td>C1000</td><td>Spin down liquid droplets and condensation from PCR and microplates</td></tr><tr><td>OneStep-96 PCR Inhibitor Removal Kit</td><td>ZYMO Research</td><td>D6035</td><td>Purification and removal of contaminants in eDNA extracts&nbsp;</td></tr><tr><td>PCR Plates</td><td>Bio-Rad</td><td>HSP9601</td><td>Hard-Shell 96-Well</td></tr><tr><td>Pipettes + sterile filtered tips</td><td>Pipettes: BIOHIT, Filter tips: Biozym Safe&nbsp; Seal Tips&nbsp; professional</td><td>Various</td><td>Manual or electronic pipettes can be used at various maximum volumes</td></tr><tr><td>Plate Spinner Centrifuge&nbsp;</td><td>NA</td><td>NA</td><td>Removes bubbles before qPCR&nbsp;</td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Avantor VWR</td><td>A4392.0010</td><td>Digests proteins to help release DNA during lysis</td></tr><tr><td>Purified water</td><td>MilliQ</td><td>NA</td><td>RNase free water, used for negative controls and cleaning solution&nbsp;</td></tr><tr><td>Reaction tubes (2 mL)</td><td>Eppendorf</td><td>30120094</td><td>DNA lysis</td></tr><tr><td>Real-time quantitative PCR thermocycler</td><td>Analytikjena</td><td>NA</td><td>QTower 3G platform. Amplifies and quantifies DNA in real time</td></tr><tr><td>Ropes</td><td>Boating, hardware stores, fishing harbors</td><td>NA</td><td>Strong material (e.g., polyethylene or braid rope). Length at least two times the height of the vessel</td></tr><tr><td>Sealing film, adhesive, optical</td><td>Bio-Rad</td><td>MSB1001</td><td>Microseal 'B'. Seal PRC plate before PCR</td></tr><tr><td>Self-preserving eDNA filters</td><td>Smith-Root&nbsp;</td><td>11579-25</td><td>1.2 &micro;m pore size. Amount per sampling campaign: as needed</td></tr><tr><td>Shipping container</td><td>Laboratories, pharmacies, Amazon</td><td>Various</td><td>Styrofoam insulated</td></tr><tr><td>Software for biological sequence alignment and analysis</td><td>Bio Edit</td><td>Version 7</td><td>User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT</td></tr><tr><td>Squeeze bottle</td><td>Laboratories, pharmacies</td><td>Various</td><td>Filled with household bleach (1:10)</td></tr><tr><td>Statistical analysis software</td><td>R Studio Team. (2023)</td><td>Version 4.2.1</td><td></td></tr><tr><td>Sterilized DNA-free gloves</td><td>Sempercare&nbsp; edition</td><td>79712</td><td>All steps in laboratory processes.&nbsp;</td></tr><tr><td>TES buffer</td><td></td><td></td><td>Custom product, equivalent to DNeasy lysis buffer</td></tr><tr><td>Toxic waste container</td><td></td><td></td><td>Safe disposal of hazardous waste. All steps</td></tr><tr><td>UV lamp&nbsp;</td><td>SterilAIR</td><td></td><td>Hood sterilization for qPCR preparation</td></tr><tr><td>Vortex-genie 2 vortex mixer&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>50728002</td><td>Homogenizes and mixes reagents. DNA lysis, extraction</td></tr><tr><td>Waste container</td><td>Housing stores</td><td></td><td>Small rigid container</td></tr><tr><td>Water pump (peristaltic/vacuum)</td><td>Eijkelkamp; Solinst/Smith-Root&nbsp;</td><td>12.34.SB; 410/12099</td><td>Portable pumps</td></tr><tr><td>Waterproof marker</td><td>Various</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

milieu-dna-monsters van walviskijkvaartuigen voor walvisachtige monitoring

Environmental DNA Sampling from Whale-Watching Vessels for Cetacean Monitoring

Milieu-DNA-monsters van walviskijkvaartuigen voor walvisachtige monitoring

Environmental DNA (eDNA) offers a non-invasive approach for monitoring cetaceans, yet its widespread application from operational platforms requires ...

environmental-dna-sampling-from-whale-watching-vessels-for-cetacean

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Deze video documenten methoden voor het verzamelen van kust-zee watermonsters en de behandeling daarvan voor verschillende downstream-toepassingen, waaronder biomassa-concentratie, nucleïnezuur zuivering, cel overvloed, nutriënten-en trace gas analyses.

Zeewater Bemonstering en Collection

Wij presenteren een niet-invasieve sampling aanpak voor een efficiënte haarmonsters te verzamelen van ongrijpbare kleine zoogdieren, zoals te zien voor de Amerikaanse pika. Tonen we het nut van deze methode door extractie DNA van bemonsterd haar en versterken van verschillende soorten van moleculaire merkers vaak gebruikt in studies van wilde dieren ecologie en natuurbehoud.

Een niet-invasieve Hair samplingtechniek om High Quality DNA verkrijgen van Elusive kleine zoogdieren

We beschrijven een protocol voor het filtreren van watermonsters met een filtercartridge en het extraheren van omgevings-DNA (eDNA) zonder dat het behuizing hoef te worden geopend om de filter te verwijderen. Dit protocol is ontwikkeld voor metabarcoding van eDNA van vissen, maar is ook toepasbaar op eDNA van andere organismen.

Het gebruik van een filter cartridge voor filtratie van watermonsters en Winning van Environmental DNA

De onderstaande protocol beschrijft de methode voor: microplastics bemonstering op het zeeoppervlak, scheiding van microplastic en chemische karakteristieken van de deeltjes. Dit protocol is in lijn met de aanbevelingen voor microplastics controle uitgegeven door de krm technische subgroep Marine Litter.

Protocol voor microplastics bemonstering op het zeeoppervlak en Sample Analysis

Meeste microplastic onderzoek tot op heden heeft plaatsgevonden in mariene systemen waar gesuspendeerde vaste niveaus relatief laag zijn. Focus verschuift nu naar zoetwatersystemen, die over een hoge sediment ladingen en zwevend puin beschikken kunnen. Dit protocol adressen verzamelen en analyseren van microplastic monsters van aquatische milieus waarin hoge gesuspendeerde vaste lasten.

Bemonstering, sorteren en karakteriseren van Microplastics in aquatische milieus met hoge zwevende sedimenten ladingen en grote zwevend puin

Milieu-DNA-tests vereisen een rigoureus ontwerp, testen, optimalisatie en validatie voordat het verzamelen van veldgegevens kan beginnen. Hier presenteren we een protocol om gebruikers door elke stap te nemen bij het ontwerpen van een soortspecifieke, op sondes gebaseerde qPCR-test voor de detectie en kwantificering van dna van een doelsoort uit milieumonsters.

Ontwikkeling en testen van soortspecifieke kwantitatieve PCR-tests voor milieu-DNA-toepassingen

Hier presenteren we een eenvoudig protocol voor niet-invasieve genetische bemonstering van vlinderpopulaties op basis van de veldverzameling van resterend eipuin. Het kan worden gebruikt om de identiteit van soorten te bevestigen en genetische variatie te kwantificeren. Dit protocol kan eenvoudig worden aangepast aan bredere groepen voor betrokkenheid van de gemeenschap bij de wetenschap.

Gemeenschapswetenschappers inzetten om niet-destructieve genetische bemonstering van zeldzame vlinderpopulaties uit te voeren

Hier presenteren we een nieuw protocol om marien eDNA op te halen door het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten en andere commerciële schepen.

Het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-DNA-analyse

Het protocol detecteert belangrijke methaancyclusgenen in de wetlands aan de kust van Zuid-Texas en visualiseert hun ruimtelijke verdeling om het begrip van methaanregulatie en de milieueffecten ervan in deze dynamische ecosystemen te vergroten.

Visualisatie van methaan-cyclische microbiële dynamiek in wetlands aan de kust

Hier beschrijven we methoden voor bemonstering uit de eufotische zones van mariene en zoetwaterecosystemen om cyanofagen (en hun gastheren) te isoleren en post-bemonsteringsprocessen die afzonderlijke genotypen verrijken en de dynamiek van virus-gastheerinteractie karakteriseren.

Milieubemonstering van fotosynthetische microben en hun virussen: van veld tot laboratorium

Leer een gestandaardiseerd protocol voor milieu-DNA-monstername van walvisachtigen aan boord van walviskijkvaartuigen. Deze methode ondersteunt niet-invasieve monitoring van mariene biodiversiteit door onderzoekers en getrainde burgerwetenschappers.

Milieu-DNA-monsters van walviskijkvaartuigen voor walvisachtige monitoring

Meer video's verkennen