ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Vogelstein, B., Gillespie, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparative+and+analytical+purification+of+DNA+from+agarose.">Preparative and analytical purification of DNA from agarose.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 76 (2), 615-619 (1979).</li><li>Boom, W. R., Adriaanse, H. M. A., Kievits, T., Lens, P. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Process+for+isolating+nucleic+acid.">Process for isolating nucleic acid.</a> US patent. , (1993).</li><li>Guerry, P., LeBlanc, D. J., Falkow, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=General+method+for+the+isolation+of+plasmid+deoxyribonucleic+acid.">General method for the isolation of plasmid deoxyribonucleic acid.</a> J Bacteriol. 116 (2), 1064-1066 (1973).</li><li>Borodina, T. A., Lehrach, H., Soldatov, A. V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+purification+on+homemade+silica+spin-columns.">DNA purification on homemade silica spin-columns.</a> Anal Biochem. 321 (1), 135-137 (2003).</li><li>Liao, P. C., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+mitochondria+from+cells+and+tissues.">Isolation of mitochondria from cells and tissues.</a> Methods Cell Biol. 155, 3-31 (2020).</li><li>Terp, S. K., Pedersen, I. S., Stoico, M. P. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+cell-free+DNA:+evaluation+of+efficiency,+quantity,+and+quality.">Extraction of cell-free DNA: evaluation of efficiency, quantity, and quality.</a> J Mol Diagn. 26 (4), 310-319 (2024).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+and+application+of+an+efficient+plant+DNA+extraction+protocol+for+laboratory+and+field+testing.">Evaluation and application of an efficient plant DNA extraction protocol for laboratory and field testing.</a> J Zhejiang Univ Sci B. 22 (2), 99-111 (2021).</li><li>Espy, M. J., Patel, R., Paya, C. V., Smith, T. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+three+methods+for+extraction+of+viral+nucleic+acids+from+blood+cultures.">Comparison of three methods for extraction of viral nucleic acids from blood cultures.</a> J Clin Microbiol. 33 (1), 41-44 (1995).</li><li>Pueschel, L., Li, H., Hymes, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Streamlined+purification+of+plasmid+DNA+from+prokaryotic+cultures.">Streamlined purification of plasmid DNA from prokaryotic cultures.</a> J Vis Exp. (47), e2407 (2011).</li><li>. QIAvac accessories Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/lab-essentials/vacuum-manifolds-and-accessories/qiavac-accessories">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/lab-essentials/vacuum-manifolds-and-accessories/qiavac-accessories</a> (2025)</li><li>Clark, P., Greenizen, K. E., Doyle, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multifunctional+vacuum+manifold.">Multifunctional vacuum manifold.</a> US patent. , (2009).</li><li>. QIAcube Connect DNA and RNA extraction instrument Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/instruments-equipment/qiacube-connect">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/instruments-equipment/qiacube-connect</a> (2025)</li><li>. NucleoVac 24 vacuum manifold&#8212;vacuum processing of nucleic acid purification columns Available from: <a target="_blank" href="https://www.takarabio.com/products/nucleic-acid-purification/accessories-and-components/htp-accessories/nucleovac-24-vacuum-manifold">https://www.takarabio.com/products/nucleic-acid-purification/accessories-and-components/htp-accessories/nucleovac-24-vacuum-manifold</a> (2025)</li><li>. QIAquick 96 PCR purification kits Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/dna-purification/dna-clean-up/qiaquick-96-pcr-purification-kits">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/dna-purification/dna-clean-up/qiaquick-96-pcr-purification-kits</a> (2025)</li></ol>

<table><tbody><tr><td>3D Printer Filament</td><td>NIT, Rusland</td><td>-</td><td>PETG of PLA aanbevolen</td></tr><tr><td>Buffer N3</td><td>Qiagen, Nederland</td><td>19064</td><td></td></tr><tr><td>Buffer P1</td><td>Qiagen, Nederland</td><td>19051</td><td></td></tr><tr><td>Buffer P2</td><td>Qiagen, Nederland</td><td>19052</td><td></td></tr><tr><td>Creality Ender-3 S1 Pro</td><td>Creality, China</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Elution Buffer&nbsp;</td><td>Qiagen, Nederland</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf Centrifuge 5702</td><td>Eppendorf, Duitsland</td><td>22626001</td><td>Vaste hoekrotor</td></tr><tr><td>Eppendorf Centrifuge 5804 R</td><td>Eppendorf, Duitsland</td><td>22625080</td><td>Zwengrotor met emmerplaten</td></tr><tr><td>Ethidium Bromide&nbsp;</td><td>Biolabmix, Rusland</td><td>EtBr-10</td><td></td></tr><tr><td>Frit of 1000 &mu;L Filter Pipette Tip</td><td>GenFollower, China</td><td>E-FTB1000</td><td>Onderdeel van Filter Columns&nbsp;</td></tr><tr><td>Miniprep Without Filter Barrier Spin Column</td><td>JVLAB, China</td><td>-</td><td>Onderdeel van Filter Columns&nbsp;</td></tr><tr><td>Phenol Red</td><td>Lenreactiv, Rusland</td><td>200125</td><td></td></tr><tr><td>PrusaSlicer</td><td>Prusa Research, Tsjechische Republiek</td><td></td><td></td></tr><tr><td>QIAprep 2.0 Spin Miniprep Columns</td><td>Qiagen, Nederland</td><td>27115</td><td></td></tr><tr><td>RNase A</td><td>Qiagen, Nederland</td><td>19101</td><td></td></tr><tr><td>Wash Buffer</td><td>Qiagen, Nederland</td><td>19065</td><td></td></tr></tbody></table>

medium-throughput kolom dna-extractie met behulp van 24-well racks

Medium-Throughput Column DNA Extraction Using 24-Well Racks

Medium-throughput kolom DNA-extractie met behulp van 24-well racks

Silica-membrane spin column extraction is the standard for high-quality DNA purification but is labor-intensive and difficult to scale manually beyond ...

Ons onderzoek richt zich op 3D-geprinte rekken voor parallelle spin-kolom extractie van DNA en RNA, waarmee een brug wordt geslagen tussen handmatige en geautomatiseerde methoden. Deze benadering pakt de beperkingen van arbeidsintensieve handmatige spin-kolom methoden aan door het gelijktijdig verwerken van maximaal 116 DNA- of RNA-monsters mogelijk te maken. Gebruik om te beginnen een fused filament 3D-printer met een nozzle van 0,4 millimeter om het rek te printen.Gebruik generiek polylactide, of PLA, polyethyleentereftalaatglycol, of PETG, of acrylonitrilbutadieenstyreen, of ABS-filament met 100% vulling. Stel de laaghoogte in op 0,1 millimeter en schakel oppervlakte-afgladding in. Pas de printinstellingen aan om waterdichtheid en mechanische stabiliteit te garanderen.Test de racks op waterdichtheid voordat u ze voor het eerst gebruikt. Vul het geprinte reservoir met 70% ethanol om het voor gebruik te testen. Centrifugeer gedurende stapsgewijs toenemende tijdsduuren om de afwezigheid van lekkage of structurele schade te bevestigen.Nadat het testen met lijm succesvol is verlopen, worden de componenten van het basisreservoir aan elkaar verbonden om een afgesloten eenheid te vormen. Inoculeer escherichia coli, of E.Coli transformanten, in drie tot vijf milliliters lysogeny broth, of LB-medium, waarin de juiste antibiotica zijn opgenomen. Incubeer de cultuur gedurende 12 tot 16 uur bij 37 °C onder schudcondities.Centrifugeer 10 minuten bij 2000 G om de cellen te oogsten. Verwijder het supernatant. Voeg 250 microliter resuspensiebuffer toe aan het pellet.Resuspendeer het pellet volledig door te vortexen of te pipetteren. Voeg 250 µL lysisbuffer toe. Meng voorzichtig door de buis vier tot zes keer om te keren of door de 24-wells plaat te schudden.Voeg 350 µL neutralisatiebuffer toe en meng dit. Observeer de vorming van een wit neerslag om een succesvolle neutralisatie te bevestigen. Voeg lysisbuffer toe aan een buis die titaandioxidepoeder bevat.Voeg een volume-massaverhouding van twee op één toe. Voeg 250 µL van de titaniumdioxide-suspensie toe aan het lysaat. Meng dit vervolgens door de buis te schudden.Voeg 350 µL neutralisatiebuffer toe en meng grondig. Centrifugeer 10 minuten bij 2000 G. Observeer dat de celpellet volledig is neergeslagen in aanwezigheid van titaniumdioxide en dat het supernatant volledig transparant is.Let bij afwezigheid van titaandioxide op de aanwezigheid van residu-sediment in het supernatant. Verzamel het supernatant zonder het precipitaat te verstoren en breng het over naar de bindingskolom. Plaats de DNA-bindingskolommen in de kolomhouderlaag van het rek.Plaats de kolomdeksels in de daarvoor bestemde gleuven om ze tijdens het centrifugeren te fixeren. Plaats de clarificatie- of filterkolommen in de filterkolomlaag direct boven de bindingskolommen. Breng het voorbereide geneutraliseerde lysaat over in de filtratiekolommen.Plaats het gemonteerde rek in een rotor met scharnierende emmers. Centrifugeer 1 minuut bij 2000 G op kamertemperatuur. Verwijder het rek uit de centrifuge en verwijder vervolgens de filterkolomlaag en gooi deze weg.Giet de doorstroom uit het reservoir in een afvalbak. Plaats het rek met de bindingskolommen opnieuw samen. Voeg 500 tot 700 microliters wasbuffer toe aan elke bindingskolom.Centrifugeer bij 2000 G gedurende één minuut. Verwijder de doorstroom uit het reservoir en herhaal de wasstap zoals eerder gedemonstreerd. Verwijder de bindingskolommen uit het rek en breng ze over naar opvangbuisjes van twee milliliter.Centrifugeer gedurende één minuut bij 10.000 G of hoger om het membraan te drogen. Breng de kolommen over naar schone buisjes van 1,5 milliliter. Voeg 50 microliters elutiebuffer of water rechtstreeks toe aan het membraan en incubeer de kolommen gedurende één minuut bij kamertemperatuur.Centrifugeer gedurende één minuut bij 10,000 G of hoger om het DNA te elueren. De totale plasmidopbrengst vertoonde geen significant verschil tussen de conventionele methode en extractie met gebruik van de rackconfiguraties. De plasmidbevestiging bleef behouden met vergelijkbare verdelingen van relaxed, gelineariseerd en supercoiled DNA.De distributie van de kleurstof was beperkt tot het afvalgebied direct onder de beladen kolommen, waarbij geen zichtbaar signaal werd gedetecteerd in aangrenzende wells of op naburige kolomtoppen, wat aangeeft dat het ontwerp van het rek de kans op spatten en overdracht tussen kolommen vermindert. Amplificatie werd uitsluitend gedetecteerd in eluaties van kolommen waaraan het amplicon was toegevoegd. Dit onderdeel stelt onderzoekers in staat om plasmid-DNA van hoge kwaliteit te verkrijgen voor downstream-applicaties, waaronder klonering, sequencing en PCR-analyse.Het belangrijkste aandachtspunt bij het uitvoeren van dit protocol is het voorkomen van kruiscontaminatie door het gebruik van een waterdicht, niet-overlopend, 3D-geprint reservoir. Daarnaast kunnen deze racks na deze procedure worden gebruikt voor elke analyse van zuurnucleïnextractie op basis van kolommen.

medium-throughput-column-dna-extraction-using-24-well-racks

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

We beschrijven een methode voor de extractie van een hoog moleculair gewicht genomische DNA van plankton biomassa geconcentreerd op 0,22 micrometer Sterivex filters, gevolgd door een cesium chloride dichtheidsgradiënt centrifugatie voor zuivering.

DNA-extractie van 0,22 uM Sterivex Filters en Cesium Chloride dichtheidsgradiënt centrifugatie

Wij bieden een verbeterde protocol voor de extractie van een hoog moleculair gewicht DNA van hypersaline microbiële matten. Microbiële cellen worden gescheiden van de mat matrix voorafgaand aan de DNA-extractie en zuivering. Dit verhoogt de concentratie, de kwaliteit en de grootte van het DNA. Het protocol kan worden gebruikt voor andere vuurvaste monsters.

Extractie met een hoog molecuulgewicht DNA van microbiële matten

TruTip is een eenvoudige nucleïnezuur extractie technologie waarbij een poreuze monolithische bindende matrix wordt in een pipetpunt. Bijgevolg monstervoorbereiding compatibel is met de meeste vloeistofverwerking instrumenten, en kan worden gebruikt voor vele medium tot hoog-klinische toepassingen en soorten monsters.

High-throughput, geautomatiseerde extractie van DNA en RNA uit klinische monsters met behulp TruTip Technology op Common Liquid Handling Robots

Dit manuscript beschrijft een geautomatiseerde aanpak voor gelgrootteselectie voor het zuiveren van DNA-fragmenten voor next-generation sequencing. De Ranger-technologie biedt volledige automatisering van het gehele proces van agarose gel laden, elektroforetische analyse en herstel van gerichte DNA-fragmenten, waardoor high-throughput en hoge kwaliteit next-generation sequencing bibliotheken mogelijk zijn.

Geautomatiseerde Gel Size Selectie om de kwaliteit van next-generation sequencing bibliotheken Bereid uit Environmental watermonsters Verbeteren

Deze gewijzigde extractie protocol verbetert RNA en DNA opbrengst van meer doelgerichte regio's van belang in histopathologische weefsel blokken.

Bereiding van formaline gefixeerde paraffine-ingebed weefsel Cores voor zowel RNA en DNA-extractie

De vergelijking en optimalisatie van twee organellaire DNA-verrijkingsmethoden worden voorgesteld: traditionele differentiële centrifugatie en fractionering van het totale gDNA op basis van methyleringsstatus. We beoordelen de resulterende DNA-hoeveelheid en kwaliteit, tonen de prestaties aan bij korte-leesvolgorde-sequencing, en bespreken het potentieel voor gebruik bij langlezen single-molecule sequencing.

Optimalisatie en Vergelijkende Analyse van Plant Organellaire DNA Verrijkingsmethoden Geschikt voor Volgend Sequencing

Lange-lezen sequenties vergemakkelijken aanzienlijk de assemblage van complexe genomen en karakterisering van structurele variatie. Beschrijven we een methode voor het genereren van ultra lange reeksen door sequentiebepaling nanopore gebaseerde platformen. De benadering neemt een geoptimaliseerde DNA-extractie, gevolgd door de gewijzigde bibliotheek preparaten voor het genereren van honderden kilobase leest met gematigde dekking van menselijke cellen.

Ultra lange lezen Sequencing voor hele Genomic DNA-analyse

Dit protocol beschrijft een hoge doorvoer plasmide transfectie van zoogdiercellen in een 384-goed plaat met behulp van akoestische druppel ejectie technologie. De tijdrovende, foutgevoelige DNA-afgifte en multiplexing, maar ook de transfectie-reagens afgifte, zijn softwaregestuurd en worden uitgevoerd door een nanodispenser apparaat. De cellen worden vervolgens in deze voorgevulde putten gesest.

High-throughput DNA plasmide multiplexing en transfectie met behulp van akoestische nano doseertechnologie

Een gedetailleerd protocol voor het genereren van zelf-geassembleerde humane eiwit arrays voor de screening van kinase remmers wordt gepresenteerd.

Kinase remmer screening in zelf-geassembleerde humane Eiwit Microarrays

Huidige methoden voor het laden van 96-well platen voor DNA-extracties kunnen gevoelig zijn voor verontreiniging. We beschrijven een nieuwe methode voor het laden van 96-well platen die het risico op kruisbesmetting tussen putten vermindert. Onze methode zal andere onderzoekers helpen om te profiteren van de efficiëntie van dna-extractietechnieken met hoge doorvoer en het risico op besmetting te minimaliseren.

Gewijzigde methoden voor het laden van DNA-extractieplaten met hoge doorvoer verminderen het potentieel voor verontreiniging

Dit protocol beschrijft een experimentele methode en data-analyse workflow voor splitsing onder doelen en afgifte met behulp van nuclease (CUT &amp; RUN) in de menselijke schimmelpathogeen Candida albicans.

Genoombrede profilering van transcriptiefactor-DNA-bindingsinteracties bij Candida albicans: een uitgebreide CUT &amp; RUN-methode en data-analyseworkflow

99 Views.  Research Institute of Systems Biology and Medicine of Rospotrebnadzor. Ons onderzoek richt zich op 3D-geprinte rails voor parallelle spin-column, DNA- en RNA-extractie, die manuele en geautomatiseerde methoden overbruggen. Deze partij gaat de beperkingen van arbeidsintensieve handmatige spin-columnmethoden aan door gelijktijdige verwerking van maximaal 116 DNA- of RNA-monsters mogelijk te maken. Om te beginnen, gebruik een 3D-printer met gesmolten filament en een 0,4 millimeter nozzle om de rack af te drukken.Gebruik generiek polylactide, of PLA, polyethy...

Medium-throughput kolom DNA-extractie met behulp van 24-well racks

Meer video's verkennen