Name: Multi-locus sequencing voor stamtypering van Toxoplasma gondii (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-26T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 9 s
Description: Leer multi-locus sequencing voor stamtypering van Toxoplasma gondii met behulp van nanopore-technologie. Deze methode detecteert SNPs en INDELs in SAG2- en SAG3-genen voor betrouwbare genetische karakterisering.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Uzelac, A., Djurkovic-Djakovic, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation%2C+genotyping+and+phenotyping+Toxoplasma+gondii+in+Europe+-+A+critical+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Waterborne+Parasitol%22%5BJournal%5D)">Isolation, genotyping and phenotyping Toxoplasma gondii in Europe - A critical perspective.</a> Food Waterborne Parasitol. 40, e00279(2025).</li>
<li>Yaman, Y., Bay, V., Kişi, Y. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+host+genetic+factors+through+multi-locus+GWAS+against+toxoplasmosis+in+sheep%3A+addressing+one+health+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Veterinary+Research%22%5BJournal%5D)">Discovery of host genetic factors through multi-locus GWAS against toxoplasmosis in sheep: addressing one health perspectives.</a> BMC Veterinary Research. 21 (1), 263(2025).</li>
<li>Khedr, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+role+of+chitosan+and+curcumin-loaded+chitosan+nanoparticles+against+chronic+Toxoplasma+infection+in+experimental+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Exploring the role of chitosan and curcumin-loaded chitosan nanoparticles against chronic Toxoplasma infection in experimental mice.</a> Scientific Reports. 15 (1), 41765(2025).</li>
<li>Joeres, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotyping+of+European+Toxoplasma+gondii+strains+by+a+new+high-resolution+next-generation+sequencing-based+method%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Genotyping of European Toxoplasma gondii strains by a new high-resolution next-generation sequencing-based method.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 43 (2), 355-371 (2024).</li>
<li>Gohar, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-strain+genetic+heterogeneity+in+Toxoplasma+gondii+ME49%3A+Oxford+Nanopore+long-read+sequencing+reveals+copy+number+variation+in+the+ROP8-ROP2A+locus%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Intra-strain genetic heterogeneity in Toxoplasma gondii ME49: Oxford Nanopore long-read sequencing reveals copy number variation in the ROP8-ROP2A locus.</a> BMC Genomics. 26 (1), 1094(2025).</li>
<li>Koutsogiannis, Z., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+genotyping+of+Toxoplasma+gondii+isolates+via+Nanopore-based+multi-locus+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22AMB+Express%22%5BJournal%5D)">Rapid genotyping of Toxoplasma gondii isolates via Nanopore-based multi-locus sequencing.</a> AMB Express. 14 (1), 68(2024).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22DNeasy+Blood+%26+Tissue+Kit+Handbook%22">DNeasy Blood & Tissue Kit Handbook</a>. , QIAGEN. (2023).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22User+manual+PCR+clean-up+and+Gel+extraction%22">User manual PCR clean-up and Gel extraction</a>. , MACHEREY-NAGEL. (2024).</li>
<li>Karst, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-accuracy+long-read+amplicon+sequences+using+unique+molecular+identifiers+with+Nanopore+or+PacBio+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing.</a> Nature Methods. 18 (2), 165-169 (2021).</li>
<li>Yu, P. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+fungal+identification+using+target+enrichment+and+Nanopore+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Next-generation fungal identification using target enrichment and Nanopore sequencing.</a> BMC Genomics. 24 (1), 581(2023).</li>
<li>Vilares, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+rapid+sequencing-based+molecular+surveillance+and+mosaicism+investigation+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">Towards a rapid sequencing-based molecular surveillance and mosaicism investigation of Toxoplasma gondii.</a> Parasitology Research. 119 (2), 587-599 (2020).</li>
<li>Fazaeli, A., Ebrahimzadeh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+perspective+on+and+re-assessment+of+SAG2+locus+as+the+tool+for+genetic+analysis+of+Toxoplasma+gondii+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">A new perspective on and re-assessment of SAG2 locus as the tool for genetic analysis of Toxoplasma gondii isolates.</a> Parasitology Research. 101 (1), 99-104 (2007).</li>
<li>Targa, L. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toxoplasma+gondii+SAG2%2C+SAG3+and+GRA6+alleles+and+single+nucleotide+polymorphism+in+congenital+infections+with+known+parasite+load+and+clinical+outcome%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Inst+Med+Trop+Sao+Paulo%22%5BJournal%5D)">Toxoplasma gondii SAG2, SAG3 and GRA6 alleles and single nucleotide polymorphism in congenital infections with known parasite load and clinical outcome.</a> Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 65, e8(2023).</li>
<li>Rico-Torres, C. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+cloning+and+sequencing+help+to+genotype+positive+Toxoplasma+gondii+clinical+samples%3F+Results+and+validation+using+SAG3+as+a+model%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Genet+Evol%22%5BJournal%5D)">Can cloning and sequencing help to genotype positive Toxoplasma gondii clinical samples? Results and validation using SAG3 as a model.</a> Infect Genet Evol. 101, 105283(2022).</li>
<li>Sanchez, S. G., Besteiro, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+pathogenicity+and+virulence+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Virulence%22%5BJournal%5D)">The pathogenicity and virulence of Toxoplasma gondii.</a> Virulence. 12 (1), 3095-3114 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Agarose poeder</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>16500100</td><td>Voor gelelektroforese</td></tr><tr><td>Dulbecco&rsquo;s Modified Eagle Medium (DMEM)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td>Celcultuurmedium</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-amplicon Nextflow workflow (v1.2.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Nextflow workflow voor het verwerken en analyseren van nanopore amplicon sequencing data; versie 1.2.1 werd gebruikt voor reproduceerbare analyse van MinION data.</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-alignment Nextflow workflow (v1.2.3)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Nextflow workflow voor het uitlijnen van nanopore sequencing reads op referentiesequenties en geïntegreerde visualisatie met behulp van IGV; versie 1.2.3 werd gebruikt voor reproduceerbare analyse van MinION data.</td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, puur</td><td>Merck Life Science</td><td>51976-500ML-F</td><td>Voor bead cleanup</td></tr><tr><td>Foetaal bovien serum (FBS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>MFCD00132239</td><td>Aanvulling voor celcultuur</td></tr><tr><td>Flow Cell Wash Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-WSH004</td><td>Flow cell wassen</td></tr><tr><td>GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder (10 kb)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>SM1331</td><td>Bevestiging van de grootte</td></tr><tr><td>HFF-1 menselijke voorhuid fibroblast cel lijn</td><td>American Type Culture Collection (ATCC)</td><td>SCRC-1041</td><td>Menselijke dermale fibroblasten geïsoleerd uit neonatale voorhuid; gebruikt voor parasiet propagatie</td></tr><tr><td>MinION Flow Cell (R10.4.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>FLO-MIN114</td><td>Flow cell voor sequencing</td></tr><tr><td>MinION Mk1B Sequencing Device</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>MIN-101B</td><td>Nanopore sequencer; sequencing uitgevoerd met behulp van MinKNOW software (v25.09.16) voor apparaatcontrole en real-time base calling.</td></tr><tr><td>MinKNOW Software</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Software gebruikt voor MinION Mk1B apparaatcontrole, real-time sequencing, en base calling; versie 25.09.16.</td></tr><tr><td>Native Barcoding Kit 24 V14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-NBD114.24</td><td>Barcoding voor multiplexed samples</td></tr><tr><td>NEB Blunt/TA Ligase Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0367</td><td>DNA ligatie</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E6056</td><td>Adapter ligatie</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (5&times;)</td><td>New England Biolabs</td><td>B6058</td><td>Gebruikt in DNA ligatie</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E7546</td><td>Bibliotheekvoorbereiding</td></tr><tr><td>Nuclease-vrij water</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R0581</td><td>Moleculair biologie kwaliteit</td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel and PCR Clean-up Kit</td><td>Macherey-Nagel</td><td>740609.5</td><td>PCR product zuivering</td></tr><tr><td>Penicilline&ndash;Streptomycine (1%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>15140-122</td><td>Antibioticum mengsel</td></tr><tr><td>Fosfaat-gebufferd zout (PBS)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>10010023</td><td>Wasbuffer</td></tr><tr><td>Q5 High-Fidelity 2&times; Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0492S</td><td>Hoge nauwkeurigheid polymerase</td></tr><tr><td>QIAamp DNA Blood Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>69504</td><td>DNA extractie</td></tr><tr><td>Quick T4 DNA Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M2200</td><td>Adapter ligatie enzym</td></tr><tr><td>SYBR Safe DNA Gel Stain</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S33102</td><td>DNA kleuring kleurstof</td></tr><tr><td>TriTrack DNA Loading Dye (6&times;)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R1161</td><td>Belasting van monsters in gel</td></tr><tr><td>Trypsine&ndash;EDTA (0.25%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>25200056</td><td>Voor het passeren van HFFs</td></tr><tr><td>1&times; TAE of 1&times; TBE buffer</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>Lopende buffer</td></tr><tr><td>2&times; PCR premix</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>Klaar voor gebruik mix voor PCR</td></tr></tbody></table>

multi-locus sequencing voor stamtypering van toxoplasma gondii

Multi-Locus Sequencing for Strain Typing of Toxoplasma gondii

Multi-locus sequencing voor stamtypering van Toxoplasma gondii

Toxoplasma gondii is a globally distributed apicomplexan parasite characterized by substantial genetic diversity, necessitating accurate molecular ...

multi-locus-sequencing-for-strain-typing-of-toxoplasma-gondii

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

DNA-vingerafdrukken van Mycobacterium leprae Stammen Met behulp van variabel aantal Tandem Repeat (VNTR) - Fragment Lengte Analyse (FLA)

Beschrijven we een multiplex-PCR voor de snelle detectie van Salmonella enterica serovars Enteritidis, Hadar, Heidelberg, en Typhimurium. Specifieke Salmonella serovars kunnen worden geïdentificeerd door zich te richten een multiplex PCR om genen en sequenties die uniek zijn voor het O-antigen biosynthese cluster en flagelline van een bepaalde serovar. Serovar wordt vervolgens toegewezen aan een Salmonella isoleren op basis van het optreden van de specifieke, grootte amplicons (PCR-product) die...

Een Allelotyping PCR voor het vaststellen van Salmonella enterica Serovars Enteritidis, Hadar, Heidelberg, en Typhimurium

Hier beschrijven we een werkwijze voor het gebruik van type I en type...

Genetische Manipulatie in<em&gt; Δku80</em&gt; Stammen voor Functionele genomische analyse van<em&gt; Toxoplasma gondii</em

Massa-spectrometrie gebaseerde phyloproteomics (MSPP) werd gebruikt om een verzameling van Campylobacter jejuni ssp typen. Doylei isoleert De stam in vergelijking met multilocus volgorde typen (MLST).

subtypering van<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Ssp.<em&gt; doylei</em&gt; Isolaten, met behulp massaspectrometrie-gebaseerde PhyloProteomics (MSPP)

Details worden gepresenteerd over hoe QTL mapping met een genoomkaart op basis van een genoom sequentie kan worden gebruikt om een ​​drug resistentie gen in Toxoplasma gondii te identificeren en hoe dit kan worden gecontroleerd met het CRISPR / Cas9 systeem dat efficiënt een genomisch doel bewerkt, in dit geval de Drug resistentie gen.

QTL Mapping en CRISPR / Cas9 Editing om een ​​Drug Resistance Gene te identificeren<em&gt; Toxoplasma gondii</em

De multi-Locus variabele-aantal tandem-repeat analyse (MLVA) assay hier gepresenteerd maakt goedkope, robuuste en draagbare hoge-resolutie genotypering van de vis-pathogene bacterie Yersinia ruckeri. Beginnend bij zuivere culturen, gebruikt de assay multiplex PCR en capillaire elektroforese om tien-loci MLVA-profielen voor downstreamtoepassingen te produceren.

Multi-Locus variabele-nummer tandem-herhaling analyse van de vis-pathogene bacterie Yersinia ruckeri door multiplex PCR en capillaire elektroforese

Dit analytische computationele platform biedt praktische richtlijnen voor microbiologen, ecologen en epidemiologen die geïnteresseerd zijn in bacteriële populatiegenomica. In het bijzonder demonstreerde het hier gepresenteerde werk hoe uit te voeren: i) fylogenie-geleide mapping van hiërarchische genotypen; ii) op frequentie gebaseerde analyse van genotypen; iii) verwantschaps- en klonaliteitsanalyses; iv) identificatie van afstammingsonderscheidende accessoire loci.

Heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen en accessoire genoom loci in bacteriële populaties

Dit protocol is een effectieve, snelle methode om gisten en de schimmel Aspergillus fumigatus uit grote sets bodemmonsters te kweken in slechts 7 dagen. De methoden kunnen eenvoudig worden aangepast om een reeks incubatiemedia en temperaturen te accommoderen als dat nodig is voor experimenten.

Isolatie van kweekbare gisten en schimmels uit bodems om de structuur van schimmelpopulaties te onderzoeken

De haalbaarheid van whole-genome sequencing (WGS) strategieën met behulp van benchtop instrumenten heeft de genoomondervraging van elke microbe van volksgezondheidsrelevantie in een laboratoriumomgeving vereenvoudigd. Een methodologische aanpassing van de workflow voor bacteriële WGS wordt beschreven en een bioinformatica pijplijn voor analyse wordt ook gepresenteerd.

Karakterisering van een pathogene Escherichia coli-stam afgeleid van Oreochromis spp. Boerderijen met behulp van whole-genome sequencing

Hier presenteren we een protocol om sequencing van het hele genoom van bacteriële seksueel overdraagbare aandoeningen uit klinische monsters mogelijk te maken met behulp van doelverrijking. Deze nieuwe, syndromale panelgebaseerde methode overwint de uitdagingen van overvloedig menselijk DNA en lage bacteriële belasting, waardoor genomische surveillance voor Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum en Mycoplasma genitalium wordt vergemakkelijkt.

Genereren van hele bacteriële genomen uit klinische monsters met behulp van een workflow voor doelverrijking

Leer multi-locus sequencing voor stamtypering van Toxoplasma gondii met behulp van nanopore-technologie. Deze methode detecteert SNPs en INDELs in SAG2- en SAG3-genen voor betrouwbare genetische karakterisering.

Multi-locus sequencing voor stamtypering van Toxoplasma gondii

Meer video's verkennen