Name: Identificatie van gemodificeerde histonen als bindende substraten van het menselijke Spindlin-familielid 4 (SPIN4) door middel van peptidearrays en native nucleosoompulldown (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-27T14:40:00.000+00:00
Duration: 9 min 34 s
Description: Ontdek hoe je gemodificeerde histonen identificeert als bindingsubstraten van SPIN4 met behulp van peptidearrays en native nucleosoompulldown. Deze methode onthult epigenetische mechanismen in botontwikkeling.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Lui, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Loss-of-function+variant+in+SPIN4+causes+an+X-linked+overgrowth+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22JCI+Insight%22%5BJournal%5D)">Loss-of-function variant in SPIN4 causes an X-linked overgrowth syndrome.</a> JCI Insight. 8 (9), e167074(2023).</li>
<li>Chawla, N., Rajput, M., Shriyan, R., Bachani, S., Gupta, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+observation+of+a+rare+Binder+phenotype+with+fetal+overgrowth+due+to+a+SPIN4+mutation%5BTitle%5D)+AND+%22Matern+Fetal+Med%22%5BJournal%5D)">Clinical observation of a rare Binder phenotype with fetal overgrowth due to a SPIN4 mutation.</a> Matern Fetal Med. 7 (1), e0030(2025).</li>
<li>Lu, R., Wang, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tudor%3A+a+versatile+family+of+histone+methylation+readers%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Tudor: a versatile family of histone methylation readers.</a> Trends Biochem Sci. 38 (11), 546-555 (2013).</li>
<li>Ruthenburg, A. J., Li, H., Patel, D. J., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multivalent+engagement+of+chromatin+modifications+by+linked+binding+modules%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Multivalent engagement of chromatin modifications by linked binding modules.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 8 (12), 983-994 (2007).</li>
<li>Mauser, R., Jeltsch, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+modified+histone+peptide+arrays+in+chromatin+research%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Biochem+Biophys%22%5BJournal%5D)">Application of modified histone peptide arrays in chromatin research.</a> Arch. Biochem Biophys. 661, 31-38 (2019).</li>
<li>Hsu, C. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Paraspeckle+protein+NONO+regulates+active+chromatin+by+allosterically+stimulating+NSD1%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Paraspeckle protein NONO regulates active chromatin by allosterically stimulating NSD1.</a> Cell Rep. 44 (1), 116247(2025).</li>
<li>Hsu, C. I., Yeh, E., Chen, C. C. L., Sahn, M., Yu, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+reconstituting+enzymatic+activities+for+ultra-large+histone+methyltransferases+NSD1+and+SETD2+using+a+baculovirus+expression+system%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for reconstituting enzymatic activities for ultra-large histone methyltransferases NSD1 and SETD2 using a baculovirus expression system.</a> STAR Protoc. 6 (1), 103963(2025).</li>
<li>Plazas-Mayorca, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((One-pot+shotgun+quantitative+mass+spectrometry+characterization+of+histones%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">One-pot shotgun quantitative mass spectrometry characterization of histones.</a> J Proteome Res. 8 (11), 5367-5374 (2009).</li>
<li>Fuhrmann, J., Thompson, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+arginine+methylation+and+citrullination+in+epigenetic+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Protein arginine methylation and citrullination in epigenetic regulation.</a> ACS Chem Biol. 11, 654(2015).</li>
<li>Zhao, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+basis+for+histone+H3+%E2%80%9CK4me3-K9me3%2F2%E2%80%9D+methylation+pattern+readout+by+Spindlin1%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Molecular basis for histone H3 “K4me3-K9me3/2” methylation pattern readout by Spindlin1.</a> J Biol Chem. 295 (49), 16877(2021).</li>
<li>Padeken, J., Methot, S. P., Gasser, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+H3K9-methylated+heterochromatin+and+its+functions+in+tissue+differentiation+and+maintenance%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Establishment of H3K9-methylated heterochromatin and its functions in tissue differentiation and maintenance.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 23 (9), 623-640 (2022).</li>
<li>Greschik, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+histone+code+reader+Spin1+controls+skeletal+muscle+development%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">The histone code reader Spin1 controls skeletal muscle development.</a> Cell Death Dis. 8 (11), e3173(2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5 mL Microcentrifuge Tubes</td><td>Sarstedt</td><td>72.690.001</td><td>Algemene experimenten</td></tr><tr><td>15 cm Tissue Culture Dish</td><td>Sarstedt</td><td>83.3903.300</td><td>Algemene experimenten</td></tr><tr><td>15 mL Conical Centrifuge Tubes</td><td>Sarstedt</td><td>62.554.101</td><td>Algemene experimenten</td></tr><tr><td>50 mL Conical Centrifuge Tubes</td><td>Sarstedt</td><td>62.548.004</td><td>Algemene experimenten</td></tr><tr><td>500 mL Erlenmeyer Flask</td><td>Stellar Scientific</td><td>CT229809</td><td>Sf9 celcultuur</td></tr><tr><td>Amersham ImageQuant 800 CCD Imager</td><td>Cytiva</td><td>IMQ800</td><td>CCD beeldsysteem</td></tr><tr><td>Anti-FLAG M2 Affinity Gel</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2220</td><td>Biochemische pulldown</td></tr><tr><td>Anti-FLAG M2 antibody</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F1804</td><td>Western blot</td></tr><tr><td>Aprotinin</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-P0017</td><td>Protease remmer</td></tr><tr><td>Array Analyze Sofrware</td><td>Active Motif</td><td>https://www.activemotif.com/documents/Array_Analyze_Software_v16.1.zip</td><td>MODified peptide array data analyse</td></tr><tr><td>ASI Agarose LE</td><td>Alkali Scientific</td><td>A7700</td><td>DNA gel</td></tr><tr><td>Bac-to-Bac Baculovirus Expression System</td><td>Thermo Scientific</td><td>10359016</td><td>Baculoviral expressie</td></tr><tr><td>Benzamidine hydrochloride</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-W018781</td><td>Protease remmer</td></tr><tr><td>Bovine Serum Albumin (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9647</td><td>Eiwit kwantificering standaard</td></tr><tr><td>Bromophenol Blue</td><td>Thermo Scientific</td><td>A18469.08</td><td>Lammeli buffer</td></tr><tr><td>Coomassie Brilliant Blue R-250</td><td>Thermo Scientific</td><td>20278</td><td>Proteïne gel kleuring</td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>D5545</td><td>Lyse buffer</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>RPI research products</td><td>E58100</td><td>Lyse buffer</td></tr><tr><td>Enhanced Chemiluminescence (ECL) substrate</td><td>Cytiva</td><td>RPN2232</td><td>Western blot</td></tr><tr><td>ESF 921 Insect Cell Culture Medium</td><td>Expression Systems</td><td>96-001</td><td>Sf9 celcultuur</td></tr><tr><td>Ethanol (200 proof)</td><td>Spectrum Chemical</td><td>ET107</td><td>DNA precipitatie</td></tr><tr><td>EVOS M5000 Imaging System</td><td>Invitrogen</td><td>M5000</td><td>Algemene beeldvorming</td></tr><tr><td>FLAG peptide</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-P7006</td><td>Pulldown elutie</td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>G77893</td><td>Opslag buffer</td></tr><tr><td>H3K4me1 antibody&nbsp;</td><td>Active Motif</td><td>39300</td><td>Western blot</td></tr><tr><td>H3K4me2 antibody&nbsp;</td><td>Cell Signaling</td><td>9725T</td><td>Western blot</td></tr><tr><td>H3K4me3 antibody&nbsp;</td><td>Cell Signaling</td><td>9751T</td><td>Western blot</td></tr><tr><td>HEK293FT cells</td><td>Thermo Scientific</td><td>R70007</td><td>Human embryonaal nier fibroblasten cel lijn</td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>H3375</td><td>Lyse buffer</td></tr><tr><td>ImageJ</td><td>National Institutes of Health</td><td>https://imagej.net/ij/download.html</td><td>&nbsp;Java-based beeldverwerkingsprogramma</td></tr><tr><td>Leupeptin hemisulfate</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-18234A</td><td>Protease remmer</td></tr><tr><td>Micrococcal Nuclease (MNase)</td><td>NEB&nbsp;</td><td>M0247S</td><td>Endonuclease voor chromatine vertering</td></tr><tr><td>Model 120 Sonic Dismembrator</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB120110</td><td>Sonicatie</td></tr><tr><td>MODified Histone Peptide Array</td><td>Active Motif</td><td>13005</td><td>Proteïne bindings assay</td></tr><tr><td>Pepstatin A</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-P0018</td><td>Protease remmer</td></tr><tr><td>Peroxidase IgG Fraction Monoclonal Goat Anti-Mouse IgG, light chain specific</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>115-035-174</td><td>Western blot</td></tr><tr><td>pFastBac1-Flag-SPIN4</td><td>Thermo Scientific</td><td>10360014</td><td>Baculoviral expressie vector</td></tr><tr><td>pFastBac1-Flag-SPIN4-D82H</td><td>Thermo Scientific</td><td>10360014</td><td>Baculoviral expressie vector</td></tr><tr><td>Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol (25:24:1)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P2069</td><td>DNA zuivering</td></tr><tr><td>Pierce Rapid Gold BCA Protein Assay Kit</td><td>Thermo Scientific</td><td>PIA53226</td><td>Eiwit kwantificering</td></tr><tr><td>Pierce Silver Stain Kit</td><td>Thermo Scientific</td><td>24612</td><td>Proteïne detectie</td></tr><tr><td>PMSF Protease Inhibitor</td><td>Thermo Scientific</td><td>36978</td><td>Protease remmer</td></tr><tr><td>Polyacrylamide Gel</td><td>Made in-house</td><td>N/A</td><td>Proteïne gel</td></tr><tr><td>Sf9 insect cells</td><td>ATCC</td><td>CRL-1711</td><td>Insect cel lijn voor baculovirus expressie</td></tr><tr><td>Slide-A-Lyzer MINI Dialysis Device, 10K MWCO</td><td>Thermo Scientific</td><td>69572</td><td>Proteïne dialyse</td></tr><tr><td>Sodium acetate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S8750</td><td>DNA precipitatie</td></tr><tr><td>Sodium Chloride&nbsp;</td><td>Fischer&nbsp;</td><td>BP358-1</td><td>Algemene buffers</td></tr><tr><td>Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>L3771</td><td>Algemene buffers</td></tr><tr><td>Trypan Blue Solution (0.4%)</td><td>Thermo Scientific</td><td>15250061</td><td>Kernkleuring</td></tr></tbody></table>

identificatie van gemodificeerde histonen als bindende substraten van het menselijke spindlin-familielid 4 (spin4) door middel van peptidearrays en native nucleosoompulldown

Identification of Modified Histones as Binding Substrates of Human Spindlin Family Member 4 (SPIN4) by Peptide Arrays and Native Nucleosome Pulldown

Identificatie van gemodificeerde histonen als bindende substraten van het menselijke Spindlin-familielid 4 (SPIN4) door middel van peptidearrays en native nucleosoompulldown

Human Spindlin Family Member 4 (SPIN4) has just emerged as a novel regulator of bone growth. Loss-of-function variants in SPIN4 were identified in ...

identification-modified-histones-as-binding-substrates-human-spindlin

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Advances in massaspectrometrie toestemming hebben high throughput analyse van eiwitexpressie en modificatie in een groot aantal weefsels. Gecombineerd met subcellulaire fractionering en ziektemodellen, kwantitatieve massaspectrometrie en bioinformatica nieuwe eigenschappen kunnen onthullen in biologische systemen. De werkwijze hierin beschreven analyseert chromatine-geassocieerde eiwitten in de vaststelling van hart-en vaatziekten en is gemakkelijk toepasbaar op...

Kwantitatieve analyse van chromatine proteomen in de ziekte van

Door de combinatie van inheemse en verknopen van chromatine immunoprecipitatie met een hoge-resolutie massaspectrometrie, ChroP benadering stelt aan de samengestelde proteomics architectuur van histonmodificaties, varianten en niet-histonic eiwitten synergizing op functioneel verschillende chromatinedomeinen ontleden.

De ChroP aanpak combineert chip en massaspectrometrie te ontleden Locus-specifieke Proteomic Landschappen van Chromatin

In dit protocol beschrijven we een nieuwe BrdU-ChIP-Slot-Western techniek om eiwitten en histonmodificaties te onderzoeken die geassocieerd zijn met nieuw gesynthetiseerd of nagenoeg DNA.

Onderzoek van eiwitten gebonden aan ontluikende DNA in zoogdiercellen met behulp van BrdU-ChIP-Slot-westerse techniek

Dit protocol beschrijft een volledig geïntegreerde workflow voor het karakteriseren histon post-translationele modificaties met massaspectrometrie (MS). De workflow bevat histon zuivering uit celkweken of weefsels, histon derivatisering en de spijsvertering, MS analyse met behulp van nano-flow vloeistofchromatografie en instructies voor gegevensanalyse. Het protocol is ontworpen voor de voltooiing binnen 2-3 dagen.

Compleet Workflow voor Analyse van histon post-translationele modificaties Met behulp van Bottom-up Massaspectrometrie: Van Histon Extraction om Data Analysis

Dit protocol beschrijft de reconstructie van nucleosomen die differentieel-isotoop gemerkte zus histonen. Tegelijkertijd asymmetrisch post-translationeel gemodificeerde nucleosomen worden gegenereerd na het gebruik van een histon premodified kopie. Deze preparaten kunnen gemakkelijk worden gebruikt om wijzigingen crosstalk mechanismen bestuderen, gelijktijdig op beide zus histonen, met behulp van hoge-resolutie NMR-spectroscopie.

Reconstructie van Nucleosomen met Differentieel Isotopen-gelabelde Sister Histon

Dit manuscript beschrijft methodes voor het toepassen van peptide microarray technologie op specificiteit profilering van antilichamen die histonen herkennen en hun post-translationele modificaties.

Analyse van Histone Antilichaam Specificiteit Met Peptide Microarrays

Hier beschrijven we een protocol voor het chromatine immunoprecipitation van gemodificeerde histonen uit de ontluikende gist Saccharomyces cerevisiae. Immunoprecipitated DNA wordt vervolgens gebruikt voor kwantitatieve PCR te ondervragen de overvloed en lokalisatie van Histon posttranslationele modificaties in het genoom.

Chromatine Immunoprecipitation (ChIP) van Histone modificaties van Saccharomyces cerevisiae

Dit protocol beschrijft een reeks methoden die analytische grootte-uitsluitingschromatografie omvatten om histon chaperone oligomerisatie en stabiliteit te bestuderen, pull-down assay om histon chaperone-histon interacties te ontrafelen, AUC om de stoichiometrie van de eiwitcomplexen te analyseren, en histon chaperoning assay om functioneel een vermeende histon chaperone in vitro te karakteriseren.

In vitro Karakterisering van Histone Chaperones met behulp van Analytische, Pull-Down en Chaperoning Assays

Een analytische workflow op basis van vloeistofchromatografie, mobiliteitsspectrometrie met ingesloten ionen en time-of-flight-massaspectrometrie (LC-TIMS-ToF MS/MS) voor een zeer betrouwbare en zeer reproduceerbare "bottom-up"-analyse van histonmodificaties en identificatie op basis van de belangrijkste parameters (retentietijd [RT], botsingsdoorsnede [CCS] en nauwkeurige massa-tot-lading [m/z]-verhouding).

Screening op histonmodificatie met behulp van vloeistofchromatografie, Trapped Ion Mobility Spectrometry en Time-Of-Flight Mass Spectrometry

Dit artikel presenteert een gedetailleerde experimentele procedure voor het reconstrueren van nucleosoombevattende DNA-kettingen voor correlatieve kracht en fluorescentiemicroscopie van één molecuul. Het beschrijft verder verschillende stroomafwaartse experimenten die kunnen worden uitgevoerd om het bindingsgedrag van chromatine-interagerende eiwitten te visualiseren en veranderingen in de fysische eigenschappen van nucleosomen te analyseren.

In situ nucleosoomassemblage voor correlatieve kracht van één molecuul en fluorescentiemicroscopie

Verrijking en sequentiebepaling van proteïne-geassocieerd nieuwvormings-DNA (eSPAN) is ontwikkeld om de relatieve abundantie van een chromatine-geassocieerd eiwit op twee replicerende DNA-strengen te detecteren, waardoor moleculaire inzichten in chromatine-replicatie en de gekoppelde processen worden onthuld. Dit protocol beschrijft eSPAN-procedures in gist- en muis embryonale stamcellen (ES).

Strandspecifieke analyse van eiwitten bij replicatie van DNA-strengen door verrijking en sequentiebepaling van eiwit-geassocieerd naissant DNA-methode

Ontdek hoe je gemodificeerde histonen identificeert als bindingsubstraten van SPIN4 met behulp van peptidearrays en native nucleosoompulldown. Deze methode onthult epigenetische mechanismen in botontwikkeling.

Identificatie van gemodificeerde histonen als bindende substraten van het menselijke Spindlin-familielid 4 (SPIN4) door middel van peptidearrays en native nucleosoompulldown (Video) | JoVE Journal

Identificatie van gemodificeerde histonen als bindende substraten van het menselijke Spindlin-familielid 4 (SPIN4) door middel van peptidearrays en native nucleosoompulldown

Meer video's verkennen