Name: Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): Een open-source, gebruiksvriendelijke tool voor kwantitatieve microglia-morfologieanalyse (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-07-24T12:55:00.000+00:00
Duration: 8 min 35 s
Description: Ontdek de Mapping Microglial Parameters Software (MMPS), een open-source Python-tool voor kwantitatieve analyse van microglia-morfologie. Deze gebruiksvriendelijke software maakt semi-geautomatiseerde enkelcelanalyse mogelijk zonder programmeerkennis.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>12-well plate</td><td>Fisher Scientific</td><td>07-200-82</td><td>Plaat gebruikt voor incubatie en wassen van weefselsecties.</td></tr><tr><td>Aluminiumfolie</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-213-101</td><td>Gebruikt om fluorescerende monsters te beschermen tegen lichtblootstelling.</td></tr><tr><td>Antigen Retrieval Buffer (10×)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4955-58</td><td>Gebruikt om de toegankelijkheid van antigenen tijdens immunofluorescentiekleuring te verbeteren.</td></tr><tr><td>Anti-Iba1 primaire antistof</td><td>FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation</td><td>019-19741</td><td>Primaire antistof gebruikt voor immunofluorescente markering van microglia.</td></tr><tr><td>Cryostat</td><td>Fisher Scientific</td><td>95-710-0L</td><td>Instrument gebruikt om bevroren hersenweefsel in bepaalde diktes te snijden.</td></tr><tr><td>Donkey anti-Rabbit IgG, Alexa Fluor 555</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A-21428</td><td>Fluorescente secundaire antistof gebruikt voor visualisatie van konijn primaire antistoffen.</td></tr><tr><td>Donkey Serum</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-413-115</td><td>Blokkeerd reagens gebruikt om niet-specifieke antilichaambinding te verminderen.</td></tr><tr><td>EVOS FL Auto 2 Imaging System</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMAFD2000</td><td>Fluorescentiemicroscoop gebruikt voor beeldacquisitie.</td></tr><tr><td>Fiji (ImageJ) 2.16.0</td><td>NIH</td><td>fiji.sc</td><td>Beeldverwerkingsplatform gebruikt voor downstream morfologieanalyses en plug-ins.</td></tr><tr><td>Fluoromount-G</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4959-52</td><td>Monteermedium gebruikt om fluorescentie te behouden en dekglasjes vast te zetten.</td></tr><tr><td>Isofluraan</td><td>EntirelyPets Pharmacy</td><td>MWI502017</td><td>Inhalatieanestheticum gebruikt tijdens dierproeven.</td></tr><tr><td>Lipopolysacharide</td><td>Millipore Sigma</td><td>L2630</td><td>Gebruikt om systemische neuro-inflammatie en microglia-activering bij knaagdieren te induceren.</td></tr><tr><td>Matplotlib</td><td>https://pypi.org/project/matplotlib/</td><td></td><td>Python-plotbibliotheek gebruikt voor gegevensvisualisatie en figuurgeneratie.</td></tr><tr><td>MMPS (Mapping Microglial Parameters Software) v1.00</td><td>This work</td><td>https://github.com/NeurodegenerativePharmaceuticalLab/Mapping-Microglia-Parameters-Software/releases/tag/v1.00</td><td>Open-source softwareplatform ontwikkeld voor microgliale morfologieanalyse.</td></tr><tr><td>Net wells</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS3477</td><td>Inzetstukken gebruikt om vrij zwevende weefselsecties tijdens kleurprocedures vast te houden.</td></tr><tr><td>Numpy</td><td>https://pypi.org/project/numpy/</td><td></td><td>Python-bibliotheek gebruikt voor numerieke berekeningen binnen MMPS.</td></tr><tr><td>Objectieflens (4×)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4922</td><td>Objectief met lage vergroting gebruikt voor anatomische oriëntatie en identificatie van regio's.</td></tr><tr><td>Objectieflens (40×)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4625</td><td>Objectief met hoge vergroting gebruikt voor beeldvorming van microgliale morfologie.</td></tr><tr><td>opencv-python</td><td>https://pypi.org/project/opencv-python/</td><td></td><td>Computervisiebibliotheek gebruikt voor beeldverwerkingsfuncties binnen MMPS.</td></tr><tr><td>Paraformaldehyde</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>169650025</td><td>Fixeermiddel gebruikt voor weefselperfusie en conservering vóór het snijden.</td></tr><tr><td>Permount</td><td>Fisher Scientific</td><td>SP15-100</td><td>Permanent monteermedium gebruikt voor het behoud van dia's.</td></tr><tr><td>Fosfaatgebufferde zoutoplossing</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP3991</td><td>Bufferoplossing gebruikt voor weefselwassing en reagensvoorbereiding.</td></tr><tr><td>Pillow</td><td>https://pypi.org/project/Pillow/</td><td></td><td>Python-beeldverwerkingsbibliotheek gebruikt voor beeldverwerkingsbewerkingen.</td></tr><tr><td>PyQt5</td><td>https://pypi.org/project/PyQt5/</td><td></td><td>Python GUI-framework gebruikt om de grafische gebruikersinterface van MMPS te genereren.</td></tr><tr><td>Python 3.11</td><td>Python Software Foundation</td><td>python.org</td><td>Programmeertaalomgeving gebruikt voor het ontwikkelen en uitvoeren van MMPS.</td></tr><tr><td>R 4.3.2</td><td>R Foundation for Statistical Computing</td><td>r-project.org</td><td>Statistisch softwarepakket gebruikt voor gegevensanalyse en het genereren van grafieken.</td></tr><tr><td>Scikit-image</td><td>https://pypi.org/project/scikit-image/</td><td></td><td>Python-beeldanalysebibliotheek gebruikt voor beeldverwerking en segmentatie.</td></tr><tr><td>Scipy</td><td>https://pypi.org/project/scipy/</td><td></td><td>Python wetenschappelijk computerpakket gebruikt voor filtering en beeldverwerkingsbewerkingen.</td></tr><tr><td>Sprague-Dawley-ratten</td><td>Evingo</td><td>002</td><td>Experimentele dieren gebruikt voor validatie van het neuro-inflammatiemodel.</td></tr><tr><td>Sucrose</td><td>Fisher Scientific</td><td>S5-3</td><td>Cryoprotector gebruikt voor het bevriezen van hersenweefsel.</td></tr><tr><td>Tifffile</td><td>https://pypi.org/project/tifffile/</td><td></td><td>Python-pakket gebruikt voor het lezen en schrijven van TIFF-beeldbestanden.</td></tr><tr><td>Tissue-Tek O.C.T. Compound</td><td>Sakura Finetek</td><td>4583</td><td>Inbeddingsmedium gebruikt voor cryosectie van bevroren weefselmonsters.</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP151-100</td><td>Detergens gebruikt voor membraanpermeabilisatie tijdens immunofluorescentie.</td></tr></tbody></table>

mapping microglial parameters software (mmps): een open-source, gebruiksvriendelijke tool voor kwantitatieve microglia-morfologieanalyse

Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): An Open-Source, User-Friendly Tool for Quantitative Microglia Morphology Analysis

Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): Een open-source, gebruiksvriendelijke tool voor kwantitatieve microglia-morfologieanalyse

Microglia are myeloid-derived immune cells of the central nervous system that mediate tissue degradation and remodeling following neurological injury and ...

mapping-microglial-parameters-software-mmps-an-open-source-user

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Neurowetenschap

Source: Etienne, F. et al. Two-photon Imaging of Microglial Processes' Attraction Toward ATP or Serotonin in Acute Brain Slices. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the use of two-photon microscopy to study the attraction of microglial processes toward an injected compound in brain slices. It provides an overview of preparing mouse brain slices, injecting a chemoattractant test compound, and imaging fluorescently labeled microglia to visualize their responses.

Two-Photon Microscopy for Studying Microglial Process Attraction Toward a Compound in a Mouse Brain Slice

Een sleutel tot succesvolle onderzoek van microglia biologie is het behoud van microglia immunofunction ex vivo tijdens isolatie van CZS-weefsel. Isoleren microglia via roterende schudden resulteert in zeer zuivere en immunofunctional celculturen zoals beoordeeld door fluorescerende beeldvorming, immunocytochemie, en ELISA na microglia-activatie met de pro-inflammatoire stimuli lipopolysaccharide (LPS) en Pam 3 CSK 4 (Pam).

Isolatie van corticale Microglia met Conserven immunofenotype en functionaliteit van Muriene Pasgeborenen

Microglia vormen de bewoner immuuncellen van het centrale zenuwstelsel (CZS) met een hoge capaciteit te fagocyteren of overspoelen materiaal in hun extracellulaire omgeving. Hier wordt een breed toepasbare, betrouwbaar en zeer kwantitatieve assay voor het visualiseren en meten-gemedieerde microglia afblazen van synaptische componenten beschreven.

Een Engulfment Assay: Een protocol bij interacties tussen CNS Fagocyten en Neuronen Assess

Microglia-activatie en microgliose zijn de belangrijkste reacties op chronische neurodegeneratie. Hier presenteren we werkwijzen voor in vivo visualisatietechnieken retinale CX3CR1-GFP + cellen door microgliale confocale Ophthalmoscopie, en drempel en morfometrische analyses worden geïdentificeerd en gekwantificeerd hun activering. We monitoren microglia veranderingen tijdens de vroege stadia van leeftijdsgebonden glaucoom.

In Vivo Dynamiek van retinale Microgliale Activering Tijdens Neurodegeneratie: Confocal oftalmoscopisch Imaging en Cell Morphometry in Mouse Glaucoom

Dit protocol geeft een analyse van de macrofage subpopulaties in het centraal zenuwstelsel van het volwassen muis door middel van flowcytometrie en is nuttig voor het bestuderen van meerdere markers die door deze cellen worden uitgedrukt.

Analyse van Microglia en Monocyt-afgeleide Macrofagen uit het Centrale Zenuwstelsel door Flow Cytometry

Microglia zijn hersenen immune cellen die enquête en reageren op veranderde hersenen fysiologie via morfologische veranderingen die kwantitatief kan worden beoordeeld. Dit protocol schetst een ImageJ gebaseerd analyse protocol te vertegenwoordigen microglia morfologie als continu gegevens volgens de statistieken, zoals de restanten van de cel, complexiteit en vorm.

Kwantificeren van Microglia morfologie van Photomicrographs van Immunohistochemistry bereid van weefsel met behulp van ImageJ

Dit protocol beschrijft een stapsgewijze workflow voor immunofluorescerende cokleuring van IBA1 en TMEM119, naast de analyse van microgliale dichtheid, distributie en morfologie, evenals perifere myeloïde celinfiltratie in muizen hersenweefsel.

Immunofluorescentie kleuring met behulp van IBA1 en TMEM119 voor Microgliale dichtheid, morfologie en perifere myeloïde Celinfiltratie analyse in Muizenhersenen

Hier beschrijven we een protocol dat adeno-geassocieerde virusinjectie combineert met craniale raamimplantatie voor gelijktijdige beeldvorming van microgliale dynamiek en neuronale activiteit bij wakkere muizen.

Gelijktijdige beeldvorming van microgliale dynamica en neuronale activiteit bij wakkere muizen

Hier presenteren we twee protocollen om microgliale inslokking van vGLUT1-positieve synapsen en pHRodo Red-gelabelde ruwe synaptosomen te kwantificeren met behulp van flowcytometrie.

Kwantificering van microgliale inslokking van synaptisch materiaal met behulp van flowcytometrie

Dit artikel demonstreert een methode om microglia-motiliteit en contact met postsynaptische puncta in het netvlies te visualiseren en te kwantificeren met behulp van spinning disk confocale microscopie.

Live beeldvorming en karakterisering van microglia-dynamica en interacties met synapsen in een zieke muisnetvlies

Dit protocol combineert flowcytometrie en eencellige RNA-sequencing om microgliale celtoestanden in het cerebellum van vroege postnatale muizenhersenen te isoleren en te karakteriseren. Het maakt gebruik van enzymatische dissociatie, Percoll-centrifugatie en immunokleuring om de heterogeniteit van microglia's te onthullen en het begrip van hun rol in de ontwikkeling en ziekte van cerebellaire patiënten te verbeteren.

Flowcytometrie en eencellige analyse voor het karakteriseren van microglia-activering bij vroege postnatale hersenontwikkeling bij muizen

Ontdek de Mapping Microglial Parameters Software (MMPS), een open-source Python-tool voor kwantitatieve analyse van microglia-morfologie. Deze gebruiksvriendelijke software maakt semi-geautomatiseerde enkelcelanalyse mogelijk zonder programmeerkennis.

Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): Een open-source, gebruiksvriendelijke tool voor kwantitatieve microglia-morfologieanalyse (Video) | JoVE Journal

Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): Een open-source, gebruiksvriendelijke tool voor kwantitatieve microglia-morfologieanalyse

Meer video's verkennen