ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Barret M, et al. Emergence shapes the structure of the seed microbiota. Appl Environ Microbiol. 2015;81(4):1257-66.</li>
	<li>Nelson EB. The seed microbiome: Origins, interactions, and impacts. Plant Soil. 2018;422(1):7-34.</li>
	<li>Shade A, Jacques MA, Barret M. Ecological patterns of seed microbiome diversity, transmission, and assembly. Curr Opin Microbiol. 2017;37:15-22.</li>
	<li>Truyens S, Weyens N, Cuypers A, Vangronsveld J. Bacterial seed endophytes: Genera, vertical transmission and interaction with plants. Environ Microbiol Rep. 2015;7(1):40-50.</li>
	<li>Torres-Cort&#233;s G, et al. Differences in resource use lead to coexistence of seed-transmitted microbial populations. Sci Rep. 2019;9(1):6648.</li>
	<li>Vilchez JI, Yang Y, Yi D, Zhang H. Measurements of root colonized bacteria species. Bio-protocol. 2021;11(7):e3976.</li>
	<li>Wassermann B, Cernava T, M&#252;ller H, Berg C, Berg G. Seeds of native alpine plants host unique microbial communities embedded in cross-kingdom networks. Microbiome. 2019;7(1):108.</li>
	<li>Ding JYM, Ho LS, Ibrahim J, Teh CK, Goh KM. Impact of sterilization and chemical fertilizer on the microbiota of oil palm seedlings. Front Microbiol. 2023;14:1091755.</li>
	<li>Lagier JC, et al. The rebirth of culture in microbiology through the example of culturomics to study human gut microbiota. Clin Microbiol Rev. 2015;28(1):237-64.</li>
	<li>Links MG, et al. Simultaneous profiling of seed-associated bacteria and fungi reveals antagonistic interactions between microorganisms within a shared epiphytic microbiome on Triticum and Brassica seeds. New Phytol. 2014;202(2):542-53.</li>
	<li>Compant S, et al. The plant endosphere world&#8212;bacterial life within plants. Environ Microbiol. 2021;23(4):1812-29.</li>
	<li>Wegner CE, Liesack W. Microbial community dynamics during the early stages of plant polymer breakdown in paddy soil. Environ Microbiol. 2016;18(9):2825-42.</li>
	<li>Xu XY, et al. Seed-microbiome interactions: Mechanistic insights and utilization toward seed performance for sustainable agriculture. Plant Commun. 2026;7(3):101716.</li>
	<li>Rom&#227;o I, do Carmo-Gomes J, Silva D, Vilchez JI. The seed microbiota from an application perspective: An underexplored frontier in plant-microbe interactions. Crop Health. 2025;3(1):12.</li>
	<li>Amann RI, Ludwig W, Schleifer KH. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation. Microbiol Rev. 1995;59(1):143-69.</li>
	<li>Yu Y, Chen Z, Xie H, Feng X, Wang Y, Xu P. Overhauling the effect of surface sterilization on analysis of endophytes in tea plants. Front Plant Sci. 2022;13:849658.</li>
	<li>Berg G, Raaijmakers JM. Saving seed microbiomes. ISME J. 2018;12(5):1167-70.</li>
	<li>Bewley JD. Seed germination and dormancy. Plant Cell. 1997;9(7):1055-66.</li>
	<li>Niza-Costa M, et al. Geographically disperse, culturable seed-associated microbiota in forage plants of alfalfa (Medicago sativa L.) and pitch clover (Bituminaria bituminosa L.): Characterization of beneficial inherited strains as plant stress-tolerance enhancers. Biology. 2022;11(12):1838.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Agar</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>01916-500G</td><td>Component van LB-agarmedium; 15 g/L.</td></tr><tr><td>Autoclaaf</td><td>Lab1st&nbsp;</td><td>SV120H</td><td>Gebazigd om instrumenten/materialen te steriliseren of alsseptische behandeling te valideren.</td></tr><tr><td>Bacteria DNA extractie kit</td><td>Promocell</td><td>PK-MB708-206-100</td><td>DNA extractie&nbsp;</td></tr><tr><td>Colonietelling/registratie setup</td><td>OCS</td><td>B079Y5W57N</td><td>Benodigd voor het registreren van CFU's, morfotypen en plaatverschillen; manuscript specificeert niet de teller/het model.</td></tr><tr><td>Cryo-opslagbuisjes</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z359033</td><td>Impliciet voor het opslaan van glycerolstocks bij -80 &deg;C; niet expliciet genoemd maar noodzakelijk voor de conserveringsstap.</td></tr><tr><td>Digitaal isolaatregistratiesysteem</td><td>Niet gespecificeerd in manuscript</td><td>Niet van toepassing</td><td>Gebazigd om isolaatmetadata te registreren: oorsprong, replicaat, conditie, sterilisatiebehandeling, isolatiedatum, plaatmedium, morfologie, identificatiestatus.</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>VWR</td><td>83813440</td><td>Gebazigd om een 70% v/v ethanoloplossing te bereiden voor zaadoppervlaktesterilisatie.</td></tr><tr><td>Filterpapier</td><td>Fisher Scientific</td><td>11718772</td><td>Optionele alternatieve kiemingsondersteuning.</td></tr><tr><td>Pincet/Tweezers</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>930229</td><td>Gebazigd om zaden over te brengen en ontkiemde zaailingen te verzamelen.</td></tr><tr><td>Genoom DNA extractie kit</td><td>PromoCell</td><td>PK-MB708-206-100</td><td>Gebazigd om genoom DNA te extraheren uit gezuiverde bacterieculturen; exacte kit/methode niet gespecificeerd.</td></tr><tr><td>Glycerol, sterieel 80%</td><td>VWR</td><td>24388364</td><td>Gemengd 1:1 v/v met vloeibare cultuur voor cryostock-voorbereiding.</td></tr><tr><td>Laminaire stroomkap Bio48</td><td>Faster</td><td>LAB-CAP-22</td><td>Vereist voor aseptische zaadomgang, sterilisatieoverdrachten en voorbereiding van steriele materialen.</td></tr><tr><td>LB agar medium</td><td>VWR</td><td>846495000</td><td>Standaard medium gebruikt voor vergelijkende cultivering; per liter: 10 g tryptone, 5 g gistextract, 10 g NaCl, 15 g agar.</td></tr><tr><td>Microcentrifugebuisjes</td><td>Ratiolab</td><td>RATI5615000</td><td>Gebazigd voor zaadsterilisatie en monsterverwerking.</td></tr><tr><td>MS medium</td><td>Sigma</td><td>M0404-10L</td><td>Genomen als steriele kiemingsondersteuning voor axenogene kieming.</td></tr><tr><td>NZYTaq II 2&times; Master mix</td><td>Nzytech</td><td>MB35803</td><td>PCR-mix voor amplificatie</td></tr><tr><td>Parafilm</td><td>Parafilm/Merck</td><td>HS234526A</td><td>Gebazigd om kiemingsplaten af te sluiten terwijl besmetting wordt gereduceerd.</td></tr><tr><td>Petrischalen</td><td>Labbox</td><td>PDIP-E9N-500</td><td>Gebazigd voor kiemingsopstelling, plateren en het hanteren van gesteriliseerde zaden.</td></tr><tr><td>Phytoagar</td><td>Duchefa Biochemie</td><td>9002-18-0</td><td>Genomen als optionele alternatieve steriele kiemingsondersteuning.</td></tr><tr><td>Pipettenset en tips</td><td>Merck</td><td>EP3123000918-1EA</td><td>Gebazigd voor het verwijderen van sterilisatieoplossingen, wassen, verdunning en plateren.</td></tr><tr><td>R2A agar medium</td><td>HI-MEDIA</td><td>M1743-500G</td><td>Optioneel aanvullend medium voor uitgebreide culturomics-workflows.</td></tr><tr><td>Natriumchloride, NaCl</td><td>Fisher Chemical</td><td>10040460</td><td>Gebazigd om steriele 0,45% NaCl voor homogenisatie en seriële verdunningen te bereiden; ook onderdeel van LB-medium.</td></tr><tr><td>Natriumhypochloriet</td><td>Carlo Erba</td><td>370323</td><td>Gebazigd om een 20% v/v natriumhypochlorietoplossing te bereiden voor zaadoppervlaktesterilisatie. Corrosief; vereist PPE.</td></tr><tr><td>Steriele wegwerpstampers</td><td>Eppendorf</td><td>EP0030120973</td><td>Gebazigd voor homogenisatie van droge zaden en ontkiemde zaailingen.</td></tr><tr><td>Vortex mixer</td><td>Fisher Scientific</td><td>15901137</td><td>Gebazigd om microbiële cellen uit homogenaten op te schorsen.</td></tr></tbody></table>

isolatie van tomatenzaad-geassocieerde microbiota door gecontroleerde kieming en vergelijkende teelt

Isolation of Tomato Seed-Associated Microbiota Through Controlled Germination and Comparative Culturing

Isolatie van tomatenzaad-geassocieerde microbiota door gecontroleerde kieming en vergelijkende teelt

Surface sterilization is a critical yet frequently under-optimized step in studies aiming to isolate seed-associated microorganisms, as excessively harsh ...

isolation-tomato-seed-associated-microbiota-through-controlled

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Source: Hassan, J. A., et al. High-Throughput Identification of Resistance to Pseudomonas syringae pv. Tomato in Tomato using Seedling Flood Assay. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates a method to screen for bacterial resistance in different tomato strains using ten-day-old seedlings inoculated with a bacterial suspension. It explains how bacteria invade through stomata, deliver effector proteins to suppress plant immunity, and how plant responses differ between susceptible and resistant...

Seedling Flood Assay for Screening Bacterial Resistance in Tomatoes

Source: Nathoo, N., et al. A Hydroponic Co-cultivation System for Simultaneous and Systematic Analysis of Plant/Microbe Molecular Interactions and Signaling. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates a hydroponic co-cultivation system for studying plant–bacteria interactions under sterile conditions. Plant seedlings are transferred into a sterile, acidic growth medium, incubated, and inspected for contamination before inoculation with Agrobacterium. The activated bacteria attach to plant...

A Co-Cultivation System to Study the Molecular Responses of Plant Hosts and Interacting Bacteria

Endophytic bacteria colonize plant tissues and promote plant growth.To study their impact on tomato plant growth under salt stress, start with sterile seedlings showing developing leaves and roots.Immerse the roots of the experimental seedling in a suspension of endophytic bacteria; leave the control uninoculated.Transfer both groups into sterilized soil to prevent external microbial interference and incubate in a growth chamber.From the soil, the bacteria enter through transient root openings,...

Enhancing Salt Stress Tolerance in Tomato Plants Through Endophytic Bacterial Colonization

Source: Matthysse, A. G. Adherence of Bacteria to Plant Surfaces Measured in the Laboratory. J. Vis. Exp., (2018)This video demonstrates a protocol for measuring root colonization of tomato seedlings by wild-type and cellulose-deficient pathogenic bacteria. Viable counts of tightly adhering bacteria show greater adhesion and microcolony formation by the wild-type strain, highlighting cellulose’s role in stable root colonization.

Assessing Root Colonization of Tomato Seedlings by a Pathogenic Bacterium Using Viable Cell Counts

Een eenvoudige methode voor het meten en karakteriseren van bacteriële hechting op planten, met name wortels en spruiten, wordt in dit artikel beschreven.

Hechting van bacteriën te planten oppervlakken gemeten in het laboratorium

Hier presenteren we een veelzijdige methode voor tomatenworteltransformatie, gevolgd door inenting met Ralstonia solanacearum om eenvoudige genetische analyse uit te voeren voor de studie van bacteriële verwelkingsziekte.

Tomato Root Transformatie gevolgd door inenting met Ralstonia Solanacearum voor eenvoudige genetische analyse van bacteriële wilt ziekte

De zaailing overstromingstest vergemakkelijkt een snelle screening van wilde tomaten toetredingen voor de weerstand tegen de Pseudomonas syringae bacterie. Deze test, gebruikt in combinatie met de zaailing bacteriële groei test, kan helpen bij het verder karakteriseren van de onderliggende weerstand tegen de bacterie, en kan worden gebruikt om het scherm mapping populaties om de genetische basis van resistentie te bepalen.

High-Throughput Identificatie van resistentie tegen Pseudomonas syringae pv. Tomaat in Tomaat met seedling Flood Assay

Om een axeeninsect te verkrijgen, wordt het eioppervlak gesteriliseerd en wordt de uitgekomen larve vervolgens grootgebracht met behulp van axeenbladeren. Deze methode biedt een efficiënte manier voor axeeninsectenbereiding zonder antibiotica toe te dienen of een kunstmatig dieet te ontwikkelen, dat ook kan worden toegepast op andere bladetende insecten.

Het voorbereiden en fokken van axeeninsecten met weefsel gekweekte zaailingen voor gastheer-darmmicrobiota-interactiestudies van de bladkever

Dit protocol presenteert een gedetailleerde samenvatting van strategieën om plantenwortels te enten met bodemmicroben. Voor de schimmels Verticillium longisporum en Verticillium dahliae worden drie verschillende wortelinfectiesystemen beschreven. Mogelijke toepassingen en mogelijke downstream analyses worden belicht en voor- of nadelen worden per systeem besproken.

Inentingsstrategieën om plantenwortels te infecteren met door de bodem overgedragen micro-organismen

Dit protocol is bedoeld om gedetailleerde procedures te bieden voor het verzamelen, fixeren en onderhouden van mycoheterotrofe plantenmonsters, waarbij verschillende microscopietechnieken worden toegepast, zoals scanning- en transmissie-elektronenmicroscopie, licht-, confocale en fluorescentiemicroscopie om schimmelkolonisatie te bestuderen in plantenweefsels en zaden ontkiemd met mycorrhizaschimmels.

Microscopietechnieken voor het interpreteren van schimmelkolonisatie in mycoheterotrofe plantenweefsels en symbiotische kieming van zaden

Het tomatenzaad is een belangrijk model voor het bestuderen van genetica en ontwikkelingsbiologie tijdens de voortplanting van planten. Dit protocol is nuttig voor het opruimen van tomatenzaden in verschillende ontwikkelingsstadia om de fijnere embryonale structuur te observeren.

Een efficiënt clearingprotocol voor de studie van zaadontwikkeling in tomaat (Solanum lycopersicum L.)

iPlantMicro Lab..  Dit protocol combineert gestandaardiseerde zaadoppervlaktesterilisatie met gecontroleerde kieming om de reproduceerbare isolatie van tomatenzaad-geassocieerde microbiota tijdens de overgang van zaad naar zaailing mogelijk te maken. De aanpak verbetert het herstel van kweekbare micro-organismen die ondervertegenwoordigd zijn in droge zaden en ondersteunt vergelijkende culturomische studies tijdens de vroege zaailingontwikkeling.

Isolatie van tomatenzaad-geassocieerde microbiota door gecontroleerde kieming en vergelijkende teelt

Meer video's verkennen