Transpozony stanowią znaczną część genomów różnych organizmów. Dlatego uważa się, że transpozycja odegrała główną rolę ewolucyjną w specjacji, zmieniając rozmiary genomu i modyfikując wzorce ekspresji genów. Na przykład w przypadku bakterii transpozycja może prowadzić do nadania oporności na antybiotyki. Przemieszczanie się elementów transpozycyjnych w puli genetycznej bakterii chorobotwórczych może pomóc w przenoszeniu elementów genetycznych opornych na antybiotyki. U eukariontów transpozony mogą pełnić role regulacyjne poprzez kontrolowanie ekspresji docelowych genów w określonych warunkach fizjologicznych, takich jak stres. W rzeczywistości regulacja genów przez transpozony w odpowiedzi na stres była szeroko badana na roślinach.
Genomy roślinne stanowią doskonały model do badania transpozycji. Odkrycia transpozonów dokonała Barbara McClintock, gdy badała komórki kukurydzy z uszkodzonymi chromosomami. Odkryła, że transpozycja elementów genetycznych z uszkodzonych chromosomów powoduje różnorodność koloru kukurydzy.
Ze względu na szkodliwe skutki transpozycji, transpozony rzadko się poruszają. Częstotliwość transpozycji została skorelowana ze specyfikacjami sekwencji i motywami strukturalnymi w miejscu dawczym i docelowym. Ta niska częstotliwość transpozycji oznacza, że selekcja genetyczna jest niezbędna do wykrycia wyników transpozycji. Jednym z takich wyników, bezpośrednio zależnym od częstotliwości transpozycji, jest obecność białych plam na kwiatach roślin Lwiej paszczy.
