Transpozony zawierające tylko DNA nazywane są transpozonami autonomicznymi, ponieważ kodują transpozazę enzymatyczną, która jest wymagana w mechanizmie transpozycji. Insercja transpozonów może zmieniać funkcje genów na wiele sposobów. Mogą mutować gen, zmieniać ekspresję genów poprzez wprowadzenie nowego promotora lub sekwencji izolatora, wprowadzać nowe miejsca splicingu i zmieniać wytwarzane transkrypty mRNA lub przemodelować strukturę chromatyny.
Miejsce dawcze, z którego transpozon jest wycinany, jest albo degradowane, albo naprawiane. Niedokładne metody naprawy nie przywracają dawcy do jego pierwotnej sekwencji, często nieumyślnie zmieniając jego fenotyp.
Niedoskonałe wycięcie elementów transpozycyjnych prowadzi do przeniesienia części sekwencji genomowych wraz z transpozonem. Powoduje to zjawisko zwane tasowaniem eksonów, w którym dwa niepowiązane ze sobą egzony są umieszczone obok siebie, co skutkuje nowymi strukturami genów. W ten sposób transpozycja może nie tylko przemieszczać geny, ale może również reorganizować nieruchome elementy genetyczne.
Po wprowadzeniu w miejsce docelowe transpozony mogą zmieniać aktywność elementów genetycznych gospodarza. To sprawia, że transpozony DNA są potężnymi narzędziami w edycji genomu. W transgenezie syntetyczne transpozony DNA są wykorzystywane jako nośniki genów do badania wpływu obcego DNA w organizmie gospodarza. Szeroko stosowanym transpozonem syntetycznego DNA jest transpozon Śpiącej Królewny, który jest umieszczany w genomach różnych gatunków, od pierwotniaków po małe kręgowce, takie jak ryby, żaby i myszy, w celu wprowadzenia nowych cech lub odkrycia nowych genów.
