$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Różnorodność antygenowa HIV-1 od dawna stanowi przeszkodę w projektowaniu szczepionek, a ta zmienność jest szczególnie wyraźna w pętli V3 glikoproteiny otoczki powierzchniowej wirusa. Wcześniej proponowaliśmy, że korona pętli V3, choć dynamiczna i zmienna sekwencyjnie, jest ograniczona w całej populacji wirusów HIV-1 do immunologicznie istotnej struktury trzeciorzędowej β spinki do włosów. Co ważne, w krążących wirusach HIV-1 istnieją tysiące różnych sekwencji koron pętli V3, co sprawia, że strukturalna charakterystyka 3D trendów w całej różnorodności wirusów jest trudna lub niemożliwa za pomocą krystalografii lub NMR. Nasze poprzednie udane badania ze składaniem korony V31, 2 wykorzystały algorytm ab initio 3 dostępny w pakiecie oprogramowania do modelowania molekularnego ICM-Pro (Molsoft LLC, La Jolla, CA) i sugerowały, że korona pętli V3, szczególnie od pozycji 10 do 22, korzysta wystarczająco z elastyczności i długości swoich bocznych łodyg, aby zachowywać się w dużym stopniu tak, jakby była nieograniczonym peptydem swobodnie składającym się w roztworze. W związku z tym szybkie fałdowanie ab initio tylko tej części pętli V3 dowolnego pojedynczego szczepu z 60 000+ krążących szczepów HIV-1 może być pouczające. W tym miejscu złożyliśmy pętlę V3 szczepu R2, aby uzyskać wgląd w strukturalne podstawy jego unikalnych właściwości. R2 zawiera rzadką sekwencję pętli V3, która jest uważana za odpowiedzialną za wyjątkową wrażliwość tego szczepu na neutralizację przez surowice pacjenta i przeciwciała monoklonalne4, 5. Szczep pośredniczy w infekcji niezależnej od CD4 i wydaje się, że wywołuje przeciwciała neutralizujące. Pokazujemy, w jaki sposób ocena wyników fałdowania może być pouczająca w kojarzeniu obserwowanych struktur w fałdowaniu z aktywnościami immunologicznymi obserwowanymi dla R2.