Jednym z najważniejszych celów w neuronauce jest zrozumienie sygnałów molekularnych, które sterują wczesnymi etapami formowania się synaps. W związku z tym konieczne stało się opracowanie obiektywnych metod ilościowego określania zmian w łączności synaptycznej. Niniejszy protokół, rozpoczynając od utrwalania próbek, szczegółowo opisuje sposób ilościowego oznaczania liczby synaps zarówno w dysocjowanych kulturach neuronów, jak i w przekrojach mózgu z wykorzystaniem immunocytochemii. Przy użyciu przeciwciał specyficznych dla poszczególnych przedziałów znakujemy terminale presynaptyczne oraz miejsca specjalizacji postsynaptycznej. Synapsy definiujemy jako punkty kolokalizacji sygnałów generowanych przez te markery. Liczbę tych kolokalizacji określa się ilościowo za pomocą wtyczki Puncta Analyzer (autorstwa Bary'ego Warka, dostępna na zapytanie, c.eroglu@cellbio.duke.edu) w ramach oprogramowania analitycznego ImageJ. Opisany w tym protokole test synaptyczny może być zastosowany do dowolnej tkanki nerwowej lub preparatu hodowlanego, dla których dysponuje się selektywnymi markerami presynaptycznymi i postsynaptycznymi. Ten test synaptyczny stanowi wartościowe narzędzie, które może być szeroko wykorzystywane w badaniach nad rozwojem synaps.