Embrionalne komórki macierzyste (ES) to komórki pluripotencjalne pochodzące z wewnętrznej masy komórkowej wczesnych zarodków ssaków w stadium blastocysty 1. Kluczowym etapem różnicowania komórek ES jest tworzenie agregatów w postaci ciałek zarodkowych (EB) 2, 3. Formowanie EB opiera się na spontanicznej agregacji, gdy komórki ES są hodowane na płytkach nieprzylepnych. Trójwymiarowe EB odwzorowują wiele aspektów wczesnej embriogenezy ssaków i różnicują się w trzy warstwy zarodkowe: ektodermę, mezodermę i endodermę 4.
Immunofluorescencja i hybrydyzacja in situ są powszechnie stosowanymi technikami wykrywania białek docelowych oraz mRNA obecnych w komórkach przekroju tkankowego 5, 6, 7. Przedstawiamy tutaj prostą technikę przygotowania wysokiej jakości krio-przekrojów ciał embrionalnych. Podejście to opiera się na orientacji przestrzennej ciał embrionalnych (EB) podczas zatapiania w OCT, a następnie na technice krio-sekcjowania. Otrzymane przekroje mogą być poddawane szerokiej gamie procedur analitycznych w celu charakterystyki populacji komórek zawierających określone białka, RNA lub DNA. W związku z tym, przygotowanie krio-przekrojów EB (10μm) stanowi niezbędne narzędzie dla analiz barwień histologicznych (np. hematoksyliną i eozyną, DAPI), immunofluorescencji (np. Oct4, nestina) lub hybrydyzacji in situ. Technika ta może również pomóc w zrozumieniu aspektów embriogenezy w odniesieniu do zachowania trójwymiarowej sferycznej struktury EB.