Ułatwienie analizy danych immunologicznych za pomocą wizualnych technik analitycznych

Summary

Analityka wizualna (VA) to nowe podejście do interaktywnej analizy danych. W tym filmie omawiamy problem przeciążenia danymi spowodowany wysokoprzepustowymi eksperymentami biologicznymi i proponujemy VA jako rozwiązanie tego problemu. Film przedstawia analizę w obrębie i pomiędzy zestawami danych immunologicznych przy użyciu narzędzia VA o nazwie Tableau.

Abstract

Analityka wizualna (VA) pojawiła się jako nowy sposób analizy dużych zbiorów danych za pomocą interaktywnego wyświetlania wizualnego. Wykazaliśmy użyteczność i elastyczność podejścia VA w analizie zbiorów danych biologicznych. Przykłady takich zestawów danych w immunologii obejmują cytometrię przepływową, dane Luminex i dane dotyczące genotypowania (np. polimorfizmu pojedynczego nukleotydu). W przeciwieństwie do tradycyjnego podejścia do wizualizacji informacji, VA przywraca moc analizy w rękach analityka, umożliwiając mu zaangażowanie się w proces eksploracji danych w czasie rzeczywistym. Wybraliśmy oprogramowanie VA o nazwie Tableau po ocenie kilku narzędzi VA. W prezentacji wideo zademonstrowano dwa rodzaje zadań analitycznych: analizę w obrębie zestawów danych i między nimi, wykorzystując podejście zwane analizą sparowaną. Analiza sparowana, zgodnie z definicją w VA, to podejście analityczne, w którym ekspert ds. narzędzi VA pracuje ramię w ramię z ekspertem dziedzinowym podczas analizy. Ekspert dziedzinowy to osoba, która rozumie znaczenie danych i zadaje pytania, na które zebrane dane mogą odpowiadać. Następnie ekspert ds. narzędzi tworzy wizualizacje, które pomagają znaleźć wzorce w danych, które mogą odpowiedzieć na te pytania. Krótki czas między wygenerowaniem hipotezy a szybkim wizualnym przedstawieniem danych jest główną zaletą podejścia VA.

Protocol

1. Analiza oparta na eksploracji na Tableau

1. Masz zestaw danych i chcesz zbadać różne relacje między kolumnami w danych.
   1. (Rysunek 1) Zaimportuj zestaw danych, klikając opcję "Połącz z danymi". Wybierz typ źródła danych i postępuj zgodnie z instrukcjami, aby zaimportować zestaw danych.
   2. (Rysunek 1) Upewnij się, że półka z wymiarami zawiera kolumny kategorii, a półka z miarami zawiera kolumny liczbowe z zestawu danych. Czasami kolumna wymiaru, taka jak identyfikator tematu, może być wymieniona jako miara, jeśli jest ponumerowana. Zmień go na wymiary, klikając go prawym przyciskiem myszy i wybierz "Konwertuj na wymiar". Na rysunku 1 kolumn....

Discussion

Pojawienie się technologii wysokoprzepustowej w nowoczesnych badaniach biomedycznych doprowadziło do eksplozji danych badawczych, które wymagają bardziej wydajnego sposobu analizy. Analityka wizualna (VA) to nauka zajmująca się rozumowaniem analitycznym, którą ułatwiają interaktywne interfejsy wizualne (1). Podejście VA przywraca moc analityczną w rękach ludzkiego analityka, w przeciwieństwie do tradycyjnego podejścia do wykrywania wzorców przez komputer. Analityka wizualna została zastosowana w badaniach w różnych dzie.......