1. Izolacja ludzkich limfocytów T CD4+ z krwi obwodowej (patrz Rycina 1)
- Krew obwodową z żyły (40 do 60 mLs) pobiera się do probówek Vacutainer zawierających heparynę sodową (Becton Dickenson).
- Następnie krew obwodową przenosi się z probówek Vacutainer do 50 mL polistyrenowych probówek stożkowych (20 mL krwi na probówkę).
- Odczynnik do izolacji limfocytów T CD4+ RosetteSep (StemCell Technologies) dodaje się w objętości 1 mL do nie więcej niż 20 mL krwi w probówce 50 ml i dokładnie miesza.
- Mieszaninę inkubuje się następnie w temperaturze 20-25°C przez 20 minut.
- Po 20 minutach do mieszanin dodaje się fosforanowy bufor solny pozbawiony wapnia i magnezu (CMF) [PBS (HyClone)] z 2% inaktywowaną ciepłem (56°C przez 30 minut) płodową surowicą bydlęcą [FBS (HyClone)] w celu uzyskania końcowej objętości 40 mL.
- Rozcieńczone mieszaniny (30 ml) nakłada się następnie na 15 mL medium do separacji limfocytów [LSM (Cellgro)] w nowych 50 mL polistyrenowych probówkach stożkowych.
- Probówki 50 mL wiruje się następnie przy 1200 x g przez 20 minut z wyłączonym hamulcem.
- Probówki 50 mL ostrożnie wyjmuje się z wirówki tak, aby nie naruszyć granicy faz między LSM a medium. Komórki znajdujące się na granicy faz zbiera się za pomocą pipety 10 mL i przenosi do nowych 50 mL polistyrenowych probówek stożkowych.
- Zebrane frakcje z granicy faz rozcieńcza się PBS z 2% FBS do końcowej objętości 50 mL.
- Probówki 50 mL zawierające rozcieńczone frakcje wiruje się przy 1200 x g przez 10 minut z włączonym hamulcem.
- Po wirowaniu aspiruje się nadsącz, a osad resuspenduje w 10 mLs PBS z 2% FBS.
- Zawiesiny komórkowe łączy się następnie w jednej 50 mL probówce stożkowej i rozcieńcza do 50 mLs za pomocą PBS z 2% FBS.
- Probówkę zawierającą połączoną zawiesinę komórkową wiruje się przy 300 x g przez 10 minut, aby usunąć resztki LSM.
- Nadsącz aspiruje się, a osad resuspenduje w 10 mLs medium RPMI-1640 (HyClone) zawierającego 10% FBS, 100 U/ml penicyliny, 100 mcg/ml streptomycyny (HyClone) oraz 2 mM L-glutaminy (CellGro) (RPMI-complete), a następnie zlicza komórki za pomocą hemocytometru.
- Koncentrację oczyszczonych limfocytów T CD4+ dostosowuje się następnie do poziomu 3x106/mL za pomocą RPMI-complete.
- Limfocyty CD4+ stymuluje się, hodując je z przeciwciałami anty-CD3/anty-CD28 sprzężonymi z kuleczkami [T-Cell Expansion Kit (Miltenyi Biotec)] w stosunku trzech kuleczek na komórkę przez 72 godziny w temperaturze 37°C w inkubatorze z 5% C02 i nawilżeniem.
2. Zakażanie limfocytów T CD4+ wirusem HIV-1 (patrz Rysunek 1)
- Zawiesinę komórkową zawierającą stymulowane limfocyty T CD4+ przenosi się z płytki hodowlanej i zlicza przy użyciu hemocytometru.
- komórki T CD4+ (~2x106) dodaje się do stożkowej probówki o pojemności 15 ml w celu wykorzystania jako kontrolę niezakażoną.
- Pozostała część zawiesiny limfocytów T CD4+ zostaje przeniesiona do probówki stożkowej o objętości 50 ml w celu przeprowadzenia infekcji.
- Probówki zawierające zawiesiny limfocytów T CD4+ wiruje się przy 300 x g przez 10 minut, a następnie aspiruje się nadsącz z hodowli.
- Stymulowane limfocyty T CD4+ resuspensuje się bezpośrednio w płynach hodowlanych zawierających wiriony, a następnie poddaje wirusowej infekcji w wirowaniu (spin-infection) przy 1200 x g przez 2 godziny w temperaturze 20-25°C 9Zazwyczaj zakażamy limfocyty T CD4+ przy wielokrotności zakażenia (MOI) wynoszącej 5 w przypadku szczepu HIV z defektem replikacyjnym (np. DHIV-3) lub MOI wynoszącej 0,01 w przypadku wirusa zdolnego do replikacji (np. HIV-1)NL4/3). Objętość końcowa nie jest istotna, jednak probówki muszą być zrównoważone do wirowania. Polybrene (Santa Cruz) dodaje się do cieczy hodowlanej przed spinfekcją w końcowym stężeniu 10 mcg/ml.
- Po zakończeniu procedury spinfekcji usuwa się supernatanty, a komórki resuspenduje do gęstości 3x106/ml w pożywce RPMI-complete uzupełnionej o 100 J/ml IL-2. Zakażone i niezakażone komórki hoduje się przez 72 godziny w przypadku użycia wirusa niezdolnego do replikacji lub przez 5–7 dni w przypadku użycia wirusa zdolnego do replikacji. Pożywkę należy wymieniać co 48 godzin w trakcie hodowli.
3. Izolacja ludzkich komórek Natural Killer z krwi obwodowej
- Krew obwodowa z żyły (~100 ml) jest pobierana od tego samego dawcy, u którego izolowano limfocyty T CD4+, do probówek Vacutainer zawierających heparynę sodową (Becton Dickenson).
- Krew jest następnie przenoszona z probówek Vacutainer do stożkowych probówek 50 mL w aliquotach po 20 mL.
- Probówki Vacutainer są następnie płukane 8 mL zrównoważonego roztworu soli Hanksa CMF [HBSS (Hyclone)], a płukanki są przenoszone do probówek stożkowych 50 mL zawierających 20 mL krwi obwodowej. Końcowa objętość w każdej probówce stożkowej 50 mL wynosi 35 mL.
- Rozcieńczoną krew warstwuje się na 15 mL LSM w nowej probówce stożkowej 50 mL, a następnie probówki wiruje przy 400 x g przez 30 minut z wyłączonym hamulcem.
- Probówki są ostrożnie wyjmowane z wirówki, a powstała granica między LSM a podłożem jest zbierana z każdej probówki za pomocą pipety 10 mL i przenoszona do nowych probówek stożkowych 50 mL.
- zawiesiny komórkowe są płukane raz za pomocą CMF HBSS (wirowanie przy 400 x g przez 15 minut z włączonym hamulcem).
- Po pierwszym płukaniu usuwa się nadosady, a powstałe osady łączy się w jednej probówce stożkowej 50 mL i płucze dwukrotnie CMF HBSS (wirowanie przy 30 x g przez 10 minut z włączonym hamulcem), aby usunąć pozostałe LSM.
- Po ostatnim płukaniu osad resuspendsuje się w 10 mL buforu lizującego ACK (150 mM NH4Cl, 1,0 mM KHCO3 i 0,1 mM EDTA pH 7,3) i inkubuje w temperaturze pokojowej (20-25°C) przez 5 min. Krok ten jest niezbędny do usunięcia erytrocytów zanieczyszczających mononuklearne komórki krwi obwodowej (PBMC).
- Po 10 min. do zawiesiny komórkowej dodaje się 40 mL CMF PBS w celu zatrzymania reakcji lizy.
- Probówkę z zawiesiną komórkową zawierającą PBMC i lizowane erytrocyty wiruje się przy 300 x g przez 10 minut z włączonym hamulcem.
- Nadosad jest usuwany, a osad resuspendsuje się w 5 mL PBS z 2% FBS i 2 mM EDTA, a następnie zlicza za pomocą hemocytometru.
- Komórki NK (natural killer) są następnie izolowane z PBMC przy użyciu zestawu do izolacji komórek NK [selekcja negatywna – człowiek (Miltenyi Biotec)] zgodnie z instrukcjami producenta.
- Przesącz z kolumn zbiera się do probówek 15 ml, a następnie wiruje przy 300 x g przez 10 minut z włączonym hamulcem.
- Nadosady są usuwane, a osady resuspendsowane. Resuspendsowane osady łączy się w jednej probówce do całkowitej objętości 1 mL zmodyfikowanego podłoża Dulbecco Iscove'a [IMDM (Gibco)] uzupełnionego o 10% inaktywowanej ciepłem (56°C przez 30 minut) ludzkiej surowicy (HS) AB+ i zlicza za pomocą hemacytometru.
- Objętość zawiesiny komórkowej dopasowuje się za pomocą IMDM z 10% HS tak, aby końcowa gęstość komórek NK wynosiła 3x106/mL. Zawiesinę komórkową dzieli się na pół. Jedna partia komórek NK otrzymuje 200 U/mL rekombinowanej ludzkiej interleukiny-2. Druga partia komórek pozostaje w podłożu bez aplikacji cytokiny.
- Kultury komórek NK są następnie inkubowane przez noc w temperaturze 37°C, w atmosferze 5% CO2.
- Otrzymane komórki NK są następnie wykorzystywane jako komórki efektorowe w teście degranulacji CD107a lub teście uwalniania 51Cr.
4. Oczyszczanie komórek zakażonych HIV-1 (patrz Rysunek 1)
- Płyny hodowlane zawierające zainfekowane komórki są usuwane z płytek i wirowane przy 300 x g przez 10 minut z włączonym hamulcem.
- Nadnadpław jest odsysany, a osady resuspenderowane w 2 mL PBS z 2% FBS i 2 mM EDTA, po czym wykonuje się zliczanie komórek za pomocą hemocytometru.
- Komórki zainfekowane, które nie zawierają HIV-1, są oddzielane od tych, które przenoszą wirusa, wykorzystując fakt, że HIV-1 powoduje obniżenie ekspresji CD4. W tym celu stosuje się zestaw CD4 Positive Isolation Kit (Invitrogen) zgodnie z instrukcjami producenta, z wyjątkiem zastosowania stosunku jednego paciorka α-CD4 na jedną komórkę.
- Po usunięciu limfocytów T CD4+, martwe komórki są usuwane z oczyszczonej populacji komórek przenoszących wirusa przy użyciu zestawu Dead Cell Removal Kit (Miltenyi Biotec) zgodnie z instrukcjami producenta.
- Frakcja przepływowa po usunięciu martwych komórek w kolumnach jest wirowana przy 300 x g przez 10 minut z włączonym hamulcem. Nadnadpław jest usuwany, osady resuspenderowane w 1 mL RPMI-complete, a następnie wykonuje się zliczanie komórek.
- Oczyszczone zainfekowane komórki są teraz gotowe do użycia jako cele w teście degranulacji CD107a lub teście uwalniania 51Cr.
5. Test degranulacji CD107a (patrz Rycina 2)
- Kultury komórek NK są usuwane z płytek, a następnie wykonuje się zliczenie zawiesiny komórkowej.
- Suspensje komórek NK są wirowane przy 300 x g przez 10 minut przy włączonym hamulcu.
- Komórki NK resuspensuje się w pełnym medium RPMI i dostosowuje końcową stężenie do 106 komórek/ml
- Suspensje komórkowe z wyizolowanych zakażonych i niezakażonych limfocytów T, otrzymane w poprzednich krokach, odwiruje się przy 300 x g przez 10 minut przy włączonym hamulcu.
- Nadpłyny zostają usunięte, a osady resuspendowane w pełnym medium RPMI w stężeniu 2x106 komórek/ml
- Komórki K562 są wykorzystywane jako docelowe komórki kontrolne dodatnie, ponieważ wykazują wysoką podatność na lizę przez komórki NK. Komórki są wirowane przy 300 x g przez 10 minut z włączoną hamulcem wirówką, supernatanty są usuwane, a osady resuspendowane w pełnym medium RPMI w stężeniu 2x106 komórek/ml
- Do studzienek płytki 96-dołkowej z dnem w kształcie litery V dodaje się 100 µL komórek docelowych oraz 100 µL efektorów.
- Do oceny nieswoistej degranulacji komórek NK wykorzystana zostanie studzienka zawierająca 100 $\mu$L efektorów i 100 $\mu$L pożywki bez komórek docelowych.
- Do każdej studzienki dodaje się 10 µl przeciwciała anty-CD107a sprzężonego z FITC (BDIS).
- Następnie płytkę wiruje się przy 20 x g przez 2 minuty przy włączonym hamulcu.
- OdwirCowaną płytkę inkubuje się przez 4 godziny w temperaturze 37°C oraz 5% CO22.
- Po inkubacji płytkę wiruje się w wirówce z prędkością 400 x g przez 5 minut z włączonym hamulcem.
- Nadnadkład usuwa się z osadu.
- Następnie każdą studzienkę barwi się na lodzie przez 20 minut przy użyciu następującego panelu przeciwciał koniugowanych z fluorochromami w łącznej objętości 100 µL buforu do cytometrii przepływowej (PBS z 2% FBS i 0,1% NaN3).3)
- anty-CD3/14/20 [sprzężony z Pacific Blue (Biolegend)]
- anty-CD56 [APC(Biolegend)]
- Po 20-minutowej inkubacji do każdej studzienki dodaje się 200 μl buforu do cytometrii przepływowej, a następnie płytkę wiruje przy 400 x g przez 5 minut z włączonym hamulcem.
- Następnie z każdej dołki ostrożnie odsysa się bufor przepływowy za pomocą pipety aspiracyjnej o pojemności 2 ml z założonym końcem do mikropipety 200 mcL, dbając o to, aby nie naruszyć osadu.
- Kroki 15 i 16 powtarza się raz jeszcze.
- Osady resuspendowano w 200 μl 1% paraformaldehydu w buforze CMF PBS. Następnie zawiesiny komórkowe przeniesiono do probówek do cytometrii przepływowej.
- Objętość całkowitą zwiększa się do 300 µL poprzez dodanie do każdej probówki około 100 µL 1% paraformaldehydu w PBS z CMF.
- Zdarzenia (2x104) odpowiadające komórkom NK, są zbierane za pomocą cytometru przepływowego przy użyciu systemu FACS DIVABDIS) oprogramowanie do akwizycji, a analiza została przeprowadzona przy użyciu oprogramowania Flow Jo(TreeStar).
6. Strategia bramkowania dla CD107a (patrz Rycina 3)
- Bramki dla pojedynczych komórek są tworzone na podstawie wykresu wysokości rozproszenia przedniego (FSC-H) względem szerokości rozproszenia przedniego (FSC-W).
- W celu analizy wielkości względem ziarnistości, na bramce dla pojedynczych komórek tworzony jest wykres rozproszenia przedniego (FSC) względem rozproszenia bocznego (SSC). Typowo limfocyty charakteryzują się stosunkowo niską ziarnistością i średnią wielkością komórek.
- Komórki z bramki limfocytów są następnie naniesione na wykres kropkowy komórek barwionych na CD3/14/20 względem komórek barwionych na CD56, aby wyodrębnić komórki NK, pomijając monocyty (CD14), limfocyty T (CD3) i limfocyty B (CD20).
- Populacja z bramki CD56pos jest następnie oceniana pod kątem ekspresji CD107a.
- Grupa komórek NK bez komórek docelowych służy do ustawienia bramek określających populację CD107a ujemną.
7. Test uwalniania 51Cr (patrz Rysunek 4)
- Zainfekowane komórki docelowe znakuje się 125 mcCi 51Cr (Perkin Elmer) w soli fizjologicznej w stosunku 106 komórek w całkowitej objętości 500 mcL przez 2 h w temperaturze 37°C i 5% CO2. Jako kontrolę pozytywną 106 komórek K562 znakuje się 100 mcCi 51Cr przez 2 h w całkowitej objętości 500 mcL w temperaturze 37°C i 5% CO2. Objętość uzupełnia się do 500 mcL za pomocą medium RPMI-complete. Objętość 51Cr dodawaną do komórek docelowych oblicza się tutaj: (http://las.perkinelmer.com/Catalog/RadCalculator.htm?Mode=RadioactivityCalculator)
- Podczas znakowania komórek docelowych, wcześniej wyizolowane komórki NK usuwa się z hodowli i przelicza. Kultury komórkowe zawierające komórki NK wiruje się przy 300 x g przez 10 minut z włączonym hamulcem.
- Osady zawierające komórki NK resuspendsuje się w medium RPMI-complete i rozdziela do 3 probówek. Gęstość komórek dostosowuje się do 105/mL w pierwszej probówce, 2,5x105/ml w drugiej probówce i 5x105/mL w trzeciej probówce.
- Znakowane komórki docelowe wyjmuje się z inkubatora i do każdej probówki dodaje 4,5 mL medium RPMI-complete. Następnie probówki wiruje się przy 300 x g przez 10 minut.
- Nadsącz odlewa się ostrożnie, aby nie zaburzyć osadu, do pojemnika na radioaktywne odpady płynne.
- Kroki 4 i 5 powtarza się jeszcze dwukrotnie, aby usunąć cały niezaabsorbowany 51Cr. Nadsącz z trzeciego przemycia można zutylizować w pojemniku na nieradioaktywne odpady płynne.
- Znakowane komórki docelowe resuspendsuje się następnie w medium RPMI-complete do końcowej gęstości komórek 105/mL.
- 100 mcL znakowanych komórek docelowych nanosi się do dołków płytki 96-dołkowej z dnem w kształcie litery V, aby uzyskać końcową liczbę 104 komórek docelowych na dołek.
- Tabela 1 przedstawia przykład typowego układu dla testu uwalniania 51Cr. Każda grupa jest wykonywana w trzech powtórzeniach.
| | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
| A | K562 E:T (1:1) | K562 E:T (1:1) | K562 E:T (1:1) | K562 E:T (2,5:1) | K562 E:T (2,5:1) | K562 E:T (2,5:1) | K562 E:T (5:1) | K562 E:T (5:1) | K562 E:T (5:1) |
| B | UI E:T (1:1) | UI E:T (1:1) | UI E:T (1:1) | UI E:T (2,5:1) | UI E:T (2,5:1) | UI E:T (2,5:1) | UI E:T (5:1) | UI E:T (5:1) | UI E:T (5:1) |
| C | Zakażone HIV-1 E:T (1:1) | Zakażone HIV-1 E:T (1:1) | Zakażone HIV-1 E:T (1:1) | Zakażone HIV-1 E:T (2,5:1) | Zakażone HIV-1 E:T (2,5:1) | Zakażone HIV-1 E:T (2,5:1) | Zakażone HIV-1 E:T (1:1) | Zakażone HIV-1 E:T (1:1) | Zakażone HIV-1 E:T (1:1) |
| D | | | | | | | | | |
| E | | | | | | | | | |
| F | Spontaniczne uwalnianie K562 | Spontaniczne uwalnianie K562 | Spontaniczne uwalnianie K562 | Spontaniczne uwalnianie UI | Spontaniczne uwalnianie UI | Spontaniczne uwalnianie UI | Spontaniczne uwalnianie zakażonych HIV-1 | Spontaniczne uwalnianie zakażonych HIV-1 | Spontaniczne uwalnianie zakażonych HIV-1 |
| G | Maksymalne uwalnianie K562 | Maksymalne uwalnianie K562 | Maksymalne uwalnianie K562 | Maksymalne uwalnianie UI | Maksymalne uwalnianie UI | Maksymalne uwalnianie UI | Maksymalne uwalnianie zakażonych HIV-1 | Maksymalne uwalnianie zakażonych HIV-1 | Maksymalne uwalnianie zakażonych HIV-1 |
- 100 mcL powyższych zawiesin komórek NK dodaje się do każdego dołka zawierającego komórki docelowe.
- 100 mcL komórek docelowych dodaje się do odpowiadających im dołków, w których brakuje komórek efektorowych, dla grup uwalniania maksymalnego i spontanicznego. Grupę uwalniania spontanicznego inkubuje się z dodatkowymi 100 mcL medium RPMI-complete.
- Płytkę 96-dołkową wiruje się przy 20 x g przez 2 minuty z włączonym hamulcem.
- Odwirowaną płytkę inkubuje się następnie w temperaturze 37°C i 5% CO2 przez 4 godziny.
- Po 4-godzinnej inkubacji do każdego dołka, z wyjątkiem dołków uwalniania maksymalnego, dodaje się 5 mcL rozcieńczenia 1:10 ludzkich erytrocytów w medium RPMI-complete.
- Do dołków uwalniania maksymalnego dodaje się 100 mcL 10% dodecylosiarczanu sodu.
- Płytkę wiruje się przy 400 x g przez 5 minut w celu osadzenia komórek.
- Z każdego dołka pobiera się 100 mcL nadsączu wolnego od komórek i przelewa do osobnych probótek do licznika gamma (Perkin Elmer). Probótki umieszcza się w automatycznym liczniku gamma 2470 (Perkin Elmer). Ilość 51Cr obecną w cieczy hodowlanej mierzy się jako liczbę zliczeń na minutę, wyciągając średnią z odczytu 2-minutowego.
- Odczyty liczby zliczeń na minutę (CPM) próbek i kontroli są wykorzystywane do obliczenia % specyficznej lizy za pomocą następującego równania:
[(eksperymentalne CPM - średnie CPM spontaniczne) / (średnie CPM maksymalne - średnie CPM spontaniczne)] x 100
8. Reprezentatywne wyniki:

Rycina 1. Etapy izolacji komórek natural killer oraz generowania zakażonych HIV-1 komórek docelowych z krwi obwodowej.

Rycina 2. Etapy konstrukcji testu degranulacji CD107a z wykorzystaniem komórek NK jako efektorów oraz komórek K562, niezakażonych limfocytów T CD4+ i limfocytów T zakażonych HIV-1 jako celów.

Rycina 3. Strategia bramkowania w cytometrii przepływowej dla testu degranulacji CD107a. (A) Bramkowanie pojedynczych komórek i wykluczanie agregatów lub dubletów na wykresie FSC-A (pole rozproszenia przedniego) względem FSC-H (wysokość rozproszenia przedniego). (B) Bramka pojedynczych komórek przedstawiona jako FSC-A względem SSC (rozproszenie boczne) w celu wyznaczenia populacji limfocytów. (C) Bramka limfocytów przedstawiona jako CD3/14/20 (limfocyty T, monocyty, limfocyty B) względem CD56 (komórki NK) w celu wyznaczenia populacji CD56pos i CD3/14/20neg (bramka NK). (D) Bramka NK przedstawiona jako CD107a względem CD56 w celu wizualizacji komórek NK, które uległy degranulacji (CD107apos).

Rycina 4. Etapy konstrukcji testu uwalniania 51Cr z wykorzystaniem komórek NK jako efektorów oraz komórek K562, niezakażonych limfocytów T CD4+ i limfocytów T zakażonych HIV-1 jako celów.

Rycina 5. Reprezentatywne wyniki oceny odpowiedzi cytotoksycznej komórek natural killer przeciwko komórkom zakażonym HIV-1. (A) Zdolność komórek NK do degranulacji oceniano bez obecności komórek docelowych oraz w odpowiedzi na komórki K562, pierwotne limfocyty T CD4+ i pierwotne limfocyty T zakażone HIV, mierząc odsetek komórek NK wykazujących ekspresję powierzchniowego białka CD107a. Liczby w każdym kwadracie reprezentują procent całkowitej liczby komórek NK. B) Zdolność komórek NK do lizy komórek K562, niezakazionych limfocytów T CD4+ oraz limfocytów T zakażonych HIV-1 oceniano w teście uwalniania 51Cr przy różnych stosunkach liczby komórek efektorowych do komórek docelowych (E:T).