Method Article

Statyczna mikroskopia sił atomowych w celu wizualizacji i scharakteryzowania złożonych nukleosomów

July 8th, 2025

In This Article

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Źródło: Stormberg, T., et al. Sondowanie struktury i dynamiki nukleosomów za pomocą obrazowania pod mikroskopią sił atomowych. J. Vis. Exp.(2019 rok)

W tym filmie demonstrujemy statyczną mikroskopię sił atomowych, aby zobrazować złożone nukleosomy. Ta technika obrazowania o wysokiej rozdzielczości pozwala na badanie struktury nukleosomów.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Funkcjonalizacja powierzchni miki do statycznego obrazowania AFM nukleosomów

  1. Przygotować 50 mM roztwór podstawowy 1-(3-aminopropylo)silatranu APS w wodzie dejonizowanej, jak opisano. Przechowywać 1 ml porcji tego roztworu w temperaturze 4 °C do momentu użycia.
    nuta: Podwielokrotności mogą być przechowywane przez ponad rok w temperaturze 4 °C.
  2. Przygotować działający roztwór APS 1:300 do modyfikacji miki, rozpuszczając 50 μl 50 mM materiału APS w 15 ml dd H2O.
    nuta: Ten roztwór roboczy można przechowywać w temperaturze pokojowej przez kilka dni.
  3. Wytnij 1 x 3 cm....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

figure-results-1
Rysunek 1: Schemat procesu przygotowania miki funkcjonalizowanej APS do obrazowania AFM nukleosomów. (A) kawałek miki o grubości ~0,1 mm ma obie strony świeżo rozszczepione. (B) Rozdrobniony kawałek miki jest natychmiast umieszczany po przekątnej w kuwecie zawierającej roztwór APS i ustawiany na inkubację przez 30 minut. (C) Po etapie funkcjonalizacji APS, kawałek miki APS przenosi się do kuwety wypełnionej dd H2O .......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
Nie stwierdzono konfliktu interesów.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
CENP-A/H4)2, rekombinowany ludzkiEpiCypher, Durham, Karolina PółnocnaNumer katalogowy: 16-0010Numer katalogowy dla 50 ug
H2A/H2B, rekombinowany człowiekEpiCypher, Durham, Karolina PółnocnaNumer katalogowy: 15-0311Numer katalogowy dla 50 ug
Oktamer H3, rekombinowany człowiekEpiCypher, Durham, Karolina Północna16-0001Numer katalogowy dla 50 ug
Zestaw urządzeń do dializy Slide-A-Lyzer MINI, 10K MWCO, 0.1 mLThermoFischer Scientific, Waltham, MassachusettsNumer katalogowy: 69574Numer katalogowy dla 10 urządzeń
chlorek soduSigma-Aldrich, St. Louis, MOS9888-500GNumer katalogowy dla 500 mg
Filtry odśrodkowe Amicon Ultra-0,5 mlMillipore-sigma, Burlington, MissouriUFC501008Numer katalogowy dla 8 urządzeń
HclSigma-Aldrich, St. Louis, MO258148-25MLNumer katalogowy dla 25 ml
TrykotSigma-Aldrich, St. Louis, MOT0377-25GNumer katalogowy dla 25 g
SdsSigma-Aldrich, St. Louis, MO11667289001Numer katalogowy dla 1 kg
Nadsiarczan amonu (AmmPS)Bio-Rad, Herkules, KaliforniaNumer katalogowy: 1610700Numer katalogowy dla 10 g
30% roztwór akryloamidu/bis, 37,5:1Bio-Rad, Herkules, Kalifornia1610158Numer katalogowy dla 500 ml
TEMEDBio-Rad, Herkules, KaliforniaNumer katalogowy: 1610800Numer katalogowy dla 5 ml
4x bufor do próbek białka Laemmli dla SDS-PAGEBio-Rad, Herkules, Kalifornia1610747Numer katalogowy dla 10 ml
2-MESigma-Aldrich, St. Louis, MOZobacz materiał M6250-10MLNumer katalogowy dla 10 ml
ageRuler Prestained Protein Ladder (Drabinka z prebarwionym białkiemThermoFischer Scientific, Waltham, MassachusettsNumer katalogowy: 26616Numer katalogowy dla 500 uL
Bio-bezpieczna™ bejca CoomassieBio-Rad, Herkules, Kalifornia1610786Numer katalogowy dla 1 L
Chusteczki z włókniny do pomieszczeń czystych: TX604 TechniClothTexWipe, Kernersvile, Karolina PółnocnaZobacz materiał TX604
Mika moskiewska blokowaAshevilleMica, Newport News, WirginiaStopień-1
HEPESYSigma-Aldrich, St. Louis, MOH4034-25GNumer katalogowy dla 25 g
Taśma klejącaScotch-3M, St. Paul, MN
Sonda TESPA-V2 afm (do obrazowania statycznego)Sondy AFM firmy Bruker, Camarillo, Kalifornia
Filtr Millex-GP, 0,22 μmSigma-Aldrich, St. Louis, MOSLGP05010Numer katalogowy dla 10 urządzeń
Sonda BL-AC10DS-A2 afm (do HS-AFM)Olympus, Japonia
Wielomodowy mikroskop sił atomowychBruker-Nano/Veeco, Santa Barbara, Kalifornia
)

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Atomic Force MicroscopyNucleosome VisualizationMica Surface FunctionalizationAPS Solution PreparationNucleosome DepositionContact Mode ImagingTopographic Image GenerationAFM Probe AlignmentElectrostatic BindingNucleosome Structure Analysis

Related Articles