Proces testowania MFIA jest wysoce wydajny, wymagając mniej sprzętu oraz mniejszych objętości próbek i odczynników niż tradycyjne testy jednoparametrowe. Funkcjonalność systemu multipleksowego daje użytkownikowi elastyczność w jednoczesnym badaniu wielu szczepów lub serotypów powszechnych czynników u gryzoni laboratoryjnych (np. koronawirusów, parwowirusów itp.). Pozwala to również na projektowanie spersonalizowanych paneli kuleczek w zależności od obszaru zainteresowań (np. konkretnej rodziny wirusów) i jest możliwe do dostosowania do analizy innych rodzajów biomolekuł, w tym cytokin i innych biomarkerów. Dodatkowo umożliwia to włączenie kilku wewnętrznych testów kontrolnych w celu weryfikacji przydatności próbki i systemu, a tym samym zapewnienia dokładności wyników. Obejmują one zestawy kuleczek pokryte kontrolą tkankową oraz immunoglobulinami przeciwko immunoglobulinom (αIg) gatunku serum testowanego w celu oceny przydatności próbki. Kuleczka kontroli tkankowej wykrywa nieswoiste wiązanie immunoglobulin surowicy, a kontrola kuleczkami αIg potwierdza dodanie surowicy i obecność w niej wystarczającego stężenia immunoglobulin. Inna kuleczka kontrolna, pokryta immunoglobulinami gatunku surowicy, wykazuje, że znakowane odczynniki i czytnik testowy funkcjonują prawidłowo. Inne dostępne komercyjnie serologiczne testy w formacie multipleksowym (np. MicroArrays, ImmunoComb) mogą nie oferować tak wysokiego poziomu potwierdzenia wyników.
Zdolność do zawężenia potencjalnych źródeł niepowodzenia analizy przed powtórnym badaniem może pomóc badaczowi zaoszczędzić czas i materiały. Przed powtórzeniem analizy wadliwej próbki należy potwierdzić krytyczne aspekty MFIA. Ponieważ analizę przeprowadza się w temperaturze otoczenia, należy zweryfikować, czy temperatura w laboratorium wynosi około 27°C±2°C; wyższe temperatury mogą prowadzić do uzyskania niższych niż oczekiwano wyników dla kontroli i próbek. Płukanie jest prawdopodobnie najkrytyczniejszym etapem analizy. Upewnienie się, że płytka testowa została prawidłowo wypłukana, osuszona i resuspendowana, może wyeliminować zdecydowaną większość błędów próbkowania wynikających z niskiej liczby kulek (z powodu ich agregacji) lub niewystarczającego dodania odczynnika (utraconego w wyniku odsysania przez filtr na dnie płytki testowej). Rutynowo odliczamy 25 kulek na analizę (antygen) i nie stwierdziliśmy istotnych statystycznie różnic w wynikach przy odliczaniu większej liczby kulek, co prowadziłoby również do wydłużenia czasu odczytu płytki.
Przeprowadziliśmy kompleksowe badania walidacyjne metody MFIA na kilku gatunkach powszechnie stosowanych zwierząt laboratoryjnych (myszy, szczura, chomika, świnki morskiej i królika), aby wykazać dokładność diagnostyczną, powtarzalność i odporność metody poprzez przetestowanie dużej liczby znanych dodatnich i ujemnych próbek surowicy oraz porównanie wyników uzyskanych metodami ELISA, IFA i MFIA. Granice wykrywalności (tj. standardowe punkty końcowe miareczkowania surowicy immunologicznej) w MFIA były porównywalne, a w niektórych przypadkach przewyższały wyniki uzyskiwane za pomocą odpowiadających im testów ELISA. Swoistość diagnostyczna, mierzona przy użyciu surowic gryzoni SPF, przekroczyła 99%; ogólna zgodność między wynikami ELISA i MFIA uzyskanymi z znanych dodatnich i ujemnych surowic wyniosła ponad 95%. Podsumowując, wyniki te dowiodły, że multipleksowa metoda MFIA stanowi dobrą alternatywę dla pojedynczego testu ELISA i jest odpowiednia do zamierzonego zastosowania, tzn. w rutynowym nadzorze serologicznym kolonii zwierząt laboratoryjnych.