
Schemat 1. Samoorganizacja dyskotyków opartych na BTA w buforze cytrynianowym w sferyczne agregaty o średnicach około 5 nm, przy milimolarnych stężeniach bloku budulcowego. Zwiększenie siły jonowej poprzez dodatek NaCl prowadzi do powstania wydłużonych prętów o średnicy około 3 nm i długości > 25 nm. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększony schemat.
1. Przygotowanie roztworów BTA-Gd(III)DTPA do spektroskopii CD oraz pomiar widm CD zależnych od temperatury w funkcji stężenia NaCl
- Przygotować bufor cytrynianowy 100 mM (pH 6,0).
- Przygotować bufor cytrynianowy 100 mM (pH 6,0) z dodatkiem 2 M NaCl.
- Rozpuścić 0,254 mg BTA-Gd(III)DTPA (MW = 3184 g•mol-1) w 10 mL buforu cytrynianowego 100 mM, aby uzyskać docelowe stężenie BTA-Gd(III)DTPA wynoszące 8•10-3 mM.
- Poddać roztwór sonikacji przez 5 minut.
- Napełnić 1 cm kuwetę UV roztworem i zmierzyć widmo CD w zakresie od 230 do 350 nm oraz krzywą chłodzenia CD przy pasmie CD o najwyższej intensywności (np. λ = 269 nm) w zakresie od 363 do 283 K z szybkością 1 K min-1.
- Dodać taką samą objętość buforowanego roztworu 2 M NaCl do buforowanego cytrynianem roztworu BTA-Gd(III)DTPA w celu zwiększenia siły jonowej do 1 M NaCl, rozcieńczając dyskotyki do połowy stężenia, aż do uzyskania docelowego stężenia BTA-Gd(III)DTPA wynoszącego 4•10-3 mM.
- Wymieszać roztwór o zwiększonej sile jonowej na wortexie przez 5 minut.
- Ponownie zmierzyć widmo CD w zakresie od 230 do 350 nm oraz krzywą chłodzenia CD przy pasmie CD o najwyższej intensywności w zakresie od 363 do 283 K z szybkością 1 K min-1.
2. Dopasowanie danych CD zależnych od temperatury do modelu samoorganizacji zależnej od temperatury
- Surowe dane CD wyeksportowano do programu Origin 8.5 i znormalizowano. Osiągnięto to poprzez zdefiniowanie efektu CD w najwyższej zmierzonej temperaturze jako równego 0, a efektu CD w najniższej zmierzonej temperaturze jako równego 1. Ponieważ wielkość efektu CD jest proporcjonalna do stopnia agregacji8, znormalizowane krzywe CD są proporcjonalne do stopnia agregacji.
- Znormalizowane dane dopasowano za pomocą opcji nieliniowego dopasowania krzywej w programie OriginPro 8.5, stosując model samoorganizacji zależny od temperatury (T) opracowany przez van der Schoota8,9. W modelu tym rozróżnia się reżim nukleacji oraz reżim elongacji. Najpierw dopasowano stopień agregacji w reżimie elongacji (T < Te), korzystając z następującego równania:

Powyższe równanie zawiera (obok zmiennej temperatury, Toraz stopień agregacji, Φn) trzy parametry; t. j. entalpia elongacji he, temperatura elongacji Te (temperatura, przy której rozpoczyna się samoorganizacja) oraz parametr ΦSAT, który jest wprowadzany w celu zapewnienia, że Φn/ΦSAT nie przekracza jedności, co wynika z założenia, że stopień agregacji nie może przekroczyć jedności.
Dopasowanie pozwala wyznaczyć entalpię wydłużania he (J/mol) oraz temperaturę wydłużania Te (K), które charakteryzują samoorganizację cząsteczek dla danej koncentracji. Podczas dopasowania należy przestrzegać jednego ograniczenia: dopasowanie powinno obejmować jedynie stopień agregacji w temperaturach poniżej Te, ponieważ równanie 2.1 jest ważne tylko w reżimie wydłużania.
Następnie można dopasować eksperymentalnie wyznaczony stopień agregacji w reżimie nukleacji, korzystając z następującego równania:

Powyższe równanie zawiera (obok zmiennych T i Φn) cztery parametry, z których trzy zostały już wyznaczone za pomocą równania 2.1; t.j. entalpię wydłużania he, temperaturę wydłużania Te oraz parametr ΦSAT. Jedynym nieznanym parametrem jest wartość Ka – opisująca kooperatywność fazy nukleacji – którą wyznacza się poprzez dopasowanie eksperymentalnie otrzymanego stopnia agregacji dla temperatur powyżej Te.
3. Przygotowanie roztworów BTA-Gd(III)DTPA do transmisyjnej mikroskopii elektronowej i wizualizacji polimerów supramolekularnych za pomocą kriogenicznej TEM
- Przygotować dwa bufory: bufor cytrynianowy 100 mM (pH 6,0) oraz bufor cytrynianowy 100 mM (pH 6,0) z dodatkiem 5 M NaCl.
- Rozpuścić 0,318 mg BTA-Gd(III)DTPA (MW = 3184 g•mol-1) w 0,1 mL każdego z przygotowanych buforów, tak aby uzyskać docelowe stężenie BTA-Gd(III)DTPA wynoszące 1 mM.
- Witryfikację próbki do kriomikroskopii elektronowej (cryoTEM) przeprowadza się przy użyciu zautomatyzowanego robota do witryfikacji (FEI Vitrobot Mark III). Siatki do CryoTEM (siatki R2/2 Quantifoil Jena z Quantifoil Micro Tools GmbH) poddawane są obróbce powierzchniowej plazmą przed procedurą witryfikacji za pomocą napylacza węglowego Cressington 208 pracującego przy 5 mA przez 40 s. Następnie roztwór wodny nanosi się na siatkę podczas witryfikacji w zautomatyzowanym urządzeniu FEI Vitrobot. Proces ten obejmuje aplikację próbki na siatkę, odsączenie nadmiaru cieczy w celu utworzenia cienkiego filmu roztworu wodnego na siatce i następującą po tym witryfikację poprzez bardzo szybkie zanurzenie siatki w ciekłym etanie. Po witryfikacji próbkę przechowuje się w ciekłym azocie i przenosi ręcznie do kasety autoloadera, która również jest chłodzona ciekłym azotem. Kaseta jest następnie wkładana do autoloadera TEM. Wszystkie te czynności są wykonywane ręcznie.
- Eksperymenty cryoTEM są przeprowadzane na urządzeniu TU/e cryoTITAN (FEI), (www.cryotem.nl). TU/e cryoTITAN jest wyposażony w działo emisyjne polowego (FEG) pracujące przy 300 kV. Obrazy rejestrowano za pomocą kamery Gatan CCD 2k x 2k wyposażonej w postkolumnowy filtr energetyczny Gatan (GIF).
4. Pomiary 1H-DOSY NMR sferycznych samoorganizujących się struktur BTA-Gd(III)DTPA przy niskiej sile jonowej
- Przygotuj 50 mM d6-bufor bursztyczanowy w D2O (pH 6,0); bufor przygotowuje się przez rozpuszczenie d6-kwas bursztynowy w D2O, a następnie dostosowanie pH do wartości 6,0 przy użyciu 1 M ND4OD w D2O. Końcową stężenie bursztynianu wynoszące 50 mM skorygowano poprzez dodanie dodatkowego D2O.
- Ponieważ Gd(III) jest silnie paramagnetyczny i 1W związku z tym, aby znacząco poszerzyć sygnały H, zastąpiono Y(III) jonami Gd(III).
- Rozpuścić 2,98 mg BTA-Y(III)DTPA (MW = 2979 g•mol⁻¹)-1) w 1 ml 50 mM d6-bufor bursztynianowy w D2O (pH 6,0), stężenie docelowe 1 mM BTA-Y(III)DTPA.
- Ten 1Pomiary H-DOSY NMR przeprowadzono na spektrometrze Varian Unity Inova 500 wyposażonym w sondę 5 mm ID-PFG firmy Varian. Eksperymenty DOSY wykonano z wykorzystaniem sekwencji impulsów DOSY one-shot (Doneshot, Varian). Impuls 90 stopni oraz czasy mieszania zostały odpowiednio dostosowane. Przesunięcia chemiczne odniesiono do przesunięcia chemicznego 3-(trimetylosililo)propanowego kwasu 2,2,3,3-[D4sól sodowa kwasu trimetylfosforowego (TMSP).
- Do kalibracji pomiarów wykorzystano samodyfuzję HDO; z literatury wiadomo, że samodyfuzja HDO w D2O w temperaturze 298 K wynosi 19,0 × 10-9 m2•s-1Jako odniesienie, samodyfuzja HDO w D2O zmierzono w VARIAN 2 Hz D2próbka standardu O i skalibrowany do jego wartości standardowej. Model użyty do obliczenia promieni hydrodynamicznych RH agregatów jest relacja Stokesa-Einsteina dla dyfuzji cząstki sferycznej.
5. Reprezentatywne wyniki
1Pomiary H-DOSY NMR i SAXS dla BTA-M(III)-DTPA: obiekty sferyczne w buforze cytrynianowym
Jonowy charakter peryferyjnych kompleksów Gd(III) wprowadza frustrację w jednowymiarowym wzroście monomerów dyskotycznych, których rdzeń został zaprojektowany tak, aby polimeryzować w wydłużone, prętowate agregaty. Równowaga między oddziaływaniami przyciągającymi a odpychającymi kontroluje rozmiar i kształt agregatów (Schemat 2).

Schemat 2.
Potężną techniką wyznaczania rozmiaru i kształtu cząstek w roztworze jest małokątne rozpraszanie promieni rentgenowskich (SAXS) z wykorzystaniem źródła synchrotronowego. BTA-Gd(III)-DTPA rozpuszczono w roztworze buforu cytrynianowego, a profile SAXS zarejestrowano i dopasowano w zakresie 0,01 < q < 0,1 Å-1. Nachylenie zbliżone do zera w obszarze niskich q (q < 0,06 Å-1) wskazuje na brak anizotropii kształtu w agregacie, co sugeruje obecność obiektów sferycznych (Rycina 1). Dane zmierzone przy różnych stężeniach dopasowano przy użyciu jednorodnego monodyspersyjnego czynnika kształtu sfery, co pozwoliło obliczyć promień R wynoszący 3,2 nm. Obliczony promień geometryczny monomeru dyskotycznego BTA-Gd(III)-DTPA wynosi 3,0 nm, co sugeruje obecność agregatów o stosunku wymiarów zbliżonym do 1.

Rysunek 1. Profile SAXS dla BTA-Gd(III)-DTPA w buforze cytrynianowym (100 mM, pH 6) przy 0,5 i 1,0 mM (góra). Widmo DOSY NMR dla BTA-Y(III)-DTPA w 50 mM buforze d6-bursztynianowym przy 1,0 mM (dół). Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększony rysunek.
Aby dostarczyć dalszych dowodów na sferyczny kształt i nanometryczny rozmiar obiektów powstałych w wyniku samonaprawiania, przeprowadziliśmy 1spektroskopia NMR z dyfuzyjnym uporządkowaniem protonów (H1NMR H-DOSY) (Rycina 1). DOSY-NMR pozwala na wyznaczenie współczynników dyfuzji agregatów, z których oblicza się hydrodynamiczny promień (RH) można obliczyć. Ponieważ Gd(III) jest silnie paramagnetyczny i 1Ponieważ sygnały H uległyby w ten sposób znacznemu rozszerzeniu, zastąpiono Gd(III) diamagnetycznym Y(III). Współczynnik dyfuzji zagregowanego diamagnetycznego amfifila dyskotycznego w deuterowanym buforze bursztynianowym (50 mM, pH 6, c = 1 mM) wyniósł 0,69x10-10 m2s-1Korzystając z relacji Stokesa-Einsteina, obliczamy promień hydrodynamiczny RH wynosząca 2,9 nm dla dyskretnych obiektów o rozmiarze sferycznym (Tabela 1). Wymiar ten jest w doskonałej zgodności z wartością uzyskaną z danych SAXS dla BTA-Gd(III)-DTPA.
BTA-M(III)-DTPA
[mM] | Dt a
[10-10 m2s-1] | RH a
[nm] | R b
[nm] |
| 1 | 0.69 | 2.9 | 3.2 |
a z DOSY; b z SAXS
Tabela 1. Wyniki pomiarów SAXS i DOSY dla BTA-M(III)-DTPA.
Kriomikroskopia elektronowa (Cryo-TEM) BTA-Gd(III)-DTPA: od obiektów sferycznych do wydłużonych nanoprętów
Dalszych dowodów na skuteczną kontrolę długości jednowymiarowych stosów uzyskano z mikrografii cryo-TEM. Dzięki witryfikacji roztworów wodnych metoda cryo-TEM pozwala zachować morfologię strukturalną samoorganizujących się agregatów i eliminuje efekty wysychania związane z konwencjonalnym przygotowaniem próbek do TEM. Rysunek 2 (lewo) pokazuje, że BTA-Gd(III)-DTPA tworzy oczekiwane obiekty sferyczne o średnicach bliskich 6 nm przy stężeniu 1 mM, co potwierdza wyniki pomiarów SAXS i DOSY. Na podstawie tych ustaleń udało nam się uzyskać samoorganizujące się dyskretne obiekty, które można uznać za supramolekularny odpowiednik makrocząsteczek dendrytycznych10.

Rysunek 2. Obrazy cryo-TEM dla BTA-Gd(III)-DTPA (po lewej) 1 mM zwitryfikowanego w temperaturze 298 K w buforze cytrynianowym (100 mM, pH 6), pasek skali odpowiada 50 nm; (po prawej) 1 mM zwitryfikowanego w temperaturze 298 K w buforze cytrynianowym (100 mM, pH 6) i całkowitym stężeniu NaCl wynoszącym 5 M, pasek skali odpowiada 50 nm.
Do tej pory pracowaliśmy wyłącznie w roztworach buforowych o niskiej sile jonowej. Jednakże, jeśli przyczyną zahamowanego wzrostu jednowymiarowego są elektrostatyczne siły odpychania obwodowych naładowanych kompleksów M(III)-DTPA w BTA-Gd(III)-DTPA, spodziewaliśmy się, że zwiększenie siły jonowej środowiska buforowego, przy użyciu obojętnej soli 1:1 z silnie hydratowanymi przeciwjonami, powinno zredukować oddziaływania elektrostatyczne, a w konsekwencji doprowadzić do powstania innego rodzaju obiektu samoorganizującego się. Efekt ten zaobserwowano w buforze cytrynianowym zawierającym 5 M NaCl (Rysunek 2, prawa strona). W mikrografiach cryo-TEM przy wysokiej sile jonowej wyraźnie widoczne jest tworzenie się pręto-podobnych polimerów supramolekularnych o wysokim współczynniku kształtu. Najbardziej prawdopodobnym wyjaśnieniem tego znaleziska jest ekranowanie elektrostatyczne. Kształt zmienia się z sferycznego agregatu o średnicy około 6 nm w wydłużone pręty o średnicy 6 nm i długości dochodzącej do kilkuset nanometrów.
Pomiary CD dla BTA-Gd(III)-DTPA: inicjowanie kooperatywnej samoorganizacji poprzez zwiększenie siły jonowej
Spektroskopia dichroizmu kołowego (CD) mierzy różnicę w absorpcji między lewo- i prawoskrętnie spolaryzowanym światłem kołowym. Gdy obiekt helikalny posiada preferowany kierunek skrętu helisy, lewo- i prawoskrętnie spolaryzowane światło kołowe będzie pochłaniane w różnym stopniu, co prowadzi do wystąpienia efektu CD. Ponieważ wiązania wodorowe między cząsteczkami BTA-Gd(III)-DTPA w obrębie agregatów są ułożone w sposób helikalny, a centrum stereogeniczne w części L-fenyloalaniny sprzyja jednemu kierunkowi skrętu helisy nad drugim, oczekujemy wyraźnego widma CD dla agregatów opartych na BTA-Gd(III)-DTPA11,12. Ponadto spektroskopia CD zależna od temperatury jest potężnym narzędziem do oceny mechanizmu samoorganizacji polimeryzacji BTA-Gd(III)-DTPA i pozwala na wyciągnięcie wniosków dotyczących stabilności powstałych agregatów13.
Jako przykład, w Rysunku 3A przedstawiono widma CD BTA-Gd(III)-DTPA w temperaturze pokojowej (8x10-3 mM lub 4x10-3 mM w 100 mM buforze cytrynianowym) przy zwiększającej się koncentracji soli (od 0 M NaCl do 1,0 M NaCl). Pomimo zastosowania znacznie niższego stężenia do pomiarów CD, wyraźny efekt Cottona wskazuje na obecność nienaruszonych agregatów, nawet w stężeniach mikromolarnych. Kształt widma CD zmienia się wraz ze wzrostem stężenia soli, co stanowi dobrą wskazówkę dotyczącą zredukowanych oddziaływań na obrzeżach stosów i lepszego upakowania dyskotyków. Dodatkowo, krzywe chłodzenia CD tych samych roztworów (363 - 283 K, mierzone przy λ = 269 lub 278 nm) wykazują wyraźne różnice w kształcie (Rysunek 3B). Pozorna Te – temperatura, przy której rozpoczyna się agregacja – przesuwa się w stronę wyższych temperatur przy wyższym stężeniu soli, a widoczny staje się coraz bardziej kooperatywny mechanizm, charakteryzujący się gwałtowniejszym wzrostem efektu CD. Podczas gdy krzywa chłodzenia przy 0 M NaCl jest najlepiej opisana przez izodesmiczny proces samoorganizacji, krzywa chłodzenia przy 1,0 M NaCl jest typowa dla kooperatywnego procesu samoorganizacji 14. W pierwszym przypadku zakłada się, że wszystkie stałe asocjacji są równe, natomiast w drugim przypadku samoorganizacja zachodzi w co najmniej dwóch wyraźnych etapach. W pierwszym kroku musi powstać „jądro”, co jest energetycznie wysoce niekorzystne. Po schłodzeniu poniżej krytycznej temperatury polimeryzacji następuje elongacja i wykładniczy wzrost w supramolekularne polimery o wysokiej masie cząsteczkowej. Ilościowe określenie parametrów termodynamicznych samoorganizacji BTA-Gd(III)-DTPA przy 0 i 1 M NaCl przy użyciu modelu kooperatywnego wyraźnie ujawnia spadek Ka, która jest bezwymiarową stałą aktywacji8. Niższe wartości Ka wskazują na wyższy stopień kooperatywności w procesie samoorganizacji, co przejawia się w tworzeniu silnie wydłużonych polimerów supramolekularnych, zaobserwowanych w cryo-TEM.
| BTA-Gd(III)-DTPA | CNaCl | Ka |
| 8 x10-3 mM | 0 M | 5 10-2 |
| 4 x10-3 mM | 1 M | 1 10-4 |
Tabela 2. Stopień kooperatywności wyrażony przez Ka w zależnym od temperatury samozgromadzeniu BTA-Gd(III)-DTPA w funkcji stężenia NaCl (CNaCl).

Rysunek 3. BTA-Gd(III)-DTPA w 100 mM buforze cytryzanowym (c = 8 x10-3 mM przy niskiej sile jonowej i 4 x10-3 mM przy wysokiej sile jonowej) A] Widma CD zarejestrowane w 293 K jako funkcja siły jonowej, cNaCl = 0 M - 1,0 M, eliptyczność molowa Δε obliczona została następująco: Δε = efekt CD/(cxl), gdzie c jest stężeniem BTA w mol L-1, a l to długość drogi optycznej w cm; B] Odpowiadające im krzywe chłodzenia CD zmierzone przy λ = 269 nm dla roztworów 0 M NaCl oraz przy 278 nm dla roztworów 1 M NaCl, wyrażone jako stopień agregacji Φn w funkcji stężenia NaCl cNaCl = 0 M - 1,0 M, gdzie Φn obliczono poprzez podzielenie zmierzonego efektu CD przez maksymalny efekt CD.