1. Namnażanie VNP (CPMV, BMV, PVX i TMV)
- Ustaw sterowniki komory dla roślin doniczkowych na 15 h dnia (100% światła, 25 °C, 65% wilgotności) i 9 h nocy (0% światła, 22 °C, 60% wilgotności).
- Zaszczep rośliny zgodnie z harmonogramem przedstawionym w Tabeli 1.
| CPMV | PVX, TMV i BMV |
| Dzień 0: Posadzić 3 nasiona viguły w każdej doniczce. | Dzień 0: Zasadź około 30 nasion N. benthamiana w doniczce. Nawoź raz w tygodniu, stosując 1 łyżkę nawozu na 5 l wody. |
| Dzień 14: Przesadź rośliny N. benthamiana w stosunku 1 rośliny na doniczkę. |
| Dzień 10: Zainfekuj liście pierwotne wirusem CPMV (5 μg/50 μl/liść) poprzez inokulację mechaniczną z zastosowaniem niewielkiej ilości karborundum. | Dzień 28: Zainfekuj od trzech do pięciu liści wirusem PVX, TMV lub BMV (5 μg/50 μl na liść) poprzez inokulację mechaniczną przy użyciu niewielkiej ilości karborundu. |
| Dzień 20: Zebrać liście i przechowywać w temperaturze -80 °C. | Dzień 42: Zebrać liście i przechowywać w temperaturze -80 °C. |
Tabela 1. Harmonogram hodowli, infekcji i zbioru liści.
Uwaga: jako przykład zaprezentowano jedynie propagację CPMV.
2. Oczyszczanie VNP (CPMV, BMV, PVX i TMV)
Uwaga: Wszystkie etapy przeprowadza się na lodzie lub w temperaturze 4 °C.
- Zhomogenizować 100 g zamrożonych liści w standardowym blenderze, używając 2 objętości zimnego buforu (patrz Tabela 2). Przefiltrować przez 2-3 warstwy gazy.
- W przypadku PVX skorygować pH do 6,5 za pomocą 1 M HCl. Dodać 0,2% (w/v) kwasu askorbinowego i 0,2% (w/v) siarczynu sodu.
- Odwirować surowy homogenat roślinny przy 5 500 x g przez 20 min. Zebrać nadfiltr.
- W przypadku BMV nanieść 25 ml nadfiltru na 5 ml 10% (w/v) roztworu sacharozy. Odwirować przy 9 000 x g przez 3 h, a następnie resuspender osad w 38,5% (w/v) roztworze CsCl. Mieszać poprzez wstrząsanie przez 5 h, a następnie kontynuować od kroku 2.12.
- Wyekstrahować materiał roślinny, dodając 0,7 objętości mieszaniny chloroform:1-butanol w stosunku 1:1 (v/v). Mieszać mieszaninę przez 30-60 min.
- Odwirować roztwór przy 5 500 x g przez 20 min. Zebrać górną fazę wodną.
- Dodać NaCl do stężenia 0,2 M oraz 8% (w/v) PEG (MW 8 000). W przypadku TMV dodać również 1% (v/v) Triton X-100. Mieszać przez co najmniej 1 h, a następnie odstawić na co najmniej 1 h.
- Odwirować roztwór przy 15 000 x g przez 15 min. Resuspender osad w 10 ml buforu. W przypadku PVX dodać 0,1% β-merkaptoetanolu i mocznik do stężenia 0,5 M.
- Odwirować przy 8 000 x g przez 30 min i zebrać nadfiltr.
- Poddać nadfiltr ultrawirowaniu przy 160 000 x g przez 3 h. Resuspender osad w 5 ml buforu przez noc.
- Przygotować gradient sacharozy 10-40%, używając równych objętości 10%, 20%, 30% i 40% sacharozy w buforze (zaczynając od najwyższego stężenia). Pozostawić gradient do ustabilizowania przez noc w temperaturze pokojowej.
- Poddać resuspenderowany osad ultrawirowaniu w gradiencie sacharozy przy 100 000 x g przez 2 h (24 h dla BMV).
- Zebrać pasmo rozpraszania światła i poddać dializie przeciwko buforowi.
- Przeprowadzić charakterystykę VNPs (poniżej) i przechowywać w 4 °C. Do długotrwałego przechowywania użyć temperatury -80 °C.
| CPMV i TMV | 0.1 M bufor fosforanowy potasu (pH 7.0)
38.5 mM KH2PO4
61.5 mM K2HPO4 |
| PVX | 0.5 M bufor boranowy (pH 7.8)
0.5 M kwas borowy
Dostosować pH za pomocą NaOH |
| BMV | bufor SAMA (pH 4.5)
250 mM octan sodu
10 mM MgCl2
2 mM β-merkaptoetanol ( dodać na świeżo) |
Tabela 2. Bufory i ich skład dla każdego VNP.
Uwaga: jako przykład zaprezentowano jedynie propagację CPMV.
3. Charakterystyka VNP (CPMV, BMV, PVX i TMV)
- Przeprowadź spektroskopię UV/vis w celu oznaczenia stężenia VNPs.
- Zmieierz absorbancję 2 μl próbki za pomocą spektrofotometru NanoDrop.
- Wyznacz stężenie cząsteczek i barwników, korzystając z prawa Beer-Lamberta (A=εcl, gdzie A to absorbancja, ε to współczynnik ekstynkcji, c to stężenie, a l to długość drogi optycznej). Dla NanoDrop długość drogi optycznej wynosi 0,1 cm.
Współczynniki ekstynkcji specyficzne dla VNPs wynoszą:
CPMV: 8,1 cm-1mg-1ml (przy 260 nm)
PVX: 2,97 cm-1mg-1ml (przy 260 nm)
TMV: 3,0 cm-1mg-1ml (przy 260 nm)
BMV: 5,15 cm-1mg-1ml (przy 260 nm)
- Przeanalizuj cząsteczki za pomocą szybkiej chromatografii cieczowej białek (FPLC) z wykluczaniem żelowym.
- Używając kolumny do wykluczania żelowego Superose 6 oraz systemu ÄKTA Explorer, nanieś 50-100 μg VNPs w 200 μl 0,1 M buforu fosforanowego potasu (pH 7,0).
- Ustaw detektory na 260 nm (kwasy nukleinowe), 280 nm (białka) oraz na długość fali wzbudzenia zastosowanych barwników.
- Przeprowadź analizę przy szybkości przepływu 0,5 ml/min przez 72 min.
- Profil elucji oraz stosunek A260:A280 nm wskazują, czy preparat VNP jest czysty oraz czy cząsteczki są nienaruszone i prawidłowo złożone.
Następujące stosunki A260:280 wskazują na czysty preparat VNP:
CPMV: 1,8±0,1
PVX: 1,2±0,1
TMV: 1,1±0,1
BMV: 1,7±0,1
- Przeprowadź denaturującą elektroforezę w żelu poliakrylamidowym z gradientem 4-12% Bis-Tris (gotowe żele NuPAGE), aby przeanalizować czystość preparatu i stopień konjugacji z poszczególnymi białkami otoczki.
- Dodaj 3 ml 4x buforu do próbek LDS do 10 μg cząsteczek w 9 μl buforu fosforanowego potasu. W przypadku BMV dodaj dodatkowo 1 μl 4x buforu do próbek LDS oraz 3 μl β-merkaptoetanolu, aby zredukować dużą liczbę mostków disiarczkowych.
- Inkubuj w bloku grzejnym przez 5 min w temperaturze 100 °C.
- Nanieś próbki na żel SDS.
- Przeprowadź elektroforezę przy napięciu 200 V przez 1 h w 1x buforze do elektroforezy MOPS.
- Zdokumentuj żel w świetle UV, aby zwizualizować fluorescencyjne białka otoczki.
- W przypadku białek niewykazujących fluorescencji, barwi żel błękitem Coomassie (0,25% (w/v) Coomassie Brilliant Blue R-250, 30% (v/v) metanol, 10% (v/v) kwas octowy) przez 1 h.
- Odbarwiaj żel w 30% metanolu i 10% kwasie octowym przez noc. W razie potrzeby wymień roztwór.
- Zdokumentuj żel w świetle białym.
- Przeanalizuj integralność cząsteczek za pomocą transmisyjnej mikroskopii elektronowej (TEM).
- Rozcieńcz próbki do stężenia 0,1-1 mg/ml w 20 μl wody DI.
- Nanieś 20 μl krople próbek na Parafilm.
- Przykryj krople siatką do TEM i pozostaw na 2 min. Nadmiar roztworu z siatki usuń za pomocą papieru filtracyjnego.
- Przepłucz siatkę, kładąc ją na kropli wody DI, a następnie osusz papierem.
- Zbarw siatkę, kładąc ją na 20 μl kropli 2% (w/v) octanu uranylu przez 2 min. Nadmiar barwnika usuń papierem filtracyjnym.
- Przepłucz siatkę ponownie w wodzie.
- Obserwuj siatkę pod transmisyjnym mikroskopem elektronowym.
4. Konjugacja chemiczna VNPs z PEG i fluoroforami, oczyszczanie oraz charakterystyka
- W obliczeniach dla poniższych reakcji przyjęto następujące masy molowe VNP:
CPMV: 5,6 x 106 g/mol
PVX: 35 x 106 g/mol
TMV: 41 x 106 g/mol
BMV: 4,6 x 106 g/mol
- Sprzęgnij barwniki i PEG z lysynami powierzchniowymi CPMV oraz PVX, wykorzystując jednowypadkową reakcję sprzęgania z N-hydroksysukcynimidem: dodaj 2 500 równoważników molowych (wszystkie nadmiary molowe odnoszą się do nadmiaru molowego na jeden VNP) estru sukcynimidylowego Alexa Fluor 647 oraz 4 500 równoważników NHS-PEG (M.W. 5 000) rozpuszczonych w DMSO do CPMV w 0,1 M buforze fosforanowym potasu. W przypadku pracy z PVX dodaj 10 000-krotny nadmiar molowy NHS-barwnika i NHS-PEG. Dostosuj objętości buforu i DMSO w taki sposób, aby końcowe stężenie CPMV i PVX wynosiło 2 mg/ml, a zawartość DMSO stanowiła 10% całkowitej objętości reakcji. Inkubuj mieszaninę reakcyjną przez noc w temperaturze pokojowej, chroniąc ją przed światłem. CPMV i PVX posiadają odpowiednio 300 i 1 270 dostępnych do modyfikacji lysyn. (W celu pogłębienia wiedzy na temat modyfikacji chemicznej CPMV i PVX zaleca się zapoznanie z następującymi referencjami: 13-15).
- Sprzęgnij barwniki i PEG z tyrozynami TMV poprzez sprzęganie diazoniowe, a następnie miedziową(I)-katalizowaną cykloaddycję azydowo-alkinową.
- Przygotuj sól diazoniową (alkin), mieszając 400 μl 0,3 M monohydratu kwasu p-toluenosulfonowego, 25 μl 3,0 M azotyku sodu i 75 μl 0,68 M destylowanej 3-etynylaniliny rozpuszczonej w acetonitrylu w temperaturze 4 °C przez 1 h.
- Dodaj 3,3 ml buforu boratowego o pH 8,8 zawierającego 100 mM NaCl do 1,25 ml TMV (roztwór zapasowy 20 mg/ml).
- Reaguj TMV z 450 μl roztworu soli diazoniowej (alkinu) w kąpieli lodowej przez 3 h, aby wprowadzić grupę alkinową jako uchwyt do ligacji w TMV poprzez sprzęganie diazoniowe. Roztwór przybierze jasnobrązowy kolor. TMV posiada 2 140 tyrozyn dostępnych do sprzęgania.
- Oczyść produkt końcowy, wykorzystując poduszkę sacharozową zgodnie z opisem w punkcie 4.4.
- Przyłącz funkcjonalizowany azydowo Alexa Fluor 647 oraz PEG-azyd (M.W. 5 000) za pomocą miedziowej(I)-katalizowanej cykloaddycji azydowo-alkinowej (CuAAC). Dodaj 2 równoważniki azyd-barwnika i azyd-PEG na białko otoczki i inkubuj z 1 mM CuSO4, 2 mM AMG oraz 2 mM askorbinianem sodu w temperaturze pokojowej przez 15 min. Dostosuj objętość buforu tak, aby końcowe stężenie reakcyjne TMV wynosiło 2 mg/ml. (W celu pogłębienia wiedzy na temat modyfikacji chemicznej TMV zaleca się zapoznanie z następującymi referencjami: 16,17).
- Sprzęgnij barwniki z lysynami, a PEG z cysteinami mutantu cysteinowego BMV (cBMV):
- Dodaj 2 000 równoważników molowych estru sukcynimidylowego Oregon Green 488 rozpuszczonego w DMSO do cBMV w 0,1 M buforze TNKM (50 mM Tris, 50 mM NaCl, 10 mM KCl, 5 mM MgCl2, pH 7,4). Dostosuj objętości buforu i DMSO tak, aby końcowe stężenie BMV wynosiło 1 mg/ml, a zawartość DMSO stanowiła 10% całkowitej objętości reakcji. Inkubuj mieszaninę reakcyjną przez noc w temperaturze 4 °C, chroniąc ją przed światłem.
- Oczyść cząsteczki, używając filtrów odwirku zgodnie z opisem w punkcie 4.4.
- Dodaj 2 000-krotny nadmiar molowy PEG-maleimidu (M.W. 2 000), stosując te same warunki reakcji co wcześniej, i inkubuj mieszaninę reakcyjną przez 2 h w temperaturze 4 °C. cBMV posiada 180 reaktywnych lysyn i cystein. (W celu pogłębienia wiedzy na temat modyfikacji chemicznej BMV zaleca się zapoznanie z następującą referencją:18).
- Oczyszczanie: Przepuść roztwór przez 40% (w/v) poduszkę sacharozową przy 160 000 x g przez 2,5 h. Ponownie rozpuść osad w buforze. Alternatywnie przeprowadź dializę przeciwko odpowiedniemu buforowi, używając filtrów wirowych z odcięciem 10 kDa.
- Charakteryzacja: PEGylizowane i znakowane fluorescencyjnie VNP analizuje się za pomocą opisanych powyżej metod: spektroskopii UV/Vis, elektroforezy w żelu SDS, FPLC oraz TEM (nie pokazano, jednak należy odnieść się do Rysunków 6 i 7).
5. Celowanie w nowotwór i obrazowanie z wykorzystaniem modelu ksenoprzeszczepu mysiego
- Hodować ludzkie komórki raka jelita grubego HT-29 w podłożu RPMI uzupełnionym o 5% FBS, 1% penicyliny-streptomycyny i 1% L-glutaminy w temperaturze 37 °C w 5% CO2, używając kolb do hodowli komórkowej o powierzchni 175 cm2.
- Przemyć komórki dwukrotnie sterylnym PBS i zebrać poprzez inkubację z 5 ml trypsyny-EDTA w 37 °C przez 5 min. Inaktywować trypsynę za pomocą 5 ml podłoża RPMI. Zebrać komórki przez wirowanie przy 500 x g przez 5 min. w 4 °C i resuspendować w świeżym RPMI w zagęszczeniu 5x106 komórek/50 μl podłoża (liczbę całkowitą komórek oznaczyć przy użyciu błękitu trypanu i hemocytometru). Przed wstrzyknięciem zmieszać z równą objętością matrigelu (wszystkie roztwory i odczynniki muszą pozostać sterylne).
- Pozyskać sześciotygodniowe myszy NCR nu/nu i utrzymywać je na diecie bez lucerny przez 2 tygodnie. [Uwaga: wszystkie procedury dotyczące zwierząt muszą zostać zatwierdzone przez IACUC]. Indukować ksenoprzeszczepy guzów poprzez podskórne wstrzyknięcie 5x106 komórek/100 μl/guz w boki (2 guzy/mysz), używając sterylnej igły o średnicy 18 1/2 G. Regularnie monitorować zwierzęta. Pomieścić wielkość guzów za pomocą suwmiarki i pozwolić guzom urosnąć do średniej objętości 20 mm3 (w ciągu następnych 12 dni). Przyporządkować myszy losowo do dwóch różnych grup: PBS i VNP (n = 3 zwierzęta/grupa/punkt czasowy). Używając strzykawki insulinowej 1 ml o średnicy 28 G, podać dożylnie przez żyłę ogonową 100 μl sterylnego PBS lub formulację VNP w dawce 10 mg/kg.
Uwaga: Eksperymenty z hodowlami tkankowymi oraz badania na żywych zwierzętach nie zostaną zaprezentowane. Demonstracja praktyczna ograniczy się do przetwarzania tkanek i akwizycji danych. W celu uzyskania informacji na temat modelu ksenograftu guza HT-29 należy odwołać się do pozycji 19
Do oceny homingu VNPs do guza wykorzystuje się trzy techniki:
- Obrazowanie fluorescencyjne z wykorzystaniem systemu obrazowania Maestro: Uśmierć myszy w różnych punktach czasowych (2, 24 i 72 h) przy użyciu CO2 gaz. Przeprowadź sekcję zwierząt i wyciśnij wszystkie główne organy (mózg, serce, płuca, śledzionę, nerki i wątrobę) wraz z guzami na bokach ciała. Umieść tkanki na parafilmie i przeanalizuj za pomocą urządzenia do obrazowania fluorescencyjnego, stosując żółte filtry wzbudzenia i emisji (czas ekspozycji 800 ms), aby wykryć obecność sygnałów fluorescencyjnych w tkankach (pochodzących z etykiety A647 sprzężonej z VNPs). Zapisz obrazy i przeanalizuj intensywność fluorescencji przy użyciu oprogramowania ImageJ 1.44o (http://imagej.nih.gov/ij). Porównać w czasie wzorzec wychwytu VNPs w guzach i innych głównych tkankach.
- Po obrazowaniu każdą tkankę należy przeciąć na pół, a jedną połowę zatopić w związku OCT w celu wykonania kriosnittów i analizy konfokalnej. Drugą połowę należy umieścić w wcześniej zważonych probówkach kriogenicznych i natychmiast zamrozić w ciekłym azocie.2Przechowywać w temperaturze -80 °C do czasu dalszego przetwarzania.
- Ilościowe oznaczanie fluorescencji: Zapisz masę tkanek. Rozmroź zamrożone tkanki w temperaturze pokojowej i umieść je w osobnych probówkach Falcon o pojemności 50 ml zawierających 1 ml PBS. Za pomocą ręcznego homogenizatora do tkanek homogenizuj tkanki w PBS przez 2–3 min, a następnie przenieś homogenizat do probówek do mikrowirówki. Wirowarkuj homogenizaty przez 10 min przy 13 000 x g w celu usunięcia niezhomogenizowanej tkanki.
- Przenieś 100 μl supernatantu z tkanek z każdej grupy (PBS i preparaty VNP/punkty czasowe) do czarnej płytki UV z 384 dołkami. Oceń intensywność fluorescencji (długości fal Ex/Em 600/665) za pomocą czytnika płytek. Znormalizuj otrzymane wartości fluorescencji względem masy tkanek.
- Immunohistochemia: Przygotować skrawki na mikrotomie kriostatycznej (10 μm) i przechowywać w temperaturze -20 °C. Przeprowadzić barwienie skrawków tkanek w celu wykazania jąder komórkowych (DAPI) oraz markera komórek śródbłonka (przeciwciało anty-mysie CD31 znakowane FITC). Wykonać analizę z użyciem mikroskopii konfokalnej w celu zmapowania lokalizacji znakowanych fluorescencyjnie VNP w naczyniach oraz w obrębie guza.
Uwaga: Procedura ta nie zostanie zaprezentowana, reprezentatywne dane przedstawiono na Rysunku 8. W celu uzyskania informacji na temat immunohistochemii oraz opisanych metod barwienia, czytelnik może zapoznać się z ref. 19