Kształt komórki ma kluczowe znaczenie dla funkcjonowania poszczególnych komórek w organizmie, a także komórek, które funkcjonują jako część tkanki lub organu. Używamy komórek końcowych tchawicy Drosophila, składnika układu oddechowego owadów, do badania mechanizmów molekularnych, które uczestniczą w kontrolowaniu dwóch konserwatywnych typów morfologii komórkowej: rozgałęzień i tworzenia rurki (lumenogeneza). Komórki końcowe znajdują się na końcach sieci rozgałęzionych rurek, które służą do dostarczania tlenu do tkanek wewnętrznych1 i mają skomplikowaną rozgałęzioną morfologię, która zależy od szlaku sygnałowego FGF, który jest kontrolowany przez lokalne poziomy tlenu w tkankach docelowych2. Końcowe gałęzie komórkowe to cienkie rurki, z wypełnionym gazem subkomórkowym światłem biegnącym przez każdą gałąź. Odrębna architektura komórkowa komórek końcowych, wraz z łatwością, z jaką można przeprowadzić analizę genetyczną u Drosophila, sprawiają, że komórki te są doskonałym modelem do badania mechanizmów wzrostu komórek, rozgałęzień i tworzenia rurki wewnątrzkomórkowej. Komórki końcowe okazały się użytecznym modelem do zrozumienia niektórych szlaków sygnałowych prowadzących do różnicowania komórek rozgałęzionych, wzrostu i dojrzewania2-4. Korzystając z tego systemu, przeprowadzono bezstronne, zaawansowane genetyczne badania przesiewowe pod kątem mutantów morfogenezy komórek, dostarczając informacji na temat mechanizmów kontrolujących kształt komórki5,6. Na przykład badania przesiewowe ujawniły, że specyficzny RabGAP jest wymagany do polaryzacji cytoszkieletu i transportu pęcherzyków w tworzeniu światła i pozycjonowaniu7; że adhezja za pośrednictwem integryny jest wymagana dla stabilności gałęzi8; oraz że nabłonkowe białka o polarności PAR regulują spolaryzowany transport błonowy wymagany zarówno do rozgałęziania, jak i tworzenia światła9. Inne badania na komórkach terminalnych wykazały, że asymetryczna akumulacja aktyny i organizacja mikrotubul są wymagane do wydłużenia komórek i lumenogenezy10. W ten sposób różnorodne, konserwatywne mechanizmy biologiczne komórki przyczyniają się do końcowej morfogenezy komórki.
Tutaj opisujemy metodę szybkiego naprawiania nienaruszonych larw Drosophila w trzecim stadium do analizy rozgałęzień komórek końcowych i tworzenia światła. Protokół ten można również przeprowadzić zarówno na zwierzętach w pierwszym, jak i drugim stadium rozwojowym. Kluczem do tej techniki jest możliwość wizualizacji komórek końcowych, które są genetycznie znakowane przez fluorescencyjną ekspresję białka bezpośrednio przez naskórek larwalny nienaruszonych zwierząt. Ponieważ procedura ta nie wymaga żadnych manipulacji po utrwaleniu, takich jak barwienie przeciwciał, w celu obserwacji komórek, doskonale nadaje się do analizy wysokoprzepustowej, w tym badań genetycznych lub przesiewowych leków. Ekspresja białek fluorescencyjnych ujawnia strukturę gałęzi wypełnionych cytoplazmatycznymi. Tworzenie się rurki można monitorować równolegle za pomocą mikroskopii jasnego pola w celu zidentyfikowania światła wypełnionego gazem, które kontrastuje z otaczającymi tkankami wypełnionymi płynem.
Zawarte w tym protokole jest metoda generowania genetycznych mozaik opartych na systemie MARCM11, do produkcji homozygotycznych zmutowanych komórek końcowych znakowanych białkami fluorescencyjnymi u zwierząt nieoznakowanych. Jest to konieczne, ponieważ komórki końcowe rozwijają swoje złożone struktury dopiero stosunkowo późno w rozwoju; Mozaiki genetyczne pozwalają na ominięcie wymagań genowych w innych tkankach na wcześniejszym etapie rozwoju. Aby wygenerować klony MARCM, tchawica jest znakowana za pomocą specyficznego dla tchawicy sterownika do oddychania (btl)12. Opisany tutaj jest protokół dla chromosomu Drosophila X; W przypadku innych chromosomów można zastosować podobną procedurę, z odczynnikami genetycznymi odpowiednimi dla badanego chromosomu. W tym przypadku tchawica jest znakowana przez ekspresję cytoplazmatycznie zlokalizowanego GFP, ale procedura działa równie dobrze z ekspresją innych białek fluorescencyjnych, takich jak DsRed.
Dodatkowo, dołączyliśmy metodę ilościowego określania wzorów rozgałęzień i powstawania światła w komórkach końcowych, opartą na metodach opracowanych do charakteryzowania wzorców rozgałęzień neuronalnych13. Tego rodzaju dane ilościowe mogą mieć kluczowe znaczenie w rozpoznaniu dokładnej roli genów w procesie rozgałęziania lub lumenogenezy, a także umożliwiają bezpośrednie porównania między różnymi mutantami9.