$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. Immunofluorescencja
Następujący protokół jest wykonywany na koronalnych kriosekcjach mózgu uzyskanych od myszy z transcardially perfunded (20 ml PBS, 0,1 mol/litr, pH 7,4, a następnie 50 ml schłodzonego paraformaldehydu 4% w PBS). Po perfuzji mózgi są ostrożnie usuwane i przenoszone do 30% sacharozy w PBS w temperaturze 4 °C przez noc w celu krioprotekcji. Mózgi są następnie szybko zamrażane przez zanurzenie w izopentanie w temperaturze -45 °C przez 3 minuty, a następnie zamykane w fiolkach i przechowywane w temperaturze -70 °C do momentu użycia. Kriosekcje koronalne mózgu (20 μm) są cięte seryjnie i poddawane protokołowi immunofluorescencji 11, 6.
Przed użyciem doprowadź wszystkie odczynniki i próbki do temperatury pokojowej. Należy pamiętać, że przedstawione robocze rozcieńczenia przeciwciał i surowicy wynikały z prób przeprowadzonych w celu uzyskania najlepszych wyników. W przypadku stosowania różnych przeciwciał i surowicy protokół musi zostać zwalidowany.
Zauważ, że ponieważ zarówno przeciwciała pierwotne anty-CD11b, jak i anty-CD68 są wytwarzane u szczurów, aby uniknąć sygnału krzyżowego przez antyszczurzą Alexę 546, użyliśmy wysokiego rozcieńczenia anty-CD11b, a następnie wzmocnienia sygnału fluorescencyjnego za pomocą zestawu TSA (tyramid Cy5). Ustaliliśmy optymalne rozcieńczenie robocze dla anty-CD11b, wykonując opisany protokół z wyjątkiem kroku 1.17 i używając co najmniej 7 różnych rozcieńczeń anty-CD11b, jak podano w tabeli 1. W rezultacie wybrano rozcieńczenie 1:30 000 jako jedyne rozcieńczenie, w którym osiągnięto: 1) sygnał widzialny z Cy5 o długości fali wzbudzenia 646 nm; 2) brak sygnału z Alexa 546 przy długości fali wzbudzenia 532 nm. W ten sposób sygnał fluorescencyjny Alexa 546 jest selektywnie kojarzony z ekspresją CD68.
Optymalna zawartość rozcieńczeń dla przeciwciał anty-CD11b i anty-CD68 może się różnić w zależności od rodzaju tkanki i musi być określona przed rozpoczęciem protokołu wspólnego znakowania.
- Dwukrotnie przemyć kriosekcje mózgu PBS.
- Inkubować kriosekcje przez 5 minut w PBS zawierającym 1%H2O2(etap wymagany, ponieważ amplifikacja fluorescencyjna wymaga inkubacji z peroksydazą chrzanową, streptawidyną-HRP, patrz krok 1.12).
- Przemyć kriosekcje 2x PBS.
- Inkubować kriosekcje przez 60 minut w PBS zawierającym 10% NGS i 0,3% Triton.
- Inkubować kriosekcje w temperaturze 4 °C przez noc w PBS zawierającym pierwotny anty-CD11b Ab Rat [1:30 000], 10% NGS i 0,3% Triton.
- Przemyć kriosekcje 2x (5 min) PBS.
- Inkubuj kriosekcje przez 60 minut w PBS zawierającym biotynylowany wtórny anty-Rat Ab [1:200] i 1% NGS.
- Przemyć kriosekcje 2x PBS.
- Przemyć kriosekcje TNT (Tris-HCl, NaCl, Tween: 0,1 M TRIS-HCl, pH 7,4, 0,15 M NaCl, 0,05% Tween 20).
- Inkubować kriosekcje przez 1,5 godziny w TNB (bufor blokujący Tris-HCl-NaCl: 0,1 M TRIS-HCl, pH 7,4, 0,15 M NaCl, 0,5% odczynnik blokujący z odpowiedniego zestawu (patrz tabela odczynników)).
- Przemyć kriosekcje 3 razy trotylem.
- Inkubuj kriosekcje w TNB zawierające streptawidynę-HRP [1:100].
- Przemyć kriosekcje 3x trotylem.
- Inkubować kriosekcje przez 8 minut w rozcieńczalniku amplifikacyjnym zawierającym cyjaninę 5 Tyramid [1:300].
- Przemyj kriosekcje 3x PBS.
- Inkubować kriosekcje przez 60 minut w PBS zawierającym 10% NGS i 0,1% Triton.
- Inkubować kriosekcje w temperaturze 4 °C przez noc w PBS zawierającym pierwotny anty-CD68 Ab Rat [1:200], 3% NGS i 0,3% Triton.
- Przemyj kriosekcje 3x PBS.
- Inkubuj kriosekcje przez 60 minut w PBS zawierającym fluorsprzężony wtórny anty-Rat Ab Alexa 546 [1:500] i 1% NGS.
- Przemyj kriosekcje 3x PBS.
- Inkubować kriosekcje przez 10 minut w PBS zawierającym Hoechst 1 μg/ml.
- Przemyj kriosekcje 3x PBS.
- Zamontuj kriosekcje w Prolong Gold.
2. Akwizycja obrazów trójwymiarowych za pomocą mikroskopii konfokalnej
Użyty tutaj mikroskop to mikroskop IX81 wyposażony w konfokalny moduł skanujący FV500 z 3 liniami laserowymi: Ar-Kr (488nm), He-Ne czerwony (646nm) i He-Ne zielony (532nm) oraz diodą UV.
- Wybierz lasery wzbudzające w zależności od długości fal barwników fluorescencyjnych, które mają być wzbudzone (czerwony He-Ne dla Cy5, CD11b; He-Ne zielony dla Alexa546, CD68 i dioda UV dla Hoechst, jądra).
- Wybierz najlepszą kombinację zwierciadła dichroicznego do zbierania sygnałów świetlnych.
- Ustaw rozdzielczość obrazu na co najmniej 800 x 600 pikseli.
- Zidentyfikuj obszar zainteresowania za pomocą epi-fluorescencji i stopniowo zwiększaj powiększenie do obiektywu 40X.
- Przełącz się na tryb laserowej mikroskopii skaningowej (LSM).
- Uruchamiaj powtarzalne skanowanie, aby dostosować fotopowielacz (PMT) i wzmocnienie dla każdego kanału. Lasery mogą być włączane indywidualnie, aby ułatwić konfigurację. Utrzymuj wzmocnienie tak niskie, jak to możliwe, aby uniknąć niepożądanych sygnałów niespecyficznych.
- W przypadku wykonywania skanowania powtarzalnego przesuń element sterujący ostrością, aby zdefiniować dolne i górne krańce osi z (całkowita długość osi z = 10 μm).
- Zatrzymaj powtarzające się skanowanie.
- Określ rozmiar kroku. Powinien być jak najbardziej zbliżony do rozmiaru piksela (0,225 μm), aby uzyskać standardowy stosunek rozmiaru 1:1 na osi z.
- Aktywuj filtr Kalmana co najmniej 2 razy.
- Aktywuj tryb skanowania sekwencyjnego, aby uniknąć efektów przebijania.
Przesuń się w - połowie osi z i uruchom skanowanie sekwencyjne xy. Sprawdź konfigurację PMT i wzmocnienie (dobry stosunek sygnału do szumu). Jeśli wynik nie jest zadowalający, powtórz krok 2.6.
- Uruchom pobieranie xyz.
- Eksportuj dane jako plik multitiff. Każdy plik multitiff zawiera zazwyczaj 3 kanały kolorów (niebieski, zielony i czerwony) oraz 44 płaszczyzny ogniskowych.
3. Trójwymiarowy widok akwizycji konfokalnych i trójwymiarowego renderingu
Prześlij pliki multitiff do oprogramowania Imaris i przetwarzaj je w następujący sposób:
- Otwarte oprogramowanie.
- Wybierz widok przewyższający.
- Przekaż plik multitiff.
- Wybierz żądany kolor dla każdego kanału.
- Usuń szum z tła, zwiększając minimalną wartość na panelu regulacji wyświetlacza. Dostosuj każdy kanał indywidualnie.
- Przejdź do widoku przekroju. Poruszaj się wzdłuż osi z, szukając kolokalizacji (żółte piksele).
- Kliknij na żółty obszar, aby sprawdzić, czy kolokalizacja występuje wzdłuż osi z (tj. należy do obiektu bryłowego). Rzuty osi Z są widoczne w prawej i dolnej części rysunku.
- Zrób migawkę.
- Wróć, aby przewyższyć widok.
- Kadrowanie 3D w celu odizolowania komórki lub grupy komórek.
- Wybierz jeden kanał na panelu regulacji wyświetlacza.
- Wybierz konstruktora algorytmu przewyższania/powierzchni. Kroki algorytmu:
- Wybierz kanał.
- Zdefiniuj próg (użyj tej samej wartości minimalnej w panelu regulacji wyświetlania).
- Zdefiniuj zmianę rozmiaru.
- Zdefiniuj wygładzanie (najlepiej = 0,200).
- Określ wygląd koloru.
- Algorytm końcowy.
- Powtórz krok 3.12 dla każdego kanału.
- Usuń zaznaczenie opcji Kanały fluorescencji na panelu regulacji wyświetlacza i zaznacz wszystkie trzy powierzchnie.
- Przesuń głośność, aby znaleźć najlepszy widok.
- Zrób migawkę.