$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Kluczowe dla dziedziny patogenezy bakteryjnej jest możliwość określenia, czy i jak mikroby przeżywają po ekspozycji na komórki eukariotyczne. Obecne protokoły mające na celu rozwiązanie tych problemów obejmują testy liczby kolonii, testy ochrony gentamycyny i mikroskopię elektronową. Testy liczby kolonii i ochrony gentamycyny oceniają jedynie żywotność całej populacji bakterii i nie są w stanie określić żywotności poszczególnych bakterii. Mikroskopia elektronowa może być wykorzystana do określenia żywotności poszczególnych bakterii i dostarczenia informacji dotyczących ich lokalizacji w komórkach gospodarza. Jednak bakterie często wykazują różne gęstości elektronów, co utrudnia ocenę żywotności. W tym artykule przedstawiono protokoły stosowania barwników fluorescencyjnych, które ujawniają żywotność poszczególnych bakterii znajdujących się wewnątrz komórek gospodarza i związanych z nimi. Testy te zostały pierwotnie opracowane w celu oceny przeżywalności Neisseria gonorrhoeae w pierwotnych ludzkich neutrofilach, ale powinny mieć zastosowanie do każdej interakcji bakteria-komórka gospodarza. Protokoły te łączą przepuszczalne przez błonę barwniki fluorescencyjne (SYTO9 i 4',6-diamidino-2-fenyloindol [DAPI]), które barwią wszystkie bakterie, z nieprzepuszczalnymi dla błony barwnikami fluorescencyjnymi (jodek propidyny i SYTOX Green), które są dostępne tylko dla bakterii niezdolnych do życia. Przed przenikaniem komórek eukariotycznych dodaje się przeciwciało lub odczynnik fluorescencyjny w celu identyfikacji bakterii zewnątrzkomórkowych. W ten sposób testy te rozróżniają żywotność bakterii przylegających do komórek eukariotycznych i wewnątrz nich. Przewidziano również protokół stosowania barwników żywotności w połączeniu z fluorescencyjnymi przeciwciałami przeciwko markerom komórek eukariotycznych w celu określenia lokalizacji subkomórkowej poszczególnych bakterii. Barwniki żywotności bakterii omówione w tym artykule są czułym uzupełnieniem i/lub alternatywą dla tradycyjnych technik mikrobiologicznych do oceny żywotności poszczególnych bakterii i dostarczają informacji o tym, gdzie bakterie przeżywają w komórkach gospodarza.