Przezczaszkowa stymulacja magnetyczna (TMS) jest skuteczną metodą ustalania związku przyczynowego między obszarem korowym a efektami poznawczymi/neurofizjologicznymi. W szczególności, tworząc przejściową interferencję z normalną aktywnością regionu docelowego i mierząc zmiany w sygnale elektrofizjologicznym, możemy ustalić związek przyczynowy między stymulowanym obszarem lub siecią mózgu a sygnałem elektrofizjologicznym, który rejestrujemy. Jeśli docelowe obszary mózgu zostaną funkcjonalnie zdefiniowane za pomocą wcześniejszego skanu fMRI, TMS może być wykorzystany do połączenia aktywacji fMRI z zarejestrowanymi potencjałami wywołanymi. Jednak przeprowadzenie takich eksperymentów stanowi poważne wyzwanie techniczne, biorąc pod uwagę artefakty o dużej amplitudzie wprowadzane do sygnału EEG przez impuls magnetyczny oraz trudności w skutecznym celowaniu w obszary, które zostały funkcjonalnie zdefiniowane przez fMRI. W tym miejscu opisujemy metodologię łączenia tych trzech popularnych narzędzi: TMS, EEG i fMRI. Wyjaśniamy, jak skierować cewkę stymulatora do pożądanego obszaru docelowego za pomocą anatomicznych lub funkcjonalnych danych MRI, jak rejestrować EEG podczas jednoczesnego TMS, jak zaprojektować badanie ERP odpowiednie dla kombinacji EEG-TMS i jak wydobyć wiarygodne ERP z zarejestrowanych danych. Przedstawimy reprezentatywne wyniki z wcześniej opublikowanego badania, w którym TMS pod kontrolą fMRI zastosowano równolegle z EEG, aby pokazać, że selektywny dla twarzy N1 i selektywny dla ciała komponent N1 ERP są związane z odrębnymi sieciami neuronowymi w korze pozaprążkowej. Metoda ta pozwala nam połączyć wysoką rozdzielczość przestrzenną fMRI z wysoką rozdzielczością czasową TMS i EEG, a tym samym uzyskać kompleksowe zrozumienie neuronalnych podstaw różnych procesów poznawczych.