Odpowiedź immunologiczna gospodarza na patogeny jest złożonym procesem biologicznym. Większość badań in vivo klasycznie stosowanych do charakteryzowania interakcji gospodarz-patogen wykorzystuje dootrzewnowe wstrzyknięcia wybranych bakterii lub wzorców molekularnych związanych z patogenem (PAMP) u myszy. Chociaż techniki te dostarczyły ogromnych ilości danych związanych z patobiologią chorób zakaźnych, modele iniekcji dootrzewnowej nie zawsze są odpowiednie do badań interakcji gospodarz-patogen w płucach. Wykorzystując model ostrego zapalenia płuc u myszy, możliwe jest przeprowadzenie analizy w wysokiej rozdzielczości wrodzonej odpowiedzi immunologicznej gospodarza przy użyciu lipopolisacharydu (LPS). W tym miejscu opisujemy metody podawania LPS za pomocą niechirurgicznego podawania dotchawiczego jamy ustnej i gardła, monitorujemy parametry kliniczne związane z patogenezą choroby oraz wykorzystujemy płyn z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego do oceny odpowiedzi immunologicznej gospodarza. Opisane techniki mają szerokie zastosowanie w badaniu wrodzonej odpowiedzi immunologicznej gospodarza na różnorodny zakres PAMP i patogenów. Podobnie, z niewielkimi modyfikacjami, techniki te mogą być również stosowane w badaniach oceniających alergiczne zapalenie dróg oddechowych oraz w zastosowaniach farmakologicznych.