$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. Następcze znakowanie wejść presynaptycznych RGC
Uwaga: Wszystkie eksperymenty z wykorzystaniem zwierząt były przeglądane i nadzorowane przez instytucjonalny komitet opieki nad zwierzętami i ich użytkowania (IACUC) zgodnie ze wszystkimi wytycznymi NIH.
- Sterylizuj pole i instrumenty.
- Znieczulić mysz za pomocą 4% obj. izofluranu w komorze indukcyjnej z pleksiglasu (ten % obj. izofluranu działa na dorosłe noworodki). Uważnie obserwuj myszy, aby uniknąć nadmiernego znieczulenia. UWAGA: Unikać wdychania z próżniowym odprowadzaniem gazów odlotowych.
- Po 1-3 minutach (starsze myszy będą wymagały mniej czasu) upewnij się, że osiągnięto odpowiedni poziom znieczulenia, szczypiąc ogon (nie należy obserwować żadnej reakcji) i obserwując częstość oddechów (częstość powinna być powolna i stabilna).
- Umieść mysz pod mikroskopem stereoskopowym na boku i umieść stożek nosowy dostarczający 3-4% obj. izofluranu nad pyskiem (noworodki < 10. dobie pourodzeniowej ~4 obj.; >P10 ~3 obj.).
- Odsłoń twardówkę. Do wstrzykiwania noworodków przed otwarciem oczu należy użyć małych nożyczek sprężynowych, aby otworzyć powiekę i odciągnąć skórę, aby odsłonić twardówkę. W przypadku starszych myszy użyj palców, aby odciągnąć skórę otaczającą oko, aby odsłonić twardówkę. UWAGA: U noworodków czasami konieczne jest kolejne prostopadłe cięcie w kąciku oka. Zachowaj ostrożność podczas obcinania kącika powieki, ponieważ znajduje się tam naczynie krwionośne, które w przypadku przecięcia będzie nadmiernie krwawić.
- Użyj sterylnej igły 30,5 G, aby nakłuć mały otwór z boku oka w miejscu, w którym zaczyna się twardówka. Należy uważać, aby nie uszkodzić soczewki, wkładając igłę na tyle głęboko, aby skos wszedł do oka.
- Pozwól, aby ciało szkliste wypłynęło z otworu i użyj sterylnego aplikatora z bawełnianą końcówką, aby wchłonąć płyn.
- Gdy ciało szkliste przestanie wypływać z otworu, włóż do otworu tępo zakończoną igłę przymocowaną do strzykawki Hamiltona wstępnie załadowanej następczym barwnikiem śledzącym. UWAGA: Wbijaj igłę powoli, aby uniknąć przebicia drugiej strony oka lub uszkodzenia soczewki.
- Powoli wstrzyknij barwnik do oka. Zazwyczaj podjednostka β toksyny sprzężona z Alexa 594, 647 lub 488 (CTB-594, CTB-647 lub CTB-488, 5-6 μg/μl) jest używana do następczego śledzenia wejść RGC. Dla noworodków (≤P10) wystarczy 1-2 μl, a dla myszy >P10 ~3 μl. Uwaga: Barwniki Alexa są szczególnie odporne na degradację lizosomalną
- Pozostaw igłę w otworze na kilka sekund, a następnie powoli wyjmij.
- Użyj aplikatora z bawełnianą końcówką, aby wchłonąć nadmiar płynu i zapobiec wyciekaniu barwnika.
- Nałóż niewielką ilość maści z antybiotykiem na oko. Jeśli oko zostało otwarte chirurgicznie, delikatnie zbliż powieki do siebie.
- W przypadku wstrzyknięcia do obu oczu powtórzyć procedurę na drugim oku.
- Po wstrzyknięciu należy pozostawić mysz pod lampą grzewczą lub na poduszce grzewczej, aż zacznie dochodzić do siebie po znieczuleniu.
- Umieść mysz w czystej klatce domowej i monitoruj, aby upewnić się, że jest w pełni obudzona przed powrotem do kolonii.
2. Przygotowanie tkanki do obrazowania
Ten protokół przygotowania tkanek jest stosowany u myszy reporterowych, u których fagocyty są znakowane markerami fluorescencyjnymi (np. CX3CR1-EGFP dla mikrogleju). Jeśli linia reporterowa nie jest dostępna, badacz może immunobarwić skrawki tkanek (patrz Dyskusja).
- ~ 24 godziny po wstrzyknięciu poświęć mysz i przeprowadź sekcję mózgu.
- Wrzuć mózg do probówki Falcon wypełnionej 4% paraformaldehydem (PFA) na noc w temperaturze 4 °C. UWAGA: PFA jest toksyczny. Unikaj wdychania i narażenia skóry na działanie dygestoriów lub na stole zstępującym oraz nosząc środki ochrony osobistej. Uwagi: Fiksacja może być krótsza (≥4 godziny). Ponadto, zamiast utrwalania kropli, można zastosować 4% perfuzję PFA, a następnie utrwalenie kropli w ciągu 2-24 godzin. Jednak porównanie perfuzji do kropli w mózgach noworodków i dorosłych nie wykazało różnicy w jakości obrazu ani kwantyfikacji.
- Przepłucz mózg 3x w soli fizjologicznej buforowanej fosforanami (PBS).
- Wlej mózg i PFA do pustej łodzi do ważenia.
- Użyj szpatułki, aby przenieść mózg do innej łodzi wypełnionej PBS.
- Umyj mózg jeszcze dwa razy w PBS (przenieś mózg do dwóch dodatkowych łodzi wypełnionych PBS).
- Przenieś mózg do probówki Falcona wypełnionej 30% roztworem sacharozy. Pozostawić mózg w sacharozie w temperaturze 4 °C, aż mózg opadnie na dno rurki (24-48 godzin).
- Gdy mózg opadnie, przygotuj go do sekcji. Kolejne kroki to przygotowanie pływających odcinków o wielkości 40 μm za pomocą przesuwnego mikrotomu ze stopniem zamrażania (można również użyć kriostatu).
- Użyj żyletki, aby usunąć części mózgu, które nie są potrzebne (w przypadku dLGN usuń rostralną i ogonową część mózgu).
- Zamroź mózg na folii aluminiowej na suchym lodzie. W tym czasie należy zamrozić etap mikrotomu i napełnić każdą studzienkę 24-dołkowej płytki 0,5 ml 0,1 M buforu fosforanowego (PB).
- Zamontuj zamrożony mózg (powinien wydawać się nieprzezroczysty) na etapie zamrażania.
- Nałóż niewielką ilość środka o optymalnej temperaturze cięcia (OCT) na stolik.
- Gdy OCT zacznie zamarzać, połóż mózg w OCT. Koniec mózgu, który zostanie przecięty, powinien być skierowany do góry (np. w przypadku dLGN skierowany ogonowo do góry).
- Przykryj mózg i OCT bardzo drobno pokruszonym suchym lodem.
- Pozostaw suchy lód na mózgu/OCT na ~30 sekund.
- Użyj dużego pędzla, aby usunąć suchy lód. Mózg i OCT powinny być zamrożone do sceny.
- Rozpocznij sekcję przez tkankę, aż do osiągnięcia obszaru zainteresowania (ROI).
- Po osiągnięciu zwrotu z inwestycji użyj małego pędzla, aby usunąć sekcje z ostrza i przenieś je na 24-dołkową płytkę zawierającą 0,1 M PB (krok 2.5.2). Utrzymuj pędzel w stanie wilgotnym, zwilżając go w 0.1 m PB przed wyjęciem odcinków z ostrza. Uwaga: Sekcje można pozostawić na noc w 0,1 M PB w temperaturze 4 °C.
- Po zebraniu skrawków zwizualizuj etykietowanie następcze pod fluorescencyjnym mikroskopem preparacyjnym i wybierz sekcje, które zawierają ROI.
- Zamontuj sekcje na zjeżdżalni za pomocą małego pędzla.
- Nałóż małą pulę 0,1 M PB na naładowane szkiełko mikroskopowe.
- Przenieść wycinek tkanki do puli PB.
- Użyj PB i pędzla, aby zorientować i rozprowadzić chusteczkę.
- Użyj Kimwiste, aby usunąć nadmiar PB. Uważaj, aby nie odprowadzać wilgoci z sekcji.
- Pozostaw do całkowitego wyschnięcia na powietrzu.
- Nałóż niewielką kroplę podłoża montażowego na każdą sekcję i zamontuj szkiełko nakrywkowe na górze (22 x 50 mm, nr 1.5).
- Uszczelnij krawędzie szkiełka lakierem do paznokci i przechowuj w temperaturze -20 °C do czasu sesji obrazowania. Uwaga: Chociaż zaleca się obrazowanie w ciągu tygodnia od przygotowania, preparaty można utrzymywać w temperaturze -20 °C przez kilka tygodni przed obrazowaniem.
3. Obrazowanie tkanki
Wszystkie obrazy są uzyskiwane na mikroskopie konfokalnym z wirującym dyskiem (mikroskop konfokalny z wirującym dyskiem UltraView Vox wyposażony w lasery diodowe (405 nm, 445 nm, 488 nm, 514 nm, 561 nm i 640 nm)). Obrazy można również uzyskać za pomocą dowolnego mikroskopu z możliwością pozyskiwania stosów Z o wysokiej rozdzielczości (np. laserowy skaningowy mikroskop konfokalny, mikroskop epifluorescencyjny, a następnie dekonwolucja itp.). Rozmiar klatki to zwykle 1 000 x 1 000 pikseli.
- Znajdź zwrot z inwestycji przy 10-krotnym powiększeniu i uzyskaj obraz. W przypadku obrazowania mikrogleju w układzie retinogenikulacyjnym ROI to najbardziej przyśrodkowe odcinki dLGN.
- Przełącz się na większe powiększenie (zwykle używany jest obiektyw Plan Apo 60X, NA = 1,4).
- Uzyskaj pierwsze pole widzenia zawierające fagocyty za pomocą kroków z 0,2 μm.
- Zdobądź 15-19 dodatkowych pól zawierających fagocyty na zwierzę.
4. Przygotowanie obrazów do kwantyfikacji (ImageJ)
- Otwórz z-stack w ImageJ.
- Przejdź do menu Obraz, wybierz Kolor i Podziel kanały.
- Odejmij tło od kanału (kanałów) zawierającego pochłonięty materiał.
- Wybierz okno kanału zawierające pochłonięty materiał (np. wejścia presynaptyczne).
- Przejdź do menu Proces i wybierz opcję Odejmij tło. Użyj promienia toczącej się kuli wynoszącego 10 pikseli do następczego śledzenia presynaptycznych danych wejściowych w dLGN. Uwaga: Promień toczącej się kuli jest określany empirycznie. Jednak generalnie powinien być tak duży, jak promień największego obiektu na obrazie, który nie jest częścią tła.
- Wygładź kanał zawierający fagocyt.
- Wybierz okno kanału zawierające fagocyt (np. mikroglej).
- Przejdź do menu Proces i wybierz Filtry, Średnia. Użyj filtra średniej 1,5 (wygładza to obraz w celu renderowania powierzchni w późniejszych krokach).
- Odejmij tło od kanału zawierającego fagocyt.
- Wybierz okno kanału zawierające fagocyt (np. mikroglej).
- Przejdź do menu Proces, wybierz odejmij tło (ustawienia będą musiały zostać określone empirycznie). Użyj promienia toczącej się kuli wynoszącego 50 pikseli dla mikrogleju EGFP-dodatniego.
- Scal kanały, przechodząc do menu Obraz i wybierając Kolor, Scal kanały.
- Przytnij ROI zawierający fagocyty ze scalonego pliku (przyspiesza to renderowanie powierzchni, patrz krok 5).
- Narysuj ramkę wokół ROI za pomocą narzędzia do zaznaczania prostokątnego na pasku narzędzi.
- Przejdź do menu Obraz i wybierz Przytnij.
- Ponownie podziel kanały (patrz krok 4.2).
- Zapisz każdy kanał jako osobny plik TIFF.
5. Przygotuj obraz do kwantyfikacji w Imaris
- Otwórz Imaris i upewnij się, że ikona głośności jest wybrana w menu w lewym górnym rogu (Rysunek 2).
- Otwórz pierwszy kanał przyciętego obrazu (każdy z kanałów może być otwarty jako pierwszy, po prostu bądź konsekwentny).
- Dodaj pozostałe kanały. Przejdź do menu Edycja, wybierz Dodaj kanały i wybierz następny kanał w pliku. (Powtórz ten krok dla pozostałych kanałów). Uwaga: Aby zmienić kolor, przejdź do okna Display Adjustment (Regulacja wyświetlania) i kliknij nazwę kanału (Rysunek 3A). Spowoduje to wyświetlenie okna dialogowego, w którym można dostosować kolor. Jeśli okno Display Adjustment (Dopasowanie wyświetlania) nie jest widoczne, przejdź do menu Edit (Edycja) i wybierz opcję Display Adjustment (Regulacja wyświetlania).
- Dostosuj wartości pikseli. Przejdź do menu Edycja i wybierz Właściwości obrazu. W tym oknie dostosuj wartości pikseli x, y i z (wartości te zależą od mikroskopu, obiektywu, kamery i akwizycji kroku z i można je znaleźć w oprogramowaniu używanym do pozyskiwania obrazu).
- Krok 5.5 spowoduje powstanie bardzo małego obrazu. Aby zmienić rozmiar, kliknij ikonę Dopasuj w prawym dolnym rogu (Rysunek 2).
- W oknie Display Adjustment (Regulacja wyświetlania) dostosuj jasność i kontrast dla każdego kanału za pomocą lewego i środkowego trójkąta.
6. Trójwymiarowe (3D) renderowanie powierzchni fagocytu
- Upewnij się, że na górnym pasku narzędzi wybrano tryb Surpass (Rysunek 3C).
- W oknie Display Adjustment (Regulacja wyświetlania) odznacz wszystkie kanały z wyjątkiem kanału fagocytów. Spowoduje to usunięcie ich z pola widzenia.
- Kliknij ikonę Renderowanie powierzchni (Rysunek 2).
- W lewym dolnym rogu zostanie wyświetlone okno tworzenia (Rysunek 4A), upewnij się, że pole wyboru ROI segmentu nie jest zaznaczone w tym pierwszym oknie. Kliknij niebieski przycisk przesyłania dalej na dole.
- Dostosuj wygładzanie.
- W następnym oknie wybierz kanał fagocytów z menu rozwijanego (Rysunek 4B). Dostosowuje to ilość szczegółów, które zostaną wyeksponowane i powinny być określone empirycznie (wygładzanie 0,1 μm jest zwykle stosowane w przypadku mikrogleju).
- Wybierz opcję Bezwzględne określanie progów.
- Kliknij niebieski przycisk do przodu na dole.
- Próg obrazu.
- Kliknij histogram i przeciągnij, aż obraz zostanie odpowiednio wyeksponowany (Rysunek 4C). Jest to określane empirycznie poprzez obracanie obrazu, aby upewnić się, że szare powierzchnie nałożone na obraz fluorescencyjny są dokładnym odwzorowaniem powierzchni. Uwagi: Aby obrócić, wybierz opcję Nawiguj w menu Wskaźnik w prawym górnym rogu ekranu (Rysunek 3B), kliknij i przytrzymaj obraz, aby go obrócić. Aby przywrócić pierwotną orientację obrazu, wybierz opcję Początek w lewym dolnym rogu z menu Widok.
- Kliknij niebieski przycisk do przodu na dole.
- W następnym oknie dostępna jest opcja odfiltrowania dowolnych powierzchni według rozmiaru itp. O ile obraz nie jest bardzo zaszumiony, nie filtruj i nie usuwaj żadnych filtrów, które pojawiają się automatycznie. Kliknij zieloną strzałkę u dołu, aby zakończyć renderowanie powierzchni fagocytu. Pojawi się nowy zestaw kart (Rysunek 5)
- W razie potrzeby usuń wszystkie powierzchnie, które nie są częścią interesującego fagocytu.
- Upewnij się, że w menu Wskaźnik jest zaznaczona opcja Wybierz (Rysunek 3B).
- Kliknij dowolną powierzchnię, która ma zostać usunięta, aby zmieniła kolor na żółty. Aby usunąć wiele powierzchni, kliknij powierzchnie, przytrzymując wciśnięty przycisk sterowania.
- Kliknij przycisk Usuń na karcie Ołówek.
- Wybierz i połącz wszystkie powierzchnie fagocytu w jedną powierzchnię.
- Kliknij na Lejek (tj. zakładkę Filtr; Rysunek 5C).
- Kliknij przycisk Dodaj.
- Wybierz dowolny filtr, przeciągnij histogram maksymalnie w lewo (wszystkie powierzchnie powinny być żółte).
- Wróć do zakładki Ołówek i kliknij Ujednolicić.
- Przejdź do zakładki Wykres (Rysunek 5A) i kliknij Szczegóły i wybierz dowolne parametry do wyświetlenia. Wybierz wolumin (Rysunek 5D). Aby wyświetlić wiele parametrów, przejdź do ikony klucza w lewym dolnym rogu (Rysunek 2) i wybierz parametry do zarejestrowania.
- Zapisz objętość fagocytu i zapisz plik przed kontynuowaniem.
7. 3D Renderowanie powierzchni pochłoniętego materiału
- Utwórz nowy kanał dla materiału, który został pochłonięty przez fagocyt.
- Gdy powierzchnia fagocytów jest wybrana, kliknij zakładkę ołówka.
- Kliknij opcję Maskuj wszystko.
- W wyświetlonym oknie dialogowym wybierz kanał odpowiadający pochłoniętemu materiałowi (np. następcze śledzenie wejść presynaptycznych; Rysunek 5B).
- Sprawdź zduplikowany kanał przed nałożeniem maski i naciśnij OK.
- W oknie Display Adjustment pojawi się nowy kanał, który zawiera tylko materiał, który został pochłonięty i znajduje się wewnątrz fagocytu.
- Powierzchnia renderuje kanał zawierający całkowicie pochłonięty i niepochłonięty materiał.
- Odznacz wszystkie kanały w oknie Regulacja wyświetlania z wyjątkiem kanału, który ma być wyeksponowany, i odznacz powierzchnię utworzoną dla fagocytu.
- Kliknij ponownie ikonę renderowania powierzchni (patrz krok 6.3) i utwórz powierzchnię dla kanału, wykonując te same czynności, co dla fagocytu (kroki 6.4-6.11). Uwagi: Upewnij się, że wybrałeś właściwy kanał przed wygładzaniem i progowaniem (krok 6.5; Rysunek 4B). Zanotuj wartość progową (patrz krok 6.6; Rysunek 4C). Wartość tę można również uzyskać po zakończeniu renderowania powierzchni (zakładka Różdżka; Rysunek 5A).
- Zapisz objętość całkowitego pochłoniętego i niepochłoniętego materiału i zapisz plik przed kontynuowaniem.
- Powierzchnia otynkowania pochłoniętego materiału (materiał w fagocycie).
- Wizualizuj fluorescencję tylko nowego kanału pochłoniętej materii (patrz krok 7.2.1).
- Wykonaj te same czynności, co powyżej (kroki 7.2-7.3). Uwagi: Upewnij się, że wybrałeś właściwy kanał z menu rozwijanego przed wygładzaniem (wybierz nowy kanał utworzony w kroku 7.1). W oknie progu ręcznie wprowadź wartość progową, która została ustawiona dla renderowania całkowitego materiału pochłoniętego i niepochłoniętego (patrz krok 7.2.2).
- Zapisz objętość pochłoniętego materiału i zapisz plik przed kontynuowaniem.
8. Oblicz całkowitą objętość pola widzenia
- Utwórz nową powierzchnię dla dowolnego kanału.
- W oknie progowania (krok 6.6) przesuń histogram maksymalnie w lewo, tak aby całe pole znalazło się na powierzchni.
- Zakończ napawanie całego pola i zapisz objętość (kroki 6.7-6.11).
- Zapisz plik.
9. Oblicz ilość materiału poddanego fagocytozowaniu
- Oblicz gęstość całkowitego kanału materiału objętego i nieobjętego, korzystając z następującego algorytmu:
Objętość całkowitego materiału pochłoniętego i niepochłoniętego (krok 7.3) / Objętość pola (krok 8).
- Obliczać % pochłonięcia na komórkę przy użyciu następującego algorytmu:
(Objętość pochłoniętego materiału (krok 7.5) / Całkowita objętość fagocytu (krok 6.11)) x 100
Uwagi: Aby uwzględnić różnice w wielkości komórki, dane są normalizowane do całkowitej objętości fagocytów. Jeśli liczby z kroku 9.1 są bardzo zmienne między polami, może być konieczne znormalizowanie danych z kroku 9.2 do obliczeń w kroku 9.1.