Kroki przedstawione na Rysunku 1 obrazują wygląd zarodka przytwierdzonego do błony witelinowej (A) oraz demonstrują prawidłową metodę oddzielenia zarodka od żółtka (B). Zarodek można zidentyfikować po strefie połączenia, która jest znacznie jaśniejsza niż błona witelinowa. Sam zarodek jest często trudny do rozróżnienia, dopóki żółtko nie zostanie odcięte. Po wypreparowaniu zarodka z jaja można go utrwalić lub zamrozić w ciekłym azocie do późniejszego użycia. Jeśli w przypadku wypreparowanego zarodka planowana jest hybrydyzacja in situ, konieczne jest usunięcie błony witelinowej, która przylega do zarodka poprzez strefę połączenia. Rysunek 2 ilustruje poprawioną widoczność zarodka po usunięciu tej błony (C) oraz prawidłowy sposób odrywania błony witelinowej (A, B). Po sekcji i utrwaleniu przeprowadzono hybrydyzację in situ całych preparatów, co przedstawiono na Rysunku 3 (A, A’, B, B’), Rysunku 4 (A, A', B, B’) oraz Rysunku 5 (A, B, C), aby wykryć różnice w ekspresji orthodenticlehomeobox 2 (Otx2) w zarodkach poddanych rozwojowo niskim dawkom metylortęci. Rysunek 5 przedstawia wyniki dla sondy sensu, wykazując brak tła. Na Rysunku 4, mimo wypreparowania z jaj w tym samym punkcie czasowym, zarodek poddany rozwojowo działaniu metylortęci (MeHg) rozwinął się do stadium 522 (B, B’), podczas gdy zarodek kontrolny rozwinął się do stadium 622 (A, A’). Grupa zarodków wypreparowanych i pokazanych na Rysunku 4 została zebrana z gniazda i wyjęta z inkubatora w tym samym czasie. Chociaż w rozwoju występuje pewna naturalna zmienność, na podstawie wcześniejszych danych z sekcji jest mało prawdopodobne, aby wahania temperatury w inkubatorze spowodowały opóźnienie rozwojowe wyłącznie u zarodków poddanych działaniu 2,4 ppm metylortęci. Różnice w stadiach rozwoju wskazują na zmiany w proliferacji komórek w zarodkach poddanych rozwojowo działaniu metylortęci.
Przed sekcją do jaja w 2. dniu inkubacji wstrzyknięto EdU i pozostawiono do inkubacji na noc. Po sekcji i utrwaleniu zarodka w stadium 1622, EdU zwizualizowano za pomocą chemii „klik”, co umożliwiło wykrycie proliferujących komórek, jak pokazano na Rysunku 6 (A, B, C). Ważne jest, aby uważnie monitorować punkty czasowe podczas umieszczania jaj w inkubatorze oraz podczas sekcji, ponieważ ekspozycja na metylortęć lub przeprowadzenie testu EdU może zakłócić przebieg rozwoju. Pierwsze wstrzyknięcie wykonano w dniu 0, który był dniem pobrania, zgodnie z opisem w kroku 1.3. Zarodek ten poddano sekcji około 38 godzin później (stadium 722). Stwierdzono, że przeżywalność wynosiła około 90% (taka sama stopa jak w przypadku zarodków kontrolnych), pod warunkiem, że ilość wstrzykniętej substancji nie przekroczyła 478 nl.
Ta metodologia sekcji pozwala również na wysokiej jakości ekstrakcję RNA. Po przeprowadzeniu sekcji embrionów w stadium 1622, wykonano ekstrakcję RNA zgodnie z protokołem producenta bez konieczności optymalizacji, co przedstawiono na Rysunku 7. Usunięcie błony żółtkowej nie było konieczne do ekstrakcji RNA i późniejszych zastosowań qRT-PCR.
Uwaga: Wszystkie ryciny z zarodkami są zorientowane tak, aby region przedni znajdował się u góry, a region tylny u dołu obrazów.

Rycina 1. Procedura lokalizacji i preparowania zarodków kanarka zebrowatego, stadia 1-1022. Lokalizacja zarodka poprzez delikatne obracanie żółtka do momentu pojawienia się słabo widocznego białego krążka (A). Po zlokalizowaniu zarodka w centrum żółtka, żółtko jest preparowane etapowo (B), gdzie pierwsze cięcie zmniejsza nacisk błony witelinowej (1), a kolejne cięcia (2) wyznaczają granice strefy połączenia (zj), która przylega do błony witelinowej. Paski skali reprezentują 1 mm.

Rycina 2. Usunięcie błony żółtkowej i widoczność struktur embrionalnych. Po oddzieleniu zarodka od żółtka, należy umieścić go w szalce Petri zawierającej 4% PFA. Jeśli wymagane jest przeprowadzenie hybrydyzacji in situ, kluczowa jest widoczność struktur embrionalnych, którą można uzyskać poprzez usunięcie błony żółtkowej (A). Należy chwycić błonę żółtkową bardzo precyzyjną pęsetą i delikatnie odkleić ją od zarodka, w razie potrzeby trzymając zarodek bezpośrednio za zewnętrzną krawędź (B). Usunięcie błony żółtkowej zwiększa przejrzystość struktur embrionalnych i umożliwia obrazowanie zarodków lub ich przetwarzanie metodą hybrydyzacji in situ (C). Paski skali reprezentują 1 mm. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Rysunek 3. Hybrydyzacja in situ całego preparatu przeprowadzona na zarodkach zięby zebry wystawionych w fazie rozwoju na metylortęć. Wzorce ekspresji orthodenticlehomeobox 2 (Otx2) scharakteryzowano w zarodkach wystawionych na 0,0 ppm metylortęci (A, A’) oraz 2,4 ppm metylortęci (B, B’) poprzez dietę rodziców. Grzbietowa (A) i brzuszna (A’) ekspresja Otx2 jest widoczna w całym śródmózgowiu i pęcherzykach optycznych podczas stadium 1222. Zarodki z grupy badanej zostały wypreparowane w tym samym punkcie czasowym, lecz wykazywały opóźnienie rozwojowe, co widać w widoku grzbietowym (B) i brzusznym (B’) struktur głowy, które są charakterystyczne dla stadium 1122. Skróty: mb, śródmózgowie; op, pęcherzyk optyczny. Paski skali reprezentują 1 mm.

Rycina 4. Hybrydyzacja in situ całego preparatu przeprowadzona na embrionach zięby diamantowej wystawionych w trakcie rozwoju na metylortęć. Wzory ekspresji orthodenticlehomeobox 2 (Otx2) scharakteryzowano w embrionach w stadium 622 wystawionych na 0.0 ppm metylortęci (A, A’) oraz w embrionach w stadium 522 wystawionych na 2.4 ppm metylortęci (B, B’) poprzez dietę rodzicielską. Skróty: am, przedni brzeg mezodermy; no, notochorda, mezoderma notochordy; po, proamnion, przedni blastopor; ps, prążek pierwotny22. Paski skali reprezentują 1 mm.

Rycina 5. Hybrydyzacja in situ całego preparatu przeprowadzona na embrionach zięby zebrowej z użyciem sondy sens. (A) Embrion w stadium 522 . (B) Embrion we wczesnym stadium 622. (C) Embrion w stadium 1122. Paski skali reprezentują 1 mm.

Rycina 6.Wbudowywanie i wykrywanie EdU w embrionach zebry kanarkowej. Do wykrywania proliferujących komórek w embrionie w stadium 1622 wykorzystano chemię „klik” EdU (A, B, C). EdU wbudowuje się do DNA w miejsce tymidyny26,27 i jest wykrywana za pomocą chemii klik27. Proliferacja jest wyraźnie widoczna w bocznych krawędziach somitów oraz w pączku ogonowym. Panel A przedstawia proliferację zachodzącą wyłącznie w tylnej części embrionu, a także pojedyncze komórki proliferujące. Panel B przedstawia miejsca proliferacji w całym embrionie. Panel C przedstawia region przedni i ukazuje w większym szczególe silnie proliferujące telencephalon (te). Skróty: af, fałd amniotyczny; flb, pączek kończyny przedniej; hlb, pączek kończyny tylnej; le, pęcherzyk soczewki; ms, mesencephalon; mt, metencephalon; opc, puchar optyczny; pa, łuk gardłowy; sm, mezodermą somitów; tb, pączek ogonowy; te, telencephalon. Paski skali reprezentują 1 mm. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.

Rycina 7. Jakość RNA wyizolowanego z wypreparowanych embrionów zebra finch. Embriony kontrolne (0.0 ppm) oraz eksponowane na 1.2 ppm metylortęci zostały wypreparowane i zamrożone w ciekłym azocie zgodnie z opisem w kroku 3.8. Każda ścieżka przedstawia RNA wyizolowane z dwóch homogenizowanych embrionów z każdej grupy badawczej.