W ostatniej dekadzie, C. elegans pojawił się jako organizm bezkręgowy do badania interakcji między gospodarzami a patogenami, w tym obrony gospodarza przed bakterią Gram-ujemną Salmonella typhimurium. Salmonella powoduje trwałe zakażenie w jelicie C. elegans i powoduje przedwczesną śmierć zakażonych zwierząt. U C. elegans zidentyfikowano szereg mechanizmów odpornościowych w celu obrony przed zakażeniami Salmonellą. Wykazano, że autofagia, ewolucyjnie zachowany szlak degradacji lizosomalnej, ogranicza replikację Salmonelli u C. elegans i ssaków. Tutaj opisano protokół zakażenia C. elegans Salmonellą typhimurium, w którym robaki są narażone na Salmonellę przez ograniczony czas, podobnie jak w przypadku zakażenia Salmonellą u ludzi. Zakażenie Salmonellą znacznie skraca żywotność C. elegans. Używając jako przykładu niezbędnego genu autofagii bec-1, połączyliśmy tę metodę infekcji z podejściem do żywienia C. elegans RNAi i pokazaliśmy, że ten protokół można wykorzystać do zbadania funkcji genów gospodarza C. elegans w obronie przed zakażeniem Salmonellą. Ponieważ dostępne są biblioteki RNAi całego genomu C. elegans, protokół ten umożliwia kompleksowe badanie przesiewowe genów C. elegans, które chronią przed Salmonellą i innymi patogenami jelitowymi, przy użyciu bibliotek RNAi całego genomu.