Chociaż protokół ten nie jest technicznie trudny do wykonania, istnieje kilka krytycznych kroków, które należy wykonać, aby uzyskać najdokładniejsze i najbardziej powtarzalne testy współhodowli. Po pierwsze, hodowane średnie neurony kolczaste muszą być wysiewane w optymalnej gęstości. Jeśli neurony są wysiewane zbyt rzadko, mają tendencję do bardzo powolnego rozwoju, a przeżywalność jest znacznie zmniejszona. Z drugiej strony, jeśli neurony są zbyt gęsto rozsiane, mają tendencję do agregacji, co utrudnia analizę kontaktów z komórkami HEK293. Po drugie, zaleca się przejściową ekspresję fluorescencyjnego reportera, GFP lub mCherry w komórkach HEK293 stabilnie eksprymujących GABAARs, przed posiewem ich do kokultury. Pozwala to na niezawodne rozpoznawanie komórek HEK293, które mogą być zagrożone przez podobieństwo kształtu i wielkości między tymi komórkami a rzadkimi komórkami glejowymi, które przetrwały w kulturach neuronalnych. Aby osiągnąć wydajną transfekcję za pomocą GFP lub cDNA mCherry, linie komórkowe HEK293 muszą znajdować się w fazie wzrostu wykładniczego i być wysiewane w odpowiedniej gęstości na płytkach 6-dołkowych. Rzadkie wysiewanie, po którym następuje transfekcja, spowoduje, że komórki będą słabo rosły, podczas gdy nadmierne wysiewanie uniemożliwi komórkom pobieranie cDNA. Idealnie, komórki powinny być wysiane tak, aby w dniu transfekcji zlewały się w 70 - 90%. Po trzecie, transfekcja musi być zoptymalizowana dla każdej użytej linii komórkowej, ponieważ niektóre linie komórkowe są bardziej wrażliwe niż inne. Dzieje się tak, ponieważ konstytutywna ekspresja GABAAR w komórkach HEK293 zmniejsza przeżycie komórek i zdolność komórek do regeneracji po transfekcji. Co więcej, przeżycie zależy od rodzaju GABAARs wyrażonego w komórkach HEK293, przy czym niektóre linie komórkowe są znacznie bardziej wrażliwe niż inne. Transfekcja przy użyciu odczynnika liposomalnego jest optymalną metodą ekspresji obcych białek w szybko rosnących liniach komórkowych, zapewniając zarówno wysoką wydajność transfekcji, jak i poziom ekspresji. Jednak odczynnik ten powoduje zbyt duże uszkodzenia wolno rosnących linii komórkowych, do których regularnie używamy odczynnika do transfekcji nieliposomalnej. Działa to w podobny sposób jak odczynnik liposomalny, ale ilość DNA wymagana do skutecznej transfekcji jest znacznie zmniejszona. Pozwala to na większą przeżywalność komórek (około 80 - 90% w porównaniu z 60% przy użyciu odczynnika liposomalnego), ale przy niższej skuteczności transfekcji (60%). Wreszcie, należy zoptymalizować liczbę kontrolnych komórek eksprymujących HEK293 lub α1/β2/γ2 HEK293 dodanych do kultur neuronalnych. Dodanie zbyt małej liczby komórek zagraża udanej analizie kontaktów między komórkami HEK293 a neuronami, ponieważ stają się one bardzo rzadkie. I odwrotnie, dodanie zbyt wielu komórek HEK293 powoduje śmierć komórek neuronalnych w ciągu kilku godzin.
Hodowle embrionalnych średnich neuronów kolczastych najlepiej przygotować przy użyciu tkanki prążkowia wypreparowanej od 15 do 17 roku życia embrionalnego. Często jednak zdarza się, że zarodki są nieco młodsze lub starsze niż optymalny wiek. W takim przypadku liczba neuronów zasianych w kulturze będzie musiała być zróżnicowana. Tkanka młodsza niż E15 może wymagać wysiewu o nieco mniejszej gęstości, podczas gdy tkanka starsza niż E17 może wymagać wysiewu o większej gęstości, aby umożliwić optymalne przeżycie komórek. Ponadto arabinozyd cytozyny (Ara-C) może wymagać dodania do starszych kultur, aby zapobiec wzrostowi gleju, który jest bardziej obfity w starszych tkankach.
Podczas tworzenia kokultur ważne jest, aby uzyskać zoptymalizowaną liczbę transfekowanych komórek eksprymujących HEK293 lub α1/β2/γ2 HEK293, jak wspomniano powyżej. Jednak może być konieczne określenie tego dla każdej pojedynczej linii komórkowej ze względu na różnice w ich przeżyciu. Zazwyczaj 30 000 komórek w maksymalnej objętości 50 μl powinno być dodane do każdej studzienki 24-dołkowej płytki, która zawiera już 500 μl pożywki do hodowli neuronów, ponieważ zapewnia to, że kondycjonowane podłoże neuronalne nie jest zbyt rozcieńczone i że warunki w każdym dołku pozostają w miarę stałe, np. stężenie czynników wzrostu. Dodanie objętości większej niż 50 μl do każdego dołka na ogół zabija neurony.
Jedną z głównych wad techniki kohodowli jest to, że kultury neuronalne są tworzone z zdysocjowanych komórek hodowanych jako monowarstwa, co oznacza, że neurony zostały usunięte ze swojego normalnego mikrośrodowiska i nie są w stanie ustalić swojej normalnej organizacji anatomicznej. W związku z tym brakuje im odpowiednich połączeń, danych wejściowych i cząsteczek wydzielanych z innych komórek, które mogą wpływać na początkowe etapy rozwoju synaps. Na przykład in vivo średnie neurony kolczaste są gęsto unerwione przez glutaminergiczne dane wejściowe z kory, wzgórza i innych obszarów mózgu34, jednak w naszych kulturach neuronalnych synapsy glutaminergiczne nie powstają, ponieważ te wejścia są uszkadzane podczas rozwarstwiania tkanki prążkowia. W jaki sposób brak funkcjonalnych synaps glutaminergiczny w hodowanych średnich neuronach kolczastych wpływa na ich zdolność do tworzenia synaps GABA-ergicznych ze sobą i/lub komórkami HEK293 eksprymującymi GABAARs pozostaje kwestią otwartą. Na to pytanie można łatwo odpowiedzieć poprzez hodowlę średnich neuronów kolczastych wraz z korowymi neuronami glutaminergicznymi, umożliwiając im w ten sposób tworzenie funkcjonalnych synaps35 przed dodaniem komórek HEK293. Alternatywnym podejściem byłoby zaprojektowanie systemu modelowego współkultur opartego na organotypowych kulturach warstwowych, które zachowują część cytoarchitektury, która może być ważna dla dojrzewania i tworzenia synaps. Jednak organotypowe kultury plastrów mają gęsty i niejednorodny neuropil, który może zagrozić przeprowadzonej tutaj analizie. Inną ważną wadą stosowania testów kokulturowych jest to, że GABAARs wyrażany na powierzchni komórek HEK293 nie jest zgrupowany, jak w neuronach, chociaż wydaje się, że nie jest to konieczne do tworzenia synaps przy wystarczająco wysokiej ekspresji powierzchniowej30. Na przykład w mózgu gryzoni i w kulturach hipokampa podjednostka α1 GABAAR znajduje się w większości synaps GABA-ergicznych we wszystkich domenach postsynaptycznych komórek piramidowych. Jednak α2 jest specyficznie zlokalizowany w podzbiorze synaps na somatach i dendrytach, ale jest wysoce wzbogacony w początkowym segmencie aksonu, co ujawniono za pomocą immunofluorescencji i mikroskopii elektronowej36. Biorąc pod uwagę, że tworzenie synaps w kokulturach może być nadal wiarygodnie wykrywane i analizowane30, sugeruje to, że gęstość GABAARs na powierzchni komórek HEK293 może być podobna, a nawet wyższa niż gęstość tych receptorów w klastrach synaptycznych w neuronach. Może to wyjaśniać, przynajmniej częściowo, dlaczego synaptyczne białka adhezyjne, takie jak neuroligina, i białka o gęstości postsynaptycznej, takie jak gefiryna, nie są niezbędne do tworzenia synaps w kokulturach, jeśli odpowiednio złożone GABAAR są obecne w wystarczającej gęstości.
Jest dobrze udokumentowane, że GABAAR są strukturalnie i funkcjonalnie niejednorodne, a skład podjednostek receptora determinuje ich lokalizację subkomórkową i właściwości farmakologiczne. Na przykład, wiadomo, że włączenie 2 podjednostek jest warunkiem wstępnym synaptycznej lokalizacji GABAARs, podczas gdy podjednostka jest prawie wyłącznie obecna w pozasynaptycznym GABAARs. Uważa się również, że receptory, które zawierają tylko kombinacje αβ, są głównie zlokalizowane w domenach pozasynaptycznych12-14. To, czy ta specyficzność jest utrzymywana w naszym systemie kohodowli, można łatwo sprawdzić, przejściowo transfekując 2 lub podjednostki cDNA do linii komórkowych HEK293 stabilnie eksprymujących α i β podjednostek, przed dodaniem ich do kultur neuronalnych. Nasze wstępne eksperymenty z zastosowaniem tego podejścia sugerowały, że kontakty synaptyczne są łatwo tworzone tylko w obecności podjednostki 2, co wskazuje, że swoistość obserwowana in vivo prawdopodobnie zostanie zachowana in vitro (dane nie pokazane).
Co więcej, GABAARs zawierające różne podjednostki α są selektywnie zlokalizowane w kontaktach synaptycznych utworzonych z określonymi typami neuronów presynaptycznych. Na przykład w gałki bladej α1-GABAARs zwykle znajdują się w synapsach prążkowiowo-pallidalnych (str-GP) i palliopallidalnych (GP-GP), które znajdują się odpowiednio na dendrytach i regionach somatycznych średnich neuronów kolczastych. α3-GABAAR znajdują się w regionach perysomatycznych średnich neuronów kolczastych i kontaktują się z lokalnymi pobocznymi aksonami GP, podczas gdy α2-GABAARs znajdują się na dystalnych dendrytach tych neuronów i kontaktują się głównie przez dane wejściowe z prążkowia32. Ekspresję specyficznych podjednostek α w różnych typach synaps i w różnych przedziałach neuronalnych wykazano również w innych obszarach mózgu, takich jak hipokamp21 i kora nowa18,20. Odkrycia te rodzą pytanie, w jaki sposób w mózgu powstają specyficzne synapsy hamujące. Czy adhezja określonego typu zakończenia presynaptycznego indukuje wprowadzenie określonych podtypów GABAAR do punktów kontaktu? Czy receptory są transportowane do określonych lokalizacji subkomórkowych zgodnie ze składem ich podjednostek, gdzie ich insercja do błony plazmatycznej jest warunkiem wstępnym adhezji zakończeń aksonalnych określonego pochodzenia? Do dziś pytania te pozostają bez odpowiedzi. Zastosowanie zredukowanych systemów modelowych, takich jak system modelu kohodowli, pozwala nam zacząć odpowiadać na te złożone pytania, ponieważ system jest łatwo podatny na transfekcję konstruktów DNA i zastosowanie odczynników i, co ważne, nadaje się do analizy obrazowania żywych komórek30. Tak więc, korzystając z tego systemu modelowego, możemy zacząć testować rolę poszczególnych cząsteczek, w tym różnych typów GABAARs, o których wiadomo, że są obecne w kontaktach synaptycznych. Kolejną zaletą jest to, że synapsy w tym systemie modelowym tworzą się szybko, w ciągu kilku minut do godzin, co skraca czas trwania eksperymentów. Podobne systemy modelowe współhodowli zostały z powodzeniem wykorzystane w przeszłości do badań przesiewowych pod kątem nowych cząsteczek synaptogennych27,37,38.
Zrozumienie, w jaki sposób ośrodkowy układ nerwowy rozwija się, dojrzewa i tworzy połączenia między neuronami tak misternie, aby kontrolować, na przykład, zachowanie lub poznanie, ma fundamentalne znaczenie. Ten odległy cel zostanie osiągnięty jedynie poprzez nakreślenie mechanizmów molekularnych, które rządzą poszczególnymi etapami rozpoznawania i komunikacji międzykomórkowej podczas rozwoju. Ze względu na ogromną złożoność, szczegóły molekularne tych wielorakich interakcji komórkowych mogą być obecnie badane z precyzją tylko w zredukowanych systemach. Jednak zdolność do zwiększania złożoności tych systemów poprzez ekspresję wielu kombinacji białek i badanie ich interakcji ma pewne zalety w porównaniu z, na przykład, podejściami do delecji genetycznej. Dzieje się tak dlatego, że dokładna interpretacja skutków delecji pojedynczego genu jest często zagrożona przez zmiany związane z mechanizmami kompensacyjnymi maskującymi skutki pierwotnych zmian, szczególnie w rozwijającym się mózgu. Opisana tutaj prosta, ale pouczająca technika współhodowli pozwoliła na odkrycie strukturalnej roli GABAARs w tworzeniu synaps i otworzyła możliwość zbadania, w jaki sposób GABAA, Rs i inne cząsteczki adhezyjne komórek i/lub białka macierzy synaptycznej oddziałują ze sobą podczas synaptogenezy. Białka macierzy synaptycznej są szczególnie interesujące, biorąc pod uwagę, że niedawno wykazano, że odgrywają kluczową rolę w tworzeniu synaps glutaminergicznych39. Dalszy rozwój modeli współkultur jest ważny, ponieważ mają one potencjał, aby poszerzyć naszą wiedzę na temat mechanizmów molekularnych, które kierują "normalnym" rozwojem mózgu, a tym samym zwiększyć naszą wiedzę na temat tego, w jaki sposób mechanizmy te są zmieniane w wielu chorobach neurorozwojowych, takich jak padaczka, schizofrenia, zaburzenia ze spektrum autyzmu i wiele innych.