Gen BRCA2 (BReast CAncer susceptibility gene-2) koduje białko supresorowe nowotworu, które odgrywa kluczową rolę w naprawie pęknięć dwuniciowych DNA poprzez regulację funkcji enzymu rekombinazy Rad51 1. BRCA2 jest również zaangażowany w modulację transkrypcji i kontrolę cyklu komórkowego 2. Mutacje germinalne w genie BRCA2 wywołują autosomalną dominującą podatność na raka piersi i jajnika u kobiet oraz raka prostaty u mężczyzn, a także predyspozycje do innych typów nowotworów 3,4. Jednak pomimo zwiększonego ryzyka zachorowania na raka, mutacje BRCA2, które hamują lub zmniejszają funkcję BRCA2, mogą sprawić, że komórki rakowe będą bardziej podatne na chemioterapeutyki, które powodują uszkodzenie DNA 5-7. Sporadyczne nowotwory wykazują niski odsetek mutacji BRCA2 (< 3%), chociaż w niektórych typach nowotworów wykryto obniżony poziom białka BRCA2, co sugeruje, że białko BRCA2 może zostać utracone podczas nowotworzenia w sporadycznych nowotworach poprzez mechanizmy niezależne od mutacji 7,8. Dlatego ważne jest, aby w pełni zrozumieć funkcje BRCA2 w kontekście biologii nowotworów, a także w innych warunkach biologicznych.
Potężnym narzędziem używanym do identyfikacji nowych funkcji genu w komórkach ssaków jest wyciszenie jego ekspresji. Na przykład, wyciszenie ekspresji BRCA2 w różnych normalnych komórkach nabłonka doprowadziło ostatnio do zidentyfikowania nowej funkcji BRCA2 jako regulatora oporności na anoikis, co jest ważnym krokiem w nabywaniu zdolności inwazyjnej i przerzutowej komórek nowotworowych 9. Wyciszanie genów można osiągnąć poprzez wprowadzenie do komórek małych cząsteczek RNA interferujących (si) lub krótkich cząsteczek RNA typu spinka do włosów (sh) ukierunkowanych na określony gen. Wysoka siła działania siRNA i łatwość użycia sprawiają, że jest to preferencyjne narzędzie do wyciszania eksperymentów mających na celu uzyskanie nowego wglądu w krytyczne procesy biologiczne i identyfikację nowych celów terapeutycznych. Jednak skuteczne obniżenie ekspresji genów może nie być łatwe do osiągnięcia dla wszystkich genów i może być bardzo zmienne w zależności od typu komórki. Ponieważ spadek poziomu białek wewnątrzkomórkowych jest najistotniejszym badanym fenotypem, kluczowe znaczenie ma ilościowe określenie wyciszania genów za pomocą analizy immunoblottingu produktu genu. W związku z tym białko BRCA2 stanowi kolejne wyzwanie: ze względu na to, że białko jest duże (około 390 kDa), istnieją trudności techniczne w przypadku konwencjonalnej analizy biochemicznej, w tym immunoblottingu.
Przedstawiamy tutaj protokół zoptymalizowany pod kątem skutecznego wyciszania BRCA2 w ludzkich liniach komórkowych nabłonka oraz szybkiego i skutecznego wykrywania knockdownu białka BRCA2 za pomocą analizy immunoblottingu.