Poniższe protokoły opisują metody hodowli oraz badania inwazji beztlenowego gatunku P. gingivalis; jednakże protokoły te mogą być stosowane w przypadku wielu innych patogenów beztlenowych. Mimo że w pracy wykorzystano komórki HUVEC, protokół ten może być stosowany do innych komórek eukariotycznych, zarówno immunologicznych, jak i nieimmunologicznych.
1. Użytkowanie i konserwacja komory beztlenowej
Uwaga: P. gingivalis jest beztlenowcem wrażliwym na normalne poziomy tlenu występujące w powietrzu otoczenia. Kontrolowane środowisko beztlenowe jest niezbędne do hodowli P. gingivalis.
- W tym kroku należy utrzymać sztuczną atmosferę określaną jako mieszana gazowa atmosfera beztlenowa (80% N2, 10% H2, 10% CO2) w winylowej komorze beztlenowej (Ryc. 1A). Do przenoszenia przedmiotów ze środowiska laboratoryjnego do komory beztlenowej należy używać śluzy (Ryc. 1B). Śluza obsługiwana jest ręcznie i wymaga dwukrotnego przepłukania gazem N2 przed wprowadzeniem mieszanki gazów beztlenowych.
- Aby bezobsługowo usuwać niepożądany siarkowodór, należy zastosować kolumnę do usuwania siarkowodoru (Ryc. 1C). Wewnątrz komory należy umieścić osuszacz w celu usunięcia H2O powstającej w wyniku działania katalizatora oraz aby uniknąć powstawania aerozoli ułatwiających rozprzestrzenianie się zanieczyszczeń.
Uwaga: Siarkowodór jest naturalnym produktem metabolicznym wielu bakterii beztlenowych, a jego akumulacja jest toksyczna dla bakterii i może prowadzić do uszkodzenia elektroniki oraz skrócenia żywotności katalizatora.
- Należy użyć skrzynki z wentylatorem do cyrkulacji atmosfery komory przez katalizator palladowy, który usuwa tlen w obecności wodoru (Ryc. 1D).
Uwaga: Recyrkulacyjny filtr atmosferyczny (HEPA) usuwa z powietrza zanieczyszczenia o rozmiarze 0.22 µm lub większe.
- Bakterie beztlenowe należy hodować w inkubatorze w temperaturze 37 °C, znajdującym się wewnątrz komory beztlenowej. Podczas pracy w komorze beztlenowej należy stosować standardowe techniki aseptyczne.

Rycina 1. Winylowa komora beztlenowa i jej elementy. (A) Winylowa komora beztlenowa, całkowicie odizolowana od tlenu atmosferycznego, zapewnia miejsce pracy dla dwóch osób jednocześnie (32 in x 78 in). Zawiera inkubator ustawiony na 37 °C (z tyłu, na środku). (B) Śluza służy do przenoszenia przedmiotów ze środowiska laboratoryjnego do komory beztlenowej. Przedstawiono automatyczną śluzę obsługiwaną przez kontroler, który można zaprogramować do automatycznego wykonywania procedur próżniowania i płukania niezbędnych do stworzenia środowiska beztlenowego. (C) Kolumna do usuwania siarkowodoru zapewnia bezobsługowe, wysokowydajne usuwanie niepożądanego siarkowodoru. (D) W komorze beztlenowej rozmieszczono dwa wentylatory z katalizatorem, które pomagają cyrkulować atmosferę komory przez katalizator palladowy, który w obecności wodoru usuwa tlen. Komora beztlenowa została skonfigurowana zgodnie z instrukcjami producenta. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
2. Przygotowanie bakterii beztlenowych
Uwaga: P. gingivalis jest organizmem aerotolerancyjnym i może być przechowywany w warunkach tlenowych, jednak nie będzie rósł w obecności tlenu na poziomie wyższym niż 6%17,18. Do właściwej hodowli P. gingivalis oraz innych gatunków beztlenowych niezbędna jest komora beztlenowa (Rysunek 1). Przed rozpoczęciem pracy z mikroorganizmami beztlenowymi wymagane jest odpowiednie przeszkolenie i instruktaż z zakresu obsługi komory beztlenowej19.
- Wszystkie pożywki płynne i płytki należy doprowadzić do stanu równowagi w warunkach beztlenowych przez co najmniej 12 hr przed rozpoczęciem eksperymentu, aby usunąć pozostały tlen.
- Przenieść P. gingivalis z zamrażarki -80 °C do komory beztlenowej i pozostawić do rozmrożenia.
- Wysiać P. gingivalis metodą kreskową na płytkach z agarem triptykaso-sojowym z krwią (TSA II z 5% krwią owczą). Owinąć płytki parafilmem i inkubować w temperaturze 37 °C w inkubatorze beztlenowym przez 4-7 dni.
- Za pomocą sterylnych pętelek zaszczepić P. gingivalis do 3 ml bulionu brain heart infusion (BHI) uzupełnionego heminą i menadionem, który jest wzbogaconą, nieselektywną pożywką płynną do izolacji i hodowli drobnoustrojów beztlenowych i wymagających.
Uwaga: Do długoterminowego przechowywania kultury bakteryjne przygotowane w BHI należy zmieszać z glicerolem lub DMSO (stężenie końcowe 10-20%) i umieścić w zamrażarce -80 °C.
- Przygotować kulturę startową P. gingivalis, wykonując rozcieńczenie 1:10 i pozwalając bakteriom rosnąć do średniej fazy logarytmicznej.
Uwaga: Wyznacza się gęstość optyczną zawiesiny bakteryjnej i dostosowuje stężenie bakterii dla każdego badanego szczepu. Dla P. gingivalis zawiesina o OD660 wynoszącej 0,7 odpowiada środkowej fazie logarytmicznej i stężeniu ~7 x 108 komórek/ml. Warunki hodowli opisane w powyższym protokole są specyficzne dla P. gingivalis i mogą wymagać dostosowania dla innych szczepów bakteryjnych.
3. Hodowla komórek śródbłonka
Uwaga: Należy zakupić pulę pierwotnych HUVEC i hodować je w pożywce podstawowej zawierającej czynniki wzrostu śródbłonka naczyniowego (VEGF) w temperaturze 37 °C w 5% CO2 zgodnie z instrukcjami producenta.
- Wysiać komórki HUVEC w kolbach T-75 w zagęszczeniu 2.5 x 105 komórek/kolba w 15 ml pożywki VEGF.
Uwaga: Żywotność należy sprawdzić poprzez rozcieńczenie 1:1 z 4,0% błękitem trypanu. Komórki z uszkodzoną błoną zatrzymają błękit trypanu, natomiast zdrowe komórki z nienaruszoną błoną będą białe podczas obserwacji pod binokularowym mikroskopem świetlnym. Należy policzyć 100 komórek i upewnić się, że ponad 80% z nich jest żywotnych20.
- Wymieniać pożywkę co 2 dni na świeżą, uprzednio ogrzaną pożywkę VEGF, aż komórki osiągną ok. 80% konfluencji.
- Przemyć komórki raz ogrzanym PBS. Odseparować komórki z kolby T75, inkubując je z 2 ml trypsyny-EDTA (0,25%) przez 5 min, a następnie dodać 2 ml roztworu neutralizującego trypsynę.
- Zebrać zawiesinę komórek HUVEC do probówki stożkowej 50 ml. Wypłukać pozostałe komórki z kolb T-75 za pomocą PBS i przenieść je do probówek stożkowych 50 ml.
- Wirować komórki przy 200 x g przez 10 min.
- Usunąć nadsącz, a osad komórkowy zawiesić w 10 ml ogrzanej pożywki VEGF.
- Wyznaczyć stężenie komórek za pomocą hemocytometru lub podobnego urządzenia do liczenia komórek.
- Obliczyć objętość zawiesiny komórkowej do dodania do płytki 6-dołkowej (400 000/dołek) lub płytki 12-dołkowej z szkiełkami podstawowymi (50 000/dołek). Komórki HUVEC będą gotowe do eksperymentów następnego dnia.
4. Test przeżywalności w inwazji/interakcji (wysiewanie)
Uwaga: Podczas wykonywania tego testu należy przygotować dwie płytki 6-dołkowe z komórkami endotelialnymi wysianymi w zagęszczeniu 400,000 cells/well. Jedna płytka posłuży do oceny bakterii przytwierdzonych do komórek gospodarza oraz zinternalizowanych przez nie. Druga płytka posłuży do określenia liczby bakterii wewnątrzkomórkowych. Płytka 6-dołkowa umożliwia wykonanie trzech powtórzeń dla dwóch próbek w jednym doświadczeniu. Aby zapoznać się ze schematem tego protokołu, należy odnieść się do schematu blokowego testu przeżywalności (Rycina 2).
- Przygotować bakterie beztlenowe zgodnie z opisem powyżej (patrz sekcja 1), aż osiągną średnią fazę wzrostu logarytmicznego (OD660 0,5-0,7).
- Odwiruwać bakterie przy 5 000 x g przez 10 min.
Uwaga: Jeśli wirówka znajduje się poza komorą beztlenową, próbki bakterii należy transportować w szczelnie zamkniętej probówce 15 ml, owijając zakrętkę parafilmem, aby zapobiec przeciekowi tlenu.
- Osad P. gingivalis przenieść z powrotem do komory, a nadsącz odrzucić. Przemyć PBS i ponownie odwiruwać bakterie przed resuspensją w pożywce VEGF. Przygotować zawiesiny dla wszystkich testowanych szczepów bakterii przy OD660 wynoszącej 0,7, co odpowiada średniej fazie logarytmicznej (~7 x 108 komórek/ml). Bakterie są teraz gotowe do zakażenia.
- Przenieść płytki 6-dołkowe zawierające HUVEC z inkubatora do hodowli tkankowych do komory beztlenowej. Usunąć pożywkę i przemyć trzy razy beztlenowym PBS. Do każdego dołka dodać 2 ml beztlenowej pożywki VEGF i umieścić płytki w temperaturze 37 °C w inkubatorze beztlenowym na 20 min, aby wyrównać temperaturę przed zakażeniem.
Uwaga: Wysiać bakterie na płytki z agarem krwawym, aby upewnić się, że szczepy użyte do zakażenia są homogeniczne i nie są zanieczyszczone w momencie zakażania.
- Zakażać komórki gospodarza bakteriami przy wielokrotności zakażenia (MOI bakterie: gospodarz) wynoszącej 100:1.
Uwaga: Liczbę komórek HUVEC określa się poprzez wykonanie testu wykluczania trypanu w pojedynczym dołku przed zakażeniem. Liczbę komórek bakteryjnych określa się za pomocą gęstości optycznej (np. OD 0,5 = 5 x 108 komórek/ml). Stężenie bakterii dostosowuje się do odpowiedniego MOI na podstawie stężenia HUVEC21.
- Umieścić płytki 6-dołkowe z zakażonymi HUVEC w inkubatorze beztlenowym i pozostawić bakterie w interakcji z komórkami gospodarza na 30 min.
- Przygotować saponinę w BHI (1,0% w/v) wewnątrz komory beztlenowej i przefiltrować przez filtr 0,2 µm.
- Przeżywalność bakterii przytwierdzonych i zinternalizowanych.
- Wyjąć płytki z inkubatora, odessać pożywkę, przemyć trzy razy beztlenowym PBS i dodać 2 ml przefiltrowanej 1,0% saponiny (przygotowanej zgodnie z opisem w kroku 4.8). Inkubować przez 15 min, aby umożliwić lizę komórek gospodarza.
- Zeskrobać dno każdego dołka skrobakiem do komórek. Zebrać mieszaninę komórkową z każdego dołka i wykonać rozcieńczenie 1:1 w BHI.
- Przystąpić do wykonania rozcieńczeń seryjnych próbki. W zależności od gatunku i stężenia bakterii dostosować rozcieńczenia seryjne. Rozpocząć od rozcieńczeń 1:100 lub 1:1 000.
- Wysiać 200 µl wybranego rozcieńczenia na płytki z agarem krwawym. Owinąć płytki parafilmem i umieścić w inkubatorze beztlenowym w temperaturze 37 °C.
- Po siedmiu dniach inkubacji w 37 °C wyjąć płytki i policzyć jednostki tworzące kolonie (CFU), korzystając z pulpitu świetlnego do ręcznego zliczania kolonii.
Uwaga: Wylicza się CFU. W przypadku większych ilości CFU można wykonać zdjęcia i użyć oprogramowania komputerowego, aby ułatwić zliczanie CFU.
- Przeżywalność bakterii zinternalizowanych.
- Wyjąć płytki z inkubatora. Przemyć trzy razy beztlenowym PBS i dodać 2 ml pożywki VEGF z dodatkiem antybiotyków (300 µg/ml gentamycyny i 400 µg/ml metronidazolu).
- Inkubować przez 1 h. Należy przetestować antybiotyki, aby upewnić się, że są one w 100% skuteczne w zabijaniu danego szczepu bakterii oraz że nie przenikają do komórek gospodarza22,23.
- Odessać pożywkę, dodać 2 ml przefiltrowanej 1,0% saponiny. Inkubować przez 15 min, aby umożliwić lizę komórek gospodarza.
- Zeskrobać dno każdego dołka skrobakiem do komórek. Zebrać mieszaninę komórkową z każdego dołka i wykonać rozcieńczenie 1:1 w BHI.
- Przygotować rozcieńczenia seryjne próbki (1:100, 1:1 000).
- Wysiać 200 µl wybranego rozcieńczenia na płytki z agarem krwawym. Owinąć płytki parafilmem i umieścić w inkubatorze beztlenowym.
- Po siedmiu dniach inkubacji w 37 °C wyjąć płytki i policzyć CFU.

Rycina 2. Schematyczny przedstawienie protokołu stosowanego do badania przeżywalności bakterii beztlenowych w obecności komórek eukariotycznych. Obie analizy – całkowitej przeżywalności bakterii oraz przeżywalności bakterii zinternalizowanych – mogą być przeprowadzane jednocześnie. Aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny, kliknij tutaj.
5. Internalizacja bakterii do komórek gospodarza (mikroskopia fluorescencyjna)
Uwaga: P. gingivalis jest znakowany 2',7'-Bis-(2-Carboxyethyl)-5-(and-6)-Carboxyfluorescein, Acetoxymethyl Ester (BCECF-AM). BCECF-AM to niefluorescencyjny barwnik przenikający przez błonę komórkową; jego konwersja do fluorescencyjnego BCECF pod wpływem wewnątrzkomórkowych esteraz może wskazywać na żywotność komórek. P. gingivalis jest znakowany barwnikiem BCECF-AM, a następnie wykorzystywany do zakażenia komórek eukariotycznych. Po zakażeniu komórki są utrwalane i znakowane DAPI oraz TRITC-faloidyną. Barwnik DAPI, użyty do barwienia jądra komórki eukariotycznej, znakuje również jądro komórki bakteryjnej, co stanowi środek kontrolny do identyfikacji bakterii nieżywotnych, które nie są w stanie metabolicznie rozszczepić BCECF-AM. Komórki gospodarza są uwidocznione za pomocą TRITC-faloidyny, czerwonego barwnika do aktyny.
- Autoklawować szkiełka nakrywkowe. Aseptycznie umieścić szkiełka nakrywkowe w płytkach 12-dołkowych przed wysianiem komórek śródbłonka w zagęszczeniu 5 x 104 komórek/dołek. (Przygotować dzień przed eksperymentem)
- Przygotować komórki śródbłonka na okrągłych szkiełkach nakrywkowych o średnicy 18 mm (grubość #1.5) w płytkach 12-dołkowych zgodnie z powyższym opisem.
- Przygotować bakterie beztlenowe wyhodowane do środkowej fazy logarytmicznej (OD660 = 0,5-0,7) zgodnie z opisem w sekcji 1.
- Przemyć bakterie 2x beztlenowym PBS, wirując przy 5,000 x g i resuspendując osad w PBS do stężenia 5-7 x 108 komórek/ml.
- Do 2 ml zawiesiny bakteryjnej (5-7 x 108 komórek/ml) dodać 20 µl 0,2 mM BCECF-AM, aby uzyskać końcowe stężenie BCECF-AM wynoszące 2 µM.
- Inkubować w temperaturze 37 °C przez 30 min w ciemności.
- Przenieść płytki z komórkami śródbłonka wysianymi na okrągłych szkiełkach nakrywkowych o średnicy 18 mm (grubość #1.5) z inkubatora do hodowli tkankowych do komory beztlenowej. Przemyć PBS i wymienić medium na beztlenowe medium z VEGF.
Uwaga: Zweryfikować żywotność komórek HUVEC pod mikroskopem świetlnym. HUVEC powinny osiągnąć konfluencję ~80%, a ich morfologia powinna być zgodna z opisem producenta.
- Wirować oznakowane bakterie przy 5,000 x g przez 10 min w celu usunięcia pozostałości barwnika BCECF-AM. Resuspendować w 2 ml beztlenowego medium z VEGF.
- Zainfekować komórki gospodarza oznakowanymi bakteriami przy MOI 100:1 (bakterie: gospodarz).
- Inkubować w komorze beztlenowej w temperaturze 37 °C przez 30 min.
- Po infekcji przemyć komórki PBS trzy razy i utrwalić w świeżo przygotowanej 4,0% paraformaldehydzie przez 10 min.
Uwaga: Po utrwaleniu komórek eksperyment można kontynuować poza komorą beztlenową.
- Przemyć szkiełka nakrywkowe PBS trzy razy.
- Dodać 1 ml 0,2% Triton X-100 na 10 min.
- Przemyć szkiełka nakrywkowe PBS trzy razy.
- Dodać do szkiełek nakrywkowych 50 µl falloidyny TRITC (50 µg/ml) na 45 min.
- Przemyć szkiełka nakrywkowe trzy razy, wyjąć je z płytki 12-dołkowej i umieścić na szkiełku przedmiotowym w miękkim medium montażowym zawierającym DAPI. Zabezpieczyć krawędzie lakierem do paznokci.
Uwaga: Preparaty na szkiełkach można przechowywać przez kilka miesięcy w ciemności. Należy unikać ekspozycji na światło, aby zapobiec fotowyblakaniu.
- Obejrzeć preparaty za pomocą mikroskopu konfokalnego.
- W tym celu użyć 34-kanałowego systemu spektralnego (32-kanałowy detektor matrycowy i dwa boczne detektory PMT oraz detektor światła przechodzącego) skonfigurowanego na statywie AxioObserver (odwróconym) z zmotoryzowanym stolikiem XY. System posiada pięć laserów: niebieską diodę (405 nm), wieloliniowy argon (458, 488, 514 nm), zieloną diodę (561 nm), czerwony HeNe (633 nm) oraz laser impulsowy 440 nm. Wyposażyć system w obrazowanie czasu życia fluorescencji (FLIM) z 2 hybrydowymi detektorami GaAsP (dla FRET-FLIM).
- Wykryć fluorescencję DAPI i TRITC w jednym kanale, używając filtra dwupasmowego z długościami fali wzbudzenia 340-380 nm i 540-560 nm oraz filtrów emisyjnych odpowiednio 435-485 nm i 570-590 nm. Fluorescencję BCECF-AM wykryć za pomocą filtra z długością fali wzbudzenia 440-500 nm i filtra emisyjnego 510-590 nm.
Uwaga: Kontrole dla BCECF-AM należy przeprowadzić dla każdego badanego szczepu bakterii, aby zapewnić prawidłowe oznakowanie żywych bakterii. Najpierw należy potwierdzić, że bakterie nieżywe są DAPI-dodatnie i BCECF-ujemne. Po drugie należy upewnić się, że żywe bakterie mogą metabolizować BCECF-AM do fluoresceiny BCECF. W celu optymalizacji oznakowania może być konieczne przetestowanie różnych stężeń bakterii lub barwnika BCECF-AM.