Opisana tutaj technika została zastosowana do wielu rodzajów systemów wodnych, zarówno płytkich, jak i głębokich, i stwierdziliśmy, że działa dobrze w większości przypadków. Podejście to zostało zaadaptowane z podejść stosowanych przez współpracowników i przedstawionych w literaturze; Jest zoptymalizowany do pomiaru denitryfikacji za pomocą spektrometrii mas z wlotem membrany. Jedną z mocnych stron tego podejścia jest możliwość jednoczesnej obsługi dużej liczby rdzeni. Replikacja każdego miejsca ze zduplikowanymi lub potrójnymi rdzeniami zwiększa pewność pomiarów, chociaż alternatywnym podejściem jest maksymalizacja lokalizacji przy mniejszej replikacji, w takich okolicznościach średnia wartość dla segmentu środowiskowego może być bardziej reprezentatywna dla zmienności w przyrodzie. W celu wyjaśnienia różnic sezonowych przydatną strategią może być pomiar szeregów czasowych w mniejszej liczbie lokalizacji.
W tym protokole istnieje kilka krytycznych kroków. Kluczowe znaczenie dla wykonania udanych pomiarów ma pobranie rdzeni z nienaruszonym interfejsem osad-woda. Chociaż odrzucanie rdzeni, które nie spełniają tego kryterium w terenie, może być męczące, słabe rdzenie doprowadzą do słabej dokładności i precyzji. Utrzymywanie napowietrzonych rdzeni tlenowych i temperatury zbliżonej do pierwotnej temperatury kolekcji zminimalizuje artefakty i utrzyma zdrowe, nienaruszone populacje drobnoustrojów i metazoanów. Wreszcie, w przypadku próbekO2 iN2 , dodanie środka konserwującego chlorek rtęci ma kluczowe znaczenie. Zaobserwowaliśmy, że niewłaściwa konserwacja próbek gazów, w tym nadmierne podgrzewanie i chłodzenie fiolek, może zagrozić tym pomiarom strumienia. Inne laboratoria z powodzeniem zastosowały 7,0 M ZnCl2 jako mniej toksyczny środek konserwujący, który ma niższe koszty utylizacji odpadów; W przypadku próbki o objętości 7 ml odpowiedni jest dodatek 30 μl.
Precyzyjna i dokładna analiza stosunku N2 i Ar jest kluczem do wyznaczenia strumieni N2 . Zaobserwowane proporcje N2: Ar zmieniają się w funkcji stężenia tlenu, co skłoniło niektórych badaczy do zalecania usunięcia tlenu przed analizą, zwykle przy użyciu podgrzanej miedzi28. Oprzyrządowanie używane w naszym laboratorium zostało wykorzystane do określenia wpływu tlenu na stosunek N2:Ar23 i stwierdzono, że efekt ten jest bardzo mały, < 0,03% dla umiarkowanego niedoboru tlenu. Różnice w podejściu do oceny "efektu" tlenu wydają się prowadzić do różnych wniosków różnych badaczy23,28,29. Duży wpływ tlenu na stosunki N2: Ar doprowadziłby do błędnie wysokich wskaźników wypływu N2-N; z naszego doświadczenia mamy wiele obserwacji znikomego wypływuN2-N przy wysokim tempie ubytku tlenu. W laboratoriach, w których wpływ tlenu na stosunek N2:Ar wydaje się duży, użyteczną alternatywą jest niezależny pomiar stężenia tlenu za pomocą elektrod lub optodów i usuwanie tlenu z analizy spektrometrii mas przy użyciu podgrzewanego Cu w linii.
Rozwiązywanie problemów związanych z tą techniką jest możliwe tylko po zbadaniu danych dotyczących strumienia osadów. Kluczowymi czynnikami, które należy wziąć pod uwagę, gdy regresje są słabe, są: to, czy mieszanie było ciągłe, czy próbki zostały prawidłowo pobrane i zachowane oraz czy przebiegi czasowe były zbyt krótkie, aby umożliwić oszacowanie niskich wskaźników. Długość eksperymentów jest na ogół ustalana przez przebieg czasu tlenu, przy czym niskie tempo metabolizmu wymaga dłuższych inkubacji, aby zwiększyć stosunek sygnału do szumu osadzony w regresjach przebiegu czasu. Wysokie tempo produkcji tlenu, w wyniku którego powstają pęcherzykiO2 , utrudnia strumienie gazów, ale strumienie substancji rozpuszczonej mogą pozostać nienaruszone.
Konieczne jest zrozumienie ograniczeń tego podejścia. Małe rdzenie zajmują 0,3% metra kwadratowego, a większe rdzenie 0,6%. W miejscach o znacznej niejednorodności w skali metrowej niejednorodne rozmieszczenie zwierząt lub roślin może sugerować, że jeden lub dwa rdzenie mogą nie być wystarczającą reprezentacją. Istnieją również środowiska, w których występują trudności z pomiarem. W przypadku pomiaru denitryfikacji obecność pęcherzyków metanu lub tlenu może unieważnić technikę, przy czym na stosunek N2:Ar wpływa różnicowe wprowadzanie gazów do pęcherzyków. W osadach skolonizowanych przez mikroalgi bentosowe tworzenie się pęcherzyków tlenu powoduje preferencyjne usuwanie N2 w stosunku do Ar i zmniejszenie stosunku N2: Ar. Ogólnie rzecz biorąc, nie możemy zmierzyć denitryfikacji w miejscu, w którym tworzą się pęcherzyki. Środowiska beztlenowe stwarzają różne wyzwania, a napowietrzanie rdzeni zmienia dynamikę redoks na granicy faz osad-woda. Natychmiast po zebraniu uszczelniamy rdzenie mieszadłami i uruchamiamy topniki bez całkowitej wymiany słupa wody30. Nasze eksperymenty z oświetlonymi osadami zazwyczaj mają nasycony lub bliski nasycenia poziom oświetlenia31, a tym samym maksymalizują efekt mikroalg bentosowych.
Pomiary wymiany osad-woda są pomiarem strumienia netto materiałów na granicy faz osad-woda. Jednak same te pomiary często nie są w stanie zidentyfikować mechanizmów kontrolujących te wymiany międzyfazowe. Jeśli pytanie badawcze obejmuje zrozumienie mechanizmów, konieczne mogą być inne informacje na temat reaktywności materii organicznej, strefowania końcowego akceptora elektronów, bioirygacji i bioturbacji oraz organizmów fotosyntetycznych. Wysiłki związane z modelowaniem7 mogą wymagać określenia składu chemicznego wody porowej, bezpośrednich pomiarów reaktywności materii organicznej32, zliczenia populacji zwierząt, bionawadniania osadów, akrecji osadów lub eksperymentalnych manipulacji redoks lub leżącej nad nimi chemii wody13. W naszych badaniach dobre dane dotyczące wymiany osad-woda są kluczowym elementem zrozumienia chemii osadów wodnych, a w połączeniu z innymi pomiarami identyfikują rolę procesów recyklingu osadów w wodnych cyklach biogeochemicznych.
Przy zachowaniu ostrożności w obchodzeniu się z osadami, kontroli temperatury i mieszaniu słupa wody, inkubacje rdzeniowe są użytecznym podejściem do szacowania wymiany substancji rozpuszczonych i gazów na granicy faz osad-woda. Jednak zastosowane tutaj techniki mogą wymagać modyfikacji w przypadku niektórych środowisk i trudnej logistyki, takiej jak wydłużone okresy czasu przed inkubacją. Do tej pory z powodzeniem zastosowaliśmy to podejście inkubacyjne w środowiskach ujścia rzek, przybrzeżnych, podmokłych, jezior, zbiorników, rzek i stawów retencyjnych przy minimalnych modyfikacjach.