Zrozumienie roli czynników regulujących homeostazę nabłonka jelitowego oraz reakcję na urazy i regenerację jest ważne. W obecnej literaturze opisano kilka różnych podejść metodologicznych do uzyskiwania obrazów tkanek jelitowych w celu walidacji danych. W tym artykule nakreślamy wspólny protokół związany z pozyskiwaniem i przetwarzaniem tkanek jelitowych myszy. Omówiono prawidłowe utrwalanie tkanek jelitowych oraz techniki szwajcarskie poprawiające morfologię nabłonka jelitowego. Przetwarzanie po resekcji i reorientacja osadzonych tkanek jelitowych mają kluczowe znaczenie dla uzyskania bloków zatopionych w parafinie, które po przekroju wykazują nienaruszone cechy strukturalne jelita. Technika zwijania szwajcarskiego pomaga w ocenie histologicznej badanych całych odcinków jelita grubego lub okrężnicy. Zdolność do różnicowania cech strukturalnych jelit może być kluczowa w pomiarach ilościowych zapalenia jelit i nowotworzenia na całej długości. Wreszcie, skrawki zatopione w parafinie są idealne do solidnego przetwarzania przy użyciu metod wykrywania zarówno immunohistochemicznego, jak i immunofluorescencyjnego. Niefluorescencyjne sekcje immunohistochemiczne zapewniają żywy obraz tkanki z wyszczególnieniem różnych cech strukturalnych komórki, ale nie zapewniają elastyczności w eksperymentach kolokalizacji wewnątrzkomórkowej. Wiele kanałów fluorescencyjnych może być odpowiednio wykorzystanych z detekcją immunofluorescencyjną do eksperymentów kolokalizacyjnych, co stanowi wsparcie dla badań mechanistycznych.