Selekcja grasicy przebiega w unikalnym i wysoce zorganizowanym mikrośrodowisku grasicy, co prowadzi do powstania funkcjonalnego, samotolerancyjnego repertuaru limfocytów T. Modele in vitro do badania zaangażowania i rozwoju linii T dostarczyły cennych informacji na temat tego procesu. Jednak systemy te nie mają pełnego trójwymiarowego środowiska grasicy niezbędnego do rozwoju limfocytów T, a zatem są niekompletnymi przybliżeniami selekcji grasicy in vivo. Niektóre z wyzwań związanych z modelowaniem rozwoju limfocytów T można przezwyciężyć poprzez zastosowanie modeli in situ, które zapewniają nienaruszone mikrośrodowisko grasicy, które w pełni wspiera selekcję grasicy rozwijających się komórek T. Organotypowe hodowle plastrów grasicy uzupełniają istniejące techniki in situ. Plastry grasicy zachowują integralność obszarów kory grasicy i rdzenia oraz stanowią platformę do badania rozwoju nałożonych tymocytów o określonym stadium rozwojowym lub endogennych limfocytów T w dojrzałym mikrośrodowisku grasicy. Biorąc pod uwagę możliwość generowania ~20 wycinków na mysz, wycinki grasicy stanowią wyjątkową zaletę pod względem skalowalności w przypadku eksperymentów o wysokiej przepustowości. Co więcej, względna łatwość generowania wycinków grasicy i możliwość nakładania różnych podzbiorów grasicy lub innych populacji komórek z różnych środowisk genetycznych zwiększa wszechstronność tej metody. W tym miejscu opisano protokół przygotowania plastrów grasicy, izolacji i nakładania tymocytów oraz dysocjacji plastrów grasicy do analizy cytometrii przepływowej. System ten można również dostosować do badania niekonwencjonalnego rozwoju limfocytów T, a także do wizualizacji migracji tymocytów, interakcji komórek tymocyt-zręb oraz sygnałów TCR związanych z selekcją grasicy za pomocą mikroskopii dwufotonowej.