
Rycina 2: Porównanie morfologiczne embrionów w hodowli EC1 oraz w zanurzonej hodowli kanapkowej na papierze filtracyjnym. Wybrane klatki z filmu time-lapse przedstawiają embriony w odstępach 3 h. Klatki zostały przeskalowane, aby zapewnić przegląd pełnej morfologii embrionu. Embriony zostały dobrane pod kątem wieku do stadium 7 somytów (HH9)15. 0 h oznacza początek każdego eksperymentu. Strona przednia zawsze znajduje się po lewej stronie. Obrazy uzyskano przy użyciu oświetlenia w ciemnym polu. (A) Embrion w hodowli EC1, hodowany stroną brzuszną do góry na dnie z agaru i albuminy1,33. Możliwe jest uzyskanie wysokiej jakości obrazów, ponieważ embrion jest ograniczony w kierunku osi z. (B i C) Dwa embriony hodowane w zanurzonej kanapce z papieru filtracyjnego: (B) stroną brzuszną do góry i (C) stroną grzbietową do góry. Embriony w kanapce z papieru filtracyjnego rozwijają się bez różnic jakościowych przez co najmniej 27 h. Rozwijają one funkcjonalny krwiobieg, zgięcia czaszkowe i szyjne oraz pomyślnie przechodzą proces skręcania. Proszę kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.
Akwizycja time-lapse zależy od dostępnego systemu mikroskopowego. W niniejszym badaniu wykorzystano prosty mikroskop zoom z dużą odległością roboczą. Współczynnik przybliżenia ustawiono na 5X. W połączeniu z 16-krotnym powiększeniem okularu dało to całkowite powiększenie 80X, przy teoretycznej rozdzielczości 1,3 µm/pixel (zgodnie z informacją w oprogramowaniu mikroskopu)30. Aby zwiększyć pole widzenia, embriony obrazowano jako poziome panoramy składające się z pięciu podobrazów (kafelków). Zdefiniowano zatem obszar kafelkowy, składający się z pięciu nakładających się kafelków29. Obszar ten ustawiono tak, aby w pełni pokrywał w wymiarze poziomym eliptyczny otwór nośnika z papieru filtracyjnego (Rysunek 2B - 0 h). Każdy kafel miał rozmiar 2 048 x 2 048 pikseli, obejmując pole widzenia około 2,7 mm, a kafelki pozyskiwano z 10% nakładaniem się, co skutkowało całkowitym polem widzenia panoramy o wymiarach około 12 mm x 2,7 mm. Zmotoryzowany stolik x-y poruszał się względem obiektywu z prędkością około 1,75 mm/sec pomiędzy akwizycją poszczególnych kafelków29. Obraz na żywo był ogniskowany na przednią część mezodermy presomitycznej oraz na najświeżo powstałe somity (obszar badań naszej grupy). Aby zrekompensować pogrubianie i zwijanie się embrionów w kierunku z, w każdym punkcie czasowym pozyskiwano małe serie z-stack (od pięciu do siedmiu różnych płaszczyzn w odstępach 30 µm)30. Wybierano je wokół płaszczyzny ogniskowej przedniej końcówki mezodermy presomitycznej. Czas trwania akwizycji time-lapse ustawiono na 50 h, a interwały obrazowania wybrano w zakresie 3, 4 lub 10 min31. Jakość akwizycji time-lapse można było poprawić poprzez ponowne ogniskowanie co 5 - 10 h i ponowne zdefiniowanie serii z-stack wokół nowej, optymalnej płaszczyzny ogniskowej. Po zakończeniu eksperymentu całą serię czasową edytowano ręcznie, tworząc podzbiory obrazów zawierające płaszczyznę z najlepszym ostrzeniem, które następnie zapisywano w osobnym folderze32. Podzbiory te zestawiano w czasie, aby stworzyć pełną serię czasową obrazów z optymalnym ostrzeniem. Kafelki każdego obrazu z tej pełnej serii czasowej były scalane i łączone bez korekcji cieniowania30, a klatki time-lapse eksportowano jako obrazy JPEG w rozmiarze 100% i kompresji 95%32. Klatki time-lapse importowano jako sekwencję obrazów do profesjonalnego oprogramowania do edycji wideo. Szczegółowe powiększenia 100% zostały ustabilizowane, a ogólny kontrast dostosowano do naszych preferencji. Końcowe nagrania time-lapse zakodowano kodekiem H.264 i eksportowano w kontenerach MPEG-4. Filmy są wyświetlane przy częstotliwości 15 klatek/s (fps) i rozdzielczości 1 920 x 1 080 pikseli.
Rysunek 2 przedstawia porównanie zarodka w hodowli EC1 (Rysunek 2A) oraz dwóch zarodków w hodowli kanapkowej na zanurzonym papierze filtrowanym, z których jeden był hodowany stroną brzuszną do góry (Rysunek 2B), a drugi stroną grzbietową do góry (Rysunek 2C). Wszystkie zarodki były w tym samym stadium rozwoju – etapie siedmiu somytów (HH9)15 i obrazowano je z rozdzielczością czasową 4 min (Rysunek 2A i B) lub 10 min (Rysunek 2C). Przedstawiono wybrane klatki w odstępach 3 hr. Hodowla EC (Rysunek 2A) umożliwiła bardzo stabilne obrazowanie dzięki spoczywaniu zarodka na stabilnym podłożu z agaru i albuminy1,33. Cały zarodek pozostawał w jednej płaszczyźnie ogniskowania przez cały czas trwania timelapse'u. Może to być korzystne w przypadku krótszych eksperymentów (kilku godzin) i bardzo wczesnych stadiów zarodkowych, jednak wiąże się to z silnym ograniczeniem zarodka w kierunku z, co może utrudniać jego prawidłowy rozwój trójwymiarowy w dłuższym terminie. Na początku ograniczenie to spowodowało jedynie lekkie spłaszczenie boczne głowy zarodka w porównaniu z zarodkiem hodowanym w kanapce z zanurzonego papieru filtrowanego stroną brzuszną do góry (porównać Rysunek 2A i 2B w 0 hr). Później upośledzony został obrót głowy (Rysunek 2A – 21 hr), a bicie serca zwolniło. Krążenie krwi niemal ustało. Pełny timelapse zarodka w hodowli EC znajduje się w Supplemental Movie 1. Górny panel w tym filmie przedstawia pełny przegląd zarodka, natomiast panel w lewym dolnym rogu wizualizuje rozwój serca w pełnej rozdzielczości. Segmentacja mezodermy presomitycznej w somyty jest szczegółowo widoczna w prawym dolnym rogu.
Z kolei embriony w „kanapce” z zanurzonego papieru filtracyjnego miały ograniczoną ekspansję trójwymiarową jedynie przez naturalne napięcie otaczających je błon. Mogły być hodowane stroną brzuszną skierowaną do góry (Rysunek 2B) lub stroną grzbietową skierowaną do góry (Rysunek 2C). W obu przypadkach embriony wykazywały ciągłą somitogenezę, a ich głowy ulegały obrotowi. Rozwinęły się zgięcia czaszkowe i szyjne oraz funkcjonalny krążenie krwi. W przypadku obu embrionów w „kanapce” z papieru filtracyjnego obrazowanie skupiano na segmentującej się mezodermie, przez co części głowy stopniowo wychodziły z obszaru ostrości w miarę wzrostu, pogrubiania się i obracania embrionów, podczas gdy segmentująca część mezodermy pozostawała w ostrości (porównać Rysunek 2B i 2C w 21 hr i 27 hr). Dodatkowy Film 2 przedstawia pełny film time-lapse embrionu pokazanego na Rysunku 2B. Interwał obrazowania wynosił 4 min. Górny panel tego filmu pokazuje pełny przegląd embrionu. Rozwój embrionu obrazowano sekwencyjnie przez 46 hr, jednak po około 30 hr ostrość na segmentującej się mezodermie została utracona z powodu ogólnego pogrubienia i obrotu tkanki embrionalnej. Panel w dolnym lewym rogu pokazuje w pełnej rozdzielczości wczesny rozwój serca na podstawie uzyskanych klatek time-lapse. Poprzez fuzję sparowanych prymordiów serca po obu stronach linii środkowej powstaje niemal prosta struktura rurkowa, która później zaczyna bić i wyginać się w prawo. Panel w dolnym prawym rogu pokazuje w pełnej rozdzielczości najświeżo powstałe somity oraz przedni koniec mezodermy presomitycznej i śledzi w czasie powstawanie nowych somitów. Dodatkowy Film 3 przedstawia inny embrion hodowany i obrazowany stroną brzuszną do góry w „kanapce” z zanurzonego papieru filtracyjnego. Interwał obrazowania wynosił 4 min. Film obejmuje rozwój embrionu od stadium HH5-6 do około stadium HH1415, w ciągu około 27 hr czasu hodowli. Formuje się fałd głowy, który przesuwa się ku tyłowi. Serce powstaje z obustronnych prymordiów, zaczyna bić i wygina się w prawo. Pierwsze trzy do czterech somitów powstają jednocześnie. Kolejne somity wydzielają się sekwencyjnie z przedniego końca mezodermy presomitycznej. Dolny panel pokazuje region głowy embrionu w pełnej rozdzielczości, co pozwala na szczegółową obserwację fałdu głowy i wczesnego formowania się serca. Dzięki przezroczystości embrionu można zaobserwować zamknięcie rurki neuralnej w przyszłym obszarze głowy. Dodatkowy Film 4 prezentuje w dolnym panelu powstawanie somitów w tym samym embrionie w pełnej rozdzielczości przez cały czas obrazowania. Dodatkowy Film 5 pokazuje pełny time-lapse embrionu hodowanego stroną grzbietową do góry (Rysunek 2C). Interwał obrazowania wynosił 10 min. Podczas gdy górny panel pokazuje rozwój embrionu od stadium siedmiu somitów (HH9) do około stadium HH16-17, dolny panel jest wykadrowany, aby w pełnej rozdzielczości wyświetlić zmiany morfologiczne we wczesnym mózgu na tym etapie. Można zaobserwować lokalne pęcznienie rurki neuralnej, prowadzące do regionalizacji przedmózgowia, śródmózgowia i tyłomózgowia, które w późniejszych etapach podzielą się na pięć podregionów mózgu embrionalnego13. Ponadto wyraźnie widoczny jest wzrost pęcherzyków optycznych. Po około 30 hr hodowli embrion obumiera.
Aby wykazać kompatybilność metody „kanapki” z zanurzonego papieru filtracyjnego z manipulacjami mikrosurgicalnymi, do mezodermy presomitycznej zarodka kurczaka lub w jej bezpośrednim sąsiedztwie w kulturze w tej metodzie wszczepiono kilka polistyrenowych mikrokulek (~ 40 µm średnicy). Mikrokulek przemyto w PBS w celu usunięcia buforu do przechowywania, a następnie wszczepiono przed pokryciem medium hodowlanego warstwą lekkiego oleju mineralnego (por. krok 2.18 sekcji protokołu). Do przeniesienia kulek na powierzchnię zarodka, pod obserwacją przez okulary mikroskopu, użyto szklanej pipety Pasteura. W endodermie wykonano pięć otworów, delikatnie zdrapując ją igłą do akupunktury. Do manipulowania kulkami i ostrożnego wpychania ich do otworów, aż do momentu ich unieruchomienia, użyto narzędzia w kształcie litery J, wykonanego poprzez rozciągnięcie i wygięcie szklanej pipety Pasteura w płomieniu. Trzy otwory wypełniono jedną kulką każdy (Rycina 3A - 0 h oraz 3B*), a dwa otwory dwiema kulkami każdy (Rycina 3A - 0 h). Rycina 3A przedstawia w wybranych klatkach z filmu poklatkowego rozwój zarodka kurczaka po mikrochirurgicznym wszczepieniu kulek. Trzy kulki zostały pomyślnie wbudowane w tkankę w pożądanej lokalizacji, a ich ruch obrazowano w wysokiej szczegółowości w trakcie trwania eksperymentu (Rycina 3B). Rozwój zarodka nie wydawał się być upośledzony przez manipulację ani obecność kulek. Pełny film poklatkowy znajduje się w Supplemental Movie 6. Interwał obrazowania wynosił 4 min.

Rycina 3: Obrazowanie poklatkowe po implantacji mikrokulek. Eksperyment dowodzący zasady działania, wykazujący kompatybilność zanurzonej „kanapki” z papieru filtrującego z implantacją mikrokulek. Głowa zarodka znajduje się po lewej stronie, lecz nie była obrazowana podczas tego eksperymentu. Obrazy uzyskano przy użyciu oświetlenia w ciemnym polu. (A) Wybrane klatki z filmu poklatkowego pokazujące manipulowany zarodek w odstępach 3 h po implantacji siedmiu mikrokulek (~ 40 µm średnicy). Zarodek wydłużał się i stale tworzył dodatkowe somity. Trzy kulki wydają się być prawidłowo przymocowane i przemieściły się przyśrodkowo wraz z przepływem tkanki w ciągu 18 h hodowli. Pozostałe cztery kulki wypadły ze swoich otworów między 6 a 9 h hodowli i zniosły się w kierunku tylnym. (B) Szczegółowy widok trzech pojedynczych kulek (B1 do B3) zaimplantowanych do mezodermy presomitycznej na początku eksperymentu (0 h, B*) i po 12 h inkubacji (B**). Wskazano numer aktualnie formujących się somitów (S9 w B* i S18 w B**). Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą wersję tej ryciny.

Dodatkowy film 1: Hodowla EC stroną brzuszną do góry. Zarodek w hodowli EC1, hodowany stroną brzuszną do góry od stadium siedmiu somytów (HH9)15 na podłożu z agaru i albuminy1,33. Interwał obrazowania wynosił 4 min. Czas względny jest wyświetlany w lewym górnym rogu. Możliwe było uzyskanie obrazów wysokiej jakości, ponieważ zarodek był ograniczony w kierunku osi z. Po 21 hr bicie serca i przepływ krwi niemal ustały, a zarodek zaczął ulegać dezintegracji. Górny panel przedstawia przeskalowany widok ogólny zarodka, natomiast dolne panele wizualizują rozwój serca (panel lewy) i segmentację mezodermy presomitycznej (panel prawy) w pełnej rozdzielczości (powiększenie 100%). (Kliknij prawym przyciskiem myszy, aby pobrać).

Film uzupełniający 2: Zanurzona kanapka z papieru filtracyjnego stroną brzuszną do góry. Zarodek hodowany w zanurzonej „kanapce” papierowej od etapu siedmiu somitych (HH9)15 wzwyż, stroną brzuszną skierowaną do góry. Interwał obrazowania wynosił 4 min. Czas względny jest wyświetlany w lewym górnym rogu w hr i min, resetując się po 24 hr. Górny panel pokazuje przeskalowany przegląd rozwoju zarodka w ciągu 46 hr, kolejno. Dolny lewy panel wizualizuje wczesny rozwój serca podczas pierwszych 10 hr akwizycji obrazu w pełnej rozdzielczości (powiększenie 100%). Dolny prawy panel przedstawia segmentującą mezodermę przez około 30 hr rozwoju w pełnej rozdzielczości (powiększenie 100%), aż do momentu utraty ostrości z powodu ogólnego pogrubienia i obrotu tkanki zarodkowej. (Kliknij prawym przyciskiem myszy, aby pobrać).

Film uzupełniający 3: Formowanie się fałdu głowowego. Zarodek hodowany stroną brzuszną do góry w zanurzonej kanapce z papieru filtracyjnego od stadium procesu głowowego/fałdu głowowego (HH5-6)15 do około stadium 22 somity (HH14)15 przez około 27 h czasu hodowli. Odstęp między obrazami wynosił 4 min. W lewym górnym rogu wyświetlany jest czas względny w h i min, który resetuje się po 24 h. Górny panel przedstawia przeskalowany widok ogólny rozwoju zarodka. Dolny panel przedstawia obszar głowy zarodka w pełnej rozdzielczości (powiększenie 100%). Można zaobserwować formowanie się fałdu głowowego i wczesnego serca oraz zamykanie się rurki neuralnej. (Kliknij prawym przyciskiem myszy, aby pobrać).

Dodatkowy film 4: Somitogeneza. Embrion hodowany stroną brzuszną do góry w kanapce z zanurzonego papieru filtracyjnego od stadium procesu głowy/fałdu głownego (HH5-6)15 do około stadium 22 somytów (HH14)15 przez około 27 h czasu hodowli. Odstęp między obrazami wynosił 4 min. Czas względny jest wyświetlany w lewym górnym rogu w h i min, restartując się po 24 h. Górny panel przedstawia przeskalowany widok ogólny rozwoju embrionu. Dolny panel przedstawia segmentującą mezodermę paraksjalną w pełnej rozdzielczości (powiększenie 100%). (Kliknij prawym przyciskiem myszy, aby pobrać).

Pomocniczy film 5: Zarodka w „kanapce” z zanurzonego papieru filtracyjnego stroną grzbietową do góry. Zarodek hodowany stroną grzbietową do góry w „kanapce” z zanurzonego papieru filtracyjnego od stadium siedmiu somytów (HH9)15 do około stadium HH16-1715. Interwał obrazowania wynosił 10 min. Czas względny jest wyświetlany w lewym górnym rogu w hr i min, restartując się po 24 hr. Górny panel przedstawia przeskalowany widok ogólny rozwoju zarodka. Dolny panel obrazuje zmiany morfologiczne we wczesnym mózgu w pełnej rozdzielczości (100% zoom). Zarodek obumarł po około 30 hr hodowli. (Kliknij prawym przyciskiem myszy, aby pobrać).

Film uzupełniający 6: Implantacja mikrokulek. Zarodek hodowany stroną brzuszną do góry w zanurzonej „kanapce” z papieru filtrowanego przez około 19 hr, począwszy od stadium dziewięciu somytów (HH9-10)15. Interwał obrazowania wynosił 4 min. Czas względny jest wyświetlany w lewym górnym rogu w h i min. Górny panel przedstawia przeskalowany przegląd regionu ogona z siedmioma mikrokulkami zaimplantowanymi do mezodermy presomitycznej. Dolny panel przedstawia obszar z zaimplantowanymi mikrokulkami w pełnej rozdzielczości (powiększenie 100%). (Kliknij prawym przyciskiem myszy, aby pobrać).