Techniki mikroanalityczne oparte na obrazowaniu pierwiastków chemicznych umożliwiają lokalizację i kwantyfikację składu chemicznego na poziomie komórkowym. Oferują one nowe możliwości charakterystyki żywych systemów i są szczególnie odpowiednie do wykrywania, lokalizacji i ilościowego określania obecności nanocząstek tlenków metali zarówno w próbkach biologicznych, jak i w środowisku. Rzeczywiście, wszystkie te techniki spełniają odpowiednie wymagania w zakresie (i) czułości (od 1 do 10 μg.g-1 suchej masy), (ii) rozdzielczości przestrzennej w zakresie mikrometrów oraz (iii) wykrywania wielopierwiastkowego. Biorąc pod uwagę te cechy, obrazowanie pierwiastków chemicznych mikrowiązką może stanowić doskonałe uzupełnienie rutynowych technik obrazowania, takich jak mikroskopia optyczna i fluorescencyjna. Protokół ten opisuje, w jaki sposób przeprowadzić analizę mikrosondą jądrową na hodowanych komórkach (U2OS) wystawionych na działanie nanocząstek dwutlenku tytanu. Komórki muszą rosnąć i być wystawione bezpośrednio w specjalnie zaprojektowanym uchwycie na próbkę używanym w mikroskopie optycznym i na etapach analizy mikrosondy jądrowej. Kriogeniczne utrwalanie próbek metodą wgłębnego zamrażania zachowuje zarówno organizację komórkową, jak i rozkład pierwiastków chemicznych. Jednoczesna analiza mikrosondy jądrowej (skaningowa transmisyjna mikroskopia jonowa, spektrometria wstecznego rozpraszania Rutherforda i emisja promieniowania rentgenowskiego indukowana cząstkami) wykonana na próbce dostarcza informacji o gęstości komórkowej, lokalnym rozmieszczeniu pierwiastków chemicznych, a także zawartości komórkowej nanocząstek. Istnieje rosnące zapotrzebowanie na takie narzędzia analityczne w biologii, zwłaszcza w rozwijającym się kontekście nanotoksykologii i nanomedycyny, w przypadku których konieczne jest pogłębienie naszego zrozumienia interakcji między nanocząstkami a próbkami biologicznymi. W szczególności, ponieważ analiza za pomocą mikrosondy jądrowej nie wymaga znakowania nanocząstek, obfitość nanocząstek jest mierzalna aż do poziomu pojedynczej komórki w populacji komórek, niezależnie od ich stanu powierzchniowego.