$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Poszczególne sekwencje sześciu wzorców peptydu fosforylazy b zawartych w mieszaninie peptydów PHO są pokazane w Tabeli 1, wraz z ich czasami retencji i najliczniejszymi prekursorami zaobserwowanymi w eksperymencie HDMSE. Pierwszym krokiem w rozwoju testu MRM o wysokiej selektywności (HS) jest pozyskanie zestawu danych HDMSE w celu ustalenia czasów elucji każdego peptydu PHO wraz z odpowiadającym mu najliczniejszym prekursorem i trzema najliczniejszymi fragmentami. Rycina 2 przedstawia widmaHDMS E uzyskane dla jednego z peptydów PHO (Pep 6) wzbogaconych w trawieniu infliksymabu. Po ustaleniu 3 najlepszych "przejść" (kombinacji mas prekursorów i fragmentów) dla każdego peptydu, przeprowadza się eksperyment Tof-MRM w celu znalezienia optymalnej energii zderzenia, aby zmaksymalizować sygnały generowane dla każdego peptydu. Wyniki eksperymentu z optymalizacją CE podsumowano w tabeli 2. Ostateczny test HS-MRM (patrz rysunek 4) zachowuje tylko najlepsze "przejście" dla każdego peptydu i jest używany do analizy wszystkich próbek wzbogaconych. Przykłady chromatogramów HS-MRM wygenerowanych dla 4 peptydów PHO we wszystkich badanych stężeniach przedstawiono na rysunku 7. Na rysunku 8 przedstawiono cztery krzywe kalibracyjne uzyskane dla każdego peptydu po całkowaniu pików HS-MRM wyróżnionych na rysunku 7. Ponadto względne odchylenie standardowe powierzchni piku, obliczone na podstawie 4 powtórzonych wstrzyknięć, podsumowano w 4 tabelach przedstawionych w tabeli 3.
TGL
TGL
| peptyd | peptyd | Przechowywania | Stany naładowania |
| id | Sekwencja | czas (min) | + 1 | + 2 | + 3 | + 4 |
| | | | | | |
| Pep 1 | VLYPNDNFFEGK | Rozdział 19,4 | Numer katalogowy: 1442.6951 | Numer katalogowy: 721.8512 | Numer katalogowy: 481.5699 | Numer katalogowy: 361.4292 |
| Pep 2 | TCAYTNHTVLPEALER | 16,0 | Numer katalogowy: 1874.9065 | Numer katalogowy: 937.9569 | Numer katalogowy 625.6404 | Numer katalogowy: 469.4821 |
| Pep 3 | IGEEYISDLDQLRK | Norma 18,9 | Numer katalogowy: 1678.8646 | Numer katalogowy: 839.9360 | Numer katalogowy: 560.2931 | Numer telefonu 420.4716 |
| Pep 4 | LLSYVDDEAFIR | Dnia 21,1 | Numer katalogowy: 1440.7369 | Numer katalogowy: 720.8721 | Numer katalogowy: 480.9172 | Numer katalogowy: 360.9397 |
| Pep 5 | LITAIGDVVNHDPVVGDR | Pytanie 19,7 | Numer katalogowy 1890.0080 | Numer katalogowy: 945.5076 | Numer katalogowy: 630.6742 | Numer katalogowy: 473.2574 |
| Pep 6 | VFADYEEYVK | Rozdział 17,7 | Numer katalogowy: 1262.5939 | Numer katalogowy: 631.8006 | Numer telefonu 421.5362 | Numer katalogowy: 316.4039 |
Tabela 1. Wzorce peptydu PHO zawarte w mieszance Mass PREP wzbogacone w trawienie infliksymabu. Czasy retencji peptydów i ich najliczniejsze prekursory (wyróżnione pogrubioną czcionką) są wyświetlane w formacie tabelarycznym.
| peptyd | peptyd | Przechowywania | Prekursor peptydów | Najliczniejsze jony fragmentacyjne/ładunek | optymalny |
| id | Sekwencja | czas (min) | m/z i opłata | Czas dryftu (ms) | ja | Ii | Iii | CE (V) |
| Pep 2 | TCAYTNHTVLPEALER | 16,0 | 625.6404 (+3) | 6.2 | 714.3781 (+1) | 807.4177 (+2) | 827.4621 (+1) | 24 |
| Pep 4 | LLSYVDDEAFIR | Dnia 21,1 | 720.8721 (+2) | 7,5 | 865.4050 (+1) | 964.4734 (+1) | 1214.5688 (+1) | 22 Rozdział 22 |
| Pep 5 | LITAIGDVVNHDPVVGDR | Pytanie 19,7 | 630.6742 (+3) | 6,3 | 642.3570 (+1) | 689.8391 (+2) | 832.4236 (+2) | 20 |
| Pep 6 | VFADYEEYVK | Rozdział 17,7 | 631.8006 (+2) | 7,0 | 830.3931 (+1) | 945.4200 (+2) | 1016.4571 (+1) | 24 |
Tabela 2. Wyniki eksperymentu optymalizacyjnego Tof-MRM: wskazano trzy najliczniejsze fragmenty każdego peptydu PHO oznaczonego ilościowo w tym badaniu, wraz z odpowiadającą im zoptymalizowaną energią zderzenia.
:
powiedział:
powiedział:
powiedział:
szt.
szt.
TGL
TGL
TGL
szt.
szt.
szt.
:
powiedział:
powiedział:
powiedział:
LAT
TGL
SZT.
TGL
TGL
szt.
szt.
szt.
:
powiedział:
powiedział:
powiedział:
SZT.
TGL
TGL
TGL
szt.
szt.
szt.
:
powiedział:
powiedział:
powiedział:
szt.
TGL
szt.
szt.
szt.
szt.
szt.
TGL
TGL
| Conc | kwota | Pep 2 Obszary Pików (Tabela 3A) |
| (nM) | na kolumnie (fmole) | Rep01 powiedział | Rep02 | Rep03 | Rep04 | znaczyć | RSD (%) |
| | | | | | | |
| 0,1 | 1 | 490 | 439 | Rozdział 462 | Z numerem 431 | Okręg wyborczy 456 | 5,8 |
| 1 | 10 | Numer katalogowy: 5121 | 4842 | Numer katalogowy: 5198 | 4842 | Numer katalogowy 5001 | 3.7 |
| 10 | 100 | Numer katalogowy: 63853 | Numer katalogowy: 64279 | Numer katalogowy: 66111 | Numer katalogowy: 62509 | Numer katalogowy: 64188 | 2.3 |
| 100 | 1000 | 612392 | 605553 | 613229 | 611004 | 610545 | 0,6 |
| | | | | | | |
| Conc | kwota | Pep 4 Obszary Pików (Tabela 3B) |
| (nM) | na kolumnie (fmole) | Rep01 powiedział | Rep02 | Rep03 | Rep04 | znaczyć | RSD (%) |
| | | | | | | |
| 0,1 | 1 | Z dnia 275 | Okręg wyborczy 359 | Rozdział 325 | Rozdział 288 | Rozdział 312 | Rozdział 12.2 |
| 1 | 10 | Numer katalogowy: 3559 | Numer katalogowy: 3694 | 3287 | 3754 | 3574 | 5,8 |
| 10 | 100 | Numer katalogowy: 45259 | Numer katalogowy: 45775 | Numer katalogowy: 42976 | Numer katalogowy: 45548 | Numer katalogowy: 44890 | 2.9 |
| 100 | 1000 | 459374 | 467927 | 436272 | 458994 | 455642 | Wersja 3.0 |
| | | | | | | |
| Conc | kwota | Pep 5 Obszary Pików (Tabela 3C) |
| (nM) | na kolumnie (fmole) | Rep01 powiedział | Rep02 | Rep03 | Rep04 | znaczyć | RSD (%) |
| | | | | | | |
| 0,1 | 1 | 3194 | 3243 | 3202 | Numer katalogowy: 3257 | 3224 | 1,0 |
| 1 | 10 | Numer katalogowy: 31464 | Numer katalogowy: 31150 | Numer katalogowy: 31464 | Numer katalogowy: 31433 | Numer katalogowy: 31378 | 0,5 |
| 10 | 100 | 313638 | 320712 | 311943 | 311943 | 314559 | 1.3 |
| 100 | 1000 | 2845736 | 2840031 | 2882006 | 2864052 | 2857956 | 0,7 |
| | | | | | | |
| Conc | kwota | Pep 6 Obszarów Pików (Tabela 3D) |
| (nM) | na kolumnie (fmole) | Rep01 powiedział | Rep02 | Rep03 | Rep04 | znaczyć | RSD (%) |
| | | | | | | |
| 0,1 | 1 | 490 | Okręg wyborczy 583 | 440 | 440 | Z numerem 488 | Rozdział 13,8 |
| 1 | 10 | Numer katalogowy: 6429 | Numer katalogowy: 6429 | Numer katalogowy: 6848 | Numer katalogowy: 6623 | Numer katalogowy: 6582 | Wersja 3.0 |
| 10 | 100 | Numer telefonu 71295 | Numer katalogowy: 70400 | 71563 | Numer katalogowy: 70400 | Numer telefonu 70915 | 0,9 |
| 100 | 1000 | Numer telefonu 707640 | Numer telefonu 707640 | 694461 | Numer katalogowy: 729490 | 709808 | 2.0 |
Tabela 3. Tabela zawierająca powierzchnie pików chromatogramów HS-MRM zarejestrowanych dla 4 peptydów PHO (Pep 2, 4, 5 i 6) dla każdego wstrzyknięcia LC/MS (16 serii LC/MS i 4 badane stężenia).
Względne odchylenie standardowe było lepsze niż 15% dla wszystkich peptydów w całym badanym zakresie stężeń.

Rysunek 1. Diagram przepływu pracy podsumowujący trzy kroki wymagane do skonfigurowania metody akwizycji HS-MRM. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 2. Przykład danych HDMSE:
(A) Widmo niskoenergetyczne przedstawiające jon prekursorowy Pep 6. (B) Wysokoenergetyczne widmo fragmentacji tego samego peptydu, przedstawiające 3 najliczniejsze jony fragmentacyjne (zakreślone) wybrane do optymalizacji energii zderzeń Tof-MRM. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 3. Parametry używane do konfigurowania eksperymentu optymalizacyjnego Tof-MRM.
Dla każdego przejścia testowano jedenaście energii zderzeń (w zakresie od 16 do 36 V). Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 4. Przykład końcowej metody HS-MRM.
Dla każdego "przejścia" wymaganych jest kilka parametrów, w tym prekursor peptydu m/z, jego stan naładowania i czas dryfu ruchliwości jonów, m/z najliczniejszego jonu fragmentacyjnego, optymalna energia zderzenia i czas akwizycji MS. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 5. Ustawienia używane przez metodę przetwarzania do analizowania zestawu danych HS-MRM.
Każdy peptyd jest monitorowany przez pojedyncze "przejście" opisane przez prekursor peptydu m/z, stan naładowania i oczekiwany czas retencji, wraz z m/z najliczniejszego fragmentu i jego stanem naładowania. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 6. Schemat spektrometru masowego ruchliwości jonów.
W trybie akwizycji HS-MRM prekursory peptydu, który jest oznaczany ilościowo, są oddzielane od innych prekursorów peptydów koeluujących (interferujących) w komórce ruchliwości jonów, izolowane przez kwadrupol i fragmentowane ze stałą energią zderzenia w komórce zderzeniowej. Sygnał wytwarzany przez jony fragmentów peptydów jest wzmacniany przez regulację częstotliwości popychacza, a kwantyfikacja peptydów odbywa się przy użyciu sygnałów o wysokiej rozdzielczości MS (>30 000) wytwarzanych przez najbardziej intensywny jon fragmentacyjny każdego peptydu. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 7. Chromatogramy HS-MRM zarejestrowane dla 4 peptydów PHO w 4 różnych stężeniach obejmujących 3 rzędy wielkości (0,1, 1, 10 i 100 nM).
(A) chromatogramy Pep 2, (B) chromatogramy Pep 4, (C) chromatogramy Pep 5 i (D) chromatogramy Pep 6. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Rysunek 8. Krzywe kalibracyjne dla 4 peptydów PHO w 4 różnych stężeniach (0,1, 1, 10 i 100 nM).
Tabele pod każdą krzywą wyświetlają poszczególne obszary pików (wartości Y) zarejestrowane dla każdego wstrzyknięcia, podczas gdy druga kolumna z każdej tabeli pokazuje procentowe odchylenie od oczekiwanej odpowiedzi liniowej. (A) kalibracja Pep 2, (B) kalibracja Pep 4, (C) kalibracja Pep 5 i (D) kalibracja Pep 6. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.