Method Article

Tworzenie i stosowanie odniesienia w celu ułatwienia dyskusji i klasyfikacji białek w zróżnicowanej grupie

DOI:

10.3791/56107

⸱

August 16th, 2017

1Department of Microbiology and Immunology, Arizona College of Osteopathic Medicine, Midwestern University

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Celem tego protokołu jest opracowanie odniesienia dla rozbieżnych białek w grupie, która nie ma spójnych kryteriów nomenklatury i klasyfikacji. Odniesienie to ułatwi analizy i dyskusję na temat grupy jako całości i może być używane jako uzupełnienie ustalonych nazw.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Powiązane białka, które były badane w różnych laboratoriach przy użyciu różnych organizmów, mogą nie mieć jednolitego systemu nazewnictwa i klasyfikacji, co utrudnia dyskusję na temat grupy jako całości i umieszczanie nowych sekwencji w odpowiednim kontekście. Opracowanie odniesienia, które nadaje priorytet ważnym cechom sekwencji związanym ze strukturą i/lub aktywnością, może być wykorzystane jako dodatek do ustalonych nazw, aby dodać pewną spójność do zróżnicowanej grupy białek. W tym artykule wykorzystano nadrodzinę alfa-helisy stabilizowanej cysteiną (CS-αβ) jako przykład, aby pokazać, w jaki sposób odniesienie wygenerowane w oprogramowaniu arkusza kalkulacyjnego może wyjaśnić relacje między istniejącymi białkami w nadrodzinie, a także ułatwić dodawanie nowych sekwencji. Pokazuje również, w jaki sposób odniesienie może pomóc w udoskonaleniu dopasowań sekwencji generowanych w powszechnie używanym oprogramowaniu, co wpływa na ważność analiz filogenetycznych. Użycie odniesienia będzie prawdopodobnie najbardziej pomocne w przypadku grup białek, które obejmują wysoce rozbieżne sekwencje z szerokiego spektrum taksonów, z cechami, które nie są odpowiednio uchwycone przez analizy molekularne.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Nazwa białka powinna odzwierciedlać jego cechy i związek z innymi białkami. Niestety, imiona są zazwyczaj nadawane w momencie odkrycia, a wraz z postępem badań rozumienie szerszego kontekstu może się zmieniać. Może to prowadzić do wielu nazw, jeśli białko zostało niezależnie zidentyfikowane przez więcej niż jedno laboratorium, do zmian w nomenklaturze lub cechach uznawanych za ostateczne przy przypisywaniu nazwy oraz do tego, że nazwa nie odróżnia już wystarczająco białka od innych.

Defensyny bezkręgowców stanowią dobry przykład degeneracji w nomenklaturze i klasyfikacji. Pierwsze defensyny bezkręgowców zostały zgłoszone przez owady, a nazw....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Określ cechy definiujące grupę białek będących przedmiotem zainteresowania

  1. Zapoznaj się z poprzednimi publikacjami, aby ustalić, czy istnieje konsensus co do cech, które są niezbędne, aby zostać uznanym za część grupy. Zwróć uwagę na wszelkie niespójności lub różnice w opiniach między grupami badawczymi i uwzględnij cechy, które mogą służyć do odróżnienia jednej podgrupy od drugiej.
  2. Jeśli poprzednia literatura nie dotyczyła cech definiujących, użyj sekwencji, które są uważane za reprezentatywne dla grupy, jako punktu wyjścia do identyfikacji cech konserwatywnych.

2. Zbierz odpowiednie sekwencje

  1. Je....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Grupy sekwencji w nadrodzinie CS-αβ opisane w literaturze są pokazane w Rysunek 4. Pary cysteiny oparte na numeracji dla każdej sekwencji sugerują pięć podstawowych grup (Tabela 1, środkowa kolumna). Grupa 1 ma sześć cystein, które pochodzą z trzech wiązań dwusiarczkowych i obejmują sekwencje owadów, pajęczaków,, nicieni i grzybów. Grupy 2, 3 i 4 mają 8 cystein, które tworzą cztery wiązania dwusiarczkowe. Grupa 2 obejmuje sekwencje owadów, pa.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Kryteria nazewnictwa białka w grupie powinny być jasne, ale nie zawsze tak jest. Sekwencje, które mają fałd CS-αβ, były badane w wielu laboratoriach przy użyciu różnych organizmów, co zaowocowało różnymi systemami nomenklatury, a także różnymi poziomami charakterystyki. Próba narzucenia zupełnie nowej nomenklatury nie jest rozsądna i spowodowałaby duże zamieszanie przy przeglądaniu dotychczasowej literatury. Oprócz nazwy białka można zastosować system numeracji referencyjnej w celu wyjaśnienia jego cech charakterystyczny.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Autor nie ma nic do zdradzienia.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Trwające badania nad peptydami przeciwbakteryjnymi niesporczaków są wspierane przez fundusze z Biura Badań i Programów Sponsorowanych Uniwersytetu Środkowo-Zachodniego (ORSP). ORSP nie odgrywał żadnej roli w projektowaniu badań, gromadzeniu danych, analizie, interpretacji ani przygotowywaniu manuskryptów.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
internetowa BLASThttps://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
EditSeq (pakiet Lasergene)DNASTARhttps://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx
Excel 2013Microsoft
FigTree  http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
MEGAwww.megasoftware.net
bazy danych
SCOPhttp://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
Strona MrBayes http://mrbayes.sourceforge.net/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Matsuyama, K., Natori, S. Purification of Three Antibacterial Proteins from the Culture Medium of NIH-Sape-4, an Embryonic Cell Line of Sarcophaga peregrina. J Biol Chem. 263 (32), 17112-17116 (1988).
  2. Lambert, J., et al.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Protein ClassificationSpreadsheet SoftwareCysteine Stabilized Alpha Beta SuperfamilySequence AlignmentPhylogenetic AnalysisStructural FeaturesAmino Acid SpacingMEGA 6 SoftwareProtein NomenclatureDivergent Sequences

Related Articles