$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Krytyczne kroki w ramach protokołu są następujące. Po pierwsze, komórki powinny być hodowane na szalce hodowlanej jako monowarstwa, ponieważ przeprowadzenie oceny morfologicznej jąder barwionych DAPI jest trudne dla komórek wielowarstwowych. W tym celu w kroku 2.9 zaleca się ostrożne przeniesienie szalki hodowlanej do inkubatora; Potrząsanie szalką hodowlaną generuje wir zawieszonych komórek, który prowadzi do koncentracji komórek w środku szalki hodowlanej. Ponadto należy unikać nadmiernej konfluencji prowadzącej do powstawania komórek wielowarstwowych. W tym celu, w kroku 2.7, liczba komórek wysianych na szalce hodowlanej może być modyfikowana w oparciu o czas podwojenia populacji i odstęp czasu między napromienianiem a utrwalaniem. Zalecana jest zbieżność około 80 w momencie utrwalenia. Po drugie, szybkość jest ważna w utrwalaniu i barwieniu DAPI (tj. kroki 4 i 5). Niespójność między próbkami w odniesieniu do czasu potrzebnego na te etapy może prowadzić do niejednorodności intensywności sygnału DAPI w jądrach, co zaciemniłoby ocenę morfologiczną.
W kroku 2.2 można zwiększyć liczbę szkiełek nakrywkowych w pojedynczym naczyniu hodowlanym; W naczyniu o średnicy 35 mm można umieścić maksymalnie cztery szkiełka nakrywkowe, a ich liczbę można dodatkowo zwiększyć za pomocą większych naczyń. Umieszczenie wielu szkiełek nakrywkowych w każdej naczyniu hodowlanej umożliwia efektywną ocenę przebiegu w czasie dla danego zabiegu (tj. szkiełka nakrywkowe mogą być pobierane z szalki hodowlanej jeden po drugim w wielu interesujących punktach czasowych).
W kroku 3.2 dawka napromieniowania może być modyfikowana w zależności od zainteresowania badaczy. Zastosowanie stałej dawki do wielu linii komórkowych umożliwia porównanie wrażliwości na każdy tryb klonogennej śmierci komórki wśród linii komórkowych. Z drugiej strony, zastosowanie izoklonogennych dawek przeżycia dla każdej linii komórkowej umożliwia porównanie klonogennych profili śmierci komórkowej między liniami komórkowymi. Izoklonogenną dawkę przeżycia można określić za pomocą testu przeżycia klonogennego12. Wartość D10 , dawka zapewniająca 10% przeżycia klonogennego, jest częstym punktem końcowym dla dawki przeżycia izoklonogennej.
W kroku 3.3 czas od napromieniania do utrwalenia może być modyfikowany w zależności od zainteresowania badaczy; Jest to ważne, ponieważ szczytowy czas apoptozy wywołanej przez podczerwień, katastrofy mitotycznej i starzenia się komórek różni się w zależności od linii komórkowej i leczenia. W tym artykule użyliśmy 72 godzin po napromieniowaniu jako punktu czasowego, który byłby najbardziej przydatny do wstępnego badania przesiewowego profili śmierci komórki klonogennej, w oparciu o wiele badań przeprowadzonych przez naszą grupę i innych opisanych w następujący sposób: 1,2,3,4,8,9: (i) Apoptoza wywołana promieniowaniem rentgenowskim w komórkach powstałych z guzów litych występuje najczęściej kilka dni po napromieniowaniu. (ii) Katastrofa mitotyczna wywołana promieniowaniem rentgenowskim w komórkach nowotworowych występuje najbardziej widocznie podczas drugiej lub trzeciej mitozy po uwolnieniu z tymczasowego zatrzymania cyklu komórkowego wywołanego napromieniowaniem. Uwolnienie następuje zwykle około 24 godziny po napromieniowaniu, po czym następują powtarzające się mitozy w odstępach około 24 godzin. (iii) Starzenie się komórek wywołane promieniowaniem rentgenowskim staje się widoczne po przerwie zależnej od danej linii komórkowej: 2 dni po napromieniowaniu dla niektórych wczesnych przypadków i 7 dni po napromieniowaniu dla większości linii komórkowych. Po uzyskaniu ogólnego obrazu profili śmierci komórki klonogennej na podstawie wstępnego badania przesiewowego, eksperymenty w czasie dostarczą bardziej szczegółowego wyjaśnienia czasu szczytu dla każdego trybu klonogennej śmierci komórki w określonej linii komórkowej i/lub stanie będącym przedmiotem zainteresowania4.
Należy zauważyć, że test barwienia DAPI i test przeżycia klonogennego, złota metoda oceny wrażliwości na promieniowanie, nie są wymienne. Apoptoza i katastrofa mitotyczna trwają tylko przez wiele godzin. W ten sposób test barwienia DAPI dla danego punktu czasowego wykrywa apoptozę i katastrofę mitotyczną, która występuje w momencie oceny. Z drugiej strony, wyniki testu przeżycia klonogennego w danym punkcie czasowym obejmują całkowitą ilość apoptozy i katastrofy mitotycznej, które wystąpiły w okresie inkubacji przez zwykle 10 - 14 dni po napromieniowaniu. W odróżnieniu od apoptozy i katastrofy mitotycznej, komórki starcze pozostają na szalce hodowlanej; Gromadzą się one stopniowo w czasie po napromieniowaniu. W związku z tym wyniki zarówno testu barwienia DAPI, jak i testu przeżycia klonogennego odzwierciedlają całkowitą ilość starzenia się, które wystąpiło w okresie inkubacji. Co ważne, proporcje apoptozy, katastrofy mitotycznej i starzenia się wywołanego napromieniowaniem różnią się znacznie w zależności od linii komórkowej i dawki napromieniowania. Teoretycznie wyniki jednego testu nie mogą być bezpośrednio przełożone na wyniki drugiego testu.
Test barwienia DAPI ma kilka ograniczeń. Po pierwsze, pozostaje kwestią sporną, czy katastrofa mitotyczna jest odrębnym sposobem śmierci komórki. W dziedzinie biologii radiacyjnej katastrofa mitotyczna jest uważana za główny sposób śmierci komórki wywołanej podczerwienią, który różni się od innych mechanizmów klonogennej śmierci komórki1. Z drugiej strony inni twierdzą, że katastrofa mitotyczna nie jest odrębnym sposobem śmierci komórki, ale raczej procesem, który poprzedza śmierć komórki, w tym apoptozą i nekrozą13,14. Tak więc apoptoza i katastrofa mitotyczna mogą się w pewnym stopniu pokrywać. Po drugie, wcześniejsze badania sugerują, że starzenie się komórek może wystąpić przy braku SAHF w niektórych liniach komórkowych i warunkach leczenia2. Obecnie należy stosować inne testy zaprojektowane specjalnie dla każdego trybu klonogennej śmierci komórki, aby zwiększyć solidność wniosków z danego eksperymentu. Po trzecie, test barwienia DAPI nie może ocenić sposobów klonogennej śmierci komórki innych niż apoptoza, katastrofa mitotyczna i starzenie się komórek (np. martwica i autofagia). Po czwarte, użyteczność testu barwienia DAPI jako predyktora odpowiedzi guza na radioterapię nie została wyjaśniona w klinice. Z tego punktu widzenia test przeżycia klonogennego, który ocenia całkowitą ilość śmierci komórki klonogennej, jest lepszy niż test barwienia DAPI, ponieważ ustalono korelację między SF2, przeżywającą frakcją komórek napromieniowanych promieniami rentgenowskimi 2 Gy, a odpowiedzią guza na radioterapię15. Niemniej jednak warto zauważyć, że test przeżycia klonogennego nie jest szeroko stosowany w klinice, głównie ze względu na wymóg wysokiego stopnia wiedzy specjalistycznej i długiego okresu czasu (tj. 14 dni) na pozyskanie danych. Dla porównania, procedura barwienia DAPI jest prostsza i zajmuje znacznie mniej czasu, około 3-4 dni, aby uzyskać wyniki. Przydatność testu barwienia DAPI jako predyktora odpowiedzi guza na radioterapię zostanie przetestowana w klinice w najbliższej przyszłości.
Podsumowując, test barwienia DAPI jest opłacalnym jednoetapowym testem do jednoczesnej oceny trzech głównych trybów klonogennej śmierci komórki wywołanej przez podczerwień. Takie podejście pozwala na łatwe badanie przesiewowe trybów klonogennej śmierci komórki dla różnych linii komórkowych, ustawień leczenia i punktów czasowych, w celu wyjaśnienia mechanizmów śmierci komórki w komórkach docelowych i warunków będących przedmiotem zainteresowania.