$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Wszystkie eksperymenty na zwierzętach zostały przeprowadzone zgodnie z wytycznymi dotyczącymi opieki i użytkowania zwierząt laboratoryjnych i zostały zatwierdzone przez odpowiedzialne władze (Regierung von Oberbayern, Monachium, Niemcy i Stanford Institutional Animal Care and Use Committee, Stanford, CA, USA). Lista wszystkich plazmidów do klonowania (kroki od 1 do 4) znajduje się w tabeli uzupełniającej S1.
1. Klonowanie transgenu w celu konstytutywnej ekspresji genu
- Zaprojektuj startery do amplifikacji transgenu13,14.
- Dodaj miejsca ograniczeń dla PacI (TTAATTAA) na końcu 5' startera do przodu. Dodaj miejsca ograniczeń dla AscI (GGCGCGCC) lub FseI (GGCCGGCC) na końcu 5' startera odwrotnego.
- Amplifikacja transgenu metodą PCR przy użyciu warunków zoptymalizowanych dla pożądanego transgenu14. Oczyść za pomocą dostępnego w handlu zestawu do oczyszczania DNA.
UWAGA: Czas wyżarzania zależy od podkładów zaprojektowanych w kroku 1.1., czas wydłużenia zależy od długości konstrukcji. Na przykład dla konstrukcji o długości 1,000 pz użyj 60 s czasu wydłużenia.
- Strawić transgen i wektor do konstytutywnej ekspresji genów15 z odpowiednimi nukleazami restrykcyjnymi (patrz krok 1.2) i buforować w całkowitej objętości 50 μl w temperaturze 37 °C przez noc. Na przykład skrót konstrukować z 5 jednostkami PacI i 5 jednostkami FseI, jeśli to konieczne (patrz krok 1.2).
- Żel oczyszcza strawiony wektor i wprowadza za pomocą dostępnego w handlu zestawu do ekstrakcji żelu zgodnie z instrukcjami producenta. Wykonać standardowe podwiązanie 100 ng wektora i 100–1 000 ng wkładki przy użyciu 400 U T4 ligazy w temperaturze 14 °C przez 16 godzin. Podgrzewać w temperaturze 65 °C przez 10 min.
- Przekształć kompetentne bakterie za pomocą standardowego protokołu szoku cieplnego16.
- Płytka na płytkach agarowych zawierających 100 μg/ml ampicyliny. Inkubować w temperaturze 30 °C przez 24 godziny.
- Wybierz pojedyncze kolonie, oczyść plazmidowe DNA za pomocą komercyjnego zestawu miniprep zgodnie z instrukcjami producenta i zweryfikuj sekwencjonowanie za pomocą sekwencjonowania Sangera17 (starter sekwencjonowania: 5' TGCTGGAGTTCTTCGCC 3').
- Użyj dodatnich kolonii do amplifikacji plazmidu DNA w maksymalnej skali i oczyść za pomocą zestawu do przygotowania plazmidu wolnego od endotoksyn18 zgodnie z instrukcjami producenta.
- Konstrukcja jest gotowa do wstrzyknięcia, dlatego przejdź do kroku 5.
2. Klonowanie transgenu w celu indukowalnej ekspresji genu
- Zaprojektuj startery do amplifikacji transgenu13,14.
- Dodaj miejsca ograniczeń dla SacI (GAGCTC), SpeI (ACTAGT) lub KpnI (GGTACC) do końca 5' startera do przodu. Dodaj miejsca ograniczeń dla NotI (GCGGCCGC) lub XhoI (CTCGAG) na końcu 5' odwróconego startera.
- Amplifikacja transgenu metodą PCR przy użyciu warunków zoptymalizowanych dla pożądanego transgenu14. Oczyść za pomocą komercyjnego zestawu do oczyszczania DNA.
- Oddzielnie trawić oczyszczony transgen i 4 μg wektora wejściowego (wektor pEN_TTmcs, patrz tabela materiałów)19 za pomocą odpowiednich nukleaz restrykcyjnych (patrz krok 2.2) i buforować w całkowitej objętości 50 μl w temperaturze 37 °C przez noc.
- Żel oczyszcza strawiony wektor i wprowadza za pomocą dostępnego w handlu zestawu do ekstrakcji żelu zgodnie z instrukcjami producenta. Wykonać standardowe podwiązanie ze 100 ng wektora i 100–1 000 ng wkładki przy użyciu 400 U T4 ligazy w temperaturze 14 °C przez 16 godzin. Podgrzewać w temperaturze 65 °C przez 10 min.
- Przekształć kompetentne bakterie za pomocą standardowego protokołu szoku cieplnego16.
- Płytka na płytkach agarowych zawierających 15 μg/ml gentamycyny. Inkubować w temperaturze 37 °C przez 16 godzin.
- Wybierz pojedyncze kolonie, oczyść plazmidowe DNA i zweryfikuj wstawienie przez sekwencjonowanie17 za pomocą startera do przodu pCEP: 5' AGAGCTCGTTTAGTGAACCG 3'.
UWAGA: PCR na pojedynczych koloniach można przeprowadzić bez wcześniejszego oczyszczania za pomocą starterów pCEP do przodu i pCEP do tyłu (5' AGA AAG CTG GGT CTA GAT ATC TCG 3'). Ten krok może być przydatny do wstępnej selekcji dodatnich kolonii.
- Przejdź do kroku 4.
3. Klonowanie miR-shRNA w celu wyeliminowania indukowalnego genu
- Projektowanie oligonukleotydów miR-shRNA zgodnie z protokołem klonowania pSLIK19. Wyżarzać i oczyszczać oligonukleotydy i rozcieńczać 1 : 20 w ddH2O.
- Strawić 3 μg wektora wejściowego za pomocą 5 U BfuAI w temperaturze 50 °C przez 3 godziny, a następnie dezaktywować reakcję w temperaturze 65 °C przez 20 min.
UWAGA: Jeśli pożądana jest koekspresja białka zielonej fluorescencji (GFP), użyj pEN_TTGmiRc19 jako wektora wejściowego, w przeciwnym razie użyj pEN_TTmiRc219.
- Żel oczyszcza strawiony wektor jak w kroku 2.5. Przeprowadzić standardowe ligowanie 100 ng wektora i 1 μl oczyszczonych i rozcieńczonych oligonukleotydów shRNA (krok 3.1) przy użyciu 400 U ligazy T4 w temperaturze pokojowej przez 1 godzinę. Podgrzewać w temperaturze 65 °C przez 10 min.
- Przekształć kompetentne bakterie za pomocą standardowego protokołu szoku cieplnego16.
- Płytka na płytkach agarowych zawierających 15 μg/ml gentamycyny. Inkubować w temperaturze 37 °C przez 16 godzin.
- Wybierz pojedyncze kolonie, oczyść plazmidowe DNA i zweryfikuj wstawienie za pomocą sekwencjonowania Sangera17 (starter sekwencjonowania: 5' TAGTCGACTAGGGATAACAG 3').
- Przejdź do kroku 4.
4. Klonowanie rekombinacyjne w celu wygenerowania klonów gotowych do wstrzyknięcia
- Wymieszaj 150 ng wektora wejściowego (z kroku 2 lub kroku 3) i 150 ng wektora pTC TET-vector20.
- Dodać bufor TE do całkowitej objętości 8 μl (pH = 8).
- Przenieść mieszaninę enzymów LR-klonazy II (patrz tabela materiałów) do lodu, inkubować przez 2 minuty.
- Dodać 2 μl mieszaniny enzymów LR-klonazy II do reakcji i inkubować w temperaturze 25 °C przez 1 godzinę.
- Zatrzymaj reakcję, dodając 1 μl roztworu K proteinazy. Inkubować w temperaturze 37 °C przez 10 minut.
- Przekształć kompetentne bakterie Stbl3 za pomocą 2 μl rekombinacyjnej mieszanki klonującej przy użyciu standardowego protokołu szoku cieplnego16.
- Płytka na płytkach agarowych zawierających 100 μg/ml ampicyliny. Inkubować w temperaturze 30 °C przez 24 godziny.
- Wybierz pojedyncze kolonie, oczyść plazmidowe DNA za pomocą zestawu do przygotowania plazmidu wolnego od endotoksyn18 zgodnie z instrukcjami producenta i potwierdź integralność wektora za pomocą sekwencjonowania Sanger17 (starter sekwencjonowania 5' AGGGACAGCAGATCCAGTTTGG 3').
- Konstrukcja jest gotowa do wstrzyknięcia, przejdź do kroku 5.
5. Przygotowanie roztworu do hydrodynamicznej iniekcji żyły ogonowej
UWAGA: Przygotowanie konstruktów do konstytutywnej i indukowalnej ekspresji genów jest opisane w Kroku 1, 2, 3 i 4.
- Przygotować sterylny 0,9% roztwór soli fizjologicznej do wstrzykiwań (nie stosować PBS). Użyj objętości odpowiadającej około 10% masy ciała myszy. Przykład: dla myszy o wadze 20 g przygotuj 2 ml roztworu.
- Przygotuj wektory iniekcyjne, które zostały oczyszczone za pomocą zestawu do oczyszczania plazmidu bez endotoksyn18 (patrz odpowiednio krok 1.8 lub 4.8).
- Dodaj 10 μg lub 15 μg bezendotoksynowego konstruktu wektorowego śpiącej królewny (z kroku 1 użyj 10 μg, z kroku 4 użyj odpowiednio 15 μg) i 1 μg wolnego od endotoksyn pc-HSB521 na ml sterylnego roztworu soli fizjologicznej.
- Przechowywać roztwór do 4 godzin w temperaturze 4 °C. Nie zamrażać.
6. Wykonywanie hydrodynamicznej iniekcji żył ogonowych
- Do wstrzykiwania żyły ogonowej należy użyć ogranicznika (dostępnego w handlu lub przygotowanego ze stożkowej rurki o pojemności 50 ml z otworami do oddychania i do ogona). Wypełnij dno tuby bibułą.
- Do wstrzykiwań należy używać myszy w wieku około 8–10 tygodni o wadze 20–25 g.
- Przed wstrzyknięciem należy zważyć myszy i przygotować objętość wstrzyknięcia w zależności od masy ciała (co odpowiada 10% masy ciała, patrz krok 5.1). Przygotować sterylną strzykawkę o pojemności 3 ml z igłą 27 G do wstrzykiwań i napełnić wymaganą objętością.
- Umieść mysz w ograniczniku. Dostosuj ilość bibuły (patrz krok 6.1), aby pozostawić tylko minimalną przestrzeń do ruchu, ale wystarczająco dużo miejsca do oddychania.
- Upewnij się, że mysz regularnie oddycha.
- Ogrzej ogon za pomocą lampy na podczerwień przez 30-60 s. Uważnie obserwuj, czy nie ma oznak przegrzania.
- Oczyść ogon wacikiem nasączonym alkoholem.
- Wprowadzić igłę prawie poziomo do jednej z dwóch bocznych żył ogonowych w pobliżu podstawy ogona.
UWAGA: W przypadku pomyślnego umieszczenia, niewielka ilość krwi może spłynąć z powrotem do stożka igły. Nie zaleca się aktywnego zasysania, ponieważ każdy dodatkowy ruch igły może spowodować jej przemieszczenie i/lub uszkodzenie żyły.
- Wstrzyknąć całkowitą objętość do żyły ogonowej w ciągu 8-10 sekund.
- Natychmiast wyjmij mysz z ogranicznika. Uciskać ranę po wstrzyknięciu przez co najmniej 30 s lub do momentu ustąpienia krwawienia.
- Umieść mysz w osobnej klatce. Gdy mysz dojdzie do siebie po zabiegu (około 30–60 minut), przenieś mysz z powrotem do pierwotnej klatki. Regularnie sprawdzaj na myszce przez następne 24 godziny < / >
UWAGA: Łagodną sedację myszy obserwuje się rutynowo przez okres do 2 godzin po wstrzyknięciu.
- Przed przystąpieniem do dalszych eksperymentów (tj. kroku 7) należy odczekać 10–15 dni na usunięcie niezintegrowanych wektorów.
7. Indukcja transfekowanego CreER za pomocą tamoksyfenu
UWAGA: Tamoksyfen jest szkodliwy, może działać na raka lub uszkadzać płodność. Proszę zapoznać się z kartą charakterystyki.
- Zaplanuj dootrzewnowe wstrzyknięcia tamoksyfenu przez trzy kolejne dni.
- W dniu 1 rozpuść 10 mg tamoksyfenu w 40 μl etanolu. Inkubować w temperaturze 55 °C przez 10 minut. Wirować kilka razy, aż tamoksyfen się rozpuści.
- Dodaj 960 μl oleju kukurydzianego. Inkubować przez 5 minut w temperaturze 55 °C. Kilkakrotnie przemieszać, aby uzyskać klarowny roztwór.
- Przygotować roztwór w strzykawce insulinowej o pojemności 1 ml z igłą 27 G.
- Chropij mysz, ostrożnie chwytając szyję myszy kciukiem i drugim palcem, mocując ogon między podstawą dłoni a czwartym i piątym palcem.
- Wstrzyknąć 0,1 ml (= 1 mg tamoksyfenu) roztworu dootrzewnowo w lewy dolny kwadrant jamy brzusznej.
- Powtórz wstrzyknięcia w drugim i trzecim dniu.
8. Indukcja ekspresji genu zależnego od tetracykliny lub shRNA
UWAGA: Doksycyklina może być szkodliwa. Proszę zapoznać się z kartą charakterystyki.
UWAGA: W zależności od rodzaju i czasu trwania eksperymentu, doksycyklina może być dostarczana do wody pitnej (krok 8.1) lub karmy (krok 8.2)
- W przypadku eksperymentów krótkoterminowych (<10 dni) należy podawać doksycyklinę z wodą pitną, stosując następujący protokół.
- Rozpuść 5 g sacharozy w 100 ml wody z kranu. Autoklaw.
- Rozpuścić 100 mg hykulanu doksycykliny w 5 ml roztworu sacharozy (krok 8.1.1) w stożkowej probówce o pojemności 15 ml.
- Za pomocą strzykawki o pojemności 10 ml sterylnie przefiltruj roztwór przez filtr 0,2 μm. Dodać do roztworu sacharozy przygotowanego w kroku 8.1.1.
- Dostarczyć myszowi roztwór doksycykliny i sacharozy jako wodę pitną. Sprawdzaj codziennie i wymieniaj, gdy roztwór stanie się mętny, co wskazuje na przerost bakterii (wymień klarowny roztwór najpóźniej po trzech dniach).
- W przypadku długotrwałych doświadczeń (>10 dni) lub doświadczeń wrażliwych na zmiany metaboliczne należy stosować handlową doksycyklinę (np. Doksycyklinę Hyclate Chow 0,625 g/kg), aby uniknąć odwodnienia i/lub zmian w wątrobie leczonych zwierząt wywołanych sacharozą.
9. Przygotowanie wątroby myszy do analizy metodą barwienia immunologicznego
UWAGA: Paraformaldehyd może być szkodliwy. Proszę zapoznać się z kartą charakterystyki.
UWAGA: Czas, w którym myszy będą analizowane, zależy od eksperymentu. Zaleca się analizę tkanki wątroby po co najmniej trzech dniach leczenia doksycykliną, aby zapewnić wystarczającą indukcję ekspresji transgenu lub shRNA.
- Przygotować strzykawkę o pojemności 1 ml z igłą 27 G z 1 ml 4% roztworu paraformaldehydu (PFA).
- Poddaj mysz eutanazji odpowiednią metodą zgodnie z zatwierdzonym protokołem dla zwierząt.
UWAGA: Wytyczne dotyczące odpowiednich metod eutanazji mogą się różnić w zależności od instytucji.
- Za pomocą nożyczek preparacyjnych i kleszczy anatomicznych ostrożnie otwórz jamę brzuszną za pomocą laparotomii środkowej, aby odsłonić wątrobę. Przesuń jelito cienkie w prawo, aby odsłonić żyłę wrotną i żyłę główną dolną (IVC).
- Wprowadzić igłę przygotowanej strzykawki (patrz krok 9.1) do kroplówki i przeciąć żyłę wrotną. Wstrzyknąć powoli 1 ml PFA do IVC, aby perfundować tkankę wątroby i usunąć autofluorescencyjne czerwone krwinki (pożądane, jeśli ma być przeprowadzone barwienie immunofluorescencyjne).
- Usuń wątrobę. Spłucz wodą i przenieś do 5–10 ml 4% roztworu PFA.
- W przypadku wycinków parafinowych należy utrwalić tkankę przez 36–48 godzin. Tkanka jest gotowa do odwodnienia i zatopienia w parafinie.
- W przypadku zamrożonych skrawków utrwalić tkankę w 4% PFA na 1 godzinę.
- W celu krioprotekcji przenieś do 10% roztworu sacharozy. Inkubacja 60 min.
- Przenieść do 20% roztworu sacharozy. Inkubacja 60 min.
- Przenieść do 30% roztworu sacharozy. Inkubacja 12–16 godzin. Zanurzyć w masie do zatapiania zamrożonych części i zamrozić w temperaturze -20 °C.