Macierz zewnątrzkomórkowa (ECM) to dynamiczna sieć molekuł, które regulują ważne procesy komórkowe, a mianowicie decyzje o losie, proliferację i różnicowanie1,2. Badania interakcji komórka-ECM prowadzono głównie w dwuwymiarowych (2D) hodowlach in vitro pokrytych składnikami ECM, które stanowią uproszczenie natywnych właściwości ECM stwierdzonych in vivo. Decelularyzacja generuje bezkomórkowe biorusztowania ECM podobne do 3D, które w dużej mierze zachowują zewnątrzkomórkową architekturę i skład natywnych tkanek i narządów3,4. Oprócz tego, że służą jako bioaktywne rusztowania dla inżynierii tkankowej, bezkomórkowe biomateriały 3D ECM stają się nowymi platformami do oceny biologii komórki-ECM, które są równoległe do środowiska in vivo.
Ocena zróżnicowanej roli składników ECM w różnych tkankach, organach i wieku skorzysta na użyciu podobnych protokołów generowania natywnych biorusztowań. W przypadku serca opracowaliśmy wszechstronny protokół decelularyzacji próbek pochodzących od płodu i dorosłych, jako alternatywne podejście do wykonywania badań porównawczych mikrośrodowiska narządów. Korzystając z tej metodologii, uchwyciliśmy natywne mikrośrodowisko serca i wykazaliśmy, że ECM płodu sprzyja wyższej wydajności ponownego zasiedlania komórek serca5. Decelularyzacja pozwoliła ponadto na identyfikację rezydentnych różnic strukturalnych między ECM płodu i dorosłego na poziomie blaszki podstawnej i układu siatki macierzy okołokomórkowej oraz składu włókien5. Przed tą pracą bezpośrednie porównanie tkanek w różnych stadiach ontogennych przy użyciu tego samego podejścia do decelularyzacji zostało zgłoszone tylko dla nerek małp rezusów i serc gryzoni. Ponadto ograniczona liczba badań donosi o decelularyzacji tkanek płodowych/narządów per se5,6,7. Udało się to osiągnąć przy użyciu SDS jako unikalnego środka decelularyzacyjnego; jednak do decelularyzacji tkanki serca płodu i dorosłego zastosowano wyraźne stężenia SDS7,8. SDS jest jednym z najskuteczniejszych detergentów jonowych do usuwania materiału cytoplazmatycznego i jądrowego, szeroko stosowanym w decelularyzacji różnych tkanek i próbek9,10. Roztwory zawierające wysokie stężenia SDS i wydłużone okresy ekspozycji zostały skorelowane z denaturacją białek, utratą glikozaminoglikanu (GAG) i rozerwaniem włókien kolagenowych10,11, a zatem konieczna jest równowaga między zachowaniem ECM a usunięciem komórek. Aby zastosować tę samą procedurę do tkanki serca płodu i dorosłego człowieka, opisany w niniejszym dokumencie protokół jest podzielony na trzy sekwencyjne etapy: liza komórek przez wstrząs osmotyczny (bufor hipotoniczny); solubilizacja oddziaływań lipid-białko, DNA-białko i białko-białko (0,2% SDS); i usuwanie materiału jądrowego (obróbka DNaza).
Nasz protokół wykazuje kilka zalet: i) możliwość równoważnej decelularyzacji tkanek serca specyficznych dla wieku poprzez zastosowanie tej samej strategii decelularyzacji; ii) brak wymagań dotyczących specjalistycznych metod lub sprzętu; iii) gotowa adaptacja do innych tkanek i gatunków, ponieważ została z powodzeniem zastosowana z niewielkimi zmianami w biopsjach jelita ludzkiego12 i mouse lung13; i, co ważne, iv) może zająć się właściwościami biomechanicznymi ECM, umożliwiając jednocześnie składanie kultur organotypowych podobnych do 3D, które bardziej naśladują cechy molekularne natywnego mikrośrodowiska tkankowego.