Badania klonalne wykazały niejednorodność długoterminowych właściwości wszczepiania dorosłych HSC, dostarczając nowych informacji na temat podtypów HSC i zmian w zachowaniu HSC podczas starzenia1. Jednak podobne badania nad embrionalnymi HSC i ich prekursorami były bardziej wymagające. Podczas wczesnego rozwoju embrionalnego HSC powstają z populacji prekursorów znanych jako śródbłonek hemogenny w przejściowym procesie zwanym przejściem śródbłonka do układu krwiotwórczego2. Pierwszy HSC, zdefiniowany przez ich zdolność do zapewnienia solidnego, długoterminowego wszczepienia wieloliniowego po przeszczepieniu do uwarunkowanych dorosłych biorców, nie jest wykrywany aż do 10,5 dnia embrionalnego (E10,5) w zarodku mysim, z bardzo niską częstotliwością3. W trakcie swojego rozwoju prekursory HSC (pre-HSC) powstające z hemogennego śródbłonka muszą przejść proces dojrzewania przed uzyskaniem właściwości dorosłego HSC, które pozwalają na skuteczne wszczepienie w testach transplantacyjnych4,5,6. Przesłaniając badania nad rzadkim pochodzeniem HSC, wiele krwiotwórczych komórek progenitorowych o potencjale erytroidalnym, szpikowym i limfoidalnym zostało wykrytych jeszcze przed pojawieniem się HSC z klasy pre-HSC7,8. W związku z tym odróżnienie pre-HSC od innych hematopoetycznych komórek progenitorowych wymaga metod klonalnej izolacji komórek i dostarczenia im sygnałów wystarczających do ich dojrzewania do HSC, aby wykryć ich właściwości wszczepienia w testach transplantacyjnych.
Opisano wiele podejść, które pozwalają na wykrycie pre-HSC poprzez dojrzewanie do HSC ex vivo lub in vivo. Metody ex vivo zależały od hodowli tkanek embrionalnych, takich jak region AGM, w którym pierwsze HSC są wykrywane w develop9. Opierając się na tych metodach, protokoły, które obejmują dysocjację, sortowanie i ponowną agregację tkanek AGM, pozwoliły na scharakteryzowanie posortowanych populacji zawierających prekursory HSC podczas rozwoju od E9.5 do E11.5 w regionach przyaaortalnej splanchnopleury (P-Sp)/AGM4,5,10; Jednak podejścia te nie są podatne na wysokoprzepustową analizę prekursorów na poziomie pojedynczej komórki wymaganą do analizy klonalnej. Podobnie, dojrzewanie in vivo przez przeszczepienie nowonarodzonym myszom, gdzie zakłada się, że mikrośrodowisko jest bardziej odpowiednie do wspierania wcześniejszych stadiów prekursorów HSC, umożliwiło również badania posortowanych populacji z woreczka żółtkowego i AGM/P-Sp (P-Sp jest regionem prekursorowym AGM) z cechami pre-HSC, ale metody te również nie zapewniają solidnej platformy do analizy pojedynczych komórek11, 12.
Badania przeprowadzone przez Rafii et al. wykazały, że zrąb komórek śródbłonka (EC) aktywowany Aktem może stanowić niszowy substrat do wspierania samoodnawiania się dorosłych HSC in vitro13,14,15. Niedawno ustaliliśmy, że EC aktywowany Aktem pochodzący z regionu AGM (AGM-EC) zapewnia odpowiednią niszę in vitro do dojrzewania prekursorów hemogennych, wyizolowanych już w fazie rozwoju E9, do wszczepienia HSC w wieku dorosłym, a także późniejszej samoodnowy wygenerowanej klasy HSC16. Biorąc pod uwagę, że system ten wykorzystuje prostą dwuwymiarową kokulturę, można go łatwo przystosować do analizy klonalnej potencjału HSC indywidualnie izolowanych prekursorów hemogennych.
Niedawno opisaliśmy podejście do badania potencjału HSC klonalnych prekursorów hemogenicznych poprzez połączenie sortowania indeksowego poszczególnych prekursorów hemogennych z mysich zarodków z kokulturą AGM-EC i późniejszą analizę funkcjonalną w testach transplantacyjnych17. Sortowanie indeksowe to tryb sortowania komórek aktywowanego fluorescencją (FACS), który rejestruje (indeksuje) wszystkie parametry fenotypowe (tj. rozproszenie do przodu (FSC-A), rozproszenie boczne (SSC-A), parametry fluorescencji) każdej indywidualnie posortowanej komórki, tak aby cechy te można retrospektywnie skorelować z późniejszą analizą funkcjonalną po sortowaniu. Oprogramowanie FACS rejestruje zarówno informacje fenotypowe dla każdej komórki, jak i pozycję/dołek 96-dołkowej płytki, w której została umieszczona. Technika ta była wcześniej elegancko stosowana do identyfikacji heterogeniczności w dorosłym HSC, określania parametrów fenotypowych, które dodatkowo wzbogacają długoterminowy podzbiór HSC do wszczepiania, oraz korelowania parametrów fenotypowych HSC z właściwościami transkrypcyjnymi na poziomie pojedynczej komórki18,19. W tym miejscu przedstawiamy szczegółową metodologię tego podejścia, która umożliwia identyfikację unikalnych parametrów fenotypowych i wkładu liniowego pre-HSC we wczesnych stadiach rozwoju embrionalnego.