Artykuł metodologiczny

Optymalizacja wykorzystania robota do obsługi cieczy w celu przeprowadzenia wysokoprzepustowego badania przesiewowego genetyki chemicznej Arabidopsis thaliana

DOI:

10.3791/57393

⸱

30 kwietnia 2018

 ,  , 
1Department of Horticulture, University of Kentucky

W tym artykule

Podsumowanie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Przeprowadzono wysokoprzepustowe badanie przesiewowe syntetycznych małych cząsteczek na modelowym gatunku rośliny, Arabidopsis thaliana. Protokół ten, opracowany dla robota do obsługi cieczy, zwiększa szybkość badań przesiewowych genetyki chemicznej, przyspieszając odkrywanie nowych małych cząsteczek wpływających na fizjologię roślin.

Streszczenie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Genetyka chemiczna jest coraz częściej wykorzystywana do dekodowania cech roślin, które mogą być oporne na tradycyjną genetykę z powodu redundancji genów lub śmiertelności. Jednak prawdopodobieństwo, że syntetyczna mała cząsteczka jest bioaktywna, jest niskie; Dlatego należy przetestować tysiące molekuł, aby znaleźć te, które Cię interesują. Systemy robotyki do obsługi cieczy są zaprojektowane do obsługi dużej liczby próbek, co zwiększa szybkość, z jaką biblioteka chemiczna może być przesiewana, a także minimalizuje/standaryzuje błędy. Aby uzyskać wysokowydajne badanie przesiewowe genetyki chemicznej w bibliotece 50 000 małych cząsteczek na Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), opracowano protokoły wykorzystujące stacjonarnego wielokanałowego robota do obsługi cieczy, które wymagają minimalnego zaangażowania techników. Dzięki tym protokołom odkryto 3271 małych cząsteczek, które spowodowały widoczne zmiany fenotypowe. 1,563 związki indukowały krótkie korzenie, 1,148 związków zmieniało zabarwienie, 383 związki powodowały włośniki i inne, nieskategoryzowane zmiany, a 177 związków hamowało kiełkowanie.

Wprowadzenie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

W ciągu ostatnich 20 lat badacze w dziedzinie biologii roślin poczynili wielkie postępy, stosując metody genetyki chemicznej, zarówno naprzód, jak i wstecznie, pogłębiając nasze zrozumienie biosyntezy ściany komórkowej, cytoszkieletu, biosyntezy hormonów i sygnalizacji, grawitropizmu, patogenezy, biosyntezy puryn i transportu endomembranowego1,2,3,4,5. Zastosowanie zaawansowanych technik genetyki chemicznej umożliwia identyfikację fenotypów będących przedmiotem zainteresowania i pozwala naukowcom zrozumieć genotypowe podstawy poszczególnych procesów. I odwrotnie, odwrócona genetyka chemiczna poszukuje substancji chemicznych, które wchodzą w interakcje z wcześniej określonym celem białka6. Arabidopsis był w czołówce tych odkryć w biologii roślin, ponieważ jego genom jest mały, zmapowany i opisany. Ma krótki czas generowania i dostępnych jest wiele linii mutantów/reporterów, które ułatwiają identyfikację nieprawidłowych maszyn subkomórkowych7.

Istnieją dwa główne wąskie gardła, które spowalniają postęp badań genetycznych, wstępny proces przesiewowy i określanie celu interesującego związku8. Główną pomocą w zwiększaniu szybkości selekcji małych cząsteczek jest zastosowanie automatyzacji i zautomatyzowanego sprzętu9. Roboty do obsługi cieczy są doskonałym narzędziem do obsługi dużych bibliotek małych cząsteczek i odegrały zasadniczą rolę w napędzaniu postępu w naukach biologicznych10. Przedstawiony tutaj protokół ma na celu złagodzenie wąskiego gardła związanego z procesem badań przesiewowych, umożliwiając szybką identyfikację bioaktywnych małych cząsteczek. Technika ta zmniejsza obciążenie pracą i czasem operatora, jednocześnie zmniejszając koszty ekonomiczne ponoszone przez głównego badacza.

Do tej pory większość analizowanych bibliotek chemicznych zawierała od 10 000 do 20 000 związków, niektóre zawierały nawet 150 000, a niektóre zaledwie 709,11,12,13,14,15,16. Protokół przedstawiony w niniejszym dokumencie został zaimplementowany na małej bibliotece molekuł składającej się z 50 000 związków (patrz Tabela Materiałów), jednym z większych badań przesiewowych genetyki chemicznej przeprowadzonych do tej pory na Arabidopsis. Protokół ten wpisuje się w obecny trend w kierunku zwiększonej wydajności i szybkości w zakresie genetyki chemicznej, zwłaszcza w odniesieniu do odkrywania herbicydów, insektycydów, fungicydów, leków i biologii raka17,18,19,20,21. Chociaż protokół ten został zaimplementowany w przypadku rzodkiewnika, można go łatwo dostosować do kultur komórkowych, zarodników, a potencjalnie nawet owadów w płynnym podłożu na płytkach 96-, 384- lub 1536-dołkowych. Ze względu na swoje niewielkie rozmiary rzodkiewnik nadaje się do badań przesiewowych w 96-dołkowych płytkach. Jednak równomierne rozprowadzenie nasion między studzienkami jest wyzwaniem. Siew ręczny jest dokładny, ale pracochłonny i chociaż istnieją urządzenia przeznaczone do dozowania nasion do 96-dołkowych płytek, ich zakup jest drogi. Tutaj pokazujemy, jak można obejść ten krok przy niewielkiej utracie dokładności.

Ogólnym celem tej metody było ułatwienie badania przesiewowego dużej biblioteki chemicznej przeciwko Arabidopsis, bez uszczerbku dla dokładności, za pomocą robota do obsługi cieczy. Zastosowanie tej metody poprawia efektywność badacza poprzez skrócenie czasu potrzebnego do zakończenia zarządzania początkowymi seriami rozcieńczeń i późniejszymi badaniami fenotypowymi, umożliwiając szybką wizualizację próbek pod mikroskopem preparacyjnym i szybką identyfikację nowych bioaktywnych małych cząsteczek. Rysunek 1 przedstawia kluczowe wyniki tego protokołu w 4 krokach.

figure-introduction-1
Rysunek 1: Ogólny przebieg badania przesiewowego genetyki chemicznej. Przegląd protokołu, który ma zostać opisany, wraz z pewnymi szczegółami dla każdego z 4 kluczowych kroków. 1: Otrzymanie biblioteki chemicznej, 2: Wykonanie biblioteki rozcieńczeń, 3: Wykonanie płytek przesiewowych i 4: Inkubacja i wizualizacja płytek przesiewowych. Kliknij tutaj, aby zobaczyć większą wersję tego rysunku.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Protokół

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Tworzenie biblioteki rozcieńczeń

  1. Oznacz ręcznie płytki 625 Dilution Library, upewniając się, że pasują do odpowiadającej im płytki z biblioteki chemicznej. Dodatkowo podłącz węże zasilające i odpływowe do automatycznego pozycjonera sprzętu laboratoryjnego (ALP) Multichannel Tip Wash (ALP), przepuszczając je przez napęd konsoli do zbiornika o pojemności 5 galonów (patrz tabela materiałów).
  2. Uzyskaj dostęp do komputera i włącz pompę myjącą poprzez połączenie sterownika urządzenia z wielokanałowym myciem końcówek ALP w celu cyrkulacji wody. Spowoduje to automatyczne wyłączenie po zakończeniu protokołu.
  3. Załaduj ręcznie Stacker 10 przymocowany do karuzeli Stacker w następującej kolejności w hotelach A - D (Rysunek 4, Stacker); jedno pudełko końcówek do pipet AP96 P20 w pomieszczeniu 1, cztery 96-dołkowe płytki z dnem w kształcie litery V w pomieszczeniach 2 - 5, przy czym dwie górne płytki zawierają stężenia zapasów z zamówionej biblioteki i dwie dolne płytki są puste (Rysunek 5, Wózek widłowy). Dodatkowo załaduj jedno pudełko końcówek do pipet AP96 P20 w pomieszczeniu 6 i cztery 96-dołkowe płytki z dnem w kształcie litery V w pomieszczeniach 7 - 9 z dwiema górnymi płytkami zawierającymi stężenia wyjściowe z zamówionej biblioteki i dwiema dolnymi płytkami pustymi (Rysunek 5, Układarka).
  4. Ustaw ręcznie pokład ze zbiornikiem na wodę o pojemności 300 ml na P3, kąpielą 300 ml 70% EtOH na P7, ładowarką do końcówek ALP (TL1) i wielokanałową myjką do końcówek ALP (TW1) (Rysunek 4, Pokład i Rysunek 5, Pokład).
  5. Korzystając z oprogramowania operacyjnego, wyjmij końcówki do pipet AP96 P20 z wózka widłowego 10 i przenieś je do podajnika końcówek ALP.
    UWAGA: od 1.5 do 1.12 wszystkie są wykonywane za pomocą oprogramowania operacyjnego robota do obsługi cieczy; patrz Tabela materiałów.
  6. Umieść pokój 2 w hotelu A i oddziel wszystkie cztery 96-dołkowe płyty dolne w kształcie litery V na pokładzie, umieszczając dwie dolne na P4 i P8, a dwie górne na P5 i P9 (Rysunek 4).
  7. Załaduj końcówki do pipet AP96 P20 za pomocą podajnika końcówek ALP na 96-kanałową głowicę o pojemności 200 μl. Odessać 90 μl ze zbiornika na wodę o pojemności 300 ml i przelać do 96-dołkowej płytki rozcieńczającej V-Bottom na P4. Powtórz ten krok dla tabliczki na P8.
  8. Wymieszaj płytkę biblioteki chemicznej z P5, wielokrotnie zasysając i dozując trzykrotnie 15 μl. Dodatkowo odessać 10 μl z płytki biblioteki chemicznej na P5 i dozować 10 μl do płytki rozcieńczającej na P4.
  9. Wymieszać roztwory z płytki na P4, wielokrotnie zasysając i dozując łącznie 50 μl w sumie. Po wymieszaniu wyczyść końcówki do pipet AP96 P20, zasysając i dozując 70 μl 70% EtOH z P7, a następnie myjąc je w Multichannel Tip Wash ALP, zasysając i dozując czterokrotnie 110% objętości wody.
  10. Powtórz kroki 1.8 - 1.9 dla drugiej pary płytek na P8 i P9. Po utworzeniu drugiej 96-dołkowej płytki rozcieńczającej V-Bottom, ułóż płytki w następującej kolejności od dołu do góry: P9, P5, P8 i P4. Następnie umieść stos na jednym pustym statycznym ALP; P1, P2, P6, P10, P11, P12 lub P13.
  11. Powtarzaj kroki od 1.6 do 1.10, aż pokój 5 w hotelu A będzie pusty. Powtórz krok 1.5 po dotarciu do pomieszczenia 6, przenosząc nowe końcówki do pipet AP96 P20 do podajnika końcówek ALP i umieszczając zużyte końcówki do pipet AP96 P20 na pustym statycznym ALP.
  12. Powtarzaj kroki od 1.6 do 1.10, aż pokój 9 w hotelu A będzie pusty. Jednak, aby udać się do hotelu B, talerze i końcówki znajdujące się na pokładzie muszą zostać ponownie załadowane do hotelu A.
  13. Ponownie napełnij ręcznie zbiornik na wodę o pojemności 300 ml. Ten krok jest kluczowy, a program komputerowy może włączyć pauzę szczegółowo opisującą ten komunikat, wymagając od użytkownika naciśnięcia przycisku "kontynuuj" przed wykonaniem następnego kroku.
  14. Powtórz kroki 1.5 - 1.13 dla pozostałych hoteli, upewniając się, że zbiornik na wodę o pojemności 300 ml jest pełny 300 ml za każdym razem przed przejściem do następnego hotelu.

2. Dodawanie mieszanki pożywki i nasion do płyt przesiewających

  1. Przygotować 1/2 pożywki Murashige i Skoog (MS) z 0,1% agarem przez dodanie 4,3 g soli MS, 0,50 g MES, 1,0 g agaru do 1 l DI H2O. Dostosuj pH do 5,7 poprzez dodanie 5 M wodorotlenku potasu, monitorując za pomocą sondy pH.
  2. Wysterylizuj nasiona, potrząsając nimi w 1% wybielaczu i SDS między 15 a 30 minutami, a następnie spłucz 4 razy równą objętością wody przez odwirowanie. Gdy nasiona są sterylne, umieść je w temperaturze 4 °C od 24 godzin do 7 dni w celu wernilizacji. Centrum Zasobów Biologicznych Arabidopsis opisuje dodatkowe metody sterylizacji, wernilizacji i wzrostu22.
  3. Ręcznie dodawać nasiona do podłoża o gęstości 0,1 g/100 ml. Gęstość ta daje średnio od 3 do 10 nasion na dołek na 96-dołkowej płytce.
  4. Umieść ręcznie cztery 96-dołkowe talerze z płaskim dnem w pokojach 1 i 2 hotelu A (Rysunek 6, Hotel A). Umieść pudełko końcówek do pipet AP96 P250 na ładowarce końcówek ALP, zbiorniku o pojemności 300 ml wypełnionym mieszanką pożywki i nasion utworzoną w krokach 2.1 - 2.3 na P3 oraz zbiorniku o pojemności 300 ml wypełnionym 70% EtOH na P7 (Rysunek 4, Pokład i Rysunek 6, Pokład).
    UWAGA: Wersje od 2.5 do 2.8 są wykonywane za pomocą oprogramowania operacyjnego.
  5. Przedstaw pokoje 1 i 2 w hotelu A i oddziel stosy czterech talerzy. Umieść jedną płytkę na każdym z pustych statycznych ALP (P4, P5, P6, P8, P9, P10, P11 i P12). Załaduj końcówki do pipet AP96 P250 do 96-kanałowej głowicy o pojemności 200 μl.
  6. Odessać 90 μl z 300 ml zbiornika na nasiona podłoża na P3 i dozować do pierwszej 96-dołkowej płytki z płaskim dnem. Powtarzaj ten proces, aż wszystkie osiem płytek będzie zawierało mieszaninę pożywki i nasion.
  7. Wyczyść końcówki pipet AP96 P250, zasysając i dozując 70 μl ze zbiornika o pojemności 300 ml wypełnionego 70% EtOH na P7. Umyj końcówki w Multichannel Tip Wash ALP, zasysając i dozując czterokrotnie 110% objętości wody, rozładuj końcówki w TL1 i zbierz płytki ręcznie.

3. Dodawanie małych cząsteczek do płytek przesiewowych

  1. Załaduj ręcznie pudełko końcówek do pipet AP96 P250 do pokoju 1 hotelu A, dwie 96-dołkowe płytki biblioteczne do rozcieńczania w kształcie litery V z dnem do pomieszczeń 2, 4, 6 i 8 oraz dwie 96-dołkowe płaskodenne płytki przesiewowe do pomieszczeń 3, 5, 7 i 9 (Rysunek 4, Układarka i Rysunek 7, Hotel A). Dodatkowo podłącz węże do iz Multichannel Tip Wash ALP do zbiornika o pojemności 5 galonów.
    UWAGA: Wersje od 3.2 do 3.10 są wykonywane za pomocą oprogramowania operacyjnego.
  2. Skonfiguruj pokład tak, aby zawierał 300 ml 70% zbiornika płuczącego EtOH w P7; zbiornik na nasiona pożywki można pozostawić na pokładzie w P3 (Rysunek 4, Pokład i Rysunek 7, Pokład). Dodatkowo włącz Console Drive przez połączenie kontrolera urządzenia, aby cyrkulować wodę przez Multichannel Tip Wash ALP. Spowoduje to automatyczne wyłączenie po zakończeniu protokołu.
  3. Przedstaw pudełko na końcówki do pipet AP96 P250 z hotelu A i przenieś je do ładowarki końcówek ALP.
  4. Przedstaw 96-dołkowe tabliczki biblioteczne z rozcieńczaniem w kształcie litery V z dnem z pokoju 2 hotelu A na pokład i umieść jedną na statycznym ALP P4 i jedną na P8. Przedstaw 96-dołkowe płaskodenne płyty przesiewowe z pokoju 3 hotelu A na pokład i umieść jedną na statycznym ALP P5, a drugą na P9.
  5. Załaduj końcówki do pipet AP96 P250 za pomocą podajnika końcówek ALP na 96-kanałową głowicę o pojemności 200 μl.
  6. Wymieszaj 96-dołkową płytkę rozcieńczającą V-Bottom na P4, zasysając i dozując 50 μl trzy razy. Następnie odessać 10 μl z tej płytki i dozować do 96-dołkowej płaskodennej płytki przesiewającej na P5.
  7. Wymieszać roztwory w płytce w temperaturze P5, zasysając i dozując trzykrotnie 50 μl. Wyczyść końcówki pipet AP96 P250 etanolem, zasysając i dozując 70 μl 70% EtOH ze zbiornika w P7, a następnie umyj końcówki w Multichannel Tip Wash ALP, zasysając i dozując czterokrotnie 110% objętości wody.
  8. Powtórz kroki 3.5 i 3.6 dla drugiej 96-dołkowej płytki bibliotecznej z dnem rozcieńczania w kształcie litery V (P8) i 96-dołkowej płytki przesiewającej z płaskim dnem (P9).
  9. Ułóż razem dwie 96-dołkowe płytki biblioteczne do rozcieńczania z dnem w kształcie litery V i dwie 96-dołkowe płytki przesiewające z płaskim dnem. Przenieś płytki do statycznych ALP P1, P2, P6, P10, P11, P12 lub P13.
  10. Powtórz kroki 3.4 - 3.9 trzy razy, dodając rozcieńczone chemikalia do płytek sitowych w sumie osiem razy. Na koniec sprawdź liczbę nasion w każdym dołku płytek sitowych poprzez konformację wizualną i uzupełnij te studzienki mniej niż trzema nasionami dodatkowymi nasionami sterylizowanymi i wernalizowanymi.

4. Inkubacja i wizualizacja płyt przesiewowych

  1. Inkubować 96-dołkowe płaskodenne płytki sitowe przez cztery dni w komorze środowiskowej w temperaturze 22 °C w cyklu 16/8 światło/ciemność w pojemniku odpornym na wysuszanie. Wizualizuj 96-dołkowe płaskodenne płytki przesiewowe pod mikroskopem preparacyjnym. Zapisz wszystkie nieprawidłowe fenotypy w celu dalszych badań.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Wyniki

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Możliwość dokładnego i efektywnego charakteryzowania fenotypów na podstawie dodawania małych cząsteczek w stężeniach przesiewowych pod mikroskopem preparacyjnym jest ostatecznym celem tej metody zaawansowanej genetyki chemicznej Arabidopsis. Fenotypy zaobserwowane po przebadaniu wszystkich 50 000 związków były zróżnicowane i można je podzielić na kilka odrębnych klas (Rysunek 2). Rysunek 3A-F przedstawia przykłady...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Dyskusja

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Protokół ten ma na celu pomóc naukowcom w przeprowadzeniu badań przesiewowych genetyki chemicznej nad rzodkiewnikiem. Przedstawiamy reprezentatywne wyniki z badania przesiewowego 50 000 związków (Figura 2 i Rycina 3), jednego z największych badań przesiewowych genetyki chemicznej przeprowadzonych do tej pory na Arabidopsis 9,13,23. Zastosowanie robota do obsługi cieczy ...

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Oświadczenia

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Autorzy oświadczają, że nie mają konkurencyjnych interesów finansowych.

Podziękowania

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Dziękujemy Jozsefowi Storkowi, Mitchelowi Richmondowi, Jarradowi Gollihue i Andrei Sanchez za konstruktywną i krytyczną dyskusję. Dr Sharyn Perry za zdjęcia fenotypowe. Niniejszy materiał oparty jest na pracach wspieranych przez Narodową Fundację Nauki na podstawie umowy o współpracy nr 1355438.

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Materiały

Lista materiałów użytych w tym artykule
NazwaFirmaNumer katalogowyKomentarze
KlawiaturaDostawca lokalnyNie dotyczyUżywany do projektowania i obsługi protokołu Mysz Biomek FX
Lokalny dostawcaNie dotyczyUżywany do projektowania i obsługi protokołu Biomek
FX Ekran komputeraLokalny dostawcaNie dotyczyUżywany do projektowania i obsługi protokołu Biomek FX
KomputerLokalny dostawcaNieUżywany do projektowania i obsługi protokołu Biomek FX
DIVERSet Różnorodna biblioteka przesiewowaChemBridgeN/A Bibliotekachemiczna
Oprogramowanie BiomekBeckman CoulterN/AUruchamia i projektuje sterownik urządzeń Biomek
FX Beckman Coulter719366Obsługuje pompę wodną/stację mycia końcówek
Wózek widłowy Karuzela wiszącaBeckman Coulter148240Ręczna obsługa Biomek Wózek widłowy
Karuzela Biomek Karuzela KaruzelaBeckman Coulter148520Jednostka obrotowa, która mieści wszystkie układarki FX Stacker 10
FX Stacker 10Beckman Coulter148522Jednostka elewatora, w której znajdują się komponenty do ekranu
FX Stacker 10Beckman Coulter148522Jednostka elewatora, w której znajdują się komponenty do ekranu
FX Stacker 10Beckman Coulter148522Jednostka elewatora, w której znajdują się komponenty do ekranu
FX Stacker 10Beckman Coulter148522Jednostka elewatora, w której znajdują się komponenty do ekranu
Biomek FXBeckman Coulterhttps://www.beckman.com/liquid-handlersRobot, który wykonuje żądane operacje
AccuframeArtisan Technology Group76853-4Ramię ramy do prawidłowego umieszczania komponentów
Oprawa ramowaBeckman Coulter719415Centruje ramię w
wielokanałowym myciu końcówekBeckman Coulter719662Myje końcówki po kąpieli etanolowej
Ładowarka końcówek ALPBeckman Coulter719356Pneumatycznie ładuje końcówki na ramię
Sprężarka powietrzaLokalny dostawcaNie dotyczyDostarcza powietrze do pneumatycznego załadunku końcówek
Napęd konsolowy MasterFlexCole-Parmer77200-65Pompa służąca do cyrkulacji wody przez wielokanałowy wąż powietrzny do myjki końcówek
Lokalny dostawcaNie dotyczyDostarcza powietrze ze sprężarki powietrza do węża wodnego ładowarki końcówek
Lokalny dostawcaNie dotyczyDostarcza wodę od 5 galonów rezerwy do myjki końcówki
redlica Beckmanfirmy ALPW zestawie z Biomek FXObsługuje sprzęt do ekranu
5 galonów RezerwatorLokalny dostawcaNie dotyczyRecyrkuluje brudną wodę z czyszczenia końcówek
ChwytakiBeckman CoulterW zestawie z Biomek FXChwyta i przenosi sprzęt we właściwe miejsca
96-kanałowy 200 i mikro; L HeadBeckman CoulterW zestawie Biomek FXZawiera 96 końcówek używanych na ekranie
AP96 P200 Końcówki do pipetBeckman Coulter717251Służy do tworzenia biblioteki przesiewowej
96 Well Flat Bottom PlateCostar9018Pomaga w wizualizacji ekranu
96 Well V-Bottom PlateCostar3897Pomaga w przechowywaniu biblioteki rozcieńczeń
AlumaSeal 96 Folia uszczelniającaMedSciF-96-100Uszczelki do przechowywania zarówno biblioteki chemicznej, jak i biblioteki rozcieńczeń
Plastikowe torebki na kanapki z zamkiem błyskawicznymLokalny dostawcaNie dotyczySłuży do zapewnienia wilgotnego środowiska dla ekranu
AP96 P20 Końcówki do pipetBeckman Coulter717254Używany w tworzeniu biblioteki rozcieńczeń
Komora wzrostuPercivalAR36L3Kiełkuje nasiona do fenotypu wizulizacja
SzpatułkaLokalny dostawcaNie dotyczyPrzechowuje nasiona do dodania do studzienek, w których wysiew płynny nie powiódł się odpowiednio
Nasiona WykałaczkaLokalny dostawcaNie dotyczyWypycha nasiona ze szpatułki do studni
Murashige i Skoog Mieszanina soli bazalnejLaboratoria fitotechnologiczneM524Dodaj do mieszaniny pożywki
MS MES Wolny monohydrat kwasuFisher ScientificICN19483580Dodawany do pożywki MS w celu obniżenia pH
Agar w proszkuAlfa Aesar9002-18-0Zwiększa grubość podłoża w celu podparcia zawiesiny nasion
5M KOHSigma-Aldrich484016Podnosi pH do odpowiedniego poziomu
Butelka do przechowywania pożywek1L Corning1395-1LMieści wystarczającą ilość podłoża na ekran
Probówki wirówkowe z polipropylenuCorning431470Sterylizuje nasiona przed wernilizacją
Sonda pHDavis InstrumentsYX-58825-26Służy do wytwarzania mediów
ALP (Automated Labware Positioners) Instrukcja obsługiBeckman CoulterPN 987836Pomaga w ustawianiu sprzętu towarzyszącego dla Biomek FX
obsługi karuzeli układarki Biomek 2000Beckman Coulter609862-AAPomoce w konfiguracji karuzeli
układarkiBiomek FX i FXP Instrukcja obsługi stacji roboczych do automatyzacji laboratoriówBeckman CoulterPN 987834Służy do oprawiania wielokanałowej stacji
roboczej automatyzacji laboratorium Pod Biomek FXP Przewodnik uruchomieniaBeckman CoulterPN B32335ABSłuży do pomocy w konfiguracji oprogramowania Biomek FX
obsługi oprogramowania BiomekBeckman CoulterPN 987835Służy do konfiguracji i zrozumienia Oprogramowanie
dotyczy Accuframe ALP Statyczna Instrukcja klienta Instrukcja

Bibliografia

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Blackwell, H. E., Zhao, Y. Chemical genetic approaches to plant biology. Plant Physiol. 133 (2), 448-455 (2003).
  2. Dejonghe, W., Russinova, E. Plant chemical genetics: From phenotype-based screens to synthetic biology. Plant Physiol. 174 (1), 5-20 (2017).
  3. McCourt, P., Desveaux, D. Plant chemical genetics. New Phytol. 185 (1), 15-26 (2010).
  4. Lumba, S., Cutler, S., McCourt, P. Plant nuclear hormone receptors: A role for small molecules in protein-protein interactions. Annu Rev Cell Dev Biol. 26, 445-469 (2010).
  5. Hicks, G. R., Raikhel, N. Opportunities and challenges in plant chemical biology. Nat Chem Biol. 5 (5), 268-272 (2009).
  6. De Rybel, B., et al. A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin. Nat Chem Biol. 8 (9), 798-805 (2012).
  7. Koornneef, M., Meinke, D. The development of Arabidopsis as a model plant. Plant J. 61 (6), 909-921 (2010).
  8. Serrano, M., Kombrink, E., Meesters, C. Considerations for designing chemical screening strategies in plant biology. Front Plant Sci. 6, 131(2015).
  9. Yoshitani, N., et al. A structure-based strategy for discovery of small ligands binding to functionally unknown proteins: Combination of in silico screening and surface plasmon resonance measurements. Proteomics. 5 (6), 1472-1480 (2005).
  10. Macarron, R., et al. Impact of high-throughput screening in biomedical research. Nat Rev Drug Discov. 10 (3), 188-195 (2011).
  11. DeBolt, S., et al. Morlin, an inhibitor of cortical microtubule dynamics and cellulose synthase movement. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (14), 5854-5859 (2007).
  12. Christian, M., Hannah, W. B., Luthen, H., Jones, A. M. Identification of auxins by a chemical genomics approach. J Exp Bot. 59 (10), 2757-2767 (2008).
  13. Drakakaki, G., et al. Clusters of bioactive compounds target dynamic endomembrane networks in vivo. PNAS. 108 (43), 17850-17855 (2011).
  14. Armstrong, J. I., Yuan, S., Dale, J. M., Tanner, V. N., Theologis, A. Identification of inhibitors of auxin transcriptional activation by means of chemical genetics in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (41), 14978-14983 (2004).
  15. Brown, L. A., et al. A small molecule with differential effects on the PTS1 and PTS2 peroxisome matrix import pathways. Plant J. 65 (6), 980-990 (2011).
  16. De Rybel, B., et al. Chemical inhibition of a subset of Arabidopsis thaliana GSK3-like kinases activates brassinosteroid signaling. Chem Biol. 16 (6), 594-604 (2009).
  17. Arkin, M. R., Tang, Y., Wells, J. A. Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality. Chem Biol. 21 (9), 1102-1114 (2014).
  18. St Onge, R., Schlecht, U., Scharfe, C., Evangelista, M. Forward chemical genetics in yeast for discovery of chemical probes targeting metabolism. Molecules. 17 (11), 13098-13115 (2012).
  19. Vassilev, L. T., et al. In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2. Science. 303 (5659), 844-848 (2004).
  20. Zhao, Y., et al. Chemical genetic interrogation of natural variation uncovers a molecule that is glycoactivated. Nat Chem Biol. 3 (11), 716-721 (2007).
  21. Walsh, T. A. The emerging field of chemical genetics: Potential applications for pesticide discovery. Pest Manag Sci. 63 (12), 1165-1171 (2007).
  22. Center, A. B. R. Seed Handling. , The Ohio State University. Available from: https://abrc.osu.edu/seed-handling (2013).
  23. Knoth, C., Salus, M. S., Girke, T., Eulgem, T. The synthetic elicitor 3,5-dichloroanthranilic acid induces NPR1-dependent and NPR1-independent mechanisms of disease resistance in Arabidopsis. Plant Physiol. 150 (1), 333-347 (2009).
  24. Conway, M. K., et al. Scalable 96-well Plate based iPSC culture and production using a robotic liquid handling system. J Vis Exp. , (2015).
  25. Daniszewski, M., et al. Automated cell culture systems and their applications to human pluripotent stem cell studies. SLAS Technol. , (2017).
  26. Popa-Burke, I., Russell, J. Compound precipitation in high-concentration DMSO solutions. J Biomol Screen. 19 (9), 1302-1308 (2014).
  27. Partridge, F. A., et al. An automated high-throughput system for phenotypic screening of chemical libraries on C. elegans and parasitic nematodes. Cold Spring Harb Protoc. , (2017).

Dostęp ograniczony. Zaloguj się lub rozpocznij wersję próbną, aby wyświetlić tę treść.

Przedruki i uprawnienia

Poproś o pozwolenie na ponowne wykorzystanie tekstu lub ilustracji tego artykułu JoVE

Poproś o pozwolenie

Tagi

High Throughput ScreeningMultichannel Tip WashChemical Library DilutionSeedling Phenotype AnalysisEnvironmental Chamber IncubationDissecting Microscope VisualizationSterilized Vernalized Seed

Powiązane artykuły